# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.0829 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.285 0.242 0.180 0.132 0.067 0.039 0.021 0.004 0.026 0.004 0.001 2 S 0.443 0.133 0.187 0.104 0.052 0.029 0.024 0.004 0.016 0.005 0.001 3 D 0.479 0.083 0.148 0.138 0.045 0.044 0.035 0.006 0.015 0.006 0.001 4 V 0.601 0.097 0.165 0.056 0.028 0.024 0.007 0.001 0.017 0.002 0.001 5 I 0.812 0.032 0.103 0.022 0.006 0.018 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 6 E 0.946 0.008 0.015 0.021 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 G 0.955 0.003 0.007 0.014 0.007 0.002 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 8 R 0.931 0.016 0.007 0.038 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 L 0.974 0.005 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 K 0.983 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.957 0.003 0.003 0.029 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 12 L 0.211 0.007 0.023 0.737 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 13 G 0.064 0.010 0.036 0.021 0.019 0.005 0.364 0.424 0.003 0.053 0.001 14 F 0.128 0.394 0.330 0.071 0.023 0.040 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 15 T 0.154 0.289 0.334 0.099 0.026 0.068 0.009 0.002 0.017 0.002 0.001 16 L 0.044 0.322 0.354 0.009 0.059 0.021 0.005 0.001 0.182 0.004 0.001 17 P 0.355 0.007 0.508 0.021 0.006 0.022 0.002 0.001 0.004 0.001 0.076 18 V 0.309 0.190 0.248 0.154 0.034 0.029 0.009 0.006 0.019 0.001 0.001 19 A 0.191 0.171 0.460 0.041 0.047 0.032 0.011 0.001 0.040 0.004 0.002 20 A 0.390 0.073 0.350 0.112 0.011 0.035 0.005 0.001 0.010 0.001 0.011 21 A 0.087 0.176 0.442 0.013 0.046 0.022 0.006 0.001 0.202 0.005 0.001 22 P 0.422 0.005 0.469 0.023 0.002 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.056 23 A 0.301 0.129 0.192 0.289 0.027 0.020 0.021 0.008 0.011 0.001 0.001 24 A 0.128 0.165 0.279 0.096 0.129 0.034 0.039 0.056 0.027 0.047 0.001 25 N 0.250 0.153 0.385 0.102 0.038 0.037 0.016 0.001 0.012 0.002 0.003 26 Y 0.207 0.222 0.209 0.214 0.044 0.059 0.018 0.006 0.016 0.003 0.002 27 V 0.064 0.370 0.364 0.007 0.043 0.010 0.005 0.001 0.132 0.002 0.001 28 P 0.315 0.015 0.588 0.015 0.006 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 0.033 29 F 0.244 0.449 0.131 0.037 0.088 0.021 0.003 0.002 0.023 0.001 0.001 30 T 0.178 0.497 0.222 0.019 0.047 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 31 I 0.175 0.568 0.141 0.027 0.038 0.023 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 32 S 0.170 0.269 0.212 0.116 0.124 0.023 0.028 0.002 0.052 0.004 0.001 33 G 0.032 0.017 0.054 0.045 0.095 0.006 0.125 0.370 0.003 0.252 0.001 34 N 0.083 0.138 0.208 0.164 0.195 0.029 0.110 0.039 0.014 0.020 0.001 35 L 0.035 0.528 0.303 0.032 0.060 0.021 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 36 L 0.022 0.774 0.142 0.005 0.026 0.020 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 37 Y 0.011 0.680 0.205 0.004 0.030 0.061 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 38 V 0.022 0.767 0.111 0.010 0.035 0.023 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 39 S 0.034 0.472 0.217 0.047 0.158 0.013 0.027 0.002 0.027 0.003 0.001 40 G 0.016 0.055 0.075 0.024 0.316 0.014 0.103 0.187 0.007 0.203 0.001 41 Q 0.051 0.346 0.423 0.058 0.060 0.032 0.010 0.002 0.013 0.002 0.003 42 L 0.010 0.379 0.456 0.004 0.023 0.012 0.002 0.001 0.111 0.003 0.001 43 P 0.035 0.007 0.849 0.004 0.003 0.032 0.001 0.001 0.005 0.001 0.063 44 M 0.250 0.150 0.407 0.102 0.038 0.024 0.003 0.002 0.016 0.002 0.004 45 E 0.101 0.342 0.307 0.074 0.058 0.036 0.010 0.002 0.063 0.005 0.002 46 S 0.184 0.079 0.474 0.140 0.033 0.019 0.041 0.002 0.015 0.005 0.008 47 G 0.034 0.009 0.030 0.032 0.042 0.009 0.058 0.609 0.002 0.173 0.001 48 K 0.149 0.216 0.343 0.149 0.078 0.026 0.017 0.005 0.012 0.004 0.001 49 I 0.078 0.453 0.335 0.033 0.031 0.024 0.009 0.001 0.033 0.001 0.001 50 A 0.073 0.355 0.450 0.017 0.035 0.047 0.003 0.001 0.017 0.001 0.003 51 V 0.074 0.544 0.249 0.026 0.042 0.037 0.002 0.001 0.024 0.001 0.002 52 T 0.077 0.547 0.212 0.049 0.067 0.013 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 53 G 0.062 0.093 0.091 0.021 0.420 0.016 0.032 0.082 0.020 0.162 0.001 54 L 0.169 0.272 0.359 0.066 0.056 0.041 0.006 0.001 0.025 0.002 0.002 55 V 0.133 0.247 0.367 0.151 0.033 0.025 0.020 0.002 0.017 0.003 0.001 56 G 0.034 0.019 0.076 0.019 0.109 0.012 0.084 0.273 0.009 0.364 0.001 57 R 0.470 0.087 0.240 0.116 0.045 0.013 0.008 0.001 0.015 0.003 0.002 58 D 0.140 0.087 0.249 0.339 0.036 0.088 0.033 0.005 0.018 0.003 0.002 59 V 0.124 0.440 0.271 0.074 0.030 0.025 0.009 0.003 0.021 0.002 0.002 60 D 0.022 0.092 0.568 0.016 0.038 0.178 0.012 0.001 0.065 0.005 0.002 61 V 0.948 0.001 0.032 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 62 A 0.978 0.001 0.004 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 S 0.808 0.005 0.009 0.167 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.935 0.010 0.014 0.024 0.002 0.005 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 65 Q 0.979 0.003 0.004 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 N 0.908 0.001 0.003 0.079 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.774 0.002 0.013 0.158 0.006 0.005 0.023 0.015 0.001 0.003 0.001 86 D 0.417 0.014 0.049 0.471 0.005 0.018 0.019 0.002 0.005 0.001 0.001 87 L 0.708 0.014 0.058 0.103 0.007 0.018 0.078 0.006 0.005 0.004 0.001 88 S 0.800 0.010 0.036 0.094 0.006 0.012 0.033 0.003 0.002 0.002 0.001 89 K 0.598 0.040 0.050 0.248 0.016 0.021 0.015 0.003 0.008 0.001 0.001 90 I 0.800 0.049 0.067 0.051 0.007 0.010 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 91 R 0.855 0.051 0.039 0.035 0.007 0.003 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 92 R 0.664 0.073 0.052 0.129 0.042 0.014 0.015 0.002 0.008 0.001 0.001 93 V 0.623 0.200 0.080 0.047 0.023 0.010 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 94 I 0.409 0.393 0.111 0.032 0.018 0.020 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 95 K 0.226 0.351 0.236 0.032 0.047 0.075 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 96 L 0.350 0.334 0.173 0.066 0.022 0.030 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 97 N 0.207 0.377 0.149 0.091 0.100 0.019 0.024 0.001 0.030 0.001 0.001 98 G 0.110 0.211 0.078 0.030 0.465 0.016 0.023 0.027 0.016 0.023 0.001 99 F 0.133 0.397 0.320 0.024 0.034 0.079 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 100 V 0.315 0.462 0.123 0.038 0.017 0.028 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 101 A 0.470 0.120 0.105 0.081 0.147 0.026 0.018 0.001 0.027 0.004 0.001 102 S 0.194 0.104 0.136 0.341 0.078 0.057 0.046 0.007 0.029 0.006 0.001 103 V 0.202 0.157 0.423 0.020 0.030 0.018 0.014 0.001 0.122 0.011 0.001 104 P 0.845 0.002 0.119 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 105 E 0.581 0.021 0.055 0.273 0.014 0.019 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 106 F 0.573 0.067 0.135 0.128 0.028 0.024 0.020 0.006 0.015 0.003 0.001 107 V 0.686 0.084 0.102 0.079 0.011 0.015 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 108 E 0.641 0.054 0.086 0.152 0.014 0.026 0.016 0.001 0.008 0.001 0.001 109 Q 0.571 0.088 0.105 0.163 0.016 0.023 0.016 0.002 0.015 0.001 0.001 110 H 0.678 0.077 0.105 0.061 0.025 0.018 0.021 0.002 0.012 0.001 0.001 111 L 0.843 0.044 0.041 0.035 0.016 0.011 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 112 V 0.850 0.074 0.029 0.030 0.006 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 113 I 0.806 0.075 0.033 0.049 0.012 0.008 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 114 N 0.712 0.026 0.058 0.087 0.042 0.013 0.040 0.003 0.015 0.004 0.001 115 G 0.534 0.021 0.054 0.188 0.052 0.014 0.040 0.050 0.006 0.040 0.001 116 A 0.737 0.035 0.099 0.062 0.025 0.015 0.006 0.002 0.014 0.006 0.001 117 S 0.956 0.003 0.016 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 N 0.948 0.002 0.005 0.032 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.914 0.012 0.010 0.052 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 120 I 0.939 0.019 0.014 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 121 A 0.939 0.023 0.009 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 122 T 0.857 0.040 0.022 0.055 0.013 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 123 V 0.661 0.104 0.058 0.114 0.021 0.008 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 124 L 0.302 0.117 0.170 0.315 0.025 0.013 0.036 0.001 0.018 0.001 0.001 125 G 0.049 0.015 0.085 0.059 0.066 0.021 0.127 0.310 0.005 0.261 0.001 126 E 0.055 0.214 0.534 0.025 0.028 0.022 0.007 0.001 0.109 0.006 0.001 127 P 0.256 0.006 0.650 0.044 0.003 0.011 0.005 0.001 0.003 0.002 0.019 128 G 0.046 0.010 0.054 0.037 0.050 0.018 0.042 0.606 0.003 0.132 0.001 129 R 0.152 0.175 0.536 0.054 0.037 0.021 0.004 0.001 0.016 0.002 0.002 130 H 0.162 0.136 0.510 0.062 0.026 0.065 0.010 0.001 0.022 0.002 0.002 131 A 0.414 0.154 0.266 0.052 0.050 0.030 0.009 0.002 0.016 0.003 0.003 132 R 0.481 0.206 0.164 0.064 0.045 0.018 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 133 A 0.298 0.416 0.113 0.044 0.083 0.019 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 134 A 0.274 0.385 0.180 0.036 0.056 0.038 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 135 V 0.249 0.454 0.166 0.052 0.039 0.015 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 136 G 0.226 0.110 0.193 0.049 0.228 0.047 0.044 0.037 0.022 0.043 0.001 137 M 0.410 0.295 0.143 0.093 0.031 0.011 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 138 A 0.416 0.159 0.127 0.123 0.099 0.020 0.029 0.003 0.019 0.005 0.001 139 S 0.191 0.186 0.182 0.254 0.080 0.038 0.035 0.007 0.022 0.004 0.002 140 L 0.015 0.299 0.462 0.005 0.029 0.012 0.005 0.001 0.172 0.002 0.001 141 P 0.136 0.007 0.713 0.011 0.002 0.035 0.001 0.001 0.003 0.001 0.092 142 F 0.284 0.086 0.191 0.330 0.022 0.022 0.039 0.011 0.011 0.002 0.001 143 N 0.051 0.072 0.112 0.185 0.131 0.030 0.198 0.169 0.014 0.038 0.001 144 A 0.040 0.386 0.387 0.053 0.074 0.014 0.012 0.002 0.028 0.002 0.001 145 S 0.022 0.485 0.384 0.019 0.029 0.047 0.003 0.001 0.006 0.001 0.004 146 V 0.004 0.888 0.061 0.004 0.029 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 147 E 0.003 0.722 0.187 0.003 0.030 0.047 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 148 I 0.003 0.800 0.101 0.003 0.050 0.019 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 149 D 0.003 0.690 0.205 0.004 0.055 0.033 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 150 A 0.002 0.825 0.025 0.002 0.135 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 151 I 0.001 0.907 0.055 0.001 0.018 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 152 V 0.004 0.787 0.124 0.002 0.026 0.048 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 153 E 0.008 0.670 0.183 0.006 0.030 0.079 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 154 I 0.015 0.741 0.132 0.011 0.052 0.020 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 155 D 0.030 0.241 0.385 0.030 0.103 0.105 0.041 0.002 0.052 0.007 0.002 156 V 0.195 0.312 0.234 0.084 0.094 0.022 0.013 0.003 0.033 0.005 0.006