# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.0829 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.100 0.076 0.032 0.013 0.124 0.018 0.032 0.272 0.129 0.137 0.068 2 S 0.037 0.147 0.060 0.030 0.081 0.032 0.050 0.387 0.094 0.055 0.027 3 D 0.040 0.067 0.040 0.020 0.053 0.018 0.030 0.472 0.105 0.123 0.033 4 V 0.030 0.135 0.035 0.003 0.069 0.004 0.010 0.566 0.088 0.047 0.013 5 I 0.009 0.009 0.002 0.001 0.009 0.001 0.008 0.778 0.160 0.018 0.005 6 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.912 0.063 0.007 0.002 7 G 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.915 0.051 0.011 0.001 8 R 0.004 0.015 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.881 0.039 0.049 0.002 9 L 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.767 0.202 0.014 0.002 10 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.764 0.204 0.002 0.001 11 E 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.162 0.684 0.096 0.041 0.002 12 L 0.010 0.718 0.075 0.002 0.042 0.005 0.039 0.064 0.022 0.018 0.006 13 G 0.056 0.022 0.014 0.034 0.035 0.029 0.022 0.053 0.050 0.309 0.375 14 F 0.111 0.272 0.075 0.007 0.317 0.009 0.020 0.076 0.028 0.055 0.029 15 T 0.126 0.229 0.097 0.021 0.271 0.014 0.043 0.029 0.022 0.086 0.061 16 L 0.055 0.385 0.303 0.024 0.146 0.012 0.012 0.016 0.016 0.015 0.017 17 P 0.036 0.245 0.130 0.028 0.097 0.030 0.071 0.138 0.167 0.036 0.023 18 V 0.062 0.117 0.080 0.029 0.094 0.023 0.057 0.095 0.149 0.241 0.052 19 A 0.048 0.357 0.179 0.027 0.149 0.018 0.030 0.044 0.040 0.077 0.033 20 A 0.074 0.140 0.112 0.056 0.109 0.037 0.051 0.078 0.100 0.169 0.074 21 A 0.043 0.292 0.258 0.055 0.125 0.025 0.024 0.050 0.053 0.053 0.022 22 P 0.077 0.166 0.079 0.020 0.161 0.023 0.066 0.149 0.161 0.067 0.032 23 A 0.098 0.092 0.052 0.026 0.140 0.025 0.041 0.090 0.126 0.227 0.084 24 A 0.075 0.333 0.136 0.028 0.207 0.027 0.032 0.053 0.040 0.039 0.031 25 N 0.110 0.104 0.065 0.027 0.170 0.024 0.053 0.116 0.083 0.162 0.087 26 Y 0.170 0.125 0.052 0.020 0.241 0.014 0.023 0.069 0.070 0.135 0.080 27 V 0.056 0.248 0.171 0.044 0.162 0.045 0.050 0.118 0.053 0.028 0.024 28 P 0.093 0.124 0.069 0.017 0.144 0.021 0.047 0.233 0.147 0.063 0.043 29 F 0.210 0.153 0.014 0.001 0.436 0.003 0.010 0.076 0.038 0.039 0.020 30 T 0.187 0.188 0.028 0.005 0.409 0.010 0.023 0.082 0.018 0.017 0.032 31 I 0.215 0.053 0.043 0.043 0.150 0.050 0.069 0.135 0.047 0.086 0.109 32 S 0.036 0.104 0.075 0.305 0.065 0.143 0.106 0.066 0.034 0.044 0.021 33 G 0.041 0.037 0.070 0.332 0.048 0.084 0.058 0.042 0.025 0.216 0.048 34 N 0.071 0.191 0.137 0.066 0.141 0.024 0.025 0.036 0.059 0.172 0.078 35 L 0.264 0.130 0.010 0.002 0.550 0.003 0.007 0.009 0.007 0.006 0.012 36 L 0.196 0.083 0.006 0.001 0.689 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.010 37 Y 0.408 0.044 0.008 0.002 0.483 0.002 0.003 0.004 0.001 0.004 0.041 38 V 0.276 0.068 0.029 0.036 0.253 0.051 0.024 0.029 0.015 0.043 0.176 39 S 0.077 0.209 0.086 0.191 0.109 0.107 0.111 0.022 0.015 0.036 0.038 40 G 0.043 0.065 0.082 0.208 0.057 0.057 0.028 0.027 0.045 0.284 0.104 41 Q 0.162 0.180 0.091 0.015 0.309 0.012 0.022 0.020 0.038 0.099 0.052 42 L 0.045 0.474 0.208 0.024 0.142 0.017 0.018 0.011 0.016 0.023 0.023 43 P 0.089 0.368 0.195 0.012 0.261 0.006 0.014 0.013 0.012 0.011 0.019 44 M 0.114 0.204 0.154 0.020 0.158 0.020 0.044 0.077 0.088 0.074 0.047 45 E 0.038 0.231 0.398 0.079 0.075 0.033 0.021 0.044 0.024 0.035 0.023 46 S 0.020 0.187 0.085 0.131 0.039 0.091 0.148 0.144 0.101 0.036 0.016 47 G 0.023 0.030 0.043 0.154 0.025 0.045 0.025 0.044 0.053 0.474 0.083 48 K 0.080 0.264 0.106 0.031 0.199 0.016 0.016 0.042 0.042 0.128 0.075 49 I 0.198 0.195 0.036 0.008 0.457 0.008 0.011 0.023 0.014 0.019 0.032 50 A 0.258 0.140 0.032 0.007 0.457 0.008 0.010 0.021 0.009 0.016 0.042 51 V 0.304 0.085 0.031 0.018 0.318 0.026 0.019 0.042 0.018 0.041 0.098 52 T 0.083 0.208 0.088 0.111 0.134 0.094 0.092 0.053 0.034 0.048 0.056 53 G 0.083 0.083 0.112 0.148 0.093 0.047 0.033 0.047 0.045 0.195 0.114 54 L 0.144 0.176 0.094 0.021 0.268 0.015 0.031 0.065 0.055 0.087 0.043 55 V 0.085 0.206 0.092 0.058 0.139 0.055 0.075 0.052 0.059 0.121 0.058 56 G 0.045 0.253 0.242 0.124 0.098 0.039 0.029 0.045 0.040 0.055 0.030 57 R 0.030 0.083 0.063 0.038 0.059 0.043 0.074 0.196 0.285 0.104 0.024 58 D 0.127 0.094 0.066 0.011 0.234 0.008 0.026 0.111 0.087 0.175 0.061 59 V 0.061 0.361 0.095 0.013 0.184 0.022 0.028 0.088 0.033 0.081 0.034 60 D 0.028 0.564 0.238 0.007 0.109 0.002 0.004 0.020 0.008 0.008 0.013 61 V 0.007 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.556 0.400 0.010 0.006 62 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.862 0.109 0.007 0.001 63 S 0.006 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.010 0.835 0.085 0.046 0.003 64 A 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.890 0.058 0.036 0.002 65 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.875 0.098 0.008 0.002 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.903 0.082 0.005 0.001 67 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.939 0.024 0.025 0.001 68 A 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.902 0.074 0.006 0.002 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 71 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 74 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.012 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.012 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.086 0.001 0.001 80 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.064 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.035 0.002 0.001 82 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.903 0.051 0.017 0.001 83 L 0.013 0.030 0.008 0.002 0.015 0.004 0.023 0.768 0.088 0.043 0.007 84 N 0.016 0.027 0.019 0.019 0.016 0.019 0.085 0.545 0.108 0.122 0.024 85 G 0.014 0.076 0.108 0.062 0.033 0.031 0.049 0.382 0.102 0.122 0.021 86 D 0.052 0.079 0.034 0.008 0.080 0.009 0.054 0.305 0.169 0.175 0.037 87 L 0.036 0.033 0.016 0.013 0.036 0.010 0.024 0.394 0.255 0.137 0.046 88 S 0.019 0.085 0.046 0.034 0.046 0.047 0.091 0.458 0.122 0.037 0.014 89 K 0.059 0.064 0.034 0.006 0.058 0.007 0.028 0.374 0.127 0.199 0.043 90 I 0.060 0.023 0.004 0.002 0.041 0.003 0.019 0.501 0.257 0.047 0.043 91 R 0.031 0.021 0.010 0.013 0.047 0.057 0.122 0.521 0.150 0.015 0.012 92 R 0.088 0.073 0.013 0.003 0.116 0.008 0.025 0.466 0.038 0.143 0.028 93 V 0.312 0.060 0.007 0.002 0.237 0.004 0.034 0.164 0.091 0.022 0.066 94 I 0.130 0.076 0.019 0.011 0.266 0.056 0.095 0.261 0.050 0.014 0.022 95 K 0.302 0.052 0.006 0.003 0.373 0.007 0.015 0.120 0.017 0.055 0.049 96 L 0.228 0.113 0.024 0.007 0.397 0.011 0.042 0.060 0.027 0.023 0.069 97 N 0.125 0.077 0.044 0.068 0.191 0.108 0.096 0.100 0.029 0.059 0.102 98 G 0.134 0.308 0.048 0.009 0.407 0.006 0.008 0.035 0.010 0.020 0.015 99 F 0.296 0.050 0.003 0.001 0.584 0.002 0.006 0.028 0.010 0.010 0.011 100 V 0.194 0.103 0.027 0.016 0.341 0.027 0.027 0.095 0.051 0.034 0.086 101 A 0.095 0.131 0.048 0.050 0.170 0.082 0.111 0.144 0.050 0.053 0.067 102 S 0.162 0.098 0.067 0.015 0.193 0.011 0.028 0.056 0.032 0.258 0.080 103 V 0.052 0.325 0.187 0.021 0.122 0.012 0.013 0.106 0.079 0.047 0.037 104 P 0.011 0.135 0.053 0.023 0.029 0.037 0.101 0.422 0.165 0.017 0.008 105 E 0.026 0.044 0.023 0.010 0.030 0.010 0.039 0.335 0.212 0.241 0.029 106 F 0.035 0.048 0.013 0.003 0.052 0.005 0.016 0.449 0.243 0.114 0.021 107 V 0.011 0.023 0.009 0.004 0.022 0.009 0.042 0.671 0.179 0.020 0.008 108 E 0.028 0.015 0.007 0.003 0.025 0.005 0.058 0.600 0.122 0.122 0.016 109 Q 0.027 0.106 0.027 0.003 0.059 0.005 0.012 0.607 0.099 0.038 0.017 110 H 0.021 0.014 0.009 0.005 0.022 0.010 0.016 0.723 0.150 0.017 0.013 111 L 0.021 0.035 0.003 0.001 0.026 0.001 0.004 0.817 0.055 0.034 0.003 112 V 0.020 0.031 0.002 0.001 0.026 0.001 0.012 0.827 0.030 0.044 0.006 113 I 0.027 0.017 0.009 0.027 0.026 0.028 0.035 0.696 0.083 0.035 0.017 114 N 0.009 0.072 0.037 0.056 0.020 0.059 0.107 0.524 0.079 0.029 0.008 115 G 0.022 0.016 0.033 0.036 0.021 0.012 0.021 0.302 0.090 0.360 0.087 116 A 0.044 0.082 0.018 0.003 0.062 0.005 0.029 0.429 0.215 0.082 0.030 117 S 0.011 0.053 0.017 0.011 0.021 0.014 0.033 0.667 0.136 0.023 0.015 118 N 0.006 0.007 0.002 0.001 0.007 0.003 0.014 0.832 0.112 0.012 0.004 119 L 0.009 0.015 0.003 0.001 0.014 0.002 0.014 0.829 0.076 0.033 0.004 120 I 0.026 0.017 0.002 0.001 0.022 0.002 0.011 0.777 0.099 0.035 0.009 121 A 0.008 0.009 0.003 0.001 0.011 0.005 0.032 0.698 0.212 0.018 0.005 122 T 0.018 0.023 0.008 0.001 0.027 0.003 0.056 0.669 0.155 0.034 0.005 123 V 0.057 0.080 0.023 0.003 0.081 0.008 0.124 0.390 0.100 0.109 0.027 124 L 0.062 0.243 0.108 0.051 0.117 0.056 0.090 0.084 0.034 0.096 0.058 125 G 0.067 0.067 0.139 0.187 0.062 0.059 0.038 0.037 0.028 0.220 0.095 126 E 0.042 0.225 0.404 0.064 0.117 0.016 0.016 0.039 0.027 0.034 0.016 127 P 0.017 0.137 0.057 0.041 0.040 0.051 0.238 0.132 0.227 0.047 0.014 128 G 0.031 0.027 0.038 0.089 0.032 0.028 0.020 0.039 0.063 0.521 0.113 129 R 0.041 0.375 0.231 0.032 0.141 0.019 0.021 0.053 0.032 0.037 0.018 130 H 0.105 0.213 0.126 0.021 0.181 0.013 0.025 0.106 0.077 0.070 0.063 131 A 0.156 0.066 0.014 0.005 0.150 0.007 0.024 0.231 0.239 0.042 0.066 132 R 0.055 0.071 0.024 0.016 0.119 0.060 0.079 0.428 0.096 0.029 0.022 133 A 0.123 0.147 0.026 0.006 0.187 0.008 0.019 0.319 0.050 0.082 0.033 134 A 0.274 0.065 0.005 0.001 0.276 0.003 0.013 0.232 0.045 0.047 0.040 135 V 0.070 0.105 0.032 0.041 0.153 0.077 0.074 0.329 0.060 0.031 0.029 136 G 0.141 0.095 0.036 0.020 0.176 0.022 0.047 0.252 0.077 0.074 0.061 137 M 0.117 0.068 0.027 0.008 0.165 0.013 0.044 0.227 0.181 0.101 0.049 138 A 0.055 0.161 0.054 0.020 0.146 0.037 0.121 0.198 0.117 0.056 0.036 139 S 0.115 0.118 0.059 0.021 0.172 0.022 0.066 0.105 0.050 0.198 0.074 140 L 0.067 0.264 0.335 0.034 0.134 0.018 0.030 0.028 0.022 0.042 0.025 141 P 0.068 0.189 0.367 0.073 0.111 0.031 0.015 0.058 0.035 0.028 0.025 142 F 0.012 0.258 0.073 0.042 0.031 0.062 0.252 0.122 0.129 0.014 0.006 143 N 0.016 0.007 0.011 0.037 0.010 0.016 0.008 0.012 0.018 0.711 0.157 144 A 0.032 0.574 0.132 0.006 0.210 0.004 0.005 0.008 0.007 0.012 0.010 145 S 0.465 0.032 0.004 0.004 0.408 0.007 0.010 0.014 0.008 0.013 0.035 146 V 0.067 0.415 0.099 0.013 0.349 0.014 0.013 0.009 0.006 0.004 0.009 147 E 0.414 0.014 0.001 0.001 0.551 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 148 I 0.362 0.067 0.004 0.001 0.499 0.001 0.005 0.003 0.006 0.001 0.051 149 D 0.319 0.054 0.005 0.005 0.422 0.064 0.057 0.009 0.004 0.006 0.054 150 A 0.204 0.180 0.008 0.001 0.571 0.002 0.003 0.005 0.002 0.006 0.018 151 I 0.383 0.023 0.001 0.001 0.564 0.002 0.005 0.003 0.002 0.003 0.014 152 V 0.104 0.278 0.047 0.008 0.514 0.011 0.007 0.007 0.003 0.003 0.018 153 E 0.414 0.036 0.005 0.002 0.434 0.003 0.005 0.009 0.004 0.020 0.067 154 I 0.127 0.245 0.090 0.034 0.314 0.027 0.024 0.023 0.020 0.045 0.051 155 D 0.145 0.213 0.123 0.038 0.263 0.021 0.032 0.033 0.024 0.048 0.060 156 V 0.119 0.171 0.071 0.025 0.187 0.022 0.033 0.105 0.123 0.095 0.050