# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.0829 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.700 0.180 0.069 0.036 0.013 0.003 0.001 2 S 0.738 0.185 0.052 0.019 0.005 0.001 0.001 3 D 0.715 0.226 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 4 V 0.370 0.314 0.187 0.099 0.026 0.005 0.001 5 I 0.164 0.160 0.222 0.237 0.174 0.042 0.002 6 E 0.309 0.321 0.205 0.113 0.043 0.009 0.001 7 G 0.503 0.355 0.097 0.033 0.010 0.002 0.001 8 R 0.115 0.211 0.300 0.267 0.087 0.019 0.001 9 L 0.093 0.088 0.179 0.273 0.275 0.088 0.004 10 K 0.342 0.379 0.167 0.077 0.029 0.006 0.001 11 E 0.440 0.360 0.128 0.053 0.015 0.004 0.001 12 L 0.084 0.147 0.221 0.305 0.182 0.057 0.003 13 G 0.136 0.240 0.241 0.215 0.121 0.044 0.003 14 F 0.091 0.099 0.191 0.276 0.234 0.099 0.009 15 T 0.233 0.336 0.227 0.126 0.058 0.019 0.001 16 L 0.112 0.119 0.170 0.261 0.224 0.104 0.010 17 P 0.432 0.330 0.133 0.066 0.030 0.008 0.001 18 V 0.382 0.299 0.166 0.102 0.035 0.013 0.002 19 A 0.256 0.168 0.182 0.192 0.137 0.057 0.009 20 A 0.290 0.250 0.185 0.144 0.085 0.041 0.006 21 A 0.235 0.226 0.204 0.168 0.102 0.054 0.012 22 P 0.171 0.163 0.158 0.186 0.174 0.118 0.030 23 A 0.148 0.156 0.150 0.179 0.173 0.146 0.049 24 A 0.123 0.118 0.128 0.156 0.184 0.201 0.092 25 N 0.092 0.118 0.135 0.173 0.170 0.187 0.125 26 Y 0.033 0.033 0.048 0.091 0.160 0.316 0.320 27 V 0.030 0.039 0.051 0.095 0.162 0.312 0.311 28 P 0.042 0.061 0.081 0.125 0.191 0.267 0.234 29 F 0.033 0.049 0.061 0.122 0.185 0.314 0.236 30 T 0.040 0.061 0.090 0.163 0.237 0.273 0.137 31 I 0.048 0.089 0.130 0.204 0.228 0.212 0.088 32 S 0.073 0.111 0.137 0.196 0.202 0.196 0.085 33 G 0.111 0.173 0.206 0.216 0.151 0.106 0.036 34 N 0.092 0.160 0.203 0.220 0.165 0.119 0.041 35 L 0.020 0.025 0.044 0.107 0.256 0.369 0.180 36 L 0.010 0.012 0.018 0.049 0.111 0.370 0.430 37 Y 0.005 0.006 0.011 0.029 0.070 0.270 0.609 38 V 0.002 0.003 0.006 0.014 0.047 0.226 0.703 39 S 0.003 0.005 0.010 0.021 0.059 0.240 0.662 40 G 0.004 0.010 0.016 0.039 0.102 0.307 0.521 41 Q 0.009 0.021 0.035 0.076 0.191 0.384 0.286 42 L 0.012 0.032 0.052 0.107 0.256 0.393 0.147 43 P 0.036 0.091 0.157 0.227 0.267 0.186 0.035 44 M 0.065 0.122 0.203 0.276 0.218 0.107 0.010 45 E 0.358 0.322 0.169 0.095 0.043 0.012 0.001 46 S 0.549 0.276 0.097 0.055 0.018 0.005 0.001 47 G 0.532 0.263 0.120 0.059 0.021 0.005 0.001 48 K 0.383 0.336 0.173 0.083 0.019 0.006 0.001 49 I 0.118 0.150 0.212 0.256 0.200 0.058 0.004 50 A 0.111 0.228 0.240 0.248 0.122 0.048 0.003 51 V 0.070 0.091 0.126 0.192 0.265 0.228 0.027 52 T 0.103 0.182 0.209 0.236 0.169 0.088 0.012 53 G 0.150 0.204 0.185 0.197 0.175 0.079 0.011 54 L 0.112 0.184 0.231 0.213 0.168 0.080 0.011 55 V 0.126 0.172 0.189 0.220 0.192 0.093 0.010 56 G 0.267 0.253 0.222 0.149 0.074 0.032 0.004 57 R 0.350 0.246 0.184 0.144 0.056 0.019 0.002 58 D 0.470 0.271 0.143 0.071 0.033 0.012 0.001 59 V 0.221 0.159 0.207 0.232 0.134 0.044 0.003 60 D 0.429 0.377 0.117 0.049 0.020 0.007 0.001 61 V 0.113 0.167 0.221 0.276 0.165 0.057 0.002 62 A 0.477 0.310 0.131 0.055 0.023 0.004 0.001 63 S 0.397 0.350 0.157 0.067 0.023 0.005 0.001 64 A 0.129 0.151 0.246 0.287 0.147 0.036 0.003 65 Q 0.097 0.246 0.316 0.236 0.077 0.027 0.001 66 R 0.241 0.384 0.201 0.123 0.037 0.012 0.001 67 A 0.018 0.073 0.198 0.321 0.268 0.111 0.011 68 A 0.010 0.015 0.020 0.062 0.255 0.507 0.131 69 E 0.010 0.079 0.209 0.349 0.207 0.133 0.013 70 L 0.012 0.052 0.104 0.204 0.302 0.265 0.062 71 C 0.003 0.018 0.071 0.139 0.299 0.342 0.128 72 A 0.001 0.003 0.005 0.017 0.106 0.503 0.366 73 V 0.006 0.041 0.152 0.261 0.266 0.208 0.065 74 N 0.013 0.071 0.183 0.276 0.250 0.160 0.047 75 I 0.001 0.003 0.009 0.024 0.132 0.553 0.278 76 L 0.002 0.009 0.025 0.082 0.259 0.475 0.148 77 A 0.042 0.243 0.295 0.235 0.123 0.054 0.007 78 Q 0.009 0.046 0.169 0.334 0.297 0.123 0.021 79 V 0.001 0.003 0.005 0.016 0.142 0.669 0.164 80 K 0.013 0.100 0.284 0.381 0.171 0.050 0.002 81 A 0.070 0.316 0.293 0.222 0.073 0.025 0.001 82 A 0.010 0.036 0.131 0.301 0.347 0.168 0.006 83 L 0.021 0.038 0.095 0.254 0.411 0.175 0.007 84 N 0.346 0.492 0.124 0.028 0.009 0.001 0.001 85 G 0.395 0.389 0.133 0.067 0.013 0.002 0.001 86 D 0.259 0.312 0.221 0.136 0.058 0.013 0.001 87 L 0.100 0.155 0.271 0.300 0.139 0.034 0.001 88 S 0.463 0.341 0.127 0.046 0.019 0.003 0.001 89 K 0.152 0.306 0.291 0.180 0.057 0.013 0.001 90 I 0.035 0.062 0.106 0.216 0.337 0.217 0.027 91 R 0.064 0.213 0.255 0.273 0.141 0.052 0.003 92 R 0.036 0.147 0.246 0.292 0.174 0.093 0.012 93 V 0.010 0.020 0.051 0.138 0.261 0.396 0.124 94 I 0.007 0.016 0.034 0.100 0.243 0.410 0.190 95 K 0.013 0.052 0.125 0.212 0.210 0.234 0.156 96 L 0.005 0.014 0.027 0.065 0.180 0.435 0.274 97 N 0.016 0.057 0.122 0.208 0.253 0.245 0.099 98 G 0.010 0.025 0.041 0.092 0.228 0.395 0.210 99 F 0.010 0.025 0.045 0.105 0.218 0.382 0.215 100 V 0.019 0.042 0.081 0.175 0.276 0.306 0.102 101 A 0.065 0.185 0.259 0.237 0.167 0.076 0.012 102 S 0.077 0.170 0.200 0.247 0.186 0.106 0.013 103 V 0.055 0.091 0.162 0.280 0.262 0.137 0.014 104 P 0.325 0.329 0.194 0.105 0.036 0.010 0.001 105 E 0.210 0.340 0.253 0.136 0.045 0.015 0.002 106 F 0.062 0.058 0.099 0.236 0.341 0.182 0.021 107 V 0.120 0.215 0.253 0.230 0.130 0.048 0.004 108 E 0.137 0.276 0.284 0.185 0.077 0.035 0.005 109 Q 0.047 0.079 0.107 0.198 0.283 0.234 0.053 110 H 0.027 0.077 0.140 0.233 0.313 0.183 0.028 111 L 0.039 0.128 0.213 0.252 0.203 0.135 0.031 112 V 0.014 0.026 0.050 0.120 0.285 0.364 0.140 113 I 0.012 0.032 0.051 0.112 0.244 0.394 0.154 114 N 0.043 0.134 0.280 0.292 0.153 0.080 0.018 115 G 0.051 0.164 0.299 0.300 0.119 0.056 0.010 116 A 0.024 0.033 0.052 0.126 0.298 0.383 0.084 117 S 0.045 0.082 0.131 0.217 0.252 0.224 0.050 118 N 0.086 0.220 0.291 0.236 0.087 0.063 0.016 119 L 0.046 0.068 0.108 0.181 0.293 0.234 0.070 120 I 0.047 0.066 0.076 0.135 0.222 0.304 0.149 121 A 0.058 0.124 0.173 0.219 0.209 0.170 0.047 122 T 0.111 0.246 0.261 0.225 0.096 0.049 0.011 123 V 0.037 0.077 0.121 0.190 0.296 0.240 0.038 124 L 0.031 0.067 0.116 0.234 0.267 0.243 0.043 125 G 0.060 0.108 0.172 0.285 0.231 0.128 0.016 126 E 0.273 0.330 0.182 0.118 0.073 0.022 0.002 127 P 0.335 0.339 0.158 0.102 0.047 0.017 0.002 128 G 0.167 0.226 0.228 0.203 0.120 0.050 0.007 129 R 0.053 0.123 0.239 0.301 0.171 0.098 0.015 130 H 0.025 0.043 0.086 0.151 0.252 0.319 0.124 131 A 0.008 0.013 0.021 0.049 0.131 0.415 0.364 132 R 0.011 0.021 0.050 0.110 0.180 0.329 0.300 133 A 0.005 0.010 0.017 0.033 0.102 0.337 0.496 134 A 0.005 0.009 0.019 0.045 0.101 0.315 0.505 135 V 0.005 0.009 0.019 0.050 0.117 0.360 0.440 136 G 0.022 0.067 0.116 0.172 0.215 0.250 0.158 137 M 0.020 0.039 0.062 0.133 0.233 0.369 0.144 138 A 0.067 0.148 0.178 0.219 0.235 0.134 0.019 139 S 0.153 0.283 0.233 0.173 0.096 0.054 0.008 140 L 0.060 0.064 0.118 0.267 0.293 0.173 0.025 141 P 0.179 0.213 0.211 0.183 0.135 0.071 0.008 142 F 0.231 0.225 0.216 0.185 0.099 0.039 0.005 143 N 0.462 0.360 0.104 0.043 0.021 0.008 0.002 144 A 0.049 0.069 0.102 0.222 0.287 0.222 0.049 145 S 0.078 0.146 0.183 0.208 0.211 0.142 0.032 146 V 0.021 0.028 0.046 0.094 0.191 0.399 0.221 147 E 0.018 0.032 0.070 0.119 0.178 0.278 0.305 148 I 0.004 0.006 0.010 0.026 0.084 0.357 0.514 149 D 0.023 0.052 0.114 0.172 0.226 0.231 0.184 150 A 0.008 0.017 0.026 0.057 0.175 0.441 0.277 151 I 0.016 0.027 0.052 0.124 0.193 0.363 0.225 152 V 0.023 0.043 0.074 0.174 0.250 0.343 0.093 153 E 0.114 0.219 0.256 0.206 0.135 0.062 0.007 154 I 0.188 0.177 0.201 0.250 0.128 0.052 0.004 155 D 0.688 0.228 0.053 0.021 0.008 0.002 0.001 156 V 0.749 0.174 0.047 0.023 0.006 0.002 0.001