# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 52.0829 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.234 0.112 0.117 0.146 0.149 0.108 0.070 0.032 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 2 S 0.265 0.154 0.151 0.147 0.125 0.076 0.045 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 D 0.646 0.189 0.074 0.040 0.026 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 V 0.254 0.147 0.142 0.167 0.136 0.083 0.035 0.019 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 5 I 0.067 0.042 0.070 0.128 0.203 0.189 0.154 0.086 0.036 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 6 E 0.165 0.186 0.192 0.223 0.117 0.066 0.028 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 G 0.759 0.147 0.055 0.021 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.139 0.160 0.185 0.209 0.163 0.082 0.040 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.058 0.039 0.085 0.145 0.229 0.197 0.115 0.082 0.034 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 10 K 0.392 0.240 0.150 0.111 0.053 0.030 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.563 0.234 0.098 0.050 0.025 0.013 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.081 0.061 0.096 0.165 0.205 0.167 0.104 0.062 0.033 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 13 G 0.110 0.100 0.128 0.160 0.176 0.130 0.090 0.055 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 14 F 0.151 0.070 0.075 0.095 0.134 0.132 0.104 0.099 0.061 0.038 0.021 0.012 0.006 0.002 15 T 0.179 0.127 0.125 0.161 0.137 0.093 0.069 0.047 0.032 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 16 L 0.074 0.045 0.064 0.112 0.145 0.154 0.129 0.106 0.075 0.045 0.028 0.016 0.006 0.003 17 P 0.164 0.130 0.126 0.141 0.131 0.110 0.082 0.051 0.032 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 18 V 0.143 0.108 0.123 0.137 0.129 0.113 0.082 0.065 0.045 0.026 0.015 0.007 0.004 0.002 19 A 0.074 0.071 0.092 0.133 0.154 0.151 0.112 0.091 0.062 0.030 0.016 0.008 0.004 0.002 20 A 0.100 0.072 0.091 0.102 0.129 0.137 0.120 0.095 0.064 0.043 0.025 0.013 0.006 0.003 21 A 0.117 0.120 0.114 0.131 0.127 0.112 0.090 0.076 0.051 0.029 0.017 0.007 0.005 0.002 22 P 0.055 0.043 0.061 0.081 0.113 0.131 0.123 0.128 0.100 0.070 0.044 0.030 0.013 0.006 23 A 0.057 0.049 0.064 0.103 0.134 0.145 0.131 0.119 0.079 0.053 0.035 0.017 0.008 0.005 24 A 0.055 0.038 0.044 0.064 0.098 0.115 0.122 0.134 0.114 0.086 0.063 0.040 0.017 0.009 25 N 0.070 0.069 0.085 0.112 0.122 0.125 0.114 0.104 0.076 0.052 0.036 0.020 0.010 0.006 26 Y 0.045 0.031 0.042 0.058 0.085 0.108 0.121 0.131 0.119 0.098 0.080 0.050 0.022 0.011 27 V 0.064 0.059 0.073 0.099 0.122 0.133 0.125 0.115 0.084 0.055 0.037 0.020 0.010 0.005 28 P 0.093 0.082 0.105 0.138 0.145 0.124 0.098 0.082 0.059 0.035 0.021 0.010 0.006 0.003 29 F 0.061 0.045 0.065 0.088 0.123 0.139 0.132 0.124 0.091 0.062 0.038 0.018 0.009 0.004 30 T 0.101 0.084 0.102 0.121 0.137 0.138 0.109 0.085 0.053 0.033 0.020 0.010 0.005 0.002 31 I 0.085 0.082 0.109 0.134 0.140 0.134 0.100 0.086 0.055 0.036 0.021 0.011 0.005 0.002 32 S 0.071 0.068 0.084 0.114 0.147 0.138 0.118 0.102 0.066 0.045 0.025 0.012 0.005 0.003 33 G 0.081 0.099 0.115 0.150 0.142 0.126 0.096 0.075 0.050 0.031 0.018 0.010 0.005 0.003 34 N 0.059 0.069 0.101 0.137 0.144 0.138 0.117 0.090 0.070 0.036 0.020 0.009 0.006 0.003 35 L 0.015 0.015 0.030 0.054 0.084 0.133 0.170 0.162 0.129 0.087 0.061 0.034 0.015 0.010 36 L 0.008 0.009 0.014 0.022 0.041 0.072 0.112 0.137 0.155 0.158 0.133 0.075 0.039 0.025 37 Y 0.005 0.005 0.007 0.013 0.025 0.043 0.070 0.110 0.150 0.166 0.169 0.138 0.059 0.040 38 V 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.011 0.023 0.043 0.099 0.171 0.217 0.226 0.114 0.080 39 S 0.002 0.003 0.004 0.005 0.008 0.016 0.034 0.056 0.108 0.164 0.198 0.189 0.132 0.082 40 G 0.003 0.004 0.005 0.007 0.012 0.022 0.046 0.070 0.126 0.176 0.176 0.159 0.122 0.073 41 Q 0.007 0.010 0.016 0.027 0.047 0.061 0.090 0.131 0.164 0.158 0.126 0.083 0.045 0.036 42 L 0.008 0.011 0.020 0.036 0.055 0.077 0.104 0.147 0.141 0.159 0.125 0.069 0.030 0.019 43 P 0.012 0.025 0.048 0.077 0.110 0.136 0.134 0.152 0.117 0.090 0.055 0.026 0.012 0.006 44 M 0.033 0.054 0.096 0.132 0.155 0.171 0.131 0.096 0.065 0.034 0.018 0.008 0.004 0.002 45 E 0.200 0.169 0.163 0.136 0.109 0.085 0.075 0.030 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 46 S 0.305 0.197 0.151 0.126 0.087 0.054 0.038 0.018 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 47 G 0.444 0.201 0.124 0.106 0.057 0.031 0.019 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.292 0.178 0.148 0.134 0.095 0.064 0.048 0.018 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 49 I 0.056 0.042 0.081 0.113 0.141 0.173 0.161 0.111 0.061 0.031 0.017 0.009 0.004 0.002 50 A 0.071 0.074 0.094 0.132 0.158 0.133 0.103 0.093 0.066 0.036 0.022 0.010 0.005 0.003 51 V 0.024 0.017 0.029 0.047 0.078 0.111 0.126 0.153 0.123 0.119 0.087 0.053 0.022 0.010 52 T 0.037 0.045 0.062 0.078 0.099 0.113 0.104 0.118 0.109 0.101 0.067 0.037 0.020 0.010 53 G 0.076 0.065 0.071 0.080 0.098 0.100 0.104 0.115 0.106 0.083 0.052 0.027 0.016 0.007 54 L 0.038 0.043 0.058 0.096 0.123 0.140 0.123 0.118 0.105 0.073 0.045 0.023 0.012 0.006 55 V 0.037 0.042 0.068 0.090 0.130 0.152 0.155 0.133 0.071 0.058 0.034 0.019 0.008 0.004 56 G 0.124 0.151 0.137 0.139 0.128 0.095 0.082 0.056 0.046 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 57 R 0.224 0.170 0.137 0.119 0.118 0.080 0.057 0.040 0.031 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 58 D 0.287 0.222 0.127 0.122 0.092 0.056 0.046 0.022 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 59 V 0.150 0.105 0.168 0.164 0.157 0.110 0.066 0.041 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 60 D 0.328 0.232 0.128 0.125 0.092 0.045 0.027 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 V 0.149 0.102 0.151 0.144 0.158 0.130 0.085 0.043 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 62 A 0.546 0.227 0.097 0.062 0.035 0.016 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 S 0.398 0.279 0.145 0.081 0.050 0.023 0.012 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.102 0.079 0.109 0.158 0.190 0.163 0.112 0.046 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.184 0.202 0.187 0.161 0.121 0.071 0.043 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.517 0.244 0.109 0.052 0.033 0.019 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.081 0.105 0.126 0.172 0.222 0.135 0.076 0.049 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 68 A 0.038 0.024 0.027 0.050 0.106 0.163 0.225 0.182 0.105 0.053 0.017 0.006 0.003 0.001 69 E 0.084 0.147 0.190 0.202 0.179 0.097 0.058 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 70 L 0.405 0.152 0.113 0.104 0.084 0.058 0.033 0.026 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 71 C 0.028 0.044 0.070 0.178 0.223 0.204 0.133 0.076 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 72 A 0.023 0.013 0.019 0.050 0.095 0.194 0.207 0.217 0.124 0.043 0.009 0.002 0.001 0.001 73 V 0.105 0.209 0.206 0.201 0.139 0.087 0.032 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.317 0.284 0.202 0.097 0.045 0.030 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.015 0.011 0.024 0.072 0.153 0.245 0.235 0.162 0.061 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 76 L 0.021 0.030 0.053 0.123 0.244 0.210 0.166 0.098 0.042 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 77 A 0.379 0.292 0.175 0.083 0.035 0.020 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.062 0.108 0.187 0.246 0.209 0.110 0.047 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 V 0.019 0.009 0.017 0.045 0.103 0.197 0.258 0.221 0.094 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 80 K 0.059 0.155 0.201 0.224 0.205 0.095 0.035 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.443 0.195 0.133 0.091 0.059 0.039 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.044 0.050 0.099 0.201 0.235 0.176 0.107 0.053 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 83 L 0.046 0.033 0.056 0.110 0.203 0.189 0.150 0.121 0.062 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 84 N 0.389 0.245 0.128 0.097 0.063 0.038 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.438 0.194 0.156 0.101 0.052 0.028 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 D 0.263 0.178 0.138 0.152 0.128 0.066 0.042 0.016 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.125 0.087 0.135 0.179 0.199 0.141 0.069 0.034 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 88 S 0.416 0.189 0.125 0.099 0.063 0.047 0.038 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.178 0.207 0.181 0.156 0.116 0.067 0.043 0.026 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 90 I 0.038 0.030 0.051 0.101 0.177 0.189 0.149 0.117 0.074 0.037 0.021 0.010 0.004 0.001 91 R 0.069 0.101 0.123 0.180 0.159 0.140 0.102 0.061 0.032 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 92 R 0.055 0.056 0.082 0.119 0.141 0.140 0.114 0.113 0.086 0.045 0.026 0.011 0.009 0.003 93 V 0.008 0.008 0.013 0.028 0.058 0.096 0.139 0.169 0.152 0.120 0.111 0.068 0.023 0.008 94 I 0.006 0.010 0.015 0.024 0.046 0.071 0.113 0.147 0.163 0.155 0.123 0.071 0.040 0.016 95 K 0.013 0.016 0.024 0.055 0.084 0.092 0.116 0.157 0.154 0.115 0.085 0.047 0.026 0.017 96 L 0.002 0.003 0.004 0.007 0.015 0.027 0.062 0.089 0.159 0.197 0.186 0.135 0.072 0.043 97 N 0.007 0.009 0.015 0.034 0.063 0.089 0.128 0.164 0.168 0.119 0.090 0.061 0.031 0.021 98 G 0.005 0.005 0.007 0.010 0.017 0.031 0.056 0.083 0.147 0.202 0.191 0.141 0.067 0.039 99 F 0.010 0.015 0.022 0.034 0.057 0.088 0.125 0.166 0.145 0.126 0.101 0.062 0.030 0.020 100 V 0.014 0.020 0.027 0.041 0.073 0.089 0.109 0.139 0.155 0.132 0.096 0.059 0.031 0.016 101 A 0.045 0.052 0.075 0.117 0.147 0.145 0.125 0.109 0.089 0.046 0.026 0.014 0.006 0.004 102 S 0.062 0.085 0.122 0.148 0.151 0.136 0.110 0.074 0.048 0.030 0.016 0.009 0.005 0.003 103 V 0.052 0.063 0.090 0.130 0.160 0.159 0.128 0.095 0.062 0.034 0.016 0.007 0.003 0.001 104 P 0.241 0.204 0.182 0.136 0.096 0.062 0.039 0.018 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 105 E 0.281 0.216 0.166 0.128 0.103 0.050 0.027 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 106 F 0.070 0.056 0.096 0.147 0.189 0.175 0.121 0.079 0.038 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 107 V 0.159 0.116 0.133 0.163 0.150 0.121 0.075 0.043 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 108 E 0.359 0.225 0.133 0.097 0.064 0.041 0.038 0.018 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 109 Q 0.091 0.071 0.084 0.139 0.178 0.150 0.098 0.080 0.056 0.027 0.014 0.008 0.004 0.001 110 H 0.109 0.097 0.118 0.130 0.150 0.131 0.111 0.067 0.040 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 111 L 0.173 0.113 0.119 0.135 0.124 0.101 0.071 0.066 0.047 0.026 0.013 0.005 0.004 0.001 112 V 0.059 0.038 0.053 0.086 0.128 0.153 0.138 0.130 0.095 0.056 0.035 0.019 0.008 0.003 113 I 0.048 0.046 0.066 0.109 0.159 0.168 0.147 0.112 0.068 0.041 0.021 0.009 0.004 0.002 114 N 0.282 0.196 0.149 0.112 0.083 0.062 0.047 0.029 0.021 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 115 G 0.154 0.190 0.172 0.165 0.119 0.080 0.052 0.030 0.020 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 116 A 0.043 0.035 0.056 0.101 0.166 0.193 0.166 0.118 0.066 0.033 0.013 0.006 0.003 0.001 117 S 0.102 0.132 0.155 0.167 0.161 0.126 0.073 0.043 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 118 N 0.323 0.251 0.144 0.096 0.066 0.043 0.031 0.020 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 119 L 0.049 0.033 0.061 0.104 0.151 0.169 0.153 0.119 0.076 0.036 0.023 0.017 0.007 0.002 120 I 0.043 0.034 0.051 0.094 0.141 0.168 0.167 0.137 0.079 0.046 0.023 0.010 0.004 0.002 121 A 0.092 0.079 0.091 0.101 0.129 0.128 0.120 0.107 0.064 0.044 0.025 0.012 0.006 0.003 122 T 0.204 0.185 0.150 0.142 0.109 0.070 0.048 0.039 0.027 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 123 V 0.054 0.038 0.066 0.110 0.164 0.165 0.131 0.105 0.076 0.042 0.026 0.016 0.006 0.002 124 L 0.068 0.059 0.090 0.142 0.180 0.183 0.122 0.082 0.041 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 125 G 0.237 0.172 0.165 0.136 0.107 0.076 0.054 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 126 E 0.329 0.252 0.148 0.116 0.075 0.035 0.022 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 127 P 0.282 0.209 0.153 0.135 0.092 0.062 0.036 0.014 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 128 G 0.146 0.159 0.183 0.160 0.129 0.100 0.070 0.029 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 129 R 0.103 0.132 0.131 0.159 0.149 0.120 0.083 0.062 0.034 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 130 H 0.030 0.038 0.062 0.115 0.174 0.176 0.135 0.121 0.076 0.037 0.019 0.009 0.005 0.002 131 A 0.011 0.009 0.015 0.026 0.049 0.096 0.141 0.166 0.167 0.141 0.097 0.047 0.024 0.011 132 R 0.019 0.021 0.030 0.055 0.086 0.101 0.123 0.151 0.150 0.110 0.076 0.043 0.023 0.012 133 A 0.011 0.009 0.012 0.019 0.028 0.047 0.074 0.097 0.142 0.175 0.161 0.134 0.057 0.034 134 A 0.007 0.007 0.008 0.013 0.023 0.048 0.093 0.125 0.156 0.177 0.163 0.098 0.051 0.032 135 V 0.012 0.014 0.021 0.033 0.059 0.084 0.129 0.156 0.168 0.116 0.090 0.065 0.035 0.017 136 G 0.040 0.047 0.070 0.111 0.146 0.131 0.126 0.117 0.093 0.054 0.032 0.018 0.008 0.006 137 M 0.015 0.018 0.034 0.067 0.110 0.146 0.173 0.160 0.111 0.077 0.048 0.026 0.010 0.006 138 A 0.035 0.047 0.074 0.115 0.143 0.183 0.140 0.122 0.074 0.038 0.017 0.007 0.003 0.002 139 S 0.123 0.165 0.183 0.148 0.134 0.093 0.067 0.039 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 140 L 0.071 0.071 0.113 0.170 0.193 0.154 0.090 0.065 0.038 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 141 P 0.107 0.088 0.118 0.142 0.169 0.140 0.115 0.059 0.032 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 142 F 0.087 0.081 0.113 0.137 0.173 0.141 0.099 0.079 0.043 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 143 N 0.138 0.160 0.132 0.156 0.150 0.100 0.074 0.044 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 144 A 0.017 0.015 0.030 0.060 0.111 0.146 0.158 0.159 0.126 0.083 0.050 0.029 0.011 0.004 145 S 0.014 0.020 0.035 0.090 0.160 0.169 0.161 0.148 0.087 0.053 0.036 0.014 0.007 0.004 146 V 0.003 0.004 0.005 0.009 0.021 0.038 0.074 0.120 0.167 0.199 0.183 0.110 0.048 0.020 147 E 0.002 0.004 0.006 0.021 0.046 0.067 0.094 0.153 0.195 0.152 0.137 0.074 0.028 0.020 148 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.028 0.044 0.115 0.209 0.244 0.184 0.105 0.055 149 D 0.002 0.003 0.004 0.009 0.025 0.040 0.071 0.122 0.176 0.175 0.149 0.114 0.068 0.043 150 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.027 0.050 0.110 0.215 0.245 0.192 0.097 0.047 151 I 0.002 0.003 0.005 0.014 0.032 0.049 0.085 0.172 0.191 0.166 0.136 0.081 0.034 0.029 152 V 0.003 0.007 0.010 0.014 0.027 0.042 0.075 0.108 0.148 0.181 0.162 0.127 0.065 0.031 153 E 0.012 0.020 0.050 0.101 0.165 0.149 0.149 0.154 0.104 0.049 0.026 0.013 0.005 0.003 154 I 0.019 0.026 0.040 0.081 0.134 0.137 0.161 0.141 0.116 0.077 0.039 0.017 0.008 0.004 155 D 0.167 0.142 0.151 0.149 0.132 0.102 0.078 0.038 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 156 V 0.193 0.148 0.167 0.157 0.129 0.090 0.053 0.028 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001