# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 910.806 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.016 0.764 0.003 0.008 0.052 0.001 0.001 0.013 0.087 0.009 0.035 0.011 2 S 0.001 0.013 0.476 0.005 0.040 0.230 0.001 0.001 0.012 0.077 0.107 0.006 0.032 3 D 0.001 0.013 0.165 0.004 0.069 0.527 0.001 0.001 0.006 0.067 0.129 0.010 0.009 4 V 0.001 0.007 0.137 0.003 0.058 0.696 0.001 0.001 0.007 0.037 0.024 0.010 0.019 5 I 0.002 0.006 0.067 0.002 0.048 0.799 0.001 0.001 0.005 0.014 0.031 0.005 0.021 6 E 0.001 0.003 0.030 0.004 0.060 0.835 0.001 0.001 0.002 0.010 0.042 0.005 0.006 7 G 0.002 0.002 0.027 0.002 0.046 0.812 0.001 0.001 0.001 0.021 0.071 0.004 0.010 8 R 0.003 0.003 0.054 0.004 0.039 0.775 0.001 0.001 0.001 0.022 0.080 0.006 0.013 9 L 0.005 0.003 0.073 0.004 0.033 0.758 0.001 0.001 0.002 0.024 0.063 0.009 0.022 10 K 0.006 0.004 0.107 0.012 0.043 0.660 0.001 0.001 0.003 0.034 0.095 0.018 0.017 11 E 0.013 0.005 0.096 0.015 0.070 0.554 0.002 0.001 0.008 0.045 0.133 0.021 0.037 12 L 0.024 0.006 0.168 0.022 0.053 0.360 0.004 0.003 0.024 0.098 0.145 0.038 0.055 13 G 0.039 0.012 0.253 0.021 0.043 0.173 0.010 0.006 0.052 0.100 0.156 0.052 0.082 14 F 0.045 0.024 0.328 0.008 0.022 0.075 0.014 0.011 0.133 0.081 0.044 0.104 0.110 15 T 0.017 0.034 0.490 0.009 0.012 0.044 0.008 0.009 0.089 0.117 0.034 0.047 0.090 16 L 0.003 0.017 0.654 0.005 0.015 0.032 0.002 0.003 0.041 0.137 0.031 0.027 0.033 17 P 0.001 0.012 0.421 0.007 0.083 0.074 0.001 0.001 0.020 0.155 0.200 0.007 0.018 18 V 0.001 0.014 0.312 0.004 0.205 0.070 0.001 0.001 0.011 0.161 0.204 0.007 0.009 19 A 0.001 0.019 0.386 0.002 0.181 0.073 0.001 0.001 0.014 0.161 0.141 0.009 0.012 20 A 0.001 0.038 0.413 0.002 0.137 0.074 0.001 0.001 0.009 0.150 0.153 0.005 0.017 21 A 0.001 0.025 0.506 0.003 0.086 0.065 0.001 0.001 0.006 0.216 0.075 0.009 0.007 22 P 0.001 0.024 0.310 0.004 0.232 0.092 0.001 0.001 0.006 0.117 0.191 0.005 0.017 23 A 0.002 0.024 0.279 0.004 0.238 0.088 0.001 0.001 0.008 0.092 0.241 0.007 0.016 24 A 0.002 0.013 0.429 0.008 0.138 0.080 0.001 0.001 0.010 0.174 0.113 0.015 0.017 25 N 0.003 0.019 0.341 0.006 0.073 0.090 0.001 0.001 0.013 0.182 0.218 0.023 0.031 26 Y 0.009 0.034 0.344 0.011 0.072 0.102 0.002 0.002 0.025 0.136 0.167 0.020 0.076 27 V 0.012 0.015 0.538 0.018 0.019 0.077 0.002 0.002 0.033 0.170 0.027 0.055 0.032 28 P 0.049 0.010 0.303 0.026 0.036 0.134 0.007 0.004 0.040 0.085 0.072 0.065 0.169 29 F 0.183 0.011 0.109 0.020 0.043 0.236 0.028 0.010 0.029 0.028 0.057 0.076 0.168 30 T 0.328 0.009 0.052 0.012 0.043 0.187 0.058 0.021 0.025 0.011 0.015 0.111 0.129 31 I 0.312 0.009 0.063 0.012 0.027 0.109 0.031 0.023 0.033 0.013 0.030 0.121 0.217 32 S 0.073 0.005 0.145 0.082 0.027 0.035 0.011 0.004 0.020 0.066 0.297 0.085 0.149 33 G 0.005 0.001 0.055 0.033 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.227 0.642 0.017 0.010 34 N 0.029 0.003 0.177 0.039 0.007 0.003 0.002 0.001 0.007 0.462 0.173 0.053 0.044 35 L 0.294 0.005 0.074 0.008 0.004 0.004 0.036 0.013 0.032 0.054 0.022 0.099 0.354 36 L 0.470 0.003 0.018 0.012 0.001 0.002 0.126 0.081 0.031 0.006 0.002 0.104 0.143 37 Y 0.495 0.003 0.007 0.018 0.001 0.002 0.212 0.082 0.035 0.002 0.001 0.078 0.064 38 V 0.493 0.003 0.024 0.046 0.002 0.002 0.090 0.066 0.049 0.005 0.003 0.116 0.102 39 S 0.294 0.002 0.085 0.128 0.007 0.005 0.066 0.017 0.059 0.029 0.025 0.093 0.189 40 G 0.137 0.006 0.144 0.020 0.009 0.004 0.047 0.015 0.102 0.090 0.108 0.204 0.114 41 Q 0.172 0.037 0.303 0.007 0.011 0.004 0.020 0.007 0.042 0.058 0.021 0.073 0.244 42 L 0.043 0.016 0.437 0.005 0.004 0.002 0.004 0.002 0.039 0.076 0.007 0.275 0.089 43 P 0.013 0.045 0.442 0.007 0.017 0.011 0.002 0.001 0.018 0.122 0.102 0.027 0.192 44 M 0.007 0.094 0.399 0.009 0.034 0.012 0.002 0.002 0.007 0.173 0.209 0.024 0.028 45 E 0.003 0.016 0.607 0.005 0.032 0.011 0.001 0.001 0.007 0.153 0.069 0.039 0.057 46 S 0.001 0.003 0.033 0.002 0.046 0.021 0.001 0.001 0.001 0.070 0.817 0.002 0.008 47 G 0.001 0.006 0.067 0.008 0.038 0.013 0.001 0.001 0.001 0.178 0.678 0.009 0.002 48 K 0.019 0.040 0.414 0.013 0.062 0.034 0.003 0.002 0.008 0.191 0.069 0.051 0.094 49 I 0.074 0.065 0.227 0.008 0.029 0.047 0.012 0.005 0.020 0.046 0.030 0.055 0.382 50 A 0.116 0.069 0.180 0.079 0.040 0.061 0.024 0.009 0.031 0.030 0.037 0.212 0.112 51 V 0.082 0.017 0.113 0.078 0.033 0.038 0.017 0.008 0.055 0.029 0.051 0.168 0.311 52 T 0.032 0.011 0.123 0.128 0.052 0.051 0.011 0.003 0.021 0.074 0.274 0.068 0.152 53 G 0.011 0.005 0.160 0.041 0.017 0.014 0.003 0.003 0.011 0.301 0.271 0.119 0.043 54 L 0.039 0.026 0.290 0.012 0.014 0.018 0.006 0.003 0.039 0.097 0.021 0.239 0.196 55 V 0.020 0.057 0.277 0.006 0.016 0.029 0.015 0.017 0.069 0.075 0.044 0.039 0.335 56 G 0.009 0.027 0.517 0.045 0.028 0.038 0.007 0.010 0.038 0.102 0.044 0.102 0.033 57 R 0.007 0.018 0.347 0.015 0.039 0.050 0.003 0.002 0.027 0.209 0.178 0.032 0.072 58 D 0.005 0.038 0.411 0.009 0.056 0.035 0.002 0.001 0.013 0.170 0.197 0.019 0.044 59 V 0.003 0.044 0.504 0.004 0.030 0.031 0.002 0.002 0.020 0.242 0.058 0.032 0.028 60 D 0.001 0.015 0.791 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 0.007 0.113 0.012 0.005 0.029 61 V 0.001 0.002 0.029 0.001 0.040 0.838 0.001 0.001 0.001 0.022 0.066 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.026 0.859 0.001 0.001 0.001 0.010 0.092 0.001 0.001 63 S 0.001 0.001 0.029 0.001 0.018 0.934 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 71 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 74 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.030 0.001 0.018 0.727 0.001 0.001 0.001 0.033 0.191 0.001 0.001 84 N 0.001 0.001 0.026 0.001 0.017 0.071 0.001 0.001 0.001 0.037 0.848 0.001 0.001 85 G 0.001 0.002 0.159 0.001 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.239 0.575 0.001 0.001 86 D 0.001 0.007 0.652 0.001 0.050 0.019 0.001 0.001 0.005 0.186 0.078 0.001 0.002 87 L 0.001 0.017 0.101 0.001 0.289 0.278 0.001 0.001 0.008 0.098 0.203 0.001 0.004 88 S 0.001 0.022 0.137 0.005 0.300 0.220 0.001 0.001 0.008 0.116 0.178 0.006 0.005 89 K 0.002 0.030 0.240 0.006 0.222 0.255 0.001 0.002 0.013 0.091 0.101 0.008 0.028 90 I 0.003 0.017 0.122 0.010 0.181 0.503 0.002 0.002 0.017 0.054 0.056 0.012 0.022 91 R 0.004 0.006 0.067 0.032 0.281 0.365 0.001 0.001 0.008 0.050 0.163 0.009 0.013 92 R 0.024 0.007 0.058 0.048 0.207 0.247 0.003 0.003 0.016 0.092 0.210 0.037 0.049 93 V 0.132 0.005 0.066 0.028 0.037 0.152 0.020 0.014 0.057 0.061 0.050 0.035 0.343 94 I 0.259 0.004 0.073 0.140 0.009 0.052 0.043 0.035 0.073 0.039 0.024 0.170 0.077 95 K 0.349 0.003 0.031 0.088 0.004 0.027 0.099 0.062 0.113 0.015 0.015 0.075 0.120 96 L 0.365 0.001 0.012 0.029 0.002 0.026 0.118 0.158 0.144 0.010 0.005 0.051 0.079 97 N 0.266 0.001 0.019 0.098 0.001 0.020 0.104 0.267 0.109 0.012 0.005 0.062 0.036 98 G 0.261 0.001 0.006 0.007 0.001 0.005 0.179 0.268 0.164 0.002 0.001 0.049 0.057 99 F 0.327 0.001 0.009 0.030 0.003 0.010 0.194 0.201 0.133 0.005 0.006 0.030 0.051 100 V 0.285 0.011 0.071 0.012 0.013 0.014 0.078 0.071 0.176 0.034 0.024 0.097 0.113 101 A 0.046 0.026 0.251 0.008 0.006 0.006 0.020 0.016 0.155 0.176 0.048 0.138 0.103 102 S 0.003 0.022 0.601 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.016 0.241 0.026 0.008 0.071 103 V 0.001 0.007 0.410 0.003 0.052 0.110 0.001 0.001 0.002 0.265 0.145 0.003 0.003 104 P 0.001 0.002 0.024 0.001 0.410 0.270 0.001 0.001 0.001 0.029 0.260 0.001 0.001 105 E 0.001 0.006 0.050 0.001 0.349 0.355 0.001 0.001 0.001 0.054 0.179 0.001 0.003 106 F 0.001 0.006 0.102 0.001 0.142 0.673 0.001 0.001 0.001 0.033 0.036 0.001 0.004 107 V 0.001 0.007 0.044 0.002 0.103 0.744 0.001 0.001 0.001 0.018 0.074 0.003 0.003 108 E 0.002 0.007 0.026 0.003 0.127 0.747 0.001 0.001 0.002 0.013 0.060 0.003 0.009 109 Q 0.004 0.004 0.036 0.005 0.105 0.763 0.001 0.001 0.005 0.025 0.036 0.004 0.012 110 H 0.007 0.003 0.068 0.010 0.093 0.665 0.001 0.001 0.005 0.027 0.096 0.009 0.015 111 L 0.009 0.003 0.038 0.003 0.061 0.682 0.002 0.002 0.010 0.019 0.146 0.013 0.012 112 V 0.006 0.009 0.048 0.002 0.037 0.709 0.003 0.003 0.014 0.035 0.113 0.004 0.016 113 I 0.004 0.011 0.166 0.003 0.032 0.592 0.001 0.002 0.014 0.083 0.067 0.015 0.008 114 N 0.001 0.006 0.179 0.002 0.030 0.469 0.001 0.001 0.007 0.131 0.157 0.004 0.013 115 G 0.001 0.004 0.065 0.001 0.043 0.370 0.001 0.001 0.002 0.090 0.421 0.002 0.002 116 A 0.001 0.006 0.144 0.001 0.080 0.564 0.001 0.001 0.004 0.063 0.132 0.002 0.004 117 S 0.001 0.003 0.044 0.001 0.086 0.778 0.001 0.001 0.002 0.038 0.045 0.001 0.002 118 N 0.001 0.002 0.025 0.001 0.042 0.860 0.001 0.001 0.001 0.025 0.041 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.038 0.916 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.001 0.002 120 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.036 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.002 121 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.056 0.920 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 122 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 0.913 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 123 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.027 0.873 0.001 0.001 0.001 0.005 0.084 0.001 0.001 124 L 0.001 0.003 0.072 0.001 0.021 0.617 0.001 0.001 0.001 0.045 0.235 0.003 0.002 125 G 0.001 0.008 0.231 0.001 0.028 0.123 0.001 0.001 0.002 0.169 0.428 0.002 0.007 126 E 0.001 0.004 0.644 0.001 0.011 0.021 0.001 0.001 0.003 0.226 0.086 0.004 0.002 127 P 0.001 0.004 0.274 0.001 0.045 0.029 0.001 0.001 0.004 0.151 0.490 0.001 0.003 128 G 0.001 0.009 0.242 0.001 0.022 0.014 0.001 0.001 0.004 0.247 0.457 0.002 0.001 129 R 0.001 0.019 0.711 0.001 0.013 0.021 0.001 0.001 0.012 0.188 0.024 0.004 0.005 130 H 0.001 0.041 0.624 0.005 0.020 0.076 0.001 0.001 0.031 0.125 0.041 0.008 0.026 131 A 0.005 0.028 0.300 0.015 0.060 0.305 0.003 0.004 0.046 0.103 0.062 0.019 0.050 132 R 0.023 0.013 0.173 0.052 0.104 0.337 0.008 0.011 0.044 0.065 0.057 0.035 0.079 133 A 0.096 0.006 0.069 0.027 0.085 0.415 0.021 0.018 0.047 0.034 0.025 0.069 0.086 134 A 0.131 0.003 0.038 0.031 0.042 0.489 0.028 0.029 0.051 0.016 0.020 0.035 0.088 135 V 0.246 0.004 0.030 0.033 0.033 0.406 0.035 0.019 0.030 0.015 0.025 0.055 0.071 136 G 0.200 0.004 0.067 0.023 0.040 0.394 0.020 0.012 0.026 0.016 0.034 0.071 0.092 137 M 0.133 0.004 0.063 0.016 0.099 0.440 0.010 0.003 0.013 0.024 0.062 0.031 0.101 138 A 0.057 0.006 0.119 0.014 0.088 0.263 0.005 0.001 0.012 0.065 0.241 0.098 0.032 139 S 0.015 0.015 0.107 0.006 0.147 0.126 0.002 0.001 0.005 0.093 0.390 0.011 0.080 140 L 0.003 0.019 0.377 0.003 0.012 0.014 0.001 0.001 0.004 0.418 0.088 0.046 0.016 141 P 0.001 0.004 0.810 0.003 0.014 0.004 0.001 0.001 0.002 0.109 0.033 0.005 0.014 142 F 0.001 0.002 0.077 0.009 0.193 0.009 0.001 0.001 0.002 0.077 0.622 0.004 0.003 143 N 0.001 0.003 0.102 0.010 0.035 0.001 0.001 0.001 0.005 0.127 0.707 0.003 0.006 144 A 0.012 0.010 0.570 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.049 0.146 0.004 0.141 0.049 145 S 0.067 0.004 0.074 0.008 0.001 0.001 0.028 0.012 0.165 0.014 0.002 0.043 0.583 146 V 0.426 0.001 0.007 0.054 0.001 0.001 0.077 0.058 0.064 0.006 0.001 0.195 0.111 147 E 0.618 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 0.126 0.034 0.031 0.001 0.001 0.032 0.121 148 I 0.673 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.112 0.021 0.017 0.001 0.001 0.096 0.076 149 D 0.762 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.082 0.007 0.009 0.001 0.001 0.052 0.073 150 A 0.796 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.141 0.029 151 I 0.862 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.067 152 V 0.793 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.028 153 E 0.751 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.213 154 I 0.246 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.624 0.080 155 D 0.038 0.005 0.318 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.029 0.019 0.045 0.532 156 V 0.007 0.014 0.787 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 0.004 0.095 0.033