# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 910.806 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.281 0.003 0.015 0.014 0.016 0.074 0.011 0.001 0.057 0.409 2 S 0.036 0.408 0.002 0.017 0.011 0.015 0.073 0.005 0.001 0.039 0.394 3 D 0.025 0.526 0.003 0.020 0.011 0.026 0.054 0.003 0.001 0.065 0.266 4 V 0.032 0.669 0.006 0.009 0.020 0.012 0.034 0.006 0.001 0.054 0.158 5 I 0.074 0.816 0.002 0.004 0.004 0.004 0.013 0.011 0.001 0.015 0.057 6 E 0.056 0.795 0.003 0.003 0.004 0.005 0.015 0.006 0.001 0.026 0.087 7 G 0.038 0.730 0.011 0.006 0.007 0.009 0.019 0.005 0.001 0.023 0.152 8 R 0.139 0.631 0.010 0.007 0.006 0.010 0.029 0.018 0.003 0.032 0.117 9 L 0.164 0.149 0.104 0.015 0.017 0.015 0.066 0.025 0.035 0.114 0.295 10 K 0.345 0.051 0.005 0.017 0.012 0.021 0.066 0.010 0.002 0.039 0.433 11 E 0.042 0.013 0.002 0.021 0.007 0.021 0.078 0.004 0.001 0.046 0.764 12 L 0.029 0.005 0.003 0.055 0.036 0.048 0.131 0.002 0.001 0.044 0.645 13 G 0.021 0.003 0.001 0.032 0.022 0.043 0.088 0.001 0.001 0.065 0.724 14 F 0.003 0.002 0.001 0.047 0.057 0.042 0.107 0.001 0.001 0.022 0.717 15 T 0.036 0.022 0.001 0.153 0.030 0.047 0.104 0.004 0.001 0.044 0.556 16 L 0.233 0.023 0.003 0.029 0.014 0.016 0.094 0.017 0.002 0.092 0.476 17 P 0.107 0.015 0.001 0.036 0.006 0.012 0.105 0.006 0.001 0.037 0.673 18 V 0.075 0.011 0.001 0.020 0.010 0.020 0.117 0.002 0.001 0.052 0.692 19 A 0.021 0.015 0.001 0.026 0.018 0.019 0.137 0.002 0.001 0.038 0.723 20 A 0.137 0.065 0.002 0.019 0.015 0.019 0.110 0.013 0.001 0.049 0.568 21 A 0.198 0.037 0.006 0.014 0.021 0.017 0.118 0.010 0.003 0.066 0.509 22 P 0.124 0.024 0.005 0.022 0.014 0.029 0.110 0.007 0.002 0.045 0.617 23 A 0.190 0.014 0.002 0.021 0.014 0.027 0.101 0.007 0.001 0.041 0.582 24 A 0.109 0.013 0.003 0.040 0.025 0.035 0.147 0.003 0.001 0.065 0.559 25 N 0.015 0.021 0.001 0.053 0.025 0.064 0.151 0.003 0.001 0.055 0.611 26 Y 0.023 0.028 0.001 0.022 0.035 0.053 0.133 0.007 0.001 0.071 0.626 27 V 0.052 0.072 0.003 0.039 0.104 0.087 0.142 0.009 0.001 0.096 0.396 28 P 0.034 0.025 0.002 0.042 0.069 0.155 0.124 0.005 0.001 0.254 0.291 29 F 0.019 0.019 0.003 0.058 0.084 0.257 0.116 0.004 0.002 0.146 0.293 30 T 0.029 0.011 0.006 0.080 0.187 0.310 0.081 0.003 0.004 0.082 0.208 31 I 0.050 0.013 0.005 0.070 0.119 0.229 0.081 0.003 0.002 0.074 0.355 32 S 0.055 0.012 0.003 0.064 0.059 0.124 0.118 0.007 0.001 0.095 0.461 33 G 0.013 0.007 0.002 0.050 0.046 0.106 0.150 0.002 0.001 0.055 0.569 34 N 0.004 0.007 0.001 0.135 0.118 0.315 0.075 0.001 0.001 0.066 0.277 35 L 0.004 0.002 0.001 0.144 0.208 0.342 0.039 0.001 0.001 0.067 0.191 36 L 0.001 0.001 0.001 0.309 0.286 0.271 0.019 0.001 0.001 0.038 0.073 37 Y 0.005 0.002 0.001 0.284 0.218 0.297 0.026 0.001 0.001 0.058 0.107 38 V 0.018 0.003 0.001 0.300 0.145 0.252 0.046 0.003 0.001 0.075 0.157 39 S 0.029 0.004 0.001 0.170 0.103 0.205 0.096 0.003 0.001 0.091 0.299 40 G 0.012 0.005 0.001 0.121 0.089 0.245 0.101 0.002 0.001 0.039 0.385 41 Q 0.021 0.011 0.001 0.069 0.086 0.177 0.112 0.005 0.001 0.057 0.459 42 L 0.051 0.007 0.002 0.077 0.123 0.130 0.112 0.004 0.001 0.072 0.422 43 P 0.038 0.011 0.007 0.044 0.044 0.109 0.147 0.004 0.005 0.095 0.498 44 M 0.057 0.011 0.001 0.024 0.014 0.030 0.117 0.003 0.001 0.021 0.720 45 E 0.713 0.026 0.001 0.006 0.007 0.009 0.030 0.011 0.001 0.029 0.167 46 S 0.049 0.026 0.001 0.007 0.005 0.011 0.093 0.005 0.001 0.021 0.782 47 G 0.021 0.046 0.001 0.013 0.027 0.057 0.095 0.003 0.001 0.040 0.697 48 K 0.026 0.012 0.002 0.032 0.176 0.206 0.086 0.002 0.001 0.136 0.323 49 I 0.008 0.009 0.004 0.065 0.116 0.166 0.129 0.002 0.001 0.133 0.367 50 A 0.049 0.010 0.002 0.045 0.118 0.156 0.067 0.005 0.001 0.082 0.466 51 V 0.045 0.010 0.002 0.044 0.123 0.180 0.082 0.003 0.001 0.077 0.433 52 T 0.010 0.010 0.001 0.058 0.065 0.165 0.092 0.003 0.001 0.061 0.534 53 G 0.009 0.007 0.001 0.063 0.160 0.267 0.067 0.001 0.001 0.055 0.369 54 L 0.009 0.005 0.003 0.058 0.246 0.165 0.063 0.002 0.002 0.065 0.382 55 V 0.061 0.008 0.002 0.082 0.104 0.111 0.097 0.005 0.001 0.045 0.484 56 G 0.274 0.011 0.003 0.032 0.029 0.041 0.091 0.010 0.001 0.078 0.430 57 R 0.021 0.006 0.001 0.024 0.009 0.024 0.111 0.001 0.001 0.019 0.784 58 D 0.020 0.017 0.001 0.018 0.010 0.023 0.119 0.001 0.001 0.024 0.767 59 V 0.012 0.036 0.002 0.050 0.064 0.027 0.172 0.002 0.001 0.059 0.575 60 D 0.104 0.664 0.001 0.007 0.004 0.004 0.027 0.010 0.001 0.065 0.114 61 V 0.074 0.814 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 0.006 0.001 0.025 0.061 62 A 0.007 0.762 0.001 0.004 0.002 0.003 0.020 0.001 0.001 0.080 0.120 63 S 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.012 64 A 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 65 Q 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 66 R 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 67 A 0.003 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.004 68 A 0.003 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.032 0.006 69 E 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.012 70 L 0.004 0.242 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.701 0.033 71 C 0.005 0.923 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.042 0.006 72 A 0.013 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 73 V 0.003 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.027 74 N 0.002 0.854 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.103 0.030 75 I 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.017 0.002 76 L 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 77 A 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 78 Q 0.036 0.841 0.039 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.006 0.024 0.019 79 V 0.194 0.340 0.130 0.005 0.001 0.003 0.032 0.052 0.063 0.107 0.073 80 K 0.329 0.051 0.011 0.003 0.002 0.002 0.047 0.006 0.010 0.046 0.492 81 A 0.044 0.016 0.004 0.009 0.001 0.003 0.085 0.002 0.001 0.012 0.823 82 A 0.062 0.012 0.003 0.009 0.002 0.004 0.118 0.004 0.001 0.026 0.760 83 L 0.192 0.012 0.002 0.003 0.004 0.003 0.083 0.003 0.001 0.022 0.675 84 N 0.008 0.008 0.001 0.006 0.001 0.002 0.092 0.001 0.001 0.014 0.867 85 G 0.018 0.044 0.002 0.029 0.004 0.006 0.128 0.003 0.001 0.048 0.717 86 D 0.315 0.300 0.003 0.015 0.008 0.006 0.044 0.026 0.001 0.070 0.212 87 L 0.210 0.292 0.001 0.015 0.002 0.003 0.048 0.011 0.001 0.049 0.370 88 S 0.037 0.295 0.007 0.027 0.009 0.012 0.060 0.002 0.001 0.144 0.406 89 K 0.039 0.597 0.003 0.010 0.008 0.012 0.042 0.004 0.001 0.094 0.189 90 I 0.056 0.619 0.004 0.007 0.009 0.010 0.058 0.022 0.001 0.059 0.155 91 R 0.036 0.435 0.007 0.026 0.033 0.029 0.078 0.004 0.002 0.074 0.276 92 R 0.040 0.316 0.004 0.078 0.020 0.145 0.071 0.003 0.001 0.137 0.185 93 V 0.033 0.098 0.011 0.099 0.047 0.081 0.150 0.009 0.003 0.244 0.225 94 I 0.019 0.033 0.013 0.345 0.081 0.167 0.076 0.003 0.003 0.129 0.132 95 K 0.015 0.034 0.003 0.168 0.071 0.144 0.070 0.002 0.001 0.140 0.350 96 L 0.011 0.024 0.003 0.244 0.074 0.120 0.092 0.004 0.001 0.104 0.323 97 N 0.014 0.022 0.002 0.332 0.099 0.197 0.065 0.005 0.001 0.074 0.187 98 G 0.017 0.012 0.004 0.186 0.099 0.255 0.062 0.004 0.003 0.087 0.271 99 F 0.038 0.004 0.001 0.368 0.079 0.129 0.066 0.002 0.001 0.054 0.259 100 V 0.034 0.003 0.001 0.189 0.060 0.132 0.136 0.001 0.001 0.028 0.414 101 A 0.002 0.007 0.001 0.165 0.032 0.076 0.134 0.001 0.001 0.006 0.577 102 S 0.182 0.463 0.002 0.009 0.008 0.012 0.038 0.022 0.001 0.025 0.238 103 V 0.281 0.543 0.001 0.002 0.003 0.003 0.020 0.038 0.001 0.022 0.087 104 P 0.062 0.588 0.006 0.004 0.006 0.007 0.026 0.004 0.001 0.044 0.251 105 E 0.081 0.598 0.005 0.007 0.009 0.018 0.029 0.005 0.001 0.053 0.194 106 F 0.095 0.346 0.014 0.010 0.012 0.022 0.070 0.021 0.003 0.222 0.185 107 V 0.071 0.428 0.016 0.019 0.033 0.040 0.052 0.011 0.006 0.125 0.199 108 E 0.073 0.366 0.004 0.022 0.019 0.048 0.056 0.006 0.001 0.062 0.344 109 Q 0.042 0.274 0.006 0.051 0.033 0.084 0.098 0.013 0.001 0.077 0.322 110 H 0.021 0.144 0.005 0.249 0.039 0.125 0.088 0.005 0.002 0.126 0.197 111 L 0.025 0.169 0.012 0.091 0.067 0.079 0.077 0.005 0.003 0.184 0.288 112 V 0.077 0.276 0.004 0.060 0.034 0.031 0.069 0.012 0.001 0.081 0.355 113 I 0.071 0.057 0.002 0.018 0.008 0.012 0.044 0.004 0.001 0.620 0.163 114 N 0.012 0.157 0.003 0.018 0.004 0.011 0.100 0.002 0.001 0.378 0.315 115 G 0.044 0.671 0.002 0.007 0.003 0.003 0.036 0.010 0.001 0.048 0.175 116 A 0.047 0.782 0.004 0.003 0.004 0.002 0.014 0.017 0.001 0.031 0.094 117 S 0.038 0.712 0.002 0.006 0.002 0.004 0.024 0.005 0.001 0.072 0.136 118 N 0.006 0.043 0.002 0.002 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.904 0.027 119 L 0.026 0.449 0.015 0.006 0.008 0.006 0.055 0.011 0.002 0.296 0.127 120 I 0.161 0.609 0.010 0.004 0.004 0.005 0.024 0.054 0.002 0.024 0.102 121 A 0.089 0.215 0.017 0.010 0.009 0.019 0.068 0.012 0.009 0.102 0.449 122 T 0.134 0.076 0.011 0.013 0.018 0.031 0.118 0.010 0.003 0.087 0.499 123 V 0.116 0.012 0.006 0.016 0.010 0.019 0.133 0.007 0.002 0.111 0.568 124 L 0.023 0.005 0.007 0.020 0.013 0.023 0.202 0.002 0.003 0.067 0.635 125 G 0.036 0.005 0.001 0.009 0.006 0.011 0.114 0.001 0.001 0.019 0.798 126 E 0.246 0.004 0.001 0.005 0.006 0.006 0.113 0.003 0.001 0.044 0.570 127 P 0.016 0.004 0.001 0.008 0.004 0.007 0.129 0.001 0.001 0.015 0.815 128 G 0.037 0.016 0.001 0.009 0.004 0.010 0.123 0.002 0.001 0.023 0.774 129 R 0.063 0.035 0.002 0.037 0.047 0.035 0.165 0.004 0.001 0.068 0.544 130 H 0.024 0.057 0.002 0.059 0.025 0.056 0.147 0.003 0.001 0.078 0.549 131 A 0.020 0.061 0.001 0.115 0.074 0.157 0.107 0.004 0.001 0.070 0.390 132 R 0.011 0.055 0.002 0.164 0.117 0.208 0.083 0.002 0.001 0.109 0.248 133 A 0.007 0.049 0.001 0.202 0.151 0.343 0.039 0.002 0.001 0.076 0.130 134 A 0.015 0.044 0.002 0.192 0.183 0.305 0.044 0.004 0.001 0.067 0.145 135 V 0.012 0.017 0.005 0.210 0.199 0.333 0.032 0.003 0.003 0.067 0.120 136 G 0.042 0.015 0.005 0.129 0.199 0.333 0.042 0.004 0.002 0.073 0.156 137 M 0.144 0.007 0.002 0.062 0.069 0.123 0.092 0.009 0.001 0.100 0.390 138 A 0.017 0.002 0.001 0.093 0.105 0.176 0.115 0.001 0.001 0.048 0.441 139 S 0.006 0.002 0.001 0.020 0.017 0.065 0.099 0.001 0.001 0.031 0.757 140 L 0.048 0.003 0.001 0.017 0.063 0.047 0.115 0.003 0.001 0.046 0.656 141 P 0.638 0.002 0.001 0.006 0.009 0.008 0.045 0.004 0.001 0.050 0.238 142 F 0.021 0.002 0.001 0.011 0.010 0.035 0.111 0.001 0.001 0.016 0.793 143 N 0.007 0.001 0.001 0.007 0.008 0.029 0.089 0.001 0.001 0.014 0.845 144 A 0.002 0.001 0.001 0.020 0.484 0.268 0.045 0.001 0.001 0.017 0.162 145 S 0.002 0.001 0.001 0.054 0.096 0.290 0.057 0.001 0.001 0.051 0.447 146 V 0.001 0.001 0.001 0.019 0.528 0.398 0.006 0.001 0.001 0.007 0.042 147 E 0.001 0.001 0.001 0.118 0.259 0.486 0.011 0.001 0.001 0.041 0.083 148 I 0.001 0.001 0.001 0.038 0.509 0.421 0.002 0.001 0.001 0.010 0.019 149 D 0.001 0.001 0.001 0.087 0.420 0.372 0.006 0.001 0.001 0.044 0.069 150 A 0.001 0.001 0.001 0.043 0.436 0.498 0.002 0.001 0.001 0.007 0.013 151 I 0.002 0.001 0.001 0.089 0.450 0.333 0.008 0.001 0.001 0.039 0.077 152 V 0.001 0.001 0.001 0.071 0.522 0.333 0.008 0.001 0.001 0.016 0.047 153 E 0.007 0.001 0.001 0.113 0.235 0.316 0.037 0.001 0.001 0.065 0.224 154 I 0.017 0.002 0.001 0.077 0.182 0.173 0.077 0.002 0.001 0.044 0.424 155 D 0.040 0.004 0.001 0.050 0.044 0.062 0.102 0.003 0.001 0.050 0.644 156 V 0.034 0.005 0.001 0.024 0.021 0.033 0.109 0.002 0.001 0.043 0.727