# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 910.806 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.207 0.091 0.035 0.087 0.087 0.098 0.136 0.104 0.074 0.049 0.031 2 S 0.350 0.249 0.068 0.128 0.090 0.041 0.032 0.018 0.013 0.008 0.004 3 D 0.404 0.180 0.067 0.120 0.085 0.046 0.048 0.024 0.014 0.008 0.004 4 V 0.227 0.125 0.063 0.133 0.125 0.089 0.095 0.061 0.041 0.029 0.012 5 I 0.038 0.076 0.052 0.105 0.093 0.131 0.199 0.113 0.098 0.064 0.030 6 E 0.041 0.071 0.077 0.177 0.164 0.168 0.163 0.076 0.037 0.019 0.007 7 G 0.414 0.092 0.162 0.118 0.062 0.052 0.047 0.022 0.015 0.011 0.004 8 R 0.051 0.073 0.092 0.246 0.210 0.145 0.107 0.036 0.023 0.012 0.006 9 L 0.004 0.006 0.013 0.014 0.016 0.032 0.094 0.142 0.218 0.219 0.242 10 K 0.030 0.047 0.186 0.270 0.239 0.105 0.074 0.025 0.013 0.009 0.003 11 E 0.078 0.097 0.390 0.204 0.105 0.055 0.036 0.015 0.011 0.007 0.003 12 L 0.032 0.029 0.040 0.085 0.100 0.164 0.238 0.122 0.098 0.059 0.033 13 G 0.140 0.096 0.066 0.115 0.090 0.096 0.149 0.078 0.081 0.054 0.034 14 F 0.023 0.029 0.057 0.070 0.077 0.092 0.148 0.136 0.154 0.125 0.089 15 T 0.122 0.171 0.141 0.179 0.119 0.081 0.084 0.040 0.031 0.021 0.011 16 L 0.020 0.019 0.016 0.037 0.041 0.065 0.141 0.172 0.175 0.164 0.149 17 P 0.341 0.197 0.059 0.144 0.090 0.057 0.043 0.025 0.019 0.014 0.009 18 V 0.255 0.150 0.062 0.145 0.112 0.079 0.076 0.043 0.034 0.026 0.017 19 A 0.133 0.085 0.042 0.114 0.105 0.101 0.121 0.094 0.088 0.065 0.053 20 A 0.120 0.082 0.045 0.108 0.099 0.098 0.140 0.095 0.089 0.068 0.057 21 A 0.134 0.139 0.081 0.171 0.127 0.101 0.095 0.057 0.045 0.030 0.019 22 P 0.261 0.114 0.057 0.134 0.099 0.096 0.098 0.051 0.044 0.028 0.018 23 A 0.144 0.080 0.038 0.133 0.122 0.111 0.125 0.079 0.074 0.052 0.041 24 A 0.066 0.039 0.020 0.052 0.057 0.087 0.145 0.127 0.155 0.128 0.126 25 N 0.079 0.092 0.055 0.156 0.143 0.126 0.130 0.072 0.068 0.049 0.031 26 Y 0.028 0.019 0.021 0.038 0.043 0.052 0.111 0.149 0.180 0.174 0.186 27 V 0.022 0.024 0.020 0.066 0.076 0.100 0.156 0.142 0.150 0.140 0.103 28 P 0.032 0.042 0.034 0.110 0.104 0.118 0.163 0.132 0.121 0.081 0.064 29 F 0.011 0.011 0.015 0.034 0.040 0.060 0.127 0.141 0.197 0.183 0.181 30 T 0.019 0.017 0.023 0.051 0.048 0.086 0.153 0.122 0.175 0.156 0.149 31 I 0.019 0.031 0.035 0.102 0.102 0.126 0.167 0.136 0.117 0.087 0.078 32 S 0.018 0.022 0.026 0.051 0.057 0.070 0.127 0.137 0.158 0.154 0.182 33 G 0.068 0.070 0.046 0.136 0.145 0.115 0.144 0.086 0.081 0.061 0.049 34 N 0.053 0.073 0.042 0.148 0.158 0.139 0.164 0.095 0.073 0.035 0.021 35 L 0.006 0.009 0.012 0.026 0.036 0.057 0.131 0.165 0.227 0.168 0.162 36 L 0.001 0.002 0.004 0.005 0.008 0.015 0.062 0.113 0.231 0.243 0.316 37 Y 0.002 0.004 0.007 0.011 0.019 0.033 0.110 0.173 0.243 0.200 0.196 38 V 0.001 0.002 0.004 0.005 0.009 0.014 0.061 0.122 0.225 0.255 0.304 39 S 0.002 0.002 0.004 0.008 0.013 0.018 0.070 0.119 0.219 0.262 0.282 40 G 0.005 0.006 0.006 0.023 0.043 0.056 0.136 0.200 0.210 0.167 0.148 41 Q 0.006 0.012 0.013 0.056 0.094 0.094 0.163 0.197 0.169 0.116 0.079 42 L 0.007 0.010 0.011 0.027 0.035 0.056 0.123 0.148 0.216 0.203 0.165 43 P 0.020 0.022 0.022 0.067 0.078 0.097 0.164 0.137 0.148 0.132 0.113 44 M 0.021 0.023 0.024 0.068 0.083 0.129 0.157 0.146 0.134 0.120 0.095 45 E 0.115 0.169 0.066 0.152 0.139 0.094 0.091 0.057 0.047 0.040 0.030 46 S 0.309 0.227 0.044 0.121 0.103 0.049 0.052 0.036 0.024 0.020 0.015 47 G 0.528 0.121 0.026 0.080 0.066 0.048 0.047 0.032 0.023 0.017 0.013 48 K 0.204 0.212 0.063 0.218 0.137 0.067 0.045 0.021 0.017 0.010 0.005 49 I 0.052 0.036 0.024 0.067 0.067 0.090 0.178 0.153 0.144 0.102 0.086 50 A 0.066 0.079 0.045 0.170 0.160 0.134 0.142 0.078 0.062 0.041 0.023 51 V 0.032 0.047 0.042 0.083 0.065 0.100 0.142 0.125 0.150 0.113 0.102 52 T 0.098 0.107 0.059 0.174 0.153 0.109 0.122 0.064 0.052 0.039 0.024 53 G 0.194 0.072 0.033 0.083 0.073 0.090 0.129 0.096 0.100 0.073 0.055 54 L 0.097 0.121 0.052 0.183 0.162 0.117 0.099 0.059 0.051 0.038 0.021 55 V 0.025 0.018 0.014 0.039 0.035 0.051 0.128 0.165 0.183 0.175 0.166 56 G 0.050 0.071 0.032 0.110 0.120 0.116 0.150 0.113 0.105 0.078 0.056 57 R 0.179 0.253 0.087 0.154 0.111 0.068 0.056 0.030 0.027 0.022 0.012 58 D 0.268 0.096 0.044 0.166 0.132 0.089 0.095 0.045 0.030 0.021 0.014 59 V 0.042 0.029 0.017 0.044 0.059 0.069 0.133 0.167 0.173 0.154 0.113 60 D 0.101 0.587 0.071 0.120 0.060 0.024 0.020 0.008 0.005 0.003 0.001 61 V 0.087 0.057 0.030 0.116 0.131 0.176 0.195 0.115 0.051 0.026 0.015 62 A 0.820 0.073 0.044 0.034 0.013 0.005 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 63 S 0.056 0.232 0.056 0.297 0.181 0.092 0.063 0.014 0.006 0.002 0.001 64 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.016 0.079 0.114 0.259 0.223 0.296 65 Q 0.042 0.034 0.161 0.278 0.202 0.179 0.076 0.016 0.007 0.004 0.001 66 R 0.017 0.044 0.571 0.229 0.073 0.040 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 67 A 0.001 0.001 0.006 0.009 0.018 0.054 0.189 0.231 0.223 0.164 0.105 68 A 0.001 0.001 0.009 0.004 0.008 0.019 0.107 0.170 0.254 0.248 0.179 69 E 0.002 0.005 0.591 0.153 0.131 0.062 0.034 0.010 0.006 0.005 0.001 70 L 0.001 0.006 0.174 0.121 0.180 0.200 0.240 0.053 0.017 0.005 0.001 71 C 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.034 0.080 0.250 0.354 0.274 72 A 0.001 0.002 0.019 0.012 0.016 0.053 0.222 0.114 0.244 0.175 0.142 73 V 0.002 0.008 0.405 0.187 0.196 0.086 0.068 0.028 0.012 0.005 0.002 74 N 0.001 0.003 0.022 0.030 0.052 0.236 0.462 0.117 0.053 0.019 0.006 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.035 0.184 0.321 0.448 76 L 0.001 0.003 0.029 0.050 0.075 0.191 0.373 0.111 0.094 0.052 0.022 77 A 0.001 0.008 0.407 0.207 0.172 0.097 0.066 0.025 0.010 0.004 0.002 78 Q 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.031 0.220 0.248 0.213 0.168 0.104 79 V 0.001 0.001 0.007 0.004 0.003 0.007 0.049 0.070 0.211 0.324 0.323 80 K 0.001 0.003 0.147 0.163 0.327 0.144 0.130 0.045 0.022 0.014 0.005 81 A 0.002 0.009 0.196 0.151 0.328 0.142 0.132 0.024 0.010 0.004 0.002 82 A 0.005 0.006 0.025 0.015 0.014 0.034 0.164 0.186 0.211 0.217 0.121 83 L 0.029 0.023 0.024 0.030 0.028 0.094 0.241 0.206 0.160 0.093 0.072 84 N 0.316 0.277 0.190 0.121 0.045 0.018 0.013 0.009 0.005 0.003 0.002 85 G 0.543 0.117 0.035 0.072 0.053 0.064 0.054 0.030 0.018 0.010 0.004 86 D 0.247 0.258 0.038 0.106 0.092 0.067 0.069 0.040 0.038 0.031 0.014 87 L 0.063 0.061 0.024 0.095 0.083 0.120 0.184 0.120 0.109 0.063 0.077 88 S 0.212 0.149 0.090 0.112 0.105 0.086 0.095 0.055 0.043 0.031 0.023 89 K 0.112 0.403 0.086 0.219 0.109 0.034 0.020 0.007 0.005 0.003 0.001 90 I 0.017 0.008 0.006 0.029 0.034 0.078 0.154 0.177 0.197 0.132 0.170 91 R 0.130 0.159 0.095 0.277 0.171 0.076 0.045 0.018 0.013 0.011 0.005 92 R 0.014 0.060 0.055 0.255 0.222 0.175 0.127 0.057 0.022 0.008 0.004 93 V 0.002 0.003 0.009 0.010 0.013 0.021 0.063 0.100 0.201 0.275 0.302 94 I 0.002 0.005 0.016 0.034 0.042 0.105 0.214 0.190 0.170 0.128 0.094 95 K 0.004 0.031 0.194 0.210 0.189 0.110 0.091 0.059 0.052 0.044 0.017 96 L 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.022 0.077 0.193 0.224 0.241 0.223 97 N 0.016 0.028 0.045 0.097 0.094 0.092 0.151 0.121 0.148 0.146 0.062 98 G 0.005 0.009 0.018 0.027 0.029 0.047 0.114 0.154 0.221 0.225 0.151 99 F 0.008 0.021 0.029 0.060 0.066 0.089 0.168 0.138 0.181 0.137 0.104 100 V 0.007 0.007 0.012 0.020 0.017 0.028 0.082 0.100 0.221 0.251 0.256 101 A 0.022 0.040 0.041 0.116 0.144 0.135 0.177 0.116 0.099 0.066 0.044 102 S 0.061 0.187 0.080 0.140 0.119 0.103 0.127 0.072 0.052 0.038 0.021 103 V 0.039 0.031 0.018 0.075 0.090 0.136 0.212 0.170 0.109 0.074 0.048 104 P 0.641 0.155 0.055 0.067 0.028 0.016 0.014 0.009 0.006 0.005 0.002 105 E 0.165 0.219 0.069 0.228 0.151 0.075 0.052 0.020 0.011 0.006 0.003 106 F 0.022 0.017 0.013 0.029 0.034 0.056 0.125 0.142 0.199 0.172 0.191 107 V 0.082 0.106 0.087 0.196 0.177 0.146 0.109 0.043 0.027 0.018 0.008 108 E 0.101 0.156 0.271 0.230 0.101 0.062 0.040 0.018 0.012 0.007 0.003 109 Q 0.011 0.010 0.018 0.047 0.068 0.111 0.205 0.181 0.159 0.106 0.084 110 H 0.021 0.027 0.053 0.103 0.105 0.119 0.193 0.121 0.119 0.090 0.050 111 L 0.010 0.034 0.135 0.183 0.180 0.138 0.149 0.078 0.050 0.029 0.013 112 V 0.003 0.006 0.028 0.024 0.023 0.049 0.135 0.162 0.220 0.199 0.152 113 I 0.011 0.014 0.030 0.060 0.074 0.101 0.212 0.149 0.151 0.123 0.075 114 N 0.169 0.170 0.166 0.183 0.113 0.064 0.056 0.029 0.023 0.018 0.009 115 G 0.105 0.072 0.049 0.119 0.115 0.148 0.178 0.091 0.061 0.038 0.023 116 A 0.026 0.034 0.022 0.047 0.049 0.056 0.134 0.141 0.196 0.178 0.117 117 S 0.019 0.026 0.024 0.072 0.093 0.161 0.234 0.145 0.110 0.069 0.047 118 N 0.130 0.121 0.229 0.240 0.111 0.076 0.046 0.021 0.013 0.009 0.004 119 L 0.003 0.007 0.015 0.047 0.055 0.114 0.220 0.195 0.159 0.109 0.075 120 I 0.001 0.002 0.006 0.008 0.009 0.016 0.063 0.107 0.218 0.253 0.318 121 A 0.004 0.010 0.072 0.119 0.136 0.227 0.203 0.082 0.067 0.054 0.027 122 T 0.006 0.018 0.223 0.238 0.212 0.144 0.092 0.032 0.019 0.011 0.004 123 V 0.002 0.005 0.009 0.012 0.016 0.040 0.132 0.265 0.214 0.181 0.124 124 L 0.006 0.009 0.013 0.015 0.015 0.028 0.096 0.181 0.190 0.272 0.174 125 G 0.147 0.145 0.203 0.185 0.099 0.069 0.058 0.036 0.024 0.022 0.011 126 E 0.310 0.202 0.096 0.134 0.081 0.061 0.053 0.023 0.019 0.013 0.008 127 P 0.332 0.130 0.028 0.096 0.084 0.072 0.089 0.056 0.052 0.037 0.023 128 G 0.317 0.141 0.029 0.098 0.096 0.091 0.093 0.050 0.040 0.025 0.021 129 R 0.067 0.104 0.069 0.160 0.154 0.142 0.131 0.071 0.051 0.032 0.019 130 H 0.043 0.053 0.048 0.115 0.123 0.138 0.186 0.116 0.091 0.052 0.035 131 A 0.004 0.005 0.008 0.017 0.023 0.044 0.113 0.154 0.210 0.212 0.210 132 R 0.010 0.025 0.037 0.095 0.121 0.145 0.180 0.129 0.122 0.081 0.055 133 A 0.003 0.006 0.017 0.021 0.027 0.051 0.124 0.157 0.230 0.211 0.153 134 A 0.003 0.004 0.011 0.015 0.018 0.027 0.080 0.118 0.200 0.242 0.282 135 V 0.003 0.004 0.009 0.013 0.017 0.032 0.083 0.162 0.222 0.257 0.199 136 G 0.012 0.030 0.044 0.115 0.124 0.118 0.170 0.142 0.111 0.082 0.053 137 M 0.003 0.004 0.008 0.014 0.015 0.026 0.078 0.102 0.210 0.260 0.280 138 A 0.046 0.046 0.037 0.123 0.122 0.147 0.182 0.089 0.096 0.063 0.049 139 S 0.073 0.103 0.070 0.213 0.167 0.122 0.107 0.056 0.041 0.029 0.020 140 L 0.007 0.008 0.008 0.021 0.025 0.055 0.114 0.178 0.191 0.173 0.220 141 P 0.248 0.322 0.074 0.173 0.097 0.029 0.023 0.012 0.009 0.008 0.004 142 F 0.132 0.074 0.030 0.084 0.074 0.116 0.146 0.097 0.096 0.086 0.065 143 N 0.355 0.250 0.060 0.178 0.091 0.034 0.015 0.006 0.005 0.003 0.002 144 A 0.020 0.014 0.008 0.025 0.029 0.050 0.121 0.175 0.204 0.187 0.167 145 S 0.084 0.152 0.064 0.190 0.195 0.125 0.083 0.038 0.031 0.025 0.014 146 V 0.004 0.011 0.021 0.039 0.053 0.088 0.165 0.180 0.179 0.155 0.104 147 E 0.007 0.017 0.051 0.079 0.106 0.106 0.156 0.138 0.143 0.125 0.071 148 I 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.022 0.068 0.142 0.220 0.293 0.236 149 D 0.006 0.025 0.089 0.223 0.238 0.141 0.110 0.064 0.050 0.038 0.015 150 A 0.001 0.002 0.007 0.007 0.009 0.018 0.068 0.173 0.244 0.264 0.208 151 I 0.006 0.014 0.042 0.056 0.044 0.057 0.134 0.108 0.202 0.201 0.136 152 V 0.003 0.005 0.020 0.019 0.018 0.048 0.118 0.150 0.227 0.208 0.184 153 E 0.016 0.037 0.080 0.181 0.179 0.165 0.163 0.078 0.052 0.032 0.017 154 I 0.027 0.025 0.039 0.057 0.071 0.097 0.185 0.165 0.149 0.120 0.065 155 D 0.286 0.330 0.070 0.145 0.079 0.035 0.026 0.013 0.008 0.006 0.003 156 V 0.253 0.060 0.033 0.062 0.056 0.068 0.113 0.099 0.103 0.091 0.062