# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 910.806 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.007 0.003 0.018 0.015 0.039 0.078 0.001 0.001 0.002 0.771 2 S 0.008 0.003 0.001 0.006 0.004 0.008 0.098 0.001 0.001 0.001 0.870 3 D 0.032 0.005 0.001 0.008 0.005 0.011 0.116 0.001 0.001 0.006 0.816 4 V 0.079 0.029 0.004 0.016 0.008 0.013 0.234 0.001 0.001 0.007 0.610 5 I 0.051 0.146 0.003 0.019 0.019 0.036 0.240 0.001 0.001 0.007 0.479 6 E 0.055 0.403 0.002 0.018 0.014 0.036 0.084 0.001 0.001 0.004 0.383 7 G 0.062 0.593 0.002 0.006 0.009 0.014 0.039 0.003 0.001 0.002 0.270 8 R 0.103 0.644 0.005 0.005 0.005 0.008 0.039 0.006 0.001 0.002 0.184 9 L 0.052 0.815 0.006 0.005 0.007 0.012 0.009 0.005 0.001 0.001 0.089 10 K 0.036 0.774 0.005 0.008 0.022 0.023 0.012 0.008 0.001 0.001 0.111 11 E 0.105 0.676 0.006 0.007 0.018 0.016 0.026 0.019 0.001 0.001 0.126 12 L 0.228 0.559 0.007 0.010 0.015 0.019 0.019 0.038 0.001 0.001 0.104 13 G 0.256 0.297 0.022 0.039 0.034 0.045 0.015 0.052 0.001 0.005 0.234 14 F 0.107 0.118 0.228 0.112 0.055 0.056 0.042 0.014 0.001 0.003 0.266 15 T 0.052 0.044 0.023 0.132 0.062 0.099 0.083 0.007 0.001 0.005 0.492 16 L 0.042 0.025 0.005 0.092 0.047 0.087 0.064 0.003 0.001 0.002 0.632 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.980 18 V 0.020 0.003 0.001 0.026 0.010 0.024 0.234 0.001 0.001 0.004 0.677 19 A 0.313 0.021 0.003 0.023 0.008 0.014 0.074 0.001 0.001 0.011 0.532 20 A 0.065 0.025 0.003 0.022 0.008 0.018 0.087 0.001 0.001 0.007 0.763 21 A 0.126 0.031 0.005 0.043 0.029 0.036 0.100 0.002 0.001 0.006 0.623 22 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.985 23 A 0.063 0.024 0.002 0.035 0.042 0.082 0.122 0.001 0.001 0.004 0.624 24 A 0.264 0.071 0.002 0.048 0.030 0.034 0.060 0.002 0.001 0.011 0.478 25 N 0.110 0.040 0.004 0.039 0.034 0.051 0.057 0.005 0.001 0.006 0.653 26 Y 0.176 0.030 0.011 0.071 0.027 0.069 0.082 0.003 0.001 0.007 0.525 27 V 0.138 0.015 0.005 0.088 0.077 0.096 0.142 0.001 0.001 0.005 0.434 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.990 29 F 0.006 0.004 0.001 0.127 0.099 0.213 0.067 0.001 0.001 0.001 0.481 30 T 0.098 0.015 0.001 0.247 0.192 0.228 0.043 0.001 0.001 0.006 0.171 31 I 0.020 0.032 0.001 0.104 0.321 0.189 0.044 0.001 0.001 0.003 0.286 32 S 0.028 0.015 0.001 0.112 0.248 0.398 0.022 0.001 0.001 0.001 0.175 33 G 0.027 0.008 0.001 0.060 0.122 0.224 0.085 0.001 0.001 0.005 0.467 34 N 0.114 0.004 0.007 0.080 0.106 0.101 0.223 0.002 0.001 0.009 0.355 35 L 0.056 0.003 0.006 0.106 0.151 0.158 0.109 0.001 0.001 0.004 0.407 36 L 0.009 0.003 0.002 0.275 0.247 0.374 0.027 0.001 0.001 0.003 0.061 37 Y 0.006 0.004 0.001 0.182 0.247 0.422 0.023 0.001 0.001 0.002 0.112 38 V 0.004 0.010 0.001 0.202 0.306 0.353 0.018 0.001 0.001 0.002 0.104 39 S 0.004 0.011 0.001 0.101 0.273 0.431 0.043 0.001 0.001 0.003 0.134 40 G 0.015 0.013 0.001 0.076 0.174 0.352 0.056 0.001 0.001 0.011 0.302 41 Q 0.125 0.016 0.022 0.061 0.076 0.159 0.149 0.002 0.001 0.017 0.371 42 L 0.073 0.010 0.004 0.050 0.269 0.215 0.074 0.001 0.001 0.006 0.298 43 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.022 0.016 0.001 0.001 0.001 0.950 44 M 0.033 0.005 0.001 0.025 0.170 0.402 0.064 0.001 0.001 0.002 0.297 45 E 0.068 0.022 0.001 0.019 0.131 0.109 0.185 0.001 0.001 0.005 0.459 46 S 0.014 0.005 0.001 0.004 0.016 0.030 0.034 0.001 0.001 0.003 0.893 47 G 0.060 0.011 0.003 0.018 0.029 0.062 0.281 0.001 0.001 0.019 0.516 48 K 0.529 0.008 0.007 0.015 0.017 0.021 0.167 0.001 0.001 0.012 0.223 49 I 0.083 0.028 0.007 0.033 0.060 0.081 0.112 0.003 0.001 0.006 0.587 50 A 0.047 0.020 0.006 0.085 0.127 0.221 0.077 0.001 0.001 0.003 0.413 51 V 0.035 0.028 0.002 0.068 0.159 0.223 0.120 0.002 0.001 0.003 0.360 52 T 0.042 0.039 0.001 0.055 0.121 0.214 0.108 0.002 0.001 0.005 0.413 53 G 0.085 0.036 0.003 0.067 0.088 0.154 0.072 0.005 0.001 0.026 0.463 54 L 0.180 0.020 0.027 0.089 0.079 0.088 0.158 0.003 0.001 0.008 0.348 55 V 0.017 0.006 0.003 0.044 0.040 0.056 0.104 0.002 0.001 0.003 0.725 56 G 0.039 0.011 0.003 0.064 0.091 0.271 0.071 0.002 0.001 0.005 0.443 57 R 0.029 0.007 0.001 0.042 0.026 0.040 0.112 0.002 0.001 0.002 0.738 58 D 0.072 0.005 0.001 0.027 0.018 0.033 0.110 0.004 0.001 0.003 0.727 59 V 0.356 0.013 0.012 0.052 0.047 0.067 0.077 0.001 0.001 0.006 0.369 60 D 0.016 0.005 0.002 0.021 0.018 0.023 0.496 0.001 0.001 0.005 0.413 61 V 0.058 0.012 0.003 0.068 0.018 0.053 0.073 0.001 0.001 0.019 0.696 62 A 0.005 0.019 0.001 0.008 0.003 0.006 0.663 0.001 0.001 0.006 0.289 63 S 0.045 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.860 0.001 0.001 0.011 0.067 64 A 0.128 0.621 0.004 0.005 0.001 0.004 0.044 0.002 0.001 0.003 0.188 65 Q 0.008 0.767 0.013 0.005 0.003 0.005 0.102 0.001 0.001 0.001 0.096 66 R 0.011 0.858 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.087 67 A 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 68 A 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 69 E 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 70 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 71 C 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 72 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 73 V 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 74 N 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 75 I 0.007 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 76 L 0.001 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 77 A 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 78 Q 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.021 79 V 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 80 K 0.002 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 A 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 82 A 0.036 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.007 83 L 0.164 0.709 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.085 0.001 0.001 0.029 84 N 0.268 0.326 0.055 0.006 0.001 0.002 0.021 0.164 0.001 0.002 0.156 85 G 0.181 0.114 0.240 0.015 0.002 0.002 0.023 0.077 0.001 0.007 0.338 86 D 0.126 0.029 0.404 0.030 0.004 0.005 0.146 0.009 0.001 0.004 0.243 87 L 0.064 0.029 0.044 0.075 0.012 0.017 0.111 0.002 0.001 0.006 0.641 88 S 0.023 0.044 0.008 0.038 0.022 0.045 0.369 0.001 0.001 0.009 0.442 89 K 0.136 0.040 0.002 0.027 0.012 0.028 0.418 0.003 0.001 0.011 0.323 90 I 0.156 0.216 0.006 0.049 0.037 0.086 0.105 0.004 0.001 0.004 0.338 91 R 0.022 0.168 0.006 0.042 0.095 0.136 0.165 0.001 0.001 0.006 0.360 92 R 0.064 0.174 0.005 0.038 0.153 0.123 0.088 0.004 0.001 0.006 0.344 93 V 0.094 0.269 0.005 0.059 0.186 0.198 0.025 0.005 0.001 0.002 0.157 94 I 0.029 0.144 0.005 0.124 0.325 0.291 0.013 0.003 0.001 0.002 0.063 95 K 0.024 0.041 0.003 0.186 0.278 0.366 0.010 0.004 0.001 0.002 0.087 96 L 0.024 0.020 0.003 0.192 0.302 0.346 0.009 0.004 0.001 0.001 0.098 97 N 0.015 0.006 0.002 0.248 0.292 0.378 0.013 0.001 0.001 0.001 0.044 98 G 0.005 0.002 0.003 0.196 0.307 0.348 0.027 0.001 0.001 0.001 0.111 99 F 0.003 0.001 0.001 0.332 0.265 0.291 0.014 0.001 0.001 0.001 0.092 100 V 0.009 0.001 0.001 0.338 0.173 0.408 0.013 0.001 0.001 0.002 0.054 101 A 0.007 0.006 0.002 0.363 0.214 0.209 0.033 0.001 0.001 0.005 0.163 102 S 0.003 0.004 0.001 0.044 0.045 0.139 0.246 0.001 0.001 0.004 0.514 103 V 0.038 0.002 0.001 0.147 0.012 0.078 0.055 0.001 0.001 0.011 0.656 104 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.943 105 E 0.117 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.703 0.001 0.001 0.017 0.154 106 F 0.565 0.292 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.128 107 V 0.033 0.636 0.015 0.007 0.024 0.019 0.031 0.001 0.001 0.005 0.228 108 E 0.041 0.587 0.006 0.004 0.010 0.005 0.053 0.003 0.001 0.002 0.288 109 Q 0.118 0.776 0.001 0.001 0.003 0.012 0.008 0.009 0.001 0.001 0.072 110 H 0.093 0.766 0.002 0.003 0.004 0.006 0.009 0.018 0.001 0.001 0.097 111 L 0.057 0.664 0.060 0.015 0.009 0.009 0.024 0.013 0.001 0.001 0.147 112 V 0.063 0.621 0.021 0.045 0.030 0.020 0.029 0.011 0.001 0.001 0.159 113 I 0.055 0.688 0.007 0.036 0.021 0.020 0.040 0.010 0.001 0.001 0.123 114 N 0.070 0.609 0.006 0.028 0.010 0.016 0.030 0.015 0.001 0.003 0.214 115 G 0.192 0.192 0.018 0.028 0.004 0.010 0.074 0.037 0.001 0.012 0.433 116 A 0.146 0.183 0.218 0.025 0.003 0.005 0.205 0.009 0.001 0.005 0.201 117 S 0.029 0.213 0.014 0.020 0.003 0.007 0.106 0.003 0.001 0.008 0.596 118 N 0.034 0.357 0.019 0.014 0.003 0.006 0.123 0.002 0.001 0.006 0.436 119 L 0.038 0.715 0.005 0.005 0.002 0.003 0.065 0.002 0.001 0.002 0.163 120 I 0.024 0.872 0.002 0.002 0.001 0.003 0.014 0.003 0.001 0.001 0.078 121 A 0.024 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.036 122 T 0.019 0.954 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.015 123 V 0.098 0.814 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.030 124 L 0.127 0.698 0.013 0.002 0.002 0.004 0.003 0.092 0.001 0.001 0.059 125 G 0.192 0.215 0.052 0.011 0.004 0.006 0.016 0.135 0.001 0.004 0.367 126 E 0.150 0.064 0.105 0.015 0.005 0.006 0.103 0.043 0.001 0.002 0.507 127 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.980 128 G 0.041 0.010 0.016 0.028 0.011 0.020 0.211 0.002 0.001 0.011 0.650 129 R 0.372 0.011 0.015 0.036 0.012 0.011 0.158 0.001 0.001 0.008 0.376 130 H 0.011 0.002 0.001 0.008 0.005 0.008 0.068 0.001 0.001 0.001 0.896 131 A 0.038 0.026 0.002 0.117 0.051 0.148 0.131 0.001 0.001 0.004 0.482 132 R 0.050 0.097 0.001 0.121 0.070 0.068 0.120 0.001 0.001 0.010 0.462 133 A 0.044 0.103 0.001 0.065 0.119 0.103 0.225 0.001 0.001 0.005 0.333 134 A 0.063 0.348 0.003 0.125 0.082 0.143 0.029 0.002 0.001 0.003 0.202 135 V 0.022 0.313 0.003 0.118 0.178 0.222 0.022 0.001 0.001 0.004 0.116 136 G 0.019 0.357 0.004 0.037 0.195 0.149 0.038 0.004 0.001 0.002 0.197 137 M 0.036 0.466 0.002 0.035 0.112 0.169 0.007 0.005 0.001 0.001 0.167 138 A 0.050 0.294 0.002 0.019 0.119 0.168 0.033 0.011 0.001 0.002 0.303 139 S 0.249 0.101 0.018 0.013 0.028 0.054 0.061 0.024 0.001 0.005 0.448 140 L 0.574 0.053 0.012 0.016 0.027 0.056 0.028 0.009 0.001 0.004 0.220 141 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.988 142 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.970 143 N 0.197 0.004 0.001 0.023 0.052 0.094 0.093 0.001 0.001 0.013 0.522 144 A 0.450 0.008 0.003 0.031 0.102 0.098 0.067 0.001 0.001 0.005 0.236 145 S 0.053 0.006 0.002 0.129 0.216 0.163 0.104 0.001 0.001 0.008 0.319 146 V 0.019 0.003 0.001 0.130 0.357 0.306 0.024 0.001 0.001 0.001 0.158 147 E 0.005 0.001 0.001 0.221 0.270 0.421 0.018 0.001 0.001 0.001 0.063 148 I 0.002 0.001 0.001 0.097 0.361 0.464 0.010 0.001 0.001 0.001 0.063 149 D 0.001 0.001 0.001 0.150 0.310 0.479 0.007 0.001 0.001 0.001 0.051 150 A 0.001 0.001 0.001 0.093 0.393 0.429 0.015 0.001 0.001 0.001 0.067 151 I 0.002 0.001 0.001 0.116 0.303 0.546 0.006 0.001 0.001 0.001 0.026 152 V 0.002 0.001 0.001 0.114 0.405 0.439 0.007 0.001 0.001 0.001 0.032 153 E 0.003 0.001 0.001 0.128 0.244 0.557 0.008 0.001 0.001 0.001 0.057 154 I 0.003 0.002 0.001 0.107 0.371 0.431 0.016 0.001 0.001 0.002 0.067 155 D 0.003 0.002 0.001 0.051 0.135 0.203 0.064 0.001 0.001 0.001 0.540 156 V 0.005 0.002 0.001 0.059 0.128 0.338 0.054 0.001 0.001 0.003 0.410