# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 910.806 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.201 0.203 0.294 0.111 0.072 0.039 0.032 0.007 0.029 0.012 0.001 2 S 0.459 0.069 0.302 0.072 0.033 0.025 0.018 0.003 0.010 0.006 0.003 3 D 0.447 0.076 0.154 0.138 0.045 0.051 0.050 0.014 0.018 0.005 0.002 4 V 0.439 0.163 0.220 0.077 0.028 0.039 0.011 0.002 0.019 0.002 0.001 5 I 0.666 0.112 0.130 0.040 0.012 0.030 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 6 E 0.781 0.043 0.077 0.056 0.011 0.017 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 7 G 0.780 0.014 0.036 0.045 0.051 0.010 0.021 0.023 0.003 0.017 0.001 8 R 0.739 0.048 0.061 0.079 0.015 0.031 0.012 0.001 0.013 0.001 0.001 9 L 0.701 0.056 0.100 0.076 0.009 0.032 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 10 K 0.828 0.035 0.071 0.039 0.007 0.010 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 11 E 0.758 0.041 0.065 0.085 0.009 0.025 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 12 L 0.401 0.081 0.126 0.336 0.011 0.015 0.016 0.001 0.013 0.001 0.001 13 G 0.163 0.036 0.087 0.080 0.133 0.014 0.172 0.217 0.009 0.090 0.001 14 F 0.155 0.398 0.271 0.070 0.056 0.024 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 15 T 0.092 0.343 0.293 0.081 0.044 0.096 0.011 0.001 0.036 0.002 0.002 16 L 0.041 0.254 0.484 0.008 0.045 0.028 0.004 0.001 0.131 0.002 0.001 17 P 0.310 0.007 0.573 0.023 0.002 0.022 0.004 0.001 0.003 0.001 0.054 18 V 0.236 0.157 0.234 0.207 0.042 0.034 0.025 0.018 0.038 0.004 0.003 19 A 0.101 0.141 0.597 0.033 0.027 0.030 0.008 0.001 0.055 0.003 0.004 20 A 0.214 0.024 0.620 0.050 0.005 0.039 0.006 0.001 0.010 0.001 0.029 21 A 0.072 0.118 0.627 0.007 0.034 0.014 0.003 0.001 0.118 0.005 0.001 22 P 0.279 0.004 0.642 0.015 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 23 A 0.361 0.103 0.233 0.199 0.029 0.025 0.022 0.009 0.012 0.003 0.002 24 A 0.225 0.183 0.272 0.097 0.107 0.022 0.026 0.016 0.030 0.022 0.001 25 N 0.196 0.112 0.344 0.157 0.033 0.065 0.056 0.007 0.021 0.005 0.005 26 Y 0.116 0.266 0.207 0.244 0.061 0.047 0.022 0.005 0.024 0.005 0.001 27 V 0.030 0.336 0.458 0.009 0.079 0.011 0.003 0.001 0.070 0.003 0.001 28 P 0.247 0.013 0.648 0.016 0.006 0.022 0.004 0.001 0.003 0.001 0.041 29 F 0.127 0.509 0.199 0.049 0.069 0.019 0.007 0.003 0.018 0.001 0.001 30 T 0.027 0.796 0.116 0.005 0.042 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 31 I 0.033 0.742 0.111 0.009 0.027 0.059 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 32 S 0.068 0.431 0.210 0.147 0.063 0.041 0.010 0.001 0.028 0.001 0.001 33 G 0.021 0.011 0.018 0.022 0.164 0.004 0.084 0.458 0.003 0.216 0.001 34 N 0.031 0.193 0.191 0.151 0.112 0.038 0.225 0.022 0.029 0.008 0.001 35 L 0.013 0.750 0.165 0.015 0.032 0.010 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 36 L 0.016 0.753 0.161 0.006 0.030 0.023 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 37 Y 0.011 0.756 0.155 0.006 0.035 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 38 V 0.034 0.690 0.139 0.018 0.050 0.043 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 39 S 0.040 0.576 0.153 0.053 0.133 0.012 0.009 0.001 0.021 0.002 0.001 40 G 0.019 0.029 0.056 0.009 0.210 0.011 0.079 0.361 0.007 0.219 0.001 41 Q 0.042 0.386 0.386 0.046 0.054 0.042 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 42 L 0.013 0.262 0.579 0.004 0.034 0.018 0.002 0.001 0.083 0.002 0.002 43 P 0.106 0.013 0.807 0.011 0.003 0.026 0.002 0.001 0.004 0.001 0.027 44 M 0.159 0.262 0.363 0.101 0.042 0.028 0.007 0.005 0.029 0.002 0.001 45 E 0.077 0.250 0.456 0.037 0.060 0.032 0.006 0.002 0.073 0.005 0.001 46 S 0.330 0.020 0.484 0.107 0.008 0.014 0.013 0.002 0.004 0.003 0.015 47 G 0.064 0.005 0.018 0.025 0.037 0.004 0.069 0.653 0.002 0.123 0.001 48 K 0.143 0.194 0.272 0.214 0.057 0.034 0.040 0.006 0.036 0.003 0.001 49 I 0.113 0.368 0.385 0.045 0.021 0.034 0.010 0.001 0.019 0.001 0.002 50 A 0.173 0.321 0.393 0.034 0.023 0.036 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 51 V 0.164 0.478 0.198 0.063 0.037 0.033 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 52 T 0.140 0.283 0.243 0.186 0.070 0.028 0.023 0.001 0.022 0.002 0.001 53 G 0.021 0.025 0.064 0.009 0.187 0.008 0.089 0.356 0.010 0.231 0.001 54 L 0.078 0.297 0.515 0.018 0.036 0.023 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 55 V 0.099 0.286 0.442 0.065 0.022 0.053 0.006 0.001 0.022 0.001 0.004 56 G 0.120 0.063 0.191 0.042 0.192 0.031 0.033 0.161 0.014 0.153 0.001 57 R 0.252 0.178 0.242 0.165 0.084 0.026 0.024 0.007 0.012 0.008 0.002 58 D 0.086 0.125 0.160 0.200 0.057 0.085 0.207 0.032 0.036 0.009 0.003 59 V 0.088 0.478 0.262 0.114 0.021 0.018 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 60 D 0.035 0.147 0.462 0.042 0.051 0.149 0.017 0.001 0.092 0.004 0.001 61 V 0.849 0.010 0.090 0.026 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 62 A 0.914 0.007 0.011 0.051 0.004 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 63 S 0.853 0.017 0.032 0.064 0.009 0.014 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 64 A 0.992 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 C 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.943 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.840 0.004 0.015 0.133 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.627 0.010 0.042 0.267 0.001 0.009 0.040 0.001 0.003 0.001 0.001 84 N 0.093 0.008 0.026 0.380 0.013 0.012 0.416 0.041 0.007 0.005 0.001 85 G 0.194 0.019 0.085 0.077 0.073 0.010 0.047 0.361 0.004 0.131 0.001 86 D 0.222 0.075 0.286 0.178 0.027 0.160 0.022 0.002 0.025 0.003 0.002 87 L 0.832 0.017 0.044 0.074 0.005 0.015 0.004 0.001 0.003 0.002 0.003 88 S 0.777 0.017 0.029 0.136 0.018 0.005 0.009 0.002 0.003 0.002 0.001 89 K 0.672 0.043 0.058 0.154 0.027 0.021 0.014 0.004 0.006 0.002 0.001 90 I 0.844 0.044 0.063 0.035 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 91 R 0.877 0.030 0.033 0.039 0.008 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 92 R 0.579 0.068 0.048 0.126 0.031 0.023 0.109 0.007 0.008 0.001 0.001 93 V 0.249 0.263 0.388 0.056 0.006 0.018 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 94 I 0.275 0.365 0.194 0.042 0.017 0.072 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 95 K 0.075 0.575 0.194 0.055 0.043 0.031 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 96 L 0.049 0.742 0.113 0.018 0.054 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 97 N 0.115 0.451 0.199 0.028 0.051 0.078 0.011 0.001 0.065 0.001 0.001 98 G 0.068 0.480 0.066 0.019 0.324 0.016 0.008 0.006 0.010 0.002 0.001 99 F 0.077 0.554 0.224 0.020 0.043 0.059 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 100 V 0.088 0.424 0.252 0.031 0.016 0.111 0.004 0.001 0.072 0.001 0.002 101 A 0.215 0.303 0.176 0.175 0.079 0.029 0.008 0.001 0.013 0.002 0.001 102 S 0.067 0.162 0.325 0.166 0.086 0.092 0.026 0.003 0.066 0.006 0.001 103 V 0.295 0.086 0.479 0.010 0.030 0.024 0.007 0.001 0.060 0.005 0.003 104 P 0.855 0.003 0.113 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 105 E 0.625 0.036 0.060 0.211 0.011 0.021 0.018 0.008 0.009 0.001 0.001 106 F 0.627 0.056 0.114 0.107 0.015 0.025 0.024 0.003 0.027 0.002 0.001 107 V 0.807 0.033 0.091 0.041 0.008 0.011 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 108 E 0.749 0.054 0.049 0.102 0.015 0.021 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 109 Q 0.716 0.073 0.081 0.100 0.010 0.007 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 110 H 0.645 0.059 0.104 0.091 0.039 0.016 0.027 0.004 0.013 0.001 0.001 111 L 0.588 0.177 0.107 0.057 0.017 0.035 0.012 0.002 0.005 0.001 0.001 112 V 0.351 0.276 0.271 0.049 0.006 0.036 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 113 I 0.520 0.227 0.077 0.083 0.026 0.032 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 114 N 0.150 0.033 0.068 0.264 0.017 0.107 0.270 0.005 0.085 0.001 0.001 115 G 0.296 0.008 0.030 0.093 0.038 0.027 0.077 0.373 0.002 0.056 0.001 116 A 0.811 0.032 0.056 0.076 0.009 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 117 S 0.934 0.008 0.016 0.025 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 118 N 0.941 0.003 0.010 0.020 0.006 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 119 L 0.948 0.004 0.008 0.034 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 I 0.980 0.006 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.985 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 T 0.967 0.004 0.005 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 123 V 0.802 0.022 0.042 0.120 0.001 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 124 L 0.474 0.030 0.120 0.314 0.004 0.016 0.031 0.001 0.010 0.001 0.001 125 G 0.110 0.006 0.031 0.057 0.047 0.006 0.117 0.455 0.003 0.168 0.001 126 E 0.131 0.161 0.477 0.035 0.049 0.024 0.010 0.002 0.108 0.004 0.001 127 P 0.279 0.006 0.559 0.087 0.002 0.019 0.013 0.001 0.002 0.001 0.031 128 G 0.047 0.009 0.038 0.028 0.041 0.010 0.066 0.653 0.006 0.103 0.001 129 R 0.081 0.182 0.558 0.037 0.048 0.026 0.006 0.001 0.057 0.002 0.001 130 H 0.170 0.024 0.655 0.048 0.009 0.050 0.008 0.001 0.010 0.002 0.021 131 A 0.574 0.116 0.181 0.069 0.027 0.019 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 132 R 0.646 0.096 0.127 0.065 0.030 0.020 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 133 A 0.406 0.291 0.111 0.073 0.084 0.015 0.008 0.001 0.009 0.002 0.001 134 A 0.324 0.339 0.159 0.042 0.058 0.045 0.012 0.001 0.019 0.001 0.001 135 V 0.167 0.588 0.097 0.027 0.040 0.037 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 136 G 0.241 0.269 0.193 0.041 0.147 0.061 0.020 0.006 0.017 0.005 0.001 137 M 0.263 0.407 0.138 0.051 0.032 0.072 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 138 A 0.407 0.176 0.134 0.154 0.051 0.037 0.023 0.001 0.014 0.002 0.001 139 S 0.220 0.179 0.100 0.253 0.125 0.032 0.051 0.013 0.020 0.006 0.001 140 L 0.016 0.229 0.443 0.006 0.029 0.022 0.007 0.001 0.246 0.001 0.001 141 P 0.133 0.005 0.808 0.010 0.002 0.013 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 142 F 0.589 0.048 0.192 0.118 0.015 0.009 0.010 0.011 0.003 0.003 0.002 143 N 0.126 0.070 0.101 0.358 0.054 0.044 0.166 0.045 0.028 0.005 0.002 144 A 0.059 0.444 0.276 0.079 0.074 0.010 0.033 0.005 0.017 0.003 0.001 145 S 0.072 0.263 0.566 0.021 0.016 0.035 0.008 0.001 0.014 0.001 0.004 146 V 0.019 0.647 0.266 0.012 0.022 0.018 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 147 E 0.012 0.685 0.227 0.008 0.039 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 148 I 0.006 0.808 0.119 0.002 0.040 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 149 D 0.022 0.705 0.140 0.006 0.067 0.033 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 150 A 0.005 0.874 0.018 0.002 0.095 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 151 I 0.012 0.847 0.058 0.002 0.044 0.020 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 152 V 0.014 0.817 0.061 0.007 0.058 0.028 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 153 E 0.029 0.648 0.186 0.027 0.050 0.035 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 154 I 0.027 0.635 0.162 0.012 0.057 0.040 0.007 0.001 0.059 0.001 0.001 155 D 0.102 0.105 0.422 0.074 0.030 0.164 0.044 0.005 0.050 0.002 0.003 156 V 0.255 0.328 0.152 0.148 0.058 0.029 0.011 0.003 0.014 0.002 0.001