# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 910.806 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.148 0.089 0.037 0.159 0.021 0.021 0.138 0.089 0.142 0.058 2 S 0.043 0.188 0.095 0.028 0.111 0.032 0.033 0.284 0.122 0.045 0.019 3 D 0.040 0.082 0.040 0.011 0.069 0.017 0.053 0.400 0.153 0.110 0.025 4 V 0.042 0.084 0.033 0.005 0.072 0.006 0.024 0.558 0.102 0.055 0.019 5 I 0.034 0.043 0.013 0.004 0.043 0.006 0.013 0.671 0.115 0.042 0.017 6 E 0.008 0.015 0.006 0.004 0.014 0.009 0.013 0.779 0.135 0.013 0.004 7 G 0.006 0.008 0.005 0.004 0.010 0.006 0.017 0.804 0.105 0.031 0.004 8 R 0.011 0.011 0.005 0.002 0.015 0.002 0.014 0.813 0.088 0.033 0.006 9 L 0.027 0.015 0.004 0.002 0.034 0.005 0.019 0.714 0.143 0.027 0.009 10 K 0.013 0.044 0.017 0.004 0.031 0.013 0.054 0.648 0.148 0.021 0.006 11 E 0.072 0.035 0.017 0.006 0.080 0.014 0.087 0.438 0.117 0.092 0.042 12 L 0.048 0.395 0.104 0.015 0.146 0.022 0.062 0.092 0.054 0.038 0.023 13 G 0.119 0.066 0.035 0.033 0.109 0.031 0.044 0.080 0.061 0.235 0.189 14 F 0.103 0.229 0.063 0.017 0.272 0.010 0.025 0.067 0.055 0.105 0.053 15 T 0.112 0.256 0.116 0.021 0.261 0.021 0.026 0.035 0.032 0.065 0.054 16 L 0.091 0.342 0.213 0.015 0.233 0.009 0.010 0.030 0.026 0.014 0.018 17 P 0.043 0.168 0.063 0.016 0.109 0.025 0.065 0.212 0.234 0.043 0.020 18 V 0.057 0.084 0.050 0.017 0.091 0.021 0.085 0.200 0.191 0.166 0.038 19 A 0.082 0.168 0.065 0.017 0.154 0.017 0.043 0.148 0.108 0.150 0.049 20 A 0.067 0.151 0.087 0.026 0.126 0.021 0.037 0.123 0.115 0.197 0.050 21 A 0.052 0.246 0.179 0.039 0.127 0.032 0.037 0.138 0.089 0.043 0.018 22 P 0.065 0.177 0.066 0.025 0.127 0.030 0.077 0.185 0.125 0.089 0.034 23 A 0.082 0.056 0.026 0.018 0.078 0.017 0.051 0.154 0.190 0.250 0.079 24 A 0.054 0.260 0.139 0.034 0.139 0.043 0.047 0.105 0.080 0.069 0.028 25 N 0.093 0.199 0.087 0.024 0.182 0.026 0.060 0.092 0.063 0.129 0.044 26 Y 0.167 0.117 0.054 0.028 0.155 0.020 0.027 0.060 0.069 0.184 0.118 27 V 0.104 0.308 0.182 0.019 0.288 0.019 0.012 0.025 0.015 0.010 0.016 28 P 0.097 0.215 0.058 0.018 0.150 0.035 0.070 0.109 0.128 0.066 0.055 29 F 0.204 0.162 0.028 0.006 0.437 0.006 0.021 0.035 0.021 0.040 0.039 30 T 0.246 0.130 0.019 0.004 0.520 0.008 0.008 0.018 0.012 0.009 0.028 31 I 0.314 0.083 0.107 0.035 0.198 0.059 0.049 0.029 0.015 0.024 0.087 32 S 0.051 0.069 0.056 0.163 0.066 0.132 0.294 0.069 0.053 0.028 0.019 33 G 0.030 0.031 0.053 0.472 0.020 0.087 0.024 0.010 0.018 0.211 0.044 34 N 0.085 0.221 0.054 0.062 0.239 0.031 0.068 0.014 0.021 0.144 0.062 35 L 0.298 0.045 0.003 0.001 0.632 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 36 L 0.132 0.111 0.005 0.001 0.738 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 37 Y 0.395 0.040 0.003 0.001 0.531 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 38 V 0.337 0.074 0.022 0.026 0.260 0.018 0.009 0.004 0.004 0.020 0.225 39 S 0.088 0.154 0.093 0.182 0.120 0.099 0.095 0.019 0.020 0.075 0.056 40 G 0.065 0.132 0.147 0.174 0.136 0.027 0.018 0.023 0.034 0.181 0.064 41 Q 0.139 0.257 0.082 0.022 0.269 0.009 0.011 0.020 0.046 0.085 0.059 42 L 0.058 0.368 0.224 0.016 0.199 0.021 0.019 0.022 0.029 0.019 0.025 43 P 0.181 0.239 0.070 0.011 0.325 0.009 0.023 0.046 0.038 0.025 0.034 44 M 0.083 0.174 0.073 0.022 0.144 0.035 0.071 0.144 0.125 0.085 0.044 45 E 0.120 0.191 0.296 0.035 0.171 0.022 0.029 0.060 0.018 0.031 0.028 46 S 0.016 0.058 0.026 0.038 0.033 0.033 0.088 0.431 0.234 0.031 0.012 47 G 0.018 0.042 0.056 0.137 0.023 0.044 0.040 0.190 0.107 0.306 0.037 48 K 0.074 0.187 0.078 0.017 0.183 0.007 0.014 0.142 0.068 0.156 0.073 49 I 0.176 0.152 0.023 0.004 0.340 0.010 0.020 0.151 0.057 0.032 0.035 50 A 0.107 0.155 0.058 0.013 0.175 0.027 0.049 0.249 0.104 0.033 0.030 51 V 0.147 0.049 0.036 0.032 0.144 0.055 0.114 0.221 0.072 0.068 0.063 52 T 0.031 0.383 0.152 0.092 0.085 0.049 0.077 0.047 0.029 0.042 0.013 53 G 0.057 0.050 0.098 0.142 0.050 0.024 0.015 0.035 0.028 0.293 0.209 54 L 0.082 0.353 0.128 0.014 0.291 0.006 0.012 0.034 0.023 0.035 0.021 55 V 0.117 0.286 0.068 0.022 0.228 0.033 0.033 0.057 0.041 0.041 0.072 56 G 0.120 0.115 0.157 0.126 0.124 0.047 0.034 0.081 0.072 0.062 0.062 57 R 0.017 0.125 0.087 0.054 0.052 0.054 0.108 0.246 0.187 0.053 0.016 58 D 0.119 0.094 0.071 0.022 0.119 0.012 0.018 0.059 0.049 0.317 0.120 59 V 0.033 0.429 0.164 0.014 0.168 0.018 0.027 0.051 0.034 0.045 0.017 60 D 0.076 0.456 0.233 0.007 0.152 0.003 0.004 0.020 0.005 0.015 0.029 61 V 0.008 0.018 0.004 0.003 0.013 0.004 0.007 0.617 0.304 0.015 0.007 62 A 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.008 0.023 0.848 0.095 0.014 0.001 63 S 0.004 0.013 0.005 0.001 0.005 0.001 0.002 0.856 0.042 0.066 0.007 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.035 0.003 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.040 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 68 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 71 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 74 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.013 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.004 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.029 0.001 0.001 80 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.057 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.890 0.055 0.005 0.001 82 A 0.011 0.004 0.004 0.001 0.006 0.002 0.081 0.593 0.124 0.149 0.026 83 L 0.039 0.139 0.069 0.013 0.062 0.026 0.129 0.253 0.091 0.137 0.044 84 N 0.020 0.084 0.050 0.130 0.024 0.099 0.153 0.121 0.083 0.188 0.047 85 G 0.018 0.038 0.059 0.190 0.024 0.032 0.038 0.052 0.052 0.442 0.054 86 D 0.097 0.283 0.076 0.013 0.242 0.004 0.008 0.069 0.035 0.102 0.071 87 L 0.047 0.051 0.010 0.004 0.074 0.009 0.016 0.385 0.307 0.069 0.028 88 S 0.012 0.038 0.039 0.010 0.025 0.028 0.072 0.560 0.180 0.029 0.006 89 K 0.052 0.078 0.030 0.006 0.042 0.007 0.026 0.388 0.090 0.246 0.035 90 I 0.065 0.015 0.005 0.007 0.052 0.006 0.011 0.529 0.190 0.089 0.031 91 R 0.007 0.009 0.006 0.013 0.008 0.037 0.029 0.706 0.169 0.013 0.003 92 R 0.025 0.024 0.010 0.010 0.051 0.012 0.076 0.468 0.096 0.212 0.016 93 V 0.402 0.031 0.005 0.003 0.255 0.004 0.020 0.174 0.043 0.022 0.042 94 I 0.113 0.141 0.022 0.004 0.497 0.023 0.031 0.110 0.032 0.014 0.013 95 K 0.456 0.046 0.005 0.002 0.399 0.006 0.017 0.014 0.005 0.008 0.041 96 L 0.263 0.115 0.027 0.012 0.432 0.026 0.023 0.014 0.008 0.014 0.065 97 N 0.280 0.105 0.020 0.017 0.328 0.028 0.056 0.014 0.010 0.043 0.099 98 G 0.242 0.164 0.025 0.002 0.525 0.002 0.002 0.005 0.004 0.006 0.023 99 F 0.207 0.137 0.008 0.004 0.543 0.007 0.013 0.018 0.010 0.007 0.047 100 V 0.327 0.089 0.018 0.012 0.251 0.018 0.017 0.024 0.024 0.031 0.188 101 A 0.036 0.122 0.085 0.092 0.089 0.165 0.186 0.100 0.042 0.054 0.027 102 S 0.094 0.313 0.183 0.032 0.146 0.007 0.009 0.021 0.017 0.135 0.043 103 V 0.064 0.204 0.087 0.012 0.180 0.009 0.007 0.221 0.164 0.031 0.020 104 P 0.003 0.014 0.008 0.004 0.006 0.016 0.064 0.661 0.212 0.010 0.003 105 E 0.014 0.046 0.016 0.004 0.018 0.004 0.022 0.505 0.115 0.239 0.018 106 F 0.027 0.008 0.002 0.001 0.021 0.002 0.004 0.746 0.119 0.050 0.019 107 V 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.851 0.126 0.005 0.001 108 E 0.004 0.003 0.002 0.001 0.006 0.002 0.012 0.874 0.067 0.028 0.002 109 Q 0.017 0.014 0.005 0.004 0.023 0.004 0.023 0.781 0.098 0.023 0.007 110 H 0.010 0.010 0.006 0.003 0.013 0.006 0.014 0.765 0.138 0.028 0.007 111 L 0.012 0.016 0.004 0.001 0.026 0.003 0.039 0.737 0.129 0.027 0.005 112 V 0.055 0.051 0.020 0.005 0.069 0.010 0.088 0.548 0.095 0.039 0.022 113 I 0.075 0.082 0.044 0.028 0.109 0.041 0.083 0.302 0.077 0.097 0.062 114 N 0.036 0.150 0.106 0.079 0.058 0.079 0.096 0.183 0.071 0.108 0.033 115 G 0.033 0.059 0.058 0.055 0.034 0.029 0.052 0.262 0.082 0.277 0.059 116 A 0.027 0.056 0.018 0.009 0.047 0.007 0.012 0.461 0.177 0.159 0.026 117 S 0.008 0.018 0.006 0.002 0.018 0.004 0.005 0.753 0.158 0.022 0.005 118 N 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.831 0.129 0.015 0.002 119 L 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.007 0.863 0.083 0.023 0.003 120 I 0.006 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.823 0.129 0.020 0.004 121 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.008 0.813 0.156 0.009 0.001 122 T 0.004 0.005 0.003 0.001 0.007 0.002 0.028 0.791 0.141 0.018 0.002 123 V 0.023 0.013 0.009 0.004 0.022 0.011 0.123 0.588 0.125 0.068 0.014 124 L 0.037 0.318 0.078 0.029 0.088 0.026 0.076 0.159 0.077 0.091 0.020 125 G 0.024 0.040 0.050 0.065 0.023 0.031 0.057 0.146 0.091 0.366 0.107 126 E 0.030 0.261 0.368 0.033 0.108 0.013 0.028 0.052 0.038 0.053 0.018 127 P 0.049 0.167 0.067 0.053 0.083 0.075 0.135 0.122 0.114 0.089 0.045 128 G 0.046 0.051 0.069 0.130 0.048 0.030 0.029 0.047 0.061 0.403 0.086 129 R 0.029 0.297 0.275 0.055 0.089 0.020 0.019 0.093 0.063 0.044 0.018 130 H 0.135 0.232 0.102 0.015 0.204 0.016 0.025 0.099 0.060 0.061 0.052 131 A 0.103 0.093 0.023 0.009 0.139 0.017 0.032 0.272 0.190 0.069 0.052 132 R 0.085 0.128 0.043 0.014 0.161 0.033 0.059 0.290 0.094 0.060 0.033 133 A 0.126 0.172 0.044 0.009 0.315 0.018 0.035 0.160 0.048 0.047 0.026 134 A 0.307 0.073 0.013 0.008 0.302 0.010 0.023 0.122 0.037 0.035 0.070 135 V 0.156 0.188 0.046 0.010 0.386 0.019 0.018 0.095 0.035 0.021 0.026 136 G 0.198 0.174 0.034 0.007 0.411 0.009 0.018 0.071 0.025 0.014 0.039 137 M 0.163 0.082 0.021 0.011 0.137 0.021 0.039 0.167 0.218 0.069 0.072 138 A 0.044 0.100 0.047 0.026 0.111 0.054 0.187 0.165 0.132 0.107 0.029 139 S 0.086 0.106 0.043 0.015 0.153 0.012 0.052 0.089 0.085 0.315 0.044 140 L 0.075 0.339 0.211 0.027 0.169 0.012 0.017 0.032 0.041 0.051 0.025 141 P 0.052 0.202 0.447 0.051 0.103 0.042 0.016 0.032 0.031 0.012 0.013 142 F 0.009 0.104 0.023 0.016 0.019 0.033 0.283 0.241 0.258 0.010 0.004 143 N 0.022 0.005 0.005 0.004 0.010 0.004 0.007 0.013 0.018 0.775 0.136 144 A 0.061 0.485 0.050 0.002 0.326 0.005 0.019 0.011 0.008 0.017 0.016 145 S 0.429 0.047 0.003 0.001 0.449 0.007 0.013 0.004 0.003 0.006 0.037 146 V 0.176 0.088 0.007 0.003 0.705 0.005 0.006 0.002 0.001 0.002 0.006 147 E 0.321 0.021 0.001 0.001 0.645 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 148 I 0.386 0.045 0.003 0.001 0.532 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 149 D 0.276 0.053 0.003 0.002 0.617 0.007 0.012 0.001 0.001 0.003 0.026 150 A 0.255 0.040 0.003 0.001 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 151 I 0.234 0.067 0.002 0.001 0.667 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 152 V 0.264 0.079 0.005 0.002 0.592 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.050 153 E 0.329 0.071 0.014 0.011 0.318 0.012 0.014 0.006 0.005 0.032 0.187 154 I 0.059 0.486 0.171 0.020 0.201 0.014 0.012 0.006 0.005 0.010 0.018 155 D 0.188 0.256 0.120 0.019 0.327 0.010 0.010 0.009 0.007 0.014 0.042 156 V 0.140 0.260 0.078 0.025 0.199 0.024 0.032 0.067 0.086 0.037 0.052