# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 910.806 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.521 0.198 0.128 0.096 0.045 0.011 0.001 2 S 0.708 0.202 0.062 0.020 0.006 0.001 0.001 3 D 0.651 0.239 0.080 0.025 0.005 0.001 0.001 4 V 0.391 0.272 0.189 0.106 0.035 0.007 0.001 5 I 0.252 0.196 0.207 0.199 0.116 0.030 0.001 6 E 0.416 0.295 0.164 0.087 0.031 0.008 0.001 7 G 0.588 0.289 0.082 0.030 0.009 0.002 0.001 8 R 0.318 0.294 0.216 0.125 0.038 0.009 0.001 9 L 0.146 0.113 0.188 0.250 0.226 0.072 0.006 10 K 0.317 0.333 0.185 0.103 0.046 0.014 0.001 11 E 0.379 0.315 0.166 0.091 0.036 0.012 0.001 12 L 0.160 0.214 0.226 0.231 0.120 0.044 0.004 13 G 0.124 0.182 0.194 0.226 0.176 0.089 0.010 14 F 0.091 0.093 0.155 0.241 0.246 0.151 0.024 15 T 0.190 0.261 0.227 0.168 0.099 0.048 0.007 16 L 0.137 0.142 0.169 0.225 0.200 0.109 0.018 17 P 0.342 0.289 0.172 0.114 0.056 0.023 0.004 18 V 0.333 0.266 0.185 0.130 0.055 0.026 0.004 19 A 0.231 0.158 0.171 0.190 0.152 0.082 0.016 20 A 0.250 0.205 0.181 0.170 0.116 0.067 0.011 21 A 0.274 0.235 0.197 0.153 0.087 0.045 0.009 22 P 0.278 0.255 0.183 0.147 0.085 0.043 0.009 23 A 0.195 0.204 0.179 0.180 0.139 0.084 0.021 24 A 0.135 0.139 0.163 0.195 0.185 0.143 0.039 25 N 0.101 0.163 0.180 0.197 0.167 0.139 0.053 26 Y 0.027 0.035 0.062 0.125 0.203 0.322 0.227 27 V 0.019 0.027 0.040 0.085 0.171 0.365 0.293 28 P 0.030 0.056 0.087 0.137 0.199 0.271 0.220 29 F 0.019 0.031 0.043 0.099 0.168 0.336 0.304 30 T 0.021 0.036 0.056 0.121 0.223 0.339 0.205 31 I 0.030 0.070 0.109 0.182 0.242 0.245 0.122 32 S 0.043 0.086 0.113 0.183 0.198 0.233 0.144 33 G 0.076 0.134 0.196 0.225 0.175 0.135 0.058 34 N 0.074 0.149 0.219 0.232 0.165 0.118 0.044 35 L 0.015 0.021 0.044 0.113 0.264 0.367 0.176 36 L 0.007 0.007 0.012 0.040 0.100 0.373 0.461 37 Y 0.003 0.005 0.010 0.027 0.071 0.278 0.606 38 V 0.001 0.002 0.005 0.012 0.044 0.209 0.726 39 S 0.001 0.004 0.007 0.015 0.050 0.220 0.702 40 G 0.002 0.005 0.009 0.021 0.072 0.273 0.619 41 Q 0.006 0.012 0.020 0.053 0.140 0.359 0.411 42 L 0.008 0.024 0.039 0.096 0.237 0.400 0.197 43 P 0.021 0.060 0.097 0.173 0.297 0.280 0.071 44 M 0.038 0.100 0.170 0.249 0.260 0.159 0.025 45 E 0.205 0.263 0.238 0.171 0.085 0.034 0.004 46 S 0.379 0.238 0.186 0.130 0.047 0.018 0.003 47 G 0.560 0.218 0.116 0.069 0.026 0.009 0.001 48 K 0.396 0.253 0.173 0.115 0.041 0.019 0.003 49 I 0.235 0.206 0.184 0.186 0.123 0.058 0.007 50 A 0.206 0.233 0.198 0.179 0.112 0.063 0.009 51 V 0.142 0.171 0.195 0.200 0.162 0.109 0.021 52 T 0.213 0.245 0.183 0.165 0.116 0.061 0.017 53 G 0.093 0.120 0.140 0.197 0.245 0.168 0.037 54 L 0.087 0.217 0.227 0.209 0.149 0.093 0.018 55 V 0.037 0.061 0.092 0.200 0.290 0.268 0.053 56 G 0.058 0.117 0.190 0.264 0.210 0.142 0.020 57 R 0.170 0.233 0.239 0.195 0.114 0.045 0.005 58 D 0.322 0.315 0.198 0.108 0.042 0.014 0.002 59 V 0.110 0.124 0.211 0.283 0.204 0.064 0.005 60 D 0.316 0.360 0.178 0.088 0.040 0.018 0.001 61 V 0.139 0.206 0.237 0.244 0.128 0.042 0.003 62 A 0.497 0.338 0.102 0.042 0.016 0.004 0.001 63 S 0.181 0.330 0.258 0.145 0.068 0.016 0.002 64 A 0.033 0.043 0.100 0.227 0.361 0.206 0.030 65 Q 0.055 0.230 0.312 0.246 0.115 0.041 0.002 66 R 0.064 0.235 0.264 0.254 0.130 0.049 0.005 67 A 0.004 0.015 0.065 0.177 0.351 0.322 0.067 68 A 0.001 0.002 0.004 0.013 0.119 0.599 0.263 69 E 0.006 0.054 0.199 0.341 0.216 0.147 0.036 70 L 0.003 0.017 0.072 0.157 0.320 0.302 0.130 71 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.455 0.507 72 A 0.001 0.002 0.009 0.035 0.152 0.458 0.343 73 V 0.009 0.108 0.266 0.317 0.164 0.105 0.031 74 N 0.001 0.010 0.062 0.156 0.421 0.285 0.064 75 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.614 0.320 76 L 0.004 0.053 0.195 0.345 0.267 0.126 0.011 77 A 0.025 0.175 0.311 0.322 0.105 0.054 0.007 78 Q 0.003 0.010 0.041 0.123 0.352 0.422 0.050 79 V 0.005 0.012 0.026 0.091 0.330 0.462 0.073 80 K 0.083 0.370 0.303 0.151 0.074 0.017 0.001 81 A 0.129 0.404 0.244 0.155 0.057 0.011 0.001 82 A 0.051 0.104 0.208 0.324 0.233 0.078 0.003 83 L 0.120 0.153 0.272 0.270 0.156 0.028 0.001 84 N 0.622 0.291 0.068 0.016 0.003 0.001 0.001 85 G 0.588 0.256 0.087 0.050 0.016 0.002 0.001 86 D 0.489 0.338 0.103 0.045 0.019 0.005 0.001 87 L 0.143 0.182 0.272 0.252 0.120 0.030 0.002 88 S 0.426 0.330 0.154 0.060 0.025 0.004 0.001 89 K 0.265 0.346 0.224 0.116 0.040 0.009 0.001 90 I 0.052 0.099 0.187 0.316 0.242 0.096 0.009 91 R 0.132 0.280 0.253 0.211 0.091 0.032 0.002 92 R 0.046 0.158 0.274 0.299 0.146 0.070 0.008 93 V 0.016 0.028 0.066 0.179 0.276 0.341 0.093 94 I 0.013 0.027 0.059 0.163 0.276 0.344 0.119 95 K 0.023 0.097 0.209 0.275 0.191 0.139 0.066 96 L 0.006 0.018 0.036 0.094 0.230 0.413 0.203 97 N 0.010 0.050 0.118 0.237 0.277 0.238 0.069 98 G 0.008 0.023 0.041 0.101 0.240 0.410 0.177 99 F 0.009 0.027 0.054 0.138 0.252 0.357 0.163 100 V 0.016 0.040 0.082 0.185 0.287 0.300 0.089 101 A 0.042 0.154 0.255 0.267 0.189 0.081 0.012 102 S 0.070 0.177 0.220 0.246 0.184 0.093 0.010 103 V 0.055 0.098 0.176 0.323 0.237 0.100 0.010 104 P 0.409 0.355 0.145 0.062 0.023 0.005 0.001 105 E 0.172 0.340 0.265 0.157 0.049 0.015 0.001 106 F 0.040 0.052 0.100 0.240 0.380 0.170 0.019 107 V 0.078 0.191 0.276 0.266 0.130 0.054 0.005 108 E 0.084 0.204 0.307 0.236 0.104 0.055 0.011 109 Q 0.018 0.028 0.050 0.129 0.275 0.366 0.134 110 H 0.015 0.039 0.066 0.115 0.268 0.362 0.134 111 L 0.031 0.091 0.151 0.204 0.189 0.208 0.126 112 V 0.016 0.025 0.035 0.084 0.200 0.373 0.266 113 I 0.023 0.053 0.082 0.139 0.224 0.315 0.165 114 N 0.065 0.119 0.197 0.245 0.165 0.143 0.067 115 G 0.141 0.200 0.185 0.195 0.135 0.105 0.039 116 A 0.087 0.095 0.103 0.145 0.215 0.256 0.099 117 S 0.088 0.111 0.127 0.166 0.223 0.211 0.075 118 N 0.130 0.256 0.226 0.189 0.106 0.070 0.022 119 L 0.055 0.102 0.150 0.191 0.269 0.172 0.061 120 I 0.041 0.083 0.092 0.163 0.257 0.263 0.102 121 A 0.057 0.166 0.242 0.260 0.173 0.089 0.012 122 T 0.083 0.244 0.283 0.258 0.094 0.035 0.003 123 V 0.014 0.051 0.132 0.272 0.332 0.187 0.012 124 L 0.023 0.042 0.099 0.265 0.343 0.211 0.017 125 G 0.212 0.360 0.232 0.137 0.048 0.010 0.001 126 E 0.388 0.368 0.135 0.074 0.029 0.006 0.001 127 P 0.314 0.316 0.195 0.124 0.041 0.010 0.001 128 G 0.209 0.263 0.247 0.173 0.080 0.026 0.002 129 R 0.080 0.151 0.277 0.278 0.144 0.062 0.008 130 H 0.040 0.067 0.117 0.175 0.275 0.254 0.073 131 A 0.011 0.019 0.034 0.075 0.166 0.411 0.284 132 R 0.011 0.024 0.065 0.124 0.198 0.303 0.274 133 A 0.003 0.007 0.011 0.022 0.089 0.340 0.528 134 A 0.004 0.008 0.017 0.044 0.106 0.297 0.524 135 V 0.002 0.005 0.011 0.032 0.083 0.347 0.519 136 G 0.009 0.032 0.069 0.132 0.215 0.311 0.232 137 M 0.013 0.027 0.046 0.103 0.220 0.419 0.172 138 A 0.058 0.167 0.208 0.234 0.213 0.107 0.013 139 S 0.156 0.306 0.241 0.167 0.084 0.041 0.004 140 L 0.059 0.067 0.149 0.311 0.283 0.121 0.010 141 P 0.367 0.305 0.168 0.095 0.047 0.016 0.001 142 F 0.415 0.297 0.153 0.089 0.035 0.010 0.001 143 N 0.433 0.391 0.113 0.040 0.018 0.005 0.001 144 A 0.028 0.048 0.091 0.229 0.350 0.220 0.034 145 S 0.049 0.145 0.220 0.241 0.204 0.122 0.018 146 V 0.012 0.021 0.044 0.092 0.195 0.434 0.202 147 E 0.010 0.022 0.060 0.112 0.181 0.306 0.309 148 I 0.003 0.005 0.009 0.022 0.085 0.372 0.505 149 D 0.027 0.077 0.153 0.204 0.214 0.189 0.137 150 A 0.010 0.024 0.041 0.100 0.225 0.418 0.182 151 I 0.015 0.033 0.062 0.131 0.216 0.376 0.167 152 V 0.028 0.050 0.094 0.236 0.284 0.252 0.055 153 E 0.195 0.294 0.228 0.145 0.092 0.040 0.005 154 I 0.300 0.236 0.194 0.171 0.071 0.025 0.002 155 D 0.668 0.246 0.057 0.020 0.007 0.002 0.001 156 V 0.399 0.156 0.153 0.176 0.083 0.030 0.004