# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 910.806 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.156 0.096 0.109 0.147 0.150 0.134 0.086 0.049 0.037 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 2 S 0.285 0.180 0.154 0.135 0.106 0.064 0.036 0.018 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 3 D 0.487 0.197 0.121 0.086 0.055 0.025 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 V 0.288 0.179 0.163 0.127 0.098 0.065 0.041 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 5 I 0.094 0.065 0.094 0.140 0.199 0.175 0.108 0.060 0.038 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 6 E 0.288 0.195 0.166 0.153 0.101 0.046 0.026 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 7 G 0.653 0.184 0.084 0.040 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.206 0.164 0.157 0.182 0.153 0.069 0.036 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 L 0.083 0.056 0.094 0.143 0.184 0.173 0.127 0.084 0.036 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 10 K 0.452 0.215 0.137 0.091 0.052 0.026 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.485 0.196 0.136 0.076 0.051 0.026 0.014 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 12 L 0.125 0.101 0.114 0.166 0.192 0.132 0.074 0.050 0.024 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 13 G 0.137 0.106 0.122 0.134 0.153 0.120 0.092 0.067 0.037 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 14 F 0.084 0.048 0.055 0.110 0.138 0.161 0.119 0.108 0.072 0.064 0.024 0.011 0.005 0.001 15 T 0.154 0.119 0.116 0.139 0.126 0.102 0.079 0.059 0.047 0.024 0.019 0.011 0.003 0.002 16 L 0.076 0.050 0.069 0.093 0.118 0.147 0.116 0.115 0.086 0.066 0.036 0.018 0.007 0.003 17 P 0.160 0.117 0.116 0.126 0.136 0.107 0.080 0.061 0.043 0.026 0.016 0.008 0.003 0.002 18 V 0.182 0.118 0.127 0.134 0.125 0.100 0.071 0.048 0.037 0.026 0.018 0.007 0.003 0.002 19 A 0.130 0.083 0.092 0.120 0.135 0.138 0.108 0.072 0.058 0.031 0.018 0.010 0.004 0.002 20 A 0.114 0.078 0.084 0.116 0.127 0.139 0.123 0.088 0.058 0.034 0.022 0.010 0.005 0.002 21 A 0.157 0.144 0.135 0.139 0.122 0.098 0.081 0.059 0.030 0.016 0.011 0.005 0.002 0.001 22 P 0.145 0.108 0.123 0.127 0.136 0.122 0.087 0.059 0.040 0.026 0.016 0.007 0.003 0.002 23 A 0.093 0.077 0.097 0.124 0.157 0.135 0.115 0.075 0.054 0.035 0.019 0.011 0.004 0.003 24 A 0.067 0.047 0.059 0.094 0.108 0.146 0.150 0.106 0.083 0.067 0.037 0.021 0.010 0.005 25 N 0.079 0.066 0.085 0.117 0.131 0.127 0.117 0.092 0.073 0.044 0.036 0.020 0.007 0.005 26 Y 0.037 0.026 0.032 0.054 0.077 0.106 0.115 0.128 0.124 0.104 0.091 0.060 0.032 0.014 27 V 0.041 0.026 0.036 0.057 0.067 0.092 0.139 0.149 0.136 0.100 0.066 0.052 0.027 0.013 28 P 0.027 0.028 0.040 0.066 0.096 0.115 0.117 0.161 0.117 0.098 0.067 0.034 0.021 0.013 29 F 0.027 0.016 0.022 0.037 0.064 0.090 0.101 0.097 0.124 0.128 0.110 0.102 0.054 0.028 30 T 0.027 0.028 0.043 0.099 0.103 0.125 0.173 0.115 0.107 0.077 0.050 0.028 0.015 0.010 31 I 0.020 0.030 0.048 0.096 0.118 0.153 0.156 0.134 0.105 0.061 0.041 0.021 0.009 0.007 32 S 0.017 0.020 0.031 0.054 0.088 0.145 0.141 0.181 0.117 0.090 0.056 0.031 0.022 0.007 33 G 0.022 0.042 0.057 0.111 0.144 0.129 0.149 0.130 0.087 0.066 0.029 0.017 0.011 0.006 34 N 0.012 0.018 0.039 0.070 0.100 0.135 0.168 0.121 0.131 0.099 0.055 0.030 0.013 0.011 35 L 0.004 0.006 0.012 0.024 0.052 0.090 0.116 0.146 0.171 0.134 0.117 0.062 0.044 0.024 36 L 0.003 0.003 0.004 0.010 0.017 0.034 0.070 0.099 0.137 0.168 0.165 0.131 0.095 0.064 37 Y 0.002 0.001 0.003 0.007 0.012 0.024 0.054 0.106 0.150 0.189 0.183 0.135 0.075 0.058 38 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.021 0.063 0.107 0.150 0.227 0.190 0.142 0.079 39 S 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.014 0.032 0.076 0.115 0.165 0.166 0.194 0.133 0.091 40 G 0.002 0.003 0.004 0.010 0.017 0.028 0.066 0.142 0.149 0.192 0.159 0.115 0.066 0.049 41 Q 0.004 0.006 0.010 0.019 0.034 0.068 0.096 0.124 0.152 0.152 0.153 0.092 0.047 0.043 42 L 0.011 0.015 0.022 0.046 0.076 0.117 0.140 0.127 0.133 0.117 0.091 0.055 0.026 0.023 43 P 0.023 0.030 0.038 0.072 0.098 0.128 0.164 0.137 0.124 0.080 0.057 0.030 0.012 0.007 44 M 0.037 0.052 0.075 0.110 0.127 0.183 0.154 0.115 0.069 0.036 0.026 0.010 0.005 0.002 45 E 0.185 0.140 0.132 0.129 0.140 0.097 0.063 0.045 0.033 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 46 S 0.262 0.149 0.147 0.120 0.110 0.072 0.053 0.035 0.025 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 47 G 0.376 0.178 0.130 0.103 0.080 0.052 0.033 0.021 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 48 K 0.277 0.181 0.168 0.122 0.099 0.063 0.041 0.023 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 49 I 0.159 0.095 0.106 0.127 0.146 0.130 0.096 0.061 0.035 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 50 A 0.121 0.107 0.102 0.125 0.136 0.123 0.112 0.078 0.044 0.026 0.016 0.007 0.003 0.001 51 V 0.071 0.058 0.073 0.101 0.122 0.141 0.120 0.112 0.073 0.059 0.038 0.020 0.009 0.004 52 T 0.073 0.067 0.082 0.104 0.129 0.126 0.115 0.095 0.076 0.055 0.035 0.026 0.010 0.005 53 G 0.077 0.048 0.061 0.083 0.094 0.110 0.110 0.104 0.092 0.091 0.070 0.038 0.016 0.007 54 L 0.073 0.072 0.089 0.123 0.130 0.124 0.107 0.095 0.075 0.047 0.036 0.018 0.008 0.004 55 V 0.044 0.029 0.037 0.069 0.089 0.133 0.130 0.123 0.114 0.098 0.067 0.043 0.017 0.007 56 G 0.055 0.063 0.081 0.118 0.135 0.141 0.133 0.111 0.081 0.039 0.025 0.012 0.005 0.002 57 R 0.135 0.121 0.121 0.154 0.134 0.120 0.079 0.056 0.031 0.022 0.017 0.006 0.003 0.001 58 D 0.302 0.206 0.168 0.111 0.089 0.050 0.032 0.015 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 59 V 0.140 0.116 0.127 0.166 0.142 0.119 0.078 0.056 0.030 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 60 D 0.281 0.241 0.157 0.117 0.081 0.054 0.034 0.018 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 61 V 0.087 0.097 0.148 0.149 0.188 0.141 0.091 0.052 0.026 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 62 A 0.448 0.220 0.123 0.086 0.056 0.032 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 S 0.120 0.153 0.191 0.170 0.171 0.101 0.052 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 64 A 0.010 0.006 0.012 0.035 0.090 0.176 0.215 0.232 0.151 0.055 0.012 0.004 0.002 0.001 65 Q 0.064 0.136 0.180 0.261 0.184 0.100 0.046 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.293 0.318 0.189 0.090 0.061 0.027 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.004 0.007 0.021 0.079 0.125 0.194 0.282 0.251 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 68 A 0.003 0.007 0.028 0.061 0.138 0.223 0.286 0.174 0.057 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 69 E 0.145 0.252 0.217 0.148 0.143 0.052 0.022 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.048 0.097 0.147 0.235 0.166 0.143 0.102 0.045 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 71 C 0.004 0.004 0.017 0.051 0.101 0.181 0.336 0.210 0.073 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 72 A 0.014 0.030 0.062 0.103 0.166 0.241 0.213 0.108 0.046 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 73 V 0.225 0.277 0.189 0.130 0.096 0.047 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.028 0.060 0.110 0.175 0.201 0.177 0.141 0.078 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 75 I 0.003 0.004 0.015 0.040 0.097 0.205 0.297 0.226 0.084 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 76 L 0.044 0.096 0.175 0.212 0.230 0.132 0.063 0.027 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.284 0.254 0.180 0.134 0.083 0.035 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.010 0.017 0.037 0.130 0.167 0.209 0.223 0.162 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 79 V 0.006 0.010 0.030 0.070 0.126 0.208 0.270 0.153 0.096 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 80 K 0.257 0.335 0.214 0.105 0.053 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.287 0.278 0.207 0.112 0.063 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.037 0.032 0.058 0.154 0.223 0.200 0.166 0.087 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 83 L 0.086 0.123 0.174 0.189 0.158 0.127 0.092 0.030 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 84 N 0.736 0.165 0.062 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.370 0.236 0.185 0.104 0.064 0.024 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 D 0.339 0.178 0.140 0.115 0.113 0.066 0.027 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.200 0.164 0.159 0.151 0.151 0.084 0.048 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 88 S 0.362 0.170 0.140 0.123 0.071 0.064 0.040 0.016 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 89 K 0.297 0.251 0.180 0.106 0.090 0.039 0.018 0.010 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 90 I 0.039 0.045 0.076 0.140 0.192 0.197 0.143 0.094 0.035 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 91 R 0.124 0.134 0.151 0.155 0.158 0.100 0.088 0.046 0.023 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 92 R 0.045 0.062 0.099 0.154 0.157 0.150 0.106 0.089 0.059 0.039 0.025 0.008 0.005 0.002 93 V 0.014 0.015 0.022 0.062 0.107 0.141 0.147 0.138 0.146 0.096 0.045 0.041 0.017 0.009 94 I 0.006 0.007 0.014 0.029 0.041 0.081 0.141 0.195 0.158 0.148 0.097 0.047 0.028 0.009 95 K 0.011 0.017 0.028 0.050 0.079 0.108 0.125 0.146 0.135 0.099 0.099 0.054 0.024 0.024 96 L 0.003 0.002 0.005 0.008 0.015 0.032 0.049 0.060 0.137 0.156 0.226 0.160 0.090 0.057 97 N 0.003 0.004 0.007 0.017 0.036 0.046 0.094 0.150 0.196 0.182 0.100 0.076 0.043 0.045 98 G 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 0.020 0.038 0.108 0.129 0.175 0.214 0.135 0.106 0.058 99 F 0.004 0.004 0.007 0.015 0.032 0.050 0.073 0.115 0.129 0.155 0.137 0.123 0.088 0.069 100 V 0.007 0.006 0.008 0.017 0.030 0.048 0.094 0.103 0.154 0.172 0.162 0.117 0.047 0.037 101 A 0.017 0.026 0.043 0.082 0.105 0.157 0.158 0.166 0.110 0.058 0.049 0.017 0.008 0.004 102 S 0.043 0.083 0.079 0.141 0.169 0.154 0.110 0.084 0.067 0.031 0.024 0.010 0.004 0.003 103 V 0.041 0.060 0.071 0.135 0.170 0.164 0.125 0.097 0.086 0.035 0.011 0.003 0.001 0.001 104 P 0.241 0.239 0.199 0.138 0.084 0.042 0.027 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 105 E 0.365 0.262 0.200 0.079 0.044 0.026 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 F 0.088 0.071 0.106 0.139 0.221 0.163 0.104 0.057 0.031 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 107 V 0.194 0.169 0.154 0.170 0.137 0.074 0.053 0.028 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 108 E 0.398 0.235 0.152 0.081 0.059 0.034 0.019 0.010 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 109 Q 0.042 0.036 0.058 0.116 0.178 0.164 0.141 0.120 0.068 0.045 0.017 0.008 0.004 0.001 110 H 0.076 0.080 0.100 0.132 0.142 0.134 0.123 0.099 0.053 0.030 0.019 0.008 0.003 0.001 111 L 0.118 0.095 0.103 0.127 0.138 0.125 0.084 0.073 0.058 0.039 0.023 0.011 0.004 0.002 112 V 0.045 0.029 0.038 0.073 0.104 0.132 0.139 0.142 0.119 0.079 0.048 0.035 0.013 0.005 113 I 0.041 0.040 0.063 0.090 0.116 0.158 0.150 0.127 0.091 0.056 0.035 0.019 0.009 0.003 114 N 0.158 0.115 0.111 0.120 0.127 0.109 0.085 0.070 0.043 0.026 0.019 0.011 0.004 0.002 115 G 0.141 0.104 0.119 0.128 0.138 0.128 0.088 0.051 0.044 0.025 0.018 0.009 0.004 0.002 116 A 0.096 0.079 0.082 0.130 0.154 0.149 0.113 0.066 0.070 0.034 0.018 0.007 0.003 0.002 117 S 0.121 0.132 0.140 0.152 0.131 0.120 0.094 0.045 0.031 0.016 0.012 0.004 0.002 0.001 118 N 0.326 0.212 0.167 0.099 0.067 0.052 0.035 0.019 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 119 L 0.085 0.082 0.111 0.130 0.163 0.150 0.122 0.076 0.039 0.019 0.013 0.005 0.003 0.001 120 I 0.033 0.031 0.048 0.072 0.126 0.165 0.186 0.159 0.091 0.048 0.024 0.011 0.005 0.002 121 A 0.161 0.163 0.161 0.150 0.126 0.085 0.061 0.043 0.021 0.012 0.010 0.004 0.002 0.001 122 T 0.271 0.188 0.175 0.125 0.092 0.057 0.037 0.022 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 123 V 0.043 0.035 0.052 0.113 0.161 0.177 0.150 0.137 0.071 0.036 0.014 0.007 0.003 0.001 124 L 0.050 0.055 0.079 0.129 0.155 0.165 0.161 0.103 0.060 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 125 G 0.376 0.221 0.147 0.109 0.058 0.040 0.024 0.012 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 126 E 0.336 0.223 0.191 0.098 0.069 0.042 0.021 0.008 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 127 P 0.136 0.121 0.134 0.162 0.171 0.112 0.071 0.046 0.026 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 128 G 0.163 0.185 0.151 0.132 0.119 0.103 0.073 0.042 0.018 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 129 R 0.077 0.081 0.111 0.141 0.177 0.148 0.107 0.073 0.041 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 130 H 0.024 0.029 0.047 0.091 0.122 0.165 0.188 0.158 0.077 0.049 0.025 0.015 0.007 0.004 131 A 0.016 0.015 0.026 0.039 0.074 0.110 0.164 0.148 0.138 0.098 0.077 0.061 0.024 0.010 132 R 0.017 0.021 0.030 0.056 0.064 0.097 0.142 0.183 0.133 0.099 0.082 0.039 0.025 0.014 133 A 0.012 0.006 0.012 0.018 0.031 0.062 0.088 0.087 0.138 0.130 0.140 0.160 0.062 0.053 134 A 0.007 0.004 0.006 0.011 0.023 0.039 0.070 0.179 0.182 0.184 0.128 0.082 0.064 0.022 135 V 0.018 0.014 0.015 0.026 0.039 0.068 0.093 0.122 0.125 0.124 0.114 0.121 0.081 0.040 136 G 0.019 0.024 0.036 0.083 0.105 0.137 0.169 0.123 0.105 0.090 0.059 0.028 0.011 0.011 137 M 0.018 0.021 0.030 0.064 0.116 0.155 0.172 0.142 0.135 0.071 0.043 0.020 0.008 0.006 138 A 0.043 0.051 0.076 0.120 0.144 0.193 0.154 0.093 0.061 0.035 0.018 0.008 0.004 0.002 139 S 0.119 0.168 0.163 0.166 0.157 0.077 0.060 0.047 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 140 L 0.059 0.060 0.097 0.148 0.151 0.189 0.138 0.076 0.037 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 141 P 0.152 0.143 0.158 0.142 0.150 0.096 0.073 0.041 0.028 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 142 F 0.105 0.084 0.115 0.154 0.165 0.129 0.094 0.068 0.036 0.027 0.014 0.004 0.003 0.001 143 N 0.075 0.092 0.107 0.160 0.194 0.128 0.092 0.058 0.047 0.024 0.012 0.006 0.003 0.002 144 A 0.013 0.009 0.019 0.038 0.059 0.097 0.125 0.141 0.147 0.169 0.084 0.047 0.040 0.012 145 S 0.008 0.016 0.025 0.073 0.117 0.132 0.158 0.181 0.114 0.083 0.045 0.025 0.014 0.010 146 V 0.003 0.002 0.004 0.009 0.014 0.037 0.048 0.066 0.124 0.198 0.222 0.152 0.085 0.036 147 E 0.002 0.004 0.008 0.029 0.050 0.063 0.123 0.176 0.196 0.151 0.085 0.068 0.023 0.021 148 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.017 0.035 0.107 0.159 0.171 0.266 0.133 0.071 0.028 149 D 0.002 0.003 0.006 0.013 0.029 0.046 0.082 0.215 0.207 0.172 0.091 0.067 0.037 0.030 150 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 0.030 0.100 0.141 0.219 0.193 0.136 0.097 0.052 151 I 0.004 0.004 0.008 0.017 0.043 0.060 0.084 0.167 0.181 0.178 0.083 0.081 0.049 0.041 152 V 0.009 0.006 0.008 0.017 0.026 0.051 0.082 0.114 0.135 0.176 0.166 0.113 0.064 0.032 153 E 0.020 0.034 0.047 0.107 0.143 0.151 0.165 0.112 0.108 0.057 0.029 0.014 0.006 0.005 154 I 0.045 0.048 0.058 0.097 0.118 0.160 0.147 0.102 0.083 0.062 0.051 0.018 0.008 0.004 155 D 0.133 0.134 0.144 0.135 0.152 0.106 0.077 0.054 0.037 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 156 V 0.087 0.065 0.081 0.109 0.142 0.149 0.120 0.102 0.064 0.049 0.019 0.008 0.004 0.001