# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1672.69 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.015 0.770 0.002 0.015 0.024 0.001 0.001 0.011 0.105 0.024 0.008 0.025 2 S 0.001 0.009 0.728 0.003 0.034 0.062 0.001 0.001 0.008 0.095 0.033 0.010 0.016 3 D 0.001 0.011 0.280 0.003 0.193 0.273 0.001 0.001 0.008 0.107 0.092 0.009 0.021 4 V 0.001 0.010 0.213 0.003 0.224 0.382 0.001 0.001 0.007 0.043 0.074 0.007 0.036 5 I 0.001 0.008 0.117 0.003 0.156 0.599 0.001 0.001 0.006 0.025 0.057 0.007 0.020 6 E 0.001 0.005 0.075 0.003 0.089 0.705 0.001 0.001 0.004 0.027 0.070 0.006 0.015 7 G 0.002 0.005 0.055 0.003 0.064 0.706 0.001 0.001 0.003 0.042 0.099 0.007 0.014 8 R 0.004 0.006 0.100 0.004 0.044 0.644 0.001 0.001 0.003 0.041 0.114 0.012 0.028 9 L 0.004 0.007 0.145 0.008 0.069 0.556 0.001 0.001 0.006 0.033 0.116 0.009 0.046 10 K 0.006 0.004 0.113 0.014 0.090 0.559 0.001 0.001 0.008 0.035 0.121 0.024 0.023 11 E 0.014 0.010 0.108 0.017 0.130 0.408 0.004 0.003 0.024 0.066 0.132 0.024 0.061 12 L 0.022 0.011 0.148 0.026 0.073 0.283 0.012 0.006 0.025 0.085 0.208 0.048 0.054 13 G 0.069 0.024 0.205 0.016 0.060 0.124 0.034 0.025 0.072 0.079 0.126 0.081 0.084 14 F 0.080 0.031 0.259 0.009 0.026 0.064 0.032 0.043 0.131 0.075 0.076 0.078 0.095 15 T 0.026 0.036 0.432 0.011 0.014 0.029 0.014 0.026 0.108 0.115 0.057 0.065 0.068 16 L 0.003 0.018 0.667 0.006 0.020 0.015 0.002 0.003 0.027 0.159 0.027 0.022 0.030 17 P 0.001 0.010 0.475 0.006 0.128 0.050 0.001 0.001 0.018 0.165 0.122 0.008 0.015 18 V 0.001 0.014 0.216 0.004 0.317 0.053 0.001 0.001 0.012 0.146 0.224 0.006 0.008 19 A 0.001 0.021 0.334 0.003 0.271 0.053 0.001 0.001 0.009 0.129 0.159 0.005 0.014 20 A 0.001 0.035 0.402 0.003 0.130 0.058 0.001 0.001 0.013 0.188 0.147 0.008 0.013 21 A 0.001 0.031 0.443 0.002 0.097 0.031 0.001 0.001 0.012 0.266 0.086 0.016 0.013 22 P 0.001 0.032 0.473 0.003 0.098 0.037 0.001 0.001 0.009 0.169 0.145 0.007 0.025 23 A 0.002 0.040 0.452 0.006 0.118 0.043 0.001 0.001 0.009 0.144 0.157 0.011 0.017 24 A 0.002 0.025 0.468 0.006 0.097 0.033 0.001 0.001 0.017 0.200 0.114 0.018 0.019 25 N 0.002 0.016 0.430 0.006 0.074 0.035 0.001 0.001 0.020 0.189 0.184 0.016 0.027 26 Y 0.004 0.026 0.454 0.018 0.044 0.033 0.001 0.002 0.023 0.178 0.164 0.014 0.037 27 V 0.010 0.014 0.495 0.027 0.019 0.017 0.002 0.002 0.035 0.240 0.041 0.069 0.029 28 P 0.026 0.017 0.335 0.035 0.028 0.036 0.012 0.005 0.071 0.114 0.073 0.031 0.216 29 F 0.143 0.024 0.121 0.041 0.021 0.038 0.060 0.032 0.106 0.029 0.029 0.188 0.169 30 T 0.283 0.018 0.043 0.011 0.008 0.016 0.082 0.059 0.065 0.009 0.006 0.119 0.281 31 I 0.245 0.012 0.050 0.022 0.007 0.010 0.075 0.048 0.049 0.011 0.011 0.235 0.225 32 S 0.143 0.008 0.117 0.129 0.012 0.011 0.023 0.018 0.054 0.061 0.107 0.159 0.159 33 G 0.035 0.002 0.098 0.161 0.007 0.003 0.002 0.002 0.020 0.180 0.405 0.038 0.047 34 N 0.039 0.004 0.185 0.076 0.008 0.005 0.005 0.002 0.020 0.341 0.208 0.062 0.046 35 L 0.258 0.010 0.115 0.019 0.004 0.005 0.100 0.028 0.073 0.043 0.025 0.089 0.231 36 L 0.580 0.005 0.010 0.004 0.001 0.001 0.122 0.093 0.039 0.002 0.002 0.064 0.078 37 Y 0.336 0.006 0.008 0.012 0.001 0.002 0.266 0.129 0.021 0.002 0.001 0.155 0.060 38 V 0.432 0.005 0.025 0.021 0.003 0.005 0.119 0.122 0.052 0.008 0.004 0.085 0.120 39 S 0.167 0.009 0.159 0.114 0.029 0.016 0.039 0.039 0.074 0.063 0.063 0.092 0.136 40 G 0.043 0.010 0.257 0.038 0.042 0.018 0.010 0.007 0.060 0.181 0.198 0.075 0.060 41 Q 0.027 0.020 0.437 0.011 0.047 0.015 0.005 0.003 0.025 0.222 0.084 0.035 0.068 42 L 0.013 0.032 0.455 0.008 0.037 0.009 0.002 0.002 0.017 0.244 0.054 0.073 0.054 43 P 0.006 0.021 0.565 0.005 0.033 0.017 0.001 0.001 0.008 0.138 0.097 0.023 0.085 44 M 0.008 0.065 0.416 0.005 0.058 0.029 0.001 0.001 0.008 0.253 0.095 0.023 0.038 45 E 0.003 0.011 0.643 0.004 0.046 0.019 0.001 0.001 0.004 0.143 0.066 0.024 0.036 46 S 0.001 0.002 0.036 0.005 0.059 0.032 0.001 0.001 0.001 0.035 0.822 0.001 0.007 47 G 0.001 0.005 0.062 0.006 0.040 0.021 0.001 0.001 0.002 0.162 0.688 0.008 0.004 48 K 0.010 0.038 0.368 0.005 0.043 0.045 0.003 0.001 0.010 0.254 0.060 0.068 0.097 49 I 0.046 0.079 0.258 0.010 0.018 0.042 0.013 0.005 0.030 0.053 0.033 0.075 0.336 50 A 0.081 0.039 0.165 0.051 0.027 0.049 0.017 0.010 0.028 0.033 0.043 0.338 0.119 51 V 0.163 0.015 0.148 0.056 0.034 0.056 0.023 0.016 0.030 0.060 0.095 0.121 0.183 52 T 0.179 0.013 0.158 0.062 0.030 0.026 0.016 0.008 0.020 0.083 0.145 0.101 0.159 53 G 0.127 0.018 0.204 0.034 0.025 0.018 0.010 0.003 0.015 0.146 0.111 0.173 0.116 54 L 0.130 0.029 0.238 0.017 0.019 0.019 0.014 0.005 0.023 0.076 0.040 0.191 0.199 55 V 0.100 0.067 0.274 0.018 0.022 0.021 0.016 0.008 0.031 0.074 0.046 0.073 0.251 56 G 0.032 0.020 0.459 0.033 0.021 0.018 0.004 0.002 0.017 0.124 0.078 0.138 0.054 57 R 0.006 0.011 0.208 0.009 0.032 0.022 0.002 0.001 0.011 0.275 0.346 0.029 0.049 58 D 0.003 0.019 0.262 0.006 0.018 0.016 0.001 0.001 0.006 0.273 0.355 0.013 0.028 59 V 0.002 0.032 0.522 0.002 0.016 0.018 0.001 0.001 0.009 0.298 0.035 0.048 0.016 60 D 0.001 0.025 0.741 0.001 0.010 0.029 0.001 0.001 0.008 0.106 0.015 0.010 0.054 61 V 0.001 0.018 0.221 0.003 0.073 0.500 0.001 0.001 0.003 0.060 0.103 0.004 0.013 62 A 0.001 0.003 0.050 0.005 0.066 0.649 0.001 0.001 0.002 0.048 0.171 0.003 0.003 63 S 0.001 0.003 0.062 0.001 0.044 0.724 0.001 0.001 0.001 0.068 0.089 0.001 0.006 64 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 71 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 74 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.012 0.796 0.001 0.001 0.001 0.011 0.166 0.001 0.001 84 N 0.001 0.001 0.016 0.001 0.017 0.135 0.001 0.001 0.001 0.032 0.799 0.001 0.001 85 G 0.001 0.003 0.032 0.001 0.010 0.030 0.001 0.001 0.001 0.072 0.852 0.001 0.001 86 D 0.001 0.017 0.704 0.001 0.010 0.041 0.001 0.001 0.001 0.195 0.030 0.001 0.001 87 L 0.001 0.014 0.197 0.001 0.086 0.437 0.001 0.001 0.004 0.182 0.078 0.001 0.001 88 S 0.001 0.002 0.052 0.001 0.141 0.519 0.001 0.001 0.004 0.073 0.208 0.001 0.001 89 K 0.001 0.006 0.076 0.001 0.247 0.581 0.001 0.001 0.002 0.032 0.053 0.001 0.003 90 I 0.001 0.002 0.043 0.001 0.044 0.872 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.001 0.002 91 R 0.001 0.002 0.012 0.002 0.101 0.815 0.001 0.001 0.005 0.013 0.048 0.001 0.002 92 R 0.001 0.002 0.018 0.003 0.061 0.761 0.001 0.001 0.010 0.016 0.110 0.003 0.013 93 V 0.010 0.005 0.071 0.011 0.018 0.700 0.002 0.001 0.010 0.018 0.087 0.008 0.058 94 I 0.055 0.009 0.075 0.038 0.033 0.499 0.018 0.013 0.047 0.032 0.046 0.067 0.069 95 K 0.098 0.004 0.026 0.031 0.015 0.210 0.044 0.072 0.242 0.016 0.026 0.129 0.088 96 L 0.318 0.002 0.023 0.051 0.003 0.042 0.069 0.130 0.169 0.010 0.014 0.052 0.117 97 N 0.244 0.003 0.045 0.138 0.002 0.021 0.115 0.122 0.129 0.012 0.017 0.077 0.075 98 G 0.201 0.002 0.025 0.021 0.003 0.013 0.176 0.169 0.242 0.008 0.008 0.070 0.062 99 F 0.262 0.002 0.018 0.009 0.002 0.011 0.189 0.191 0.192 0.005 0.006 0.050 0.063 100 V 0.247 0.008 0.046 0.029 0.007 0.018 0.176 0.130 0.131 0.015 0.012 0.084 0.098 101 A 0.120 0.013 0.186 0.022 0.010 0.026 0.041 0.051 0.172 0.081 0.044 0.131 0.101 102 S 0.009 0.010 0.604 0.003 0.007 0.023 0.003 0.003 0.037 0.189 0.035 0.016 0.058 103 V 0.002 0.007 0.564 0.004 0.072 0.079 0.001 0.001 0.009 0.186 0.053 0.009 0.016 104 P 0.001 0.002 0.087 0.002 0.228 0.252 0.001 0.001 0.002 0.093 0.329 0.002 0.004 105 E 0.001 0.004 0.031 0.001 0.488 0.216 0.001 0.001 0.001 0.044 0.212 0.001 0.002 106 F 0.001 0.012 0.135 0.001 0.265 0.390 0.001 0.001 0.001 0.045 0.131 0.002 0.014 107 V 0.001 0.005 0.087 0.002 0.110 0.507 0.001 0.001 0.002 0.046 0.230 0.003 0.007 108 E 0.001 0.005 0.063 0.002 0.085 0.422 0.001 0.001 0.003 0.070 0.339 0.004 0.007 109 Q 0.003 0.012 0.174 0.004 0.047 0.406 0.001 0.001 0.005 0.179 0.142 0.007 0.018 110 H 0.004 0.011 0.256 0.006 0.046 0.361 0.001 0.001 0.009 0.134 0.137 0.014 0.021 111 L 0.003 0.008 0.132 0.005 0.088 0.491 0.003 0.003 0.022 0.045 0.168 0.010 0.021 112 V 0.009 0.022 0.092 0.005 0.068 0.557 0.006 0.012 0.030 0.045 0.108 0.023 0.024 113 I 0.020 0.027 0.146 0.006 0.034 0.495 0.006 0.007 0.017 0.085 0.087 0.027 0.044 114 N 0.005 0.010 0.238 0.005 0.025 0.426 0.001 0.001 0.007 0.144 0.109 0.017 0.013 115 G 0.001 0.004 0.100 0.001 0.019 0.700 0.001 0.001 0.002 0.064 0.102 0.002 0.005 116 A 0.001 0.002 0.031 0.001 0.008 0.921 0.001 0.001 0.001 0.015 0.019 0.001 0.002 117 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 118 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 120 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 122 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 123 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.812 0.001 0.001 0.001 0.004 0.153 0.001 0.005 124 L 0.001 0.005 0.068 0.002 0.021 0.413 0.001 0.001 0.002 0.051 0.424 0.008 0.006 125 G 0.001 0.007 0.322 0.001 0.018 0.113 0.001 0.001 0.002 0.176 0.351 0.005 0.005 126 E 0.001 0.012 0.460 0.001 0.041 0.032 0.001 0.001 0.002 0.269 0.178 0.003 0.003 127 P 0.001 0.012 0.186 0.001 0.067 0.039 0.001 0.001 0.003 0.141 0.547 0.001 0.003 128 G 0.001 0.021 0.199 0.002 0.027 0.015 0.001 0.001 0.006 0.314 0.412 0.003 0.002 129 R 0.001 0.018 0.672 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.007 0.245 0.019 0.007 0.010 130 H 0.001 0.021 0.772 0.005 0.011 0.020 0.001 0.001 0.019 0.074 0.017 0.007 0.053 131 A 0.005 0.023 0.347 0.052 0.101 0.175 0.004 0.002 0.039 0.087 0.071 0.054 0.040 132 R 0.019 0.019 0.156 0.050 0.147 0.208 0.018 0.014 0.068 0.065 0.065 0.027 0.144 133 A 0.085 0.011 0.103 0.030 0.052 0.239 0.035 0.027 0.107 0.041 0.030 0.167 0.072 134 A 0.170 0.020 0.060 0.017 0.016 0.184 0.106 0.070 0.085 0.022 0.026 0.065 0.159 135 V 0.267 0.032 0.048 0.029 0.012 0.103 0.080 0.099 0.083 0.019 0.017 0.121 0.091 136 G 0.230 0.013 0.080 0.022 0.015 0.200 0.038 0.029 0.072 0.027 0.033 0.148 0.093 137 M 0.100 0.019 0.098 0.048 0.119 0.248 0.027 0.015 0.039 0.038 0.086 0.030 0.134 138 A 0.035 0.012 0.129 0.041 0.170 0.195 0.007 0.004 0.020 0.084 0.181 0.072 0.050 139 S 0.015 0.021 0.211 0.012 0.137 0.113 0.002 0.001 0.015 0.133 0.236 0.021 0.081 140 L 0.003 0.032 0.485 0.003 0.052 0.027 0.001 0.001 0.005 0.273 0.081 0.022 0.017 141 P 0.001 0.008 0.696 0.002 0.033 0.011 0.001 0.001 0.003 0.132 0.092 0.008 0.014 142 F 0.001 0.007 0.103 0.004 0.076 0.013 0.001 0.001 0.002 0.137 0.652 0.003 0.004 143 N 0.001 0.007 0.157 0.009 0.023 0.004 0.001 0.001 0.003 0.261 0.524 0.004 0.006 144 A 0.007 0.014 0.552 0.019 0.024 0.005 0.002 0.001 0.021 0.230 0.040 0.044 0.042 145 S 0.053 0.015 0.235 0.024 0.004 0.003 0.025 0.009 0.170 0.040 0.009 0.058 0.354 146 V 0.224 0.005 0.037 0.031 0.001 0.001 0.061 0.064 0.229 0.004 0.001 0.185 0.158 147 E 0.289 0.001 0.008 0.039 0.001 0.001 0.155 0.115 0.170 0.001 0.001 0.124 0.096 148 I 0.453 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 0.161 0.080 0.070 0.001 0.001 0.046 0.157 149 D 0.513 0.001 0.003 0.076 0.001 0.001 0.123 0.058 0.104 0.001 0.001 0.093 0.028 150 A 0.743 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.087 0.042 0.061 0.001 0.001 0.024 0.036 151 I 0.654 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.154 0.059 0.046 0.001 0.001 0.013 0.058 152 V 0.384 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.193 0.043 0.086 0.001 0.001 0.259 0.016 153 E 0.380 0.001 0.017 0.008 0.001 0.001 0.098 0.027 0.097 0.004 0.001 0.013 0.353 154 I 0.076 0.005 0.176 0.062 0.001 0.001 0.027 0.008 0.143 0.045 0.005 0.402 0.048 155 D 0.016 0.006 0.467 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.111 0.060 0.005 0.026 0.295 156 V 0.003 0.006 0.768 0.005 0.010 0.003 0.001 0.001 0.023 0.070 0.008 0.048 0.054