# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1672.69 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.121 0.236 0.003 0.012 0.016 0.020 0.053 0.015 0.002 0.038 0.485 2 S 0.056 0.332 0.002 0.010 0.016 0.016 0.069 0.006 0.001 0.046 0.445 3 D 0.033 0.466 0.005 0.011 0.017 0.022 0.054 0.008 0.002 0.062 0.319 4 V 0.064 0.600 0.009 0.006 0.010 0.011 0.036 0.012 0.004 0.052 0.197 5 I 0.079 0.770 0.005 0.002 0.004 0.004 0.012 0.010 0.003 0.019 0.092 6 E 0.062 0.712 0.005 0.004 0.006 0.007 0.019 0.007 0.003 0.036 0.140 7 G 0.043 0.597 0.010 0.007 0.010 0.017 0.041 0.007 0.005 0.076 0.186 8 R 0.090 0.410 0.032 0.012 0.016 0.021 0.049 0.015 0.010 0.123 0.221 9 L 0.221 0.186 0.044 0.015 0.020 0.026 0.071 0.024 0.017 0.083 0.294 10 K 0.231 0.080 0.007 0.014 0.018 0.029 0.073 0.011 0.004 0.047 0.486 11 E 0.057 0.013 0.002 0.020 0.023 0.033 0.088 0.006 0.001 0.076 0.680 12 L 0.031 0.012 0.002 0.050 0.045 0.050 0.140 0.004 0.001 0.058 0.607 13 G 0.026 0.004 0.001 0.076 0.043 0.089 0.101 0.004 0.001 0.057 0.599 14 F 0.008 0.004 0.001 0.073 0.050 0.042 0.152 0.002 0.001 0.023 0.644 15 T 0.024 0.016 0.001 0.076 0.037 0.052 0.110 0.004 0.001 0.027 0.651 16 L 0.224 0.029 0.002 0.050 0.024 0.027 0.100 0.014 0.001 0.056 0.475 17 P 0.180 0.051 0.002 0.033 0.011 0.015 0.094 0.007 0.001 0.030 0.575 18 V 0.121 0.030 0.002 0.034 0.008 0.014 0.088 0.007 0.001 0.049 0.648 19 A 0.081 0.025 0.003 0.037 0.012 0.020 0.140 0.008 0.001 0.052 0.621 20 A 0.071 0.040 0.003 0.019 0.009 0.010 0.134 0.006 0.001 0.039 0.669 21 A 0.180 0.025 0.006 0.026 0.022 0.020 0.114 0.013 0.002 0.084 0.507 22 P 0.205 0.027 0.004 0.015 0.013 0.016 0.127 0.011 0.002 0.042 0.537 23 A 0.240 0.020 0.002 0.018 0.014 0.021 0.075 0.011 0.001 0.041 0.559 24 A 0.047 0.009 0.001 0.028 0.022 0.025 0.138 0.003 0.001 0.041 0.686 25 N 0.015 0.033 0.002 0.044 0.035 0.061 0.107 0.003 0.001 0.033 0.667 26 Y 0.021 0.036 0.001 0.027 0.065 0.062 0.105 0.006 0.001 0.073 0.603 27 V 0.047 0.068 0.002 0.065 0.117 0.104 0.098 0.006 0.001 0.210 0.282 28 P 0.011 0.038 0.002 0.112 0.090 0.100 0.083 0.001 0.001 0.178 0.384 29 F 0.009 0.022 0.007 0.167 0.096 0.149 0.089 0.002 0.001 0.230 0.227 30 T 0.036 0.020 0.018 0.136 0.123 0.181 0.065 0.004 0.004 0.127 0.285 31 I 0.099 0.020 0.005 0.061 0.072 0.085 0.093 0.006 0.002 0.107 0.450 32 S 0.052 0.018 0.002 0.062 0.053 0.070 0.120 0.003 0.001 0.057 0.562 33 G 0.012 0.011 0.001 0.078 0.062 0.105 0.162 0.001 0.001 0.054 0.513 34 N 0.005 0.005 0.001 0.130 0.123 0.408 0.070 0.001 0.001 0.064 0.194 35 L 0.001 0.003 0.001 0.169 0.252 0.259 0.086 0.001 0.001 0.062 0.165 36 L 0.001 0.001 0.001 0.270 0.278 0.350 0.020 0.001 0.001 0.039 0.039 37 Y 0.008 0.002 0.001 0.210 0.217 0.323 0.037 0.001 0.001 0.069 0.130 38 V 0.053 0.008 0.001 0.192 0.258 0.233 0.031 0.003 0.001 0.028 0.192 39 S 0.034 0.003 0.001 0.088 0.104 0.195 0.083 0.001 0.001 0.049 0.442 40 G 0.012 0.005 0.001 0.112 0.108 0.225 0.118 0.001 0.001 0.038 0.380 41 Q 0.016 0.004 0.001 0.059 0.092 0.166 0.079 0.002 0.001 0.022 0.560 42 L 0.022 0.005 0.001 0.074 0.191 0.157 0.075 0.001 0.001 0.042 0.433 43 P 0.011 0.003 0.001 0.052 0.081 0.130 0.227 0.001 0.001 0.048 0.445 44 M 0.073 0.010 0.003 0.025 0.041 0.059 0.089 0.003 0.001 0.042 0.654 45 E 0.742 0.005 0.001 0.009 0.010 0.013 0.036 0.003 0.001 0.018 0.163 46 S 0.025 0.005 0.001 0.007 0.009 0.019 0.098 0.001 0.001 0.012 0.823 47 G 0.007 0.008 0.001 0.026 0.034 0.065 0.132 0.001 0.001 0.024 0.702 48 K 0.014 0.004 0.001 0.061 0.110 0.321 0.089 0.002 0.001 0.137 0.264 49 I 0.007 0.002 0.001 0.056 0.213 0.177 0.113 0.001 0.001 0.069 0.361 50 A 0.043 0.004 0.001 0.102 0.173 0.201 0.054 0.002 0.001 0.053 0.367 51 V 0.049 0.005 0.001 0.134 0.145 0.153 0.076 0.002 0.001 0.041 0.395 52 T 0.006 0.005 0.001 0.073 0.079 0.192 0.132 0.001 0.001 0.022 0.490 53 G 0.011 0.014 0.001 0.122 0.109 0.263 0.111 0.001 0.001 0.053 0.315 54 L 0.016 0.006 0.003 0.131 0.200 0.283 0.087 0.002 0.001 0.055 0.217 55 V 0.077 0.011 0.002 0.062 0.075 0.119 0.112 0.006 0.001 0.055 0.480 56 G 0.383 0.005 0.001 0.082 0.043 0.056 0.050 0.007 0.001 0.049 0.323 57 R 0.023 0.002 0.001 0.064 0.030 0.036 0.141 0.001 0.001 0.016 0.686 58 D 0.006 0.007 0.001 0.059 0.019 0.052 0.135 0.001 0.001 0.013 0.707 59 V 0.010 0.026 0.001 0.027 0.054 0.036 0.140 0.004 0.001 0.024 0.677 60 D 0.262 0.303 0.001 0.021 0.021 0.029 0.049 0.017 0.001 0.054 0.242 61 V 0.080 0.561 0.001 0.010 0.007 0.005 0.026 0.005 0.001 0.026 0.280 62 A 0.015 0.738 0.001 0.008 0.005 0.005 0.024 0.003 0.001 0.049 0.151 63 S 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 64 A 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.009 65 Q 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 66 R 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 67 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 68 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 69 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 70 L 0.005 0.484 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.484 0.015 71 C 0.002 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.002 72 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 73 V 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 74 N 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 75 I 0.002 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 76 L 0.002 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 77 A 0.004 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 78 Q 0.014 0.864 0.015 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.062 0.025 79 V 0.066 0.723 0.027 0.002 0.001 0.001 0.013 0.006 0.021 0.087 0.054 80 K 0.167 0.128 0.039 0.008 0.002 0.002 0.051 0.014 0.029 0.258 0.303 81 A 0.123 0.037 0.040 0.011 0.002 0.004 0.093 0.014 0.030 0.137 0.510 82 A 0.299 0.007 0.005 0.008 0.001 0.002 0.051 0.010 0.007 0.043 0.567 83 L 0.084 0.003 0.001 0.010 0.001 0.002 0.087 0.003 0.001 0.014 0.795 84 N 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.133 0.001 0.001 0.011 0.836 85 G 0.024 0.035 0.002 0.016 0.006 0.006 0.191 0.004 0.001 0.038 0.677 86 D 0.278 0.122 0.003 0.020 0.008 0.013 0.074 0.024 0.001 0.036 0.422 87 L 0.322 0.134 0.003 0.013 0.006 0.008 0.051 0.010 0.001 0.041 0.411 88 S 0.081 0.081 0.007 0.031 0.021 0.029 0.078 0.006 0.002 0.047 0.616 89 K 0.088 0.110 0.007 0.017 0.013 0.030 0.101 0.010 0.003 0.059 0.562 90 I 0.192 0.112 0.010 0.020 0.042 0.056 0.087 0.014 0.003 0.081 0.383 91 R 0.015 0.026 0.004 0.023 0.068 0.051 0.129 0.002 0.001 0.072 0.609 92 R 0.009 0.027 0.005 0.090 0.086 0.233 0.103 0.002 0.001 0.126 0.319 93 V 0.005 0.006 0.003 0.112 0.132 0.175 0.114 0.001 0.001 0.137 0.316 94 I 0.004 0.006 0.003 0.338 0.186 0.196 0.060 0.001 0.001 0.073 0.133 95 K 0.003 0.003 0.001 0.298 0.132 0.269 0.052 0.001 0.001 0.067 0.175 96 L 0.002 0.006 0.001 0.326 0.226 0.193 0.053 0.001 0.001 0.048 0.143 97 N 0.003 0.005 0.001 0.414 0.128 0.290 0.030 0.001 0.001 0.051 0.080 98 G 0.003 0.003 0.001 0.280 0.202 0.299 0.033 0.001 0.001 0.063 0.115 99 F 0.013 0.003 0.001 0.244 0.197 0.328 0.024 0.002 0.001 0.040 0.148 100 V 0.015 0.003 0.001 0.285 0.174 0.158 0.053 0.001 0.001 0.064 0.246 101 A 0.004 0.004 0.002 0.124 0.095 0.100 0.159 0.001 0.001 0.025 0.485 102 S 0.107 0.104 0.002 0.024 0.025 0.039 0.080 0.011 0.001 0.025 0.580 103 V 0.579 0.149 0.001 0.006 0.008 0.007 0.032 0.015 0.001 0.023 0.181 104 P 0.050 0.266 0.002 0.007 0.006 0.007 0.086 0.003 0.001 0.037 0.536 105 E 0.084 0.378 0.006 0.007 0.006 0.012 0.055 0.009 0.002 0.069 0.371 106 F 0.253 0.250 0.011 0.006 0.010 0.011 0.053 0.025 0.004 0.096 0.281 107 V 0.174 0.318 0.011 0.010 0.015 0.014 0.060 0.010 0.004 0.057 0.328 108 E 0.053 0.249 0.005 0.013 0.022 0.030 0.066 0.010 0.002 0.041 0.508 109 Q 0.053 0.344 0.003 0.014 0.026 0.028 0.071 0.008 0.001 0.061 0.392 110 H 0.064 0.091 0.007 0.028 0.032 0.037 0.102 0.008 0.003 0.289 0.339 111 L 0.040 0.080 0.024 0.035 0.030 0.039 0.125 0.007 0.007 0.134 0.478 112 V 0.130 0.153 0.004 0.019 0.019 0.022 0.052 0.015 0.003 0.040 0.543 113 I 0.179 0.084 0.002 0.035 0.023 0.019 0.068 0.013 0.002 0.168 0.409 114 N 0.017 0.154 0.002 0.023 0.011 0.013 0.147 0.002 0.001 0.143 0.487 115 G 0.018 0.691 0.002 0.012 0.004 0.007 0.026 0.004 0.001 0.052 0.184 116 A 0.011 0.905 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.016 0.052 117 S 0.005 0.890 0.001 0.003 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.051 0.038 118 N 0.004 0.047 0.001 0.004 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.907 0.021 119 L 0.016 0.507 0.054 0.027 0.011 0.006 0.029 0.003 0.012 0.289 0.047 120 I 0.173 0.427 0.032 0.030 0.012 0.015 0.024 0.012 0.015 0.102 0.159 121 A 0.181 0.141 0.029 0.024 0.019 0.032 0.048 0.024 0.014 0.106 0.383 122 T 0.125 0.034 0.005 0.019 0.013 0.028 0.105 0.009 0.004 0.077 0.582 123 V 0.081 0.009 0.005 0.041 0.013 0.017 0.149 0.006 0.003 0.105 0.571 124 L 0.013 0.002 0.004 0.025 0.010 0.011 0.234 0.003 0.002 0.032 0.663 125 G 0.039 0.005 0.002 0.010 0.007 0.009 0.068 0.005 0.001 0.016 0.838 126 E 0.422 0.005 0.001 0.018 0.011 0.011 0.069 0.010 0.001 0.046 0.407 127 P 0.025 0.005 0.001 0.015 0.006 0.009 0.169 0.001 0.001 0.018 0.749 128 G 0.029 0.041 0.001 0.020 0.007 0.013 0.112 0.002 0.001 0.023 0.750 129 R 0.092 0.088 0.004 0.028 0.033 0.035 0.124 0.008 0.001 0.071 0.517 130 H 0.044 0.078 0.005 0.030 0.035 0.055 0.127 0.006 0.001 0.110 0.509 131 A 0.054 0.093 0.005 0.066 0.067 0.106 0.104 0.005 0.001 0.132 0.367 132 R 0.014 0.055 0.005 0.127 0.115 0.095 0.084 0.003 0.001 0.131 0.371 133 A 0.008 0.091 0.003 0.189 0.129 0.241 0.083 0.003 0.001 0.062 0.189 134 A 0.007 0.076 0.002 0.156 0.144 0.248 0.054 0.003 0.001 0.092 0.218 135 V 0.007 0.056 0.007 0.182 0.323 0.191 0.028 0.003 0.001 0.093 0.108 136 G 0.039 0.033 0.009 0.166 0.136 0.350 0.045 0.011 0.003 0.085 0.122 137 M 0.093 0.015 0.005 0.129 0.112 0.123 0.049 0.008 0.002 0.076 0.389 138 A 0.032 0.005 0.003 0.177 0.118 0.130 0.103 0.003 0.002 0.050 0.377 139 S 0.005 0.004 0.006 0.052 0.045 0.072 0.105 0.001 0.002 0.023 0.685 140 L 0.109 0.010 0.007 0.026 0.063 0.072 0.106 0.013 0.003 0.038 0.552 141 P 0.367 0.005 0.004 0.014 0.016 0.028 0.100 0.009 0.001 0.055 0.402 142 F 0.029 0.005 0.001 0.029 0.019 0.022 0.148 0.001 0.001 0.022 0.724 143 N 0.009 0.005 0.001 0.063 0.027 0.110 0.155 0.001 0.001 0.041 0.589 144 A 0.002 0.011 0.001 0.109 0.169 0.148 0.123 0.001 0.001 0.044 0.392 145 S 0.001 0.004 0.001 0.146 0.174 0.393 0.060 0.001 0.001 0.103 0.118 146 V 0.001 0.006 0.001 0.214 0.337 0.312 0.020 0.001 0.001 0.041 0.068 147 E 0.001 0.004 0.001 0.250 0.251 0.383 0.015 0.001 0.001 0.045 0.051 148 I 0.001 0.008 0.001 0.193 0.352 0.379 0.009 0.001 0.001 0.024 0.034 149 D 0.001 0.005 0.001 0.135 0.282 0.504 0.012 0.001 0.001 0.018 0.044 150 A 0.001 0.005 0.001 0.065 0.291 0.587 0.007 0.001 0.001 0.014 0.027 151 I 0.002 0.002 0.001 0.054 0.342 0.516 0.011 0.001 0.001 0.019 0.053 152 V 0.003 0.003 0.001 0.047 0.355 0.481 0.018 0.001 0.001 0.017 0.075 153 E 0.010 0.002 0.001 0.043 0.217 0.409 0.042 0.001 0.001 0.027 0.248 154 I 0.024 0.004 0.001 0.036 0.230 0.281 0.067 0.001 0.001 0.027 0.328 155 D 0.028 0.004 0.001 0.018 0.080 0.158 0.100 0.001 0.001 0.023 0.587 156 V 0.032 0.012 0.001 0.017 0.066 0.079 0.127 0.001 0.001 0.027 0.637