# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1672.69 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.243 0.009 0.013 0.017 0.075 0.056 0.470 2 S 0.063 0.436 0.008 0.014 0.016 0.066 0.055 0.343 3 D 0.053 0.440 0.012 0.015 0.018 0.057 0.107 0.299 4 V 0.069 0.619 0.008 0.012 0.013 0.030 0.078 0.172 5 I 0.122 0.698 0.005 0.006 0.009 0.016 0.053 0.091 6 E 0.037 0.703 0.006 0.012 0.012 0.024 0.044 0.162 7 G 0.073 0.630 0.010 0.010 0.021 0.022 0.071 0.163 8 R 0.067 0.462 0.026 0.038 0.046 0.035 0.127 0.199 9 L 0.163 0.135 0.105 0.060 0.067 0.060 0.206 0.206 10 K 0.382 0.056 0.030 0.028 0.035 0.051 0.075 0.343 11 E 0.069 0.009 0.043 0.013 0.022 0.102 0.057 0.686 12 L 0.016 0.014 0.133 0.035 0.054 0.123 0.045 0.581 13 G 0.011 0.005 0.062 0.021 0.040 0.135 0.023 0.704 14 F 0.006 0.004 0.147 0.063 0.050 0.139 0.024 0.567 15 T 0.071 0.019 0.138 0.043 0.059 0.118 0.052 0.500 16 L 0.221 0.031 0.080 0.017 0.018 0.095 0.096 0.442 17 P 0.103 0.029 0.065 0.011 0.017 0.099 0.068 0.608 18 V 0.082 0.024 0.042 0.011 0.025 0.113 0.056 0.647 19 A 0.033 0.026 0.031 0.016 0.030 0.145 0.033 0.686 20 A 0.091 0.046 0.018 0.016 0.025 0.111 0.043 0.651 21 A 0.212 0.037 0.010 0.019 0.021 0.097 0.115 0.489 22 P 0.072 0.027 0.021 0.015 0.024 0.116 0.068 0.657 23 A 0.098 0.017 0.021 0.010 0.024 0.098 0.055 0.675 24 A 0.094 0.013 0.025 0.020 0.031 0.137 0.091 0.589 25 N 0.016 0.011 0.025 0.018 0.036 0.149 0.027 0.718 26 Y 0.018 0.009 0.032 0.018 0.046 0.165 0.051 0.661 27 V 0.023 0.031 0.053 0.096 0.109 0.124 0.130 0.433 28 P 0.011 0.010 0.110 0.090 0.179 0.091 0.094 0.416 29 F 0.004 0.004 0.267 0.131 0.198 0.072 0.111 0.213 30 T 0.013 0.002 0.209 0.202 0.165 0.066 0.107 0.236 31 I 0.201 0.002 0.105 0.060 0.092 0.088 0.052 0.402 32 S 0.127 0.004 0.046 0.021 0.047 0.123 0.041 0.591 33 G 0.002 0.001 0.024 0.014 0.033 0.162 0.015 0.749 34 N 0.001 0.004 0.124 0.186 0.441 0.058 0.046 0.140 35 L 0.001 0.001 0.106 0.284 0.318 0.043 0.015 0.232 36 L 0.001 0.001 0.357 0.366 0.208 0.012 0.027 0.030 37 Y 0.006 0.001 0.345 0.164 0.346 0.020 0.044 0.074 38 V 0.045 0.004 0.362 0.189 0.192 0.036 0.063 0.109 39 S 0.025 0.003 0.084 0.076 0.129 0.108 0.041 0.535 40 G 0.017 0.009 0.131 0.103 0.235 0.110 0.047 0.349 41 Q 0.037 0.013 0.069 0.068 0.136 0.115 0.057 0.505 42 L 0.037 0.003 0.053 0.088 0.088 0.157 0.073 0.500 43 P 0.013 0.004 0.030 0.069 0.092 0.154 0.080 0.559 44 M 0.069 0.008 0.027 0.024 0.052 0.098 0.056 0.667 45 E 0.420 0.031 0.007 0.014 0.015 0.061 0.098 0.353 46 S 0.037 0.015 0.007 0.011 0.015 0.128 0.027 0.761 47 G 0.026 0.023 0.013 0.018 0.059 0.102 0.035 0.723 48 K 0.028 0.012 0.031 0.090 0.129 0.126 0.122 0.461 49 I 0.019 0.014 0.052 0.147 0.150 0.104 0.091 0.423 50 A 0.058 0.012 0.062 0.081 0.177 0.097 0.071 0.441 51 V 0.067 0.013 0.064 0.090 0.152 0.100 0.077 0.436 52 T 0.012 0.006 0.059 0.090 0.141 0.106 0.036 0.550 53 G 0.018 0.006 0.063 0.123 0.250 0.089 0.038 0.413 54 L 0.013 0.004 0.124 0.195 0.215 0.086 0.067 0.295 55 V 0.077 0.004 0.082 0.080 0.084 0.106 0.031 0.536 56 G 0.182 0.010 0.054 0.030 0.054 0.089 0.115 0.465 57 R 0.020 0.009 0.065 0.024 0.034 0.101 0.019 0.727 58 D 0.016 0.013 0.019 0.017 0.030 0.115 0.025 0.765 59 V 0.007 0.013 0.081 0.033 0.029 0.129 0.060 0.647 60 D 0.150 0.563 0.009 0.008 0.009 0.031 0.069 0.160 61 V 0.148 0.699 0.002 0.001 0.001 0.016 0.050 0.082 62 A 0.005 0.847 0.003 0.001 0.001 0.013 0.034 0.096 63 S 0.003 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.006 64 A 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.003 65 Q 0.001 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.002 66 R 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 67 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 68 A 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 69 E 0.004 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.003 70 L 0.006 0.520 0.006 0.001 0.001 0.005 0.445 0.016 71 C 0.004 0.912 0.003 0.001 0.001 0.003 0.065 0.013 72 A 0.007 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.032 0.009 73 V 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.012 74 N 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 75 I 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 76 L 0.002 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.002 77 A 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.006 78 Q 0.008 0.935 0.003 0.001 0.001 0.002 0.044 0.007 79 V 0.026 0.884 0.007 0.001 0.001 0.004 0.063 0.015 80 K 0.137 0.347 0.018 0.002 0.001 0.036 0.257 0.202 81 A 0.099 0.187 0.026 0.003 0.002 0.067 0.119 0.497 82 A 0.320 0.080 0.026 0.001 0.001 0.061 0.059 0.451 83 L 0.283 0.070 0.006 0.001 0.001 0.048 0.022 0.570 84 N 0.030 0.016 0.005 0.001 0.001 0.079 0.009 0.860 85 G 0.010 0.037 0.019 0.002 0.003 0.132 0.024 0.774 86 D 0.117 0.245 0.013 0.003 0.003 0.075 0.054 0.490 87 L 0.466 0.179 0.005 0.002 0.001 0.039 0.055 0.253 88 S 0.042 0.175 0.025 0.005 0.005 0.071 0.084 0.594 89 K 0.168 0.149 0.053 0.003 0.010 0.070 0.068 0.477 90 I 0.200 0.284 0.028 0.014 0.015 0.061 0.098 0.300 91 R 0.011 0.064 0.074 0.029 0.058 0.116 0.073 0.576 92 R 0.009 0.094 0.119 0.083 0.179 0.077 0.155 0.283 93 V 0.003 0.022 0.309 0.147 0.180 0.060 0.094 0.184 94 I 0.003 0.009 0.618 0.114 0.123 0.023 0.057 0.054 95 K 0.005 0.008 0.376 0.156 0.176 0.043 0.088 0.148 96 L 0.004 0.005 0.519 0.101 0.132 0.037 0.040 0.163 97 N 0.006 0.006 0.535 0.117 0.154 0.036 0.038 0.108 98 G 0.008 0.008 0.462 0.098 0.137 0.046 0.061 0.180 99 F 0.011 0.008 0.357 0.138 0.161 0.056 0.035 0.233 100 V 0.011 0.004 0.185 0.115 0.156 0.108 0.047 0.373 101 A 0.004 0.004 0.270 0.052 0.104 0.092 0.037 0.436 102 S 0.196 0.152 0.045 0.014 0.024 0.086 0.104 0.379 103 V 0.394 0.214 0.005 0.005 0.003 0.052 0.081 0.247 104 P 0.087 0.305 0.008 0.004 0.005 0.061 0.089 0.441 105 E 0.064 0.356 0.021 0.003 0.010 0.048 0.155 0.342 106 F 0.196 0.215 0.015 0.007 0.008 0.057 0.267 0.235 107 V 0.109 0.350 0.006 0.010 0.008 0.068 0.098 0.350 108 E 0.028 0.384 0.005 0.002 0.009 0.051 0.034 0.487 109 Q 0.032 0.720 0.005 0.005 0.005 0.026 0.079 0.128 110 H 0.072 0.401 0.019 0.011 0.009 0.048 0.309 0.131 111 L 0.052 0.192 0.062 0.017 0.018 0.083 0.266 0.310 112 V 0.130 0.341 0.040 0.006 0.013 0.057 0.094 0.320 113 I 0.075 0.233 0.042 0.007 0.009 0.090 0.150 0.395 114 N 0.019 0.373 0.052 0.009 0.008 0.085 0.137 0.316 115 G 0.024 0.728 0.012 0.002 0.004 0.029 0.039 0.162 116 A 0.018 0.899 0.005 0.002 0.002 0.010 0.023 0.041 117 S 0.008 0.909 0.004 0.001 0.003 0.010 0.029 0.036 118 N 0.006 0.396 0.027 0.006 0.007 0.020 0.492 0.045 119 L 0.011 0.580 0.056 0.020 0.016 0.025 0.217 0.075 120 I 0.059 0.523 0.158 0.021 0.019 0.023 0.140 0.056 121 A 0.063 0.160 0.087 0.033 0.024 0.085 0.136 0.412 122 T 0.047 0.065 0.065 0.028 0.052 0.103 0.065 0.575 123 V 0.075 0.023 0.117 0.020 0.056 0.121 0.050 0.538 124 L 0.019 0.011 0.079 0.023 0.030 0.137 0.049 0.651 125 G 0.091 0.013 0.018 0.011 0.012 0.113 0.030 0.712 126 E 0.326 0.016 0.015 0.005 0.006 0.083 0.079 0.470 127 P 0.014 0.007 0.007 0.002 0.003 0.090 0.014 0.863 128 G 0.041 0.042 0.012 0.004 0.009 0.122 0.035 0.736 129 R 0.051 0.148 0.018 0.025 0.020 0.121 0.071 0.546 130 H 0.106 0.216 0.023 0.021 0.041 0.084 0.119 0.391 131 A 0.055 0.243 0.050 0.047 0.081 0.076 0.184 0.264 132 R 0.031 0.126 0.104 0.078 0.179 0.057 0.196 0.230 133 A 0.018 0.193 0.103 0.151 0.277 0.040 0.063 0.155 134 A 0.018 0.125 0.096 0.142 0.343 0.042 0.045 0.190 135 V 0.014 0.044 0.152 0.273 0.244 0.038 0.123 0.112 136 G 0.091 0.054 0.072 0.178 0.242 0.051 0.113 0.200 137 M 0.175 0.023 0.061 0.109 0.142 0.067 0.077 0.345 138 A 0.029 0.011 0.054 0.072 0.171 0.096 0.027 0.540 139 S 0.016 0.003 0.051 0.046 0.105 0.139 0.036 0.605 140 L 0.097 0.005 0.021 0.056 0.049 0.118 0.050 0.604 141 P 0.351 0.006 0.010 0.010 0.018 0.081 0.044 0.480 142 F 0.027 0.005 0.012 0.012 0.021 0.123 0.024 0.776 143 N 0.008 0.007 0.014 0.022 0.065 0.160 0.047 0.679 144 A 0.001 0.006 0.062 0.205 0.335 0.089 0.045 0.257 145 S 0.001 0.006 0.168 0.183 0.490 0.029 0.056 0.067 146 V 0.001 0.004 0.145 0.431 0.299 0.017 0.054 0.048 147 E 0.001 0.002 0.229 0.256 0.420 0.016 0.035 0.041 148 I 0.001 0.003 0.134 0.519 0.241 0.013 0.057 0.031 149 D 0.003 0.003 0.095 0.237 0.455 0.025 0.033 0.149 150 A 0.003 0.007 0.100 0.491 0.311 0.016 0.040 0.031 151 I 0.003 0.003 0.081 0.288 0.444 0.024 0.032 0.125 152 V 0.006 0.002 0.079 0.389 0.325 0.039 0.033 0.127 153 E 0.019 0.002 0.063 0.204 0.342 0.048 0.046 0.276 154 I 0.037 0.003 0.092 0.109 0.172 0.079 0.041 0.467 155 D 0.028 0.005 0.025 0.048 0.064 0.089 0.037 0.704 156 V 0.025 0.004 0.026 0.031 0.050 0.099 0.033 0.731