# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1672.69 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.215 0.163 0.052 0.114 0.099 0.072 0.106 0.075 0.051 0.033 0.020 2 S 0.220 0.112 0.049 0.107 0.099 0.083 0.120 0.077 0.065 0.043 0.026 3 D 0.414 0.186 0.100 0.138 0.070 0.037 0.028 0.013 0.008 0.004 0.002 4 V 0.173 0.169 0.088 0.199 0.142 0.081 0.070 0.039 0.021 0.011 0.007 5 I 0.036 0.060 0.034 0.064 0.080 0.094 0.173 0.155 0.134 0.104 0.066 6 E 0.122 0.115 0.113 0.226 0.172 0.103 0.080 0.037 0.019 0.009 0.004 7 G 0.236 0.106 0.265 0.176 0.086 0.055 0.043 0.019 0.009 0.005 0.002 8 R 0.049 0.080 0.118 0.231 0.170 0.127 0.120 0.054 0.029 0.014 0.006 9 L 0.011 0.012 0.020 0.025 0.038 0.055 0.146 0.174 0.198 0.194 0.127 10 K 0.029 0.079 0.257 0.253 0.177 0.091 0.057 0.028 0.015 0.009 0.004 11 E 0.055 0.088 0.316 0.205 0.128 0.086 0.060 0.032 0.016 0.011 0.004 12 L 0.035 0.038 0.052 0.093 0.103 0.164 0.205 0.131 0.092 0.061 0.026 13 G 0.109 0.098 0.061 0.116 0.099 0.100 0.147 0.106 0.080 0.055 0.029 14 F 0.031 0.017 0.035 0.044 0.058 0.098 0.165 0.142 0.169 0.150 0.090 15 T 0.115 0.184 0.124 0.191 0.124 0.087 0.081 0.040 0.029 0.017 0.009 16 L 0.024 0.026 0.019 0.046 0.060 0.091 0.164 0.152 0.172 0.139 0.108 17 P 0.324 0.167 0.052 0.137 0.105 0.066 0.062 0.039 0.024 0.015 0.009 18 V 0.231 0.152 0.055 0.167 0.108 0.087 0.083 0.051 0.034 0.021 0.012 19 A 0.106 0.072 0.026 0.085 0.088 0.097 0.127 0.112 0.114 0.094 0.079 20 A 0.139 0.112 0.029 0.098 0.094 0.090 0.130 0.101 0.090 0.068 0.049 21 A 0.156 0.162 0.070 0.180 0.133 0.093 0.074 0.049 0.038 0.027 0.018 22 P 0.243 0.124 0.041 0.121 0.101 0.088 0.098 0.070 0.053 0.036 0.023 23 A 0.158 0.114 0.032 0.137 0.110 0.097 0.116 0.085 0.069 0.048 0.034 24 A 0.070 0.054 0.029 0.088 0.097 0.109 0.139 0.123 0.121 0.097 0.074 25 N 0.095 0.103 0.056 0.153 0.134 0.120 0.123 0.080 0.067 0.042 0.026 26 Y 0.016 0.018 0.018 0.047 0.061 0.075 0.136 0.139 0.183 0.156 0.151 27 V 0.017 0.022 0.020 0.059 0.074 0.080 0.124 0.148 0.170 0.154 0.131 28 P 0.054 0.076 0.050 0.152 0.143 0.117 0.141 0.095 0.086 0.053 0.032 29 F 0.008 0.007 0.010 0.025 0.039 0.039 0.086 0.149 0.187 0.197 0.252 30 T 0.019 0.020 0.024 0.063 0.077 0.082 0.126 0.142 0.163 0.160 0.125 31 I 0.020 0.036 0.037 0.089 0.102 0.131 0.184 0.119 0.129 0.094 0.058 32 S 0.012 0.016 0.022 0.046 0.063 0.070 0.134 0.148 0.176 0.153 0.160 33 G 0.082 0.066 0.049 0.121 0.108 0.114 0.158 0.090 0.099 0.074 0.040 34 N 0.071 0.087 0.074 0.164 0.125 0.107 0.146 0.080 0.076 0.043 0.027 35 L 0.011 0.019 0.021 0.050 0.064 0.082 0.137 0.134 0.185 0.160 0.137 36 L 0.003 0.007 0.010 0.020 0.026 0.041 0.084 0.114 0.186 0.206 0.302 37 Y 0.005 0.010 0.021 0.044 0.075 0.101 0.179 0.174 0.163 0.124 0.105 38 V 0.001 0.002 0.011 0.010 0.017 0.020 0.062 0.119 0.234 0.253 0.271 39 S 0.003 0.007 0.018 0.042 0.056 0.045 0.097 0.164 0.206 0.192 0.170 40 G 0.013 0.020 0.020 0.042 0.042 0.074 0.131 0.115 0.222 0.196 0.125 41 Q 0.013 0.017 0.019 0.057 0.089 0.077 0.154 0.215 0.144 0.109 0.107 42 L 0.013 0.012 0.020 0.033 0.045 0.041 0.091 0.213 0.179 0.202 0.151 43 P 0.037 0.029 0.046 0.082 0.092 0.069 0.136 0.145 0.147 0.115 0.102 44 M 0.045 0.040 0.046 0.090 0.108 0.115 0.190 0.128 0.113 0.073 0.050 45 E 0.114 0.232 0.112 0.185 0.111 0.082 0.074 0.032 0.030 0.018 0.010 46 S 0.415 0.184 0.050 0.117 0.077 0.046 0.048 0.026 0.017 0.011 0.008 47 G 0.541 0.159 0.040 0.087 0.050 0.032 0.034 0.022 0.016 0.011 0.007 48 K 0.192 0.181 0.062 0.177 0.126 0.084 0.073 0.043 0.031 0.019 0.012 49 I 0.060 0.051 0.032 0.080 0.096 0.111 0.148 0.138 0.120 0.087 0.079 50 A 0.082 0.079 0.064 0.146 0.140 0.112 0.121 0.093 0.073 0.050 0.041 51 V 0.025 0.027 0.029 0.053 0.064 0.082 0.141 0.146 0.173 0.146 0.114 52 T 0.079 0.080 0.044 0.167 0.162 0.100 0.112 0.094 0.074 0.050 0.038 53 G 0.194 0.060 0.035 0.085 0.082 0.079 0.126 0.105 0.103 0.080 0.050 54 L 0.104 0.108 0.053 0.179 0.146 0.120 0.111 0.068 0.054 0.034 0.023 55 V 0.022 0.021 0.014 0.034 0.044 0.054 0.108 0.142 0.197 0.178 0.187 56 G 0.082 0.089 0.036 0.113 0.129 0.106 0.131 0.106 0.089 0.067 0.052 57 R 0.239 0.156 0.072 0.161 0.113 0.073 0.078 0.045 0.033 0.019 0.011 58 D 0.367 0.140 0.042 0.144 0.095 0.065 0.064 0.035 0.024 0.015 0.010 59 V 0.109 0.054 0.020 0.065 0.075 0.073 0.122 0.127 0.135 0.110 0.109 60 D 0.109 0.338 0.056 0.151 0.119 0.070 0.069 0.041 0.024 0.015 0.009 61 V 0.058 0.051 0.033 0.096 0.134 0.147 0.181 0.114 0.091 0.055 0.039 62 A 0.832 0.064 0.031 0.039 0.017 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 63 S 0.068 0.162 0.056 0.272 0.185 0.089 0.093 0.042 0.019 0.009 0.006 64 A 0.001 0.002 0.002 0.004 0.013 0.022 0.068 0.112 0.243 0.264 0.270 65 Q 0.052 0.035 0.144 0.213 0.242 0.162 0.105 0.029 0.012 0.005 0.002 66 R 0.004 0.019 0.618 0.197 0.082 0.046 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 67 A 0.001 0.001 0.004 0.009 0.022 0.085 0.219 0.159 0.231 0.191 0.078 68 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.054 0.083 0.269 0.369 0.213 69 E 0.001 0.007 0.689 0.168 0.089 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 70 L 0.003 0.008 0.254 0.131 0.171 0.161 0.189 0.060 0.013 0.007 0.003 71 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.060 0.221 0.308 0.375 72 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.057 0.193 0.168 0.211 0.215 0.135 73 V 0.003 0.010 0.751 0.149 0.054 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 74 N 0.001 0.004 0.025 0.042 0.095 0.213 0.428 0.126 0.040 0.018 0.009 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.104 0.234 0.648 76 L 0.002 0.004 0.030 0.081 0.248 0.240 0.256 0.086 0.031 0.014 0.008 77 A 0.003 0.010 0.557 0.136 0.098 0.073 0.065 0.029 0.014 0.011 0.004 78 Q 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.067 0.190 0.109 0.244 0.229 0.142 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.054 0.227 0.340 0.346 80 K 0.005 0.023 0.320 0.247 0.193 0.107 0.058 0.023 0.014 0.007 0.004 81 A 0.007 0.019 0.229 0.140 0.160 0.154 0.155 0.075 0.031 0.017 0.013 82 A 0.002 0.003 0.006 0.007 0.012 0.029 0.074 0.131 0.210 0.214 0.313 83 L 0.018 0.024 0.018 0.038 0.063 0.084 0.208 0.185 0.152 0.117 0.093 84 N 0.126 0.142 0.240 0.238 0.131 0.053 0.033 0.017 0.010 0.006 0.004 85 G 0.544 0.105 0.057 0.084 0.069 0.043 0.053 0.025 0.011 0.005 0.004 86 D 0.175 0.153 0.039 0.107 0.090 0.073 0.113 0.094 0.074 0.046 0.038 87 L 0.039 0.035 0.020 0.061 0.093 0.109 0.186 0.163 0.124 0.094 0.075 88 S 0.253 0.195 0.170 0.185 0.099 0.043 0.028 0.014 0.007 0.004 0.003 89 K 0.150 0.210 0.099 0.227 0.146 0.063 0.056 0.027 0.011 0.006 0.003 90 I 0.024 0.015 0.011 0.030 0.048 0.072 0.145 0.143 0.189 0.197 0.125 91 R 0.095 0.107 0.119 0.248 0.165 0.113 0.079 0.038 0.021 0.012 0.005 92 R 0.017 0.065 0.167 0.217 0.150 0.165 0.131 0.044 0.026 0.012 0.005 93 V 0.003 0.003 0.010 0.010 0.018 0.026 0.068 0.085 0.209 0.223 0.343 94 I 0.003 0.006 0.015 0.026 0.042 0.079 0.176 0.152 0.201 0.192 0.110 95 K 0.003 0.030 0.138 0.208 0.179 0.166 0.113 0.054 0.054 0.037 0.018 96 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.016 0.069 0.147 0.215 0.247 0.291 97 N 0.008 0.025 0.036 0.127 0.149 0.132 0.166 0.140 0.103 0.067 0.047 98 G 0.003 0.003 0.010 0.009 0.014 0.019 0.059 0.121 0.214 0.254 0.295 99 F 0.004 0.008 0.016 0.055 0.094 0.116 0.197 0.184 0.144 0.111 0.072 100 V 0.001 0.002 0.005 0.006 0.009 0.015 0.048 0.089 0.224 0.280 0.321 101 A 0.035 0.031 0.061 0.126 0.180 0.140 0.161 0.109 0.076 0.045 0.037 102 S 0.021 0.066 0.075 0.101 0.101 0.114 0.181 0.120 0.106 0.075 0.042 103 V 0.016 0.024 0.020 0.064 0.085 0.117 0.188 0.142 0.148 0.110 0.086 104 P 0.642 0.143 0.050 0.071 0.034 0.020 0.021 0.009 0.006 0.003 0.002 105 E 0.198 0.159 0.106 0.227 0.127 0.076 0.056 0.024 0.015 0.007 0.005 106 F 0.034 0.042 0.025 0.046 0.060 0.077 0.138 0.139 0.153 0.148 0.137 107 V 0.068 0.098 0.060 0.146 0.149 0.131 0.141 0.089 0.058 0.037 0.023 108 E 0.217 0.172 0.199 0.181 0.096 0.054 0.037 0.021 0.012 0.007 0.004 109 Q 0.142 0.085 0.064 0.154 0.134 0.101 0.128 0.086 0.053 0.032 0.020 110 H 0.082 0.055 0.034 0.086 0.087 0.088 0.140 0.130 0.130 0.100 0.067 111 L 0.051 0.051 0.053 0.114 0.119 0.132 0.158 0.122 0.094 0.065 0.040 112 V 0.036 0.057 0.093 0.149 0.146 0.118 0.139 0.104 0.078 0.048 0.032 113 I 0.013 0.014 0.022 0.034 0.048 0.057 0.129 0.156 0.186 0.170 0.169 114 N 0.047 0.044 0.049 0.115 0.128 0.119 0.150 0.118 0.105 0.073 0.052 115 G 0.106 0.073 0.054 0.122 0.125 0.103 0.145 0.105 0.083 0.049 0.034 116 A 0.016 0.021 0.022 0.045 0.064 0.053 0.115 0.153 0.179 0.161 0.172 117 S 0.024 0.026 0.023 0.064 0.092 0.113 0.199 0.151 0.145 0.101 0.063 118 N 0.215 0.124 0.141 0.220 0.129 0.066 0.053 0.023 0.016 0.008 0.006 119 L 0.011 0.012 0.020 0.041 0.069 0.082 0.161 0.174 0.168 0.138 0.125 120 I 0.003 0.006 0.010 0.027 0.038 0.044 0.097 0.132 0.228 0.243 0.171 121 A 0.007 0.011 0.033 0.068 0.110 0.180 0.254 0.119 0.106 0.079 0.031 122 T 0.023 0.067 0.365 0.253 0.129 0.080 0.042 0.018 0.012 0.008 0.003 123 V 0.008 0.009 0.014 0.029 0.039 0.123 0.229 0.148 0.176 0.154 0.071 124 L 0.007 0.010 0.007 0.013 0.016 0.031 0.083 0.105 0.226 0.240 0.262 125 G 0.153 0.163 0.115 0.171 0.144 0.085 0.081 0.040 0.025 0.015 0.009 126 E 0.363 0.220 0.111 0.143 0.073 0.037 0.025 0.013 0.008 0.005 0.004 127 P 0.338 0.153 0.027 0.095 0.083 0.072 0.092 0.062 0.037 0.024 0.017 128 G 0.258 0.130 0.025 0.096 0.086 0.088 0.101 0.080 0.061 0.045 0.031 129 R 0.072 0.099 0.058 0.158 0.139 0.142 0.131 0.083 0.059 0.036 0.022 130 H 0.039 0.052 0.043 0.103 0.114 0.114 0.168 0.121 0.114 0.071 0.060 131 A 0.005 0.008 0.012 0.024 0.035 0.041 0.098 0.136 0.207 0.195 0.238 132 R 0.010 0.023 0.037 0.110 0.142 0.146 0.174 0.128 0.109 0.073 0.049 133 A 0.006 0.010 0.024 0.041 0.057 0.054 0.127 0.178 0.198 0.163 0.142 134 A 0.002 0.004 0.009 0.017 0.027 0.029 0.069 0.118 0.202 0.220 0.303 135 V 0.004 0.004 0.010 0.018 0.029 0.035 0.085 0.144 0.213 0.227 0.232 136 G 0.014 0.032 0.062 0.128 0.147 0.119 0.154 0.121 0.111 0.068 0.042 137 M 0.003 0.004 0.012 0.016 0.029 0.027 0.080 0.163 0.204 0.208 0.255 138 A 0.025 0.027 0.038 0.091 0.097 0.109 0.155 0.132 0.142 0.113 0.071 139 S 0.071 0.094 0.106 0.178 0.140 0.117 0.133 0.061 0.050 0.029 0.020 140 L 0.011 0.011 0.018 0.031 0.050 0.064 0.134 0.174 0.180 0.154 0.174 141 P 0.079 0.099 0.063 0.113 0.098 0.082 0.127 0.090 0.096 0.085 0.067 142 F 0.118 0.104 0.086 0.161 0.141 0.114 0.132 0.060 0.044 0.023 0.018 143 N 0.291 0.176 0.089 0.170 0.106 0.060 0.051 0.025 0.017 0.009 0.006 144 A 0.020 0.022 0.021 0.044 0.051 0.069 0.164 0.147 0.184 0.153 0.126 145 S 0.042 0.090 0.076 0.205 0.186 0.149 0.117 0.056 0.039 0.021 0.019 146 V 0.005 0.007 0.027 0.020 0.032 0.042 0.115 0.138 0.225 0.190 0.200 147 E 0.003 0.009 0.031 0.074 0.121 0.081 0.164 0.179 0.140 0.101 0.097 148 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.008 0.032 0.080 0.232 0.353 0.283 149 D 0.006 0.020 0.055 0.142 0.180 0.135 0.151 0.114 0.093 0.054 0.049 150 A 0.002 0.002 0.013 0.011 0.021 0.013 0.061 0.256 0.175 0.199 0.247 151 I 0.003 0.005 0.023 0.036 0.049 0.054 0.097 0.139 0.210 0.208 0.175 152 V 0.005 0.004 0.018 0.022 0.041 0.037 0.142 0.208 0.211 0.156 0.156 153 E 0.023 0.064 0.194 0.216 0.153 0.119 0.093 0.047 0.047 0.028 0.016 154 I 0.035 0.052 0.091 0.098 0.114 0.118 0.230 0.109 0.080 0.042 0.031 155 D 0.320 0.280 0.105 0.138 0.065 0.035 0.028 0.013 0.008 0.004 0.003 156 V 0.315 0.135 0.063 0.096 0.084 0.059 0.094 0.058 0.044 0.027 0.026