# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1672.69 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.038 0.007 0.022 0.016 0.027 0.121 0.002 0.001 0.003 0.652 2 S 0.022 0.013 0.001 0.015 0.008 0.016 0.054 0.001 0.001 0.001 0.869 3 D 0.057 0.023 0.002 0.016 0.011 0.020 0.085 0.001 0.001 0.002 0.782 4 V 0.072 0.065 0.003 0.015 0.008 0.013 0.190 0.001 0.001 0.003 0.630 5 I 0.054 0.127 0.004 0.010 0.009 0.019 0.177 0.002 0.001 0.003 0.595 6 E 0.059 0.264 0.006 0.010 0.008 0.024 0.159 0.003 0.001 0.004 0.464 7 G 0.091 0.356 0.004 0.008 0.005 0.010 0.082 0.004 0.001 0.003 0.437 8 R 0.117 0.600 0.005 0.005 0.004 0.006 0.048 0.007 0.001 0.001 0.208 9 L 0.085 0.683 0.009 0.006 0.005 0.007 0.023 0.011 0.001 0.001 0.169 10 K 0.057 0.685 0.015 0.009 0.010 0.018 0.027 0.015 0.001 0.001 0.163 11 E 0.120 0.564 0.011 0.012 0.009 0.014 0.020 0.020 0.001 0.002 0.228 12 L 0.198 0.509 0.028 0.031 0.023 0.027 0.017 0.024 0.001 0.002 0.140 13 G 0.267 0.204 0.023 0.050 0.040 0.062 0.030 0.045 0.001 0.003 0.277 14 F 0.109 0.138 0.220 0.151 0.049 0.061 0.046 0.022 0.001 0.005 0.199 15 T 0.052 0.033 0.022 0.131 0.042 0.083 0.063 0.009 0.001 0.004 0.562 16 L 0.040 0.008 0.009 0.070 0.036 0.051 0.074 0.001 0.001 0.002 0.708 17 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.984 18 V 0.036 0.003 0.002 0.035 0.014 0.048 0.128 0.001 0.001 0.003 0.732 19 A 0.266 0.012 0.003 0.042 0.009 0.018 0.097 0.001 0.001 0.008 0.545 20 A 0.165 0.029 0.005 0.038 0.013 0.033 0.073 0.002 0.001 0.004 0.639 21 A 0.159 0.031 0.008 0.036 0.033 0.041 0.067 0.003 0.001 0.005 0.618 22 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.984 23 A 0.081 0.016 0.005 0.041 0.029 0.082 0.097 0.002 0.001 0.002 0.645 24 A 0.189 0.035 0.006 0.041 0.018 0.028 0.102 0.003 0.001 0.010 0.568 25 N 0.071 0.021 0.004 0.022 0.021 0.026 0.078 0.001 0.001 0.003 0.753 26 Y 0.117 0.040 0.021 0.040 0.026 0.045 0.090 0.002 0.001 0.006 0.613 27 V 0.066 0.075 0.010 0.072 0.065 0.096 0.132 0.002 0.001 0.007 0.476 28 P 0.010 0.014 0.001 0.026 0.026 0.051 0.056 0.001 0.001 0.001 0.816 29 F 0.027 0.084 0.003 0.068 0.084 0.155 0.064 0.002 0.001 0.002 0.511 30 T 0.049 0.198 0.007 0.074 0.095 0.159 0.057 0.005 0.001 0.003 0.353 31 I 0.030 0.369 0.009 0.058 0.103 0.152 0.048 0.007 0.001 0.002 0.221 32 S 0.052 0.293 0.011 0.069 0.124 0.171 0.047 0.008 0.001 0.004 0.222 33 G 0.097 0.099 0.005 0.046 0.064 0.104 0.057 0.006 0.001 0.009 0.511 34 N 0.236 0.055 0.023 0.041 0.066 0.072 0.135 0.005 0.001 0.014 0.354 35 L 0.212 0.039 0.028 0.087 0.090 0.117 0.126 0.004 0.001 0.005 0.293 36 L 0.025 0.041 0.018 0.181 0.203 0.257 0.073 0.003 0.001 0.002 0.196 37 Y 0.006 0.013 0.004 0.157 0.281 0.393 0.031 0.001 0.001 0.001 0.113 38 V 0.005 0.011 0.003 0.268 0.244 0.260 0.032 0.001 0.001 0.001 0.176 39 S 0.009 0.016 0.003 0.213 0.216 0.269 0.038 0.002 0.001 0.003 0.232 40 G 0.013 0.008 0.003 0.221 0.158 0.235 0.076 0.001 0.001 0.007 0.277 41 Q 0.026 0.007 0.009 0.141 0.059 0.120 0.169 0.001 0.001 0.007 0.461 42 L 0.011 0.009 0.003 0.103 0.201 0.140 0.126 0.001 0.001 0.006 0.399 43 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.949 44 M 0.011 0.003 0.002 0.051 0.068 0.250 0.061 0.001 0.001 0.002 0.551 45 E 0.066 0.009 0.002 0.031 0.066 0.075 0.175 0.001 0.001 0.011 0.563 46 S 0.039 0.007 0.001 0.009 0.008 0.009 0.025 0.001 0.001 0.003 0.900 47 G 0.045 0.007 0.003 0.018 0.014 0.028 0.283 0.001 0.001 0.038 0.564 48 K 0.571 0.005 0.004 0.007 0.012 0.010 0.192 0.001 0.001 0.043 0.153 49 I 0.168 0.043 0.009 0.026 0.054 0.060 0.122 0.002 0.001 0.007 0.507 50 A 0.020 0.019 0.010 0.064 0.190 0.283 0.093 0.001 0.001 0.003 0.317 51 V 0.028 0.033 0.003 0.075 0.181 0.248 0.078 0.002 0.001 0.004 0.348 52 T 0.051 0.049 0.005 0.097 0.201 0.243 0.055 0.003 0.001 0.010 0.286 53 G 0.091 0.019 0.008 0.113 0.148 0.286 0.072 0.003 0.001 0.020 0.240 54 L 0.064 0.012 0.010 0.119 0.128 0.117 0.203 0.002 0.001 0.008 0.337 55 V 0.006 0.003 0.001 0.066 0.129 0.236 0.041 0.001 0.001 0.001 0.514 56 G 0.015 0.005 0.004 0.076 0.136 0.450 0.044 0.001 0.001 0.005 0.264 57 R 0.052 0.008 0.001 0.089 0.060 0.121 0.091 0.001 0.001 0.006 0.571 58 D 0.187 0.003 0.002 0.024 0.013 0.029 0.065 0.001 0.001 0.006 0.670 59 V 0.674 0.008 0.010 0.063 0.020 0.032 0.044 0.001 0.001 0.006 0.142 60 D 0.015 0.003 0.001 0.020 0.007 0.006 0.527 0.001 0.001 0.001 0.419 61 V 0.042 0.015 0.007 0.024 0.010 0.016 0.172 0.001 0.001 0.004 0.708 62 A 0.003 0.015 0.001 0.005 0.003 0.011 0.667 0.001 0.001 0.008 0.288 63 S 0.029 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.865 0.001 0.001 0.004 0.091 64 A 0.027 0.688 0.003 0.001 0.001 0.002 0.090 0.001 0.001 0.001 0.186 65 Q 0.002 0.889 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 0.001 0.059 66 R 0.003 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.049 67 A 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 68 A 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 69 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 70 L 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 71 C 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 72 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 73 V 0.001 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 74 N 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 75 I 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 76 L 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 77 A 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 78 Q 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 79 V 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 80 K 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 81 A 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.004 82 A 0.045 0.921 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.003 83 L 0.057 0.874 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.012 84 N 0.258 0.488 0.041 0.003 0.001 0.001 0.005 0.130 0.001 0.001 0.073 85 G 0.511 0.149 0.066 0.006 0.001 0.003 0.017 0.078 0.001 0.003 0.165 86 D 0.128 0.115 0.152 0.009 0.003 0.003 0.235 0.017 0.001 0.004 0.333 87 L 0.020 0.072 0.030 0.012 0.004 0.010 0.232 0.004 0.001 0.006 0.609 88 S 0.061 0.131 0.028 0.018 0.016 0.041 0.250 0.004 0.001 0.041 0.411 89 K 0.112 0.088 0.004 0.011 0.002 0.003 0.218 0.002 0.001 0.004 0.556 90 I 0.109 0.318 0.009 0.009 0.007 0.014 0.057 0.002 0.001 0.003 0.472 91 R 0.064 0.318 0.007 0.030 0.031 0.053 0.150 0.004 0.001 0.005 0.339 92 R 0.070 0.342 0.004 0.025 0.030 0.034 0.119 0.008 0.001 0.003 0.365 93 V 0.144 0.462 0.016 0.032 0.044 0.058 0.024 0.011 0.001 0.001 0.209 94 I 0.028 0.301 0.026 0.184 0.168 0.151 0.027 0.011 0.001 0.001 0.104 95 K 0.011 0.095 0.007 0.090 0.300 0.320 0.021 0.007 0.001 0.001 0.149 96 L 0.013 0.032 0.005 0.254 0.217 0.312 0.016 0.003 0.001 0.001 0.147 97 N 0.016 0.015 0.005 0.379 0.167 0.245 0.031 0.002 0.001 0.002 0.139 98 G 0.009 0.010 0.007 0.409 0.135 0.188 0.033 0.001 0.001 0.002 0.207 99 F 0.003 0.003 0.002 0.684 0.110 0.120 0.017 0.001 0.001 0.001 0.060 100 V 0.008 0.005 0.003 0.487 0.085 0.163 0.042 0.001 0.001 0.002 0.205 101 A 0.009 0.013 0.004 0.342 0.135 0.217 0.105 0.001 0.001 0.006 0.169 102 S 0.024 0.003 0.005 0.063 0.032 0.102 0.156 0.001 0.001 0.017 0.597 103 V 0.167 0.002 0.004 0.036 0.018 0.051 0.077 0.001 0.001 0.004 0.641 104 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.985 105 E 0.077 0.002 0.001 0.009 0.004 0.006 0.361 0.001 0.001 0.004 0.537 106 F 0.415 0.054 0.001 0.003 0.002 0.003 0.068 0.001 0.001 0.007 0.447 107 V 0.137 0.237 0.003 0.008 0.011 0.026 0.101 0.003 0.001 0.002 0.473 108 E 0.098 0.235 0.005 0.006 0.005 0.012 0.087 0.005 0.001 0.002 0.546 109 Q 0.170 0.422 0.003 0.006 0.008 0.014 0.058 0.008 0.001 0.003 0.308 110 H 0.110 0.399 0.008 0.009 0.008 0.012 0.053 0.010 0.001 0.002 0.389 111 L 0.045 0.387 0.018 0.009 0.007 0.013 0.107 0.011 0.001 0.002 0.400 112 V 0.084 0.422 0.020 0.015 0.006 0.012 0.079 0.009 0.001 0.002 0.352 113 I 0.092 0.664 0.006 0.017 0.005 0.008 0.024 0.012 0.001 0.001 0.171 114 N 0.093 0.577 0.011 0.016 0.006 0.008 0.040 0.013 0.001 0.003 0.234 115 G 0.151 0.180 0.015 0.018 0.004 0.009 0.101 0.014 0.001 0.004 0.504 116 A 0.092 0.442 0.160 0.030 0.003 0.004 0.134 0.005 0.001 0.003 0.128 117 S 0.010 0.356 0.002 0.021 0.006 0.015 0.114 0.002 0.001 0.001 0.472 118 N 0.024 0.298 0.004 0.014 0.003 0.006 0.105 0.003 0.001 0.001 0.541 119 L 0.025 0.834 0.002 0.009 0.001 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.103 120 I 0.008 0.934 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.042 121 A 0.008 0.959 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.020 122 T 0.016 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.022 123 V 0.041 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.016 124 L 0.095 0.761 0.021 0.002 0.002 0.003 0.003 0.067 0.001 0.001 0.045 125 G 0.193 0.340 0.102 0.005 0.004 0.010 0.015 0.110 0.001 0.001 0.220 126 E 0.158 0.095 0.092 0.007 0.006 0.006 0.045 0.027 0.001 0.002 0.563 127 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.992 128 G 0.049 0.006 0.012 0.012 0.006 0.013 0.141 0.001 0.001 0.002 0.757 129 R 0.302 0.014 0.018 0.015 0.010 0.012 0.091 0.001 0.001 0.008 0.527 130 H 0.021 0.009 0.001 0.016 0.010 0.014 0.068 0.001 0.001 0.001 0.860 131 A 0.035 0.021 0.005 0.068 0.056 0.099 0.077 0.001 0.001 0.003 0.635 132 R 0.052 0.122 0.003 0.150 0.060 0.116 0.121 0.001 0.001 0.006 0.369 133 A 0.041 0.244 0.003 0.147 0.068 0.106 0.114 0.002 0.001 0.003 0.271 134 A 0.042 0.303 0.007 0.211 0.055 0.098 0.051 0.003 0.001 0.002 0.227 135 V 0.027 0.442 0.005 0.139 0.079 0.109 0.043 0.004 0.001 0.002 0.149 136 G 0.029 0.324 0.005 0.075 0.125 0.169 0.039 0.007 0.001 0.002 0.226 137 M 0.040 0.366 0.013 0.068 0.084 0.209 0.023 0.010 0.001 0.001 0.186 138 A 0.050 0.306 0.007 0.052 0.093 0.255 0.034 0.012 0.001 0.002 0.190 139 S 0.192 0.112 0.016 0.024 0.035 0.096 0.052 0.033 0.001 0.006 0.436 140 L 0.420 0.131 0.090 0.019 0.035 0.067 0.033 0.036 0.001 0.006 0.162 141 P 0.017 0.002 0.002 0.002 0.002 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.957 142 F 0.016 0.001 0.003 0.012 0.004 0.007 0.062 0.001 0.001 0.001 0.895 143 N 0.283 0.006 0.009 0.019 0.021 0.023 0.060 0.002 0.001 0.011 0.566 144 A 0.477 0.014 0.034 0.044 0.062 0.041 0.048 0.001 0.001 0.006 0.274 145 S 0.026 0.007 0.007 0.205 0.179 0.250 0.095 0.001 0.001 0.002 0.230 146 V 0.003 0.002 0.002 0.104 0.423 0.428 0.009 0.001 0.001 0.001 0.028 147 E 0.001 0.002 0.001 0.189 0.317 0.466 0.008 0.001 0.001 0.001 0.016 148 I 0.001 0.001 0.001 0.120 0.363 0.501 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 149 D 0.001 0.001 0.001 0.058 0.362 0.570 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 150 A 0.001 0.001 0.001 0.032 0.406 0.552 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 151 I 0.001 0.002 0.001 0.010 0.362 0.614 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 152 V 0.001 0.002 0.001 0.012 0.451 0.522 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 153 E 0.002 0.005 0.001 0.009 0.324 0.586 0.009 0.001 0.001 0.001 0.063 154 I 0.003 0.007 0.001 0.025 0.391 0.498 0.016 0.001 0.001 0.001 0.057 155 D 0.007 0.005 0.002 0.008 0.204 0.321 0.035 0.001 0.001 0.002 0.415 156 V 0.012 0.005 0.003 0.032 0.103 0.279 0.045 0.001 0.001 0.002 0.517