# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1672.69 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.041 0.042 0.023 0.046 0.066 0.009 0.710 2 S 0.035 0.030 0.024 0.015 0.028 0.147 0.006 0.715 3 D 0.049 0.026 0.017 0.012 0.020 0.085 0.006 0.785 4 V 0.128 0.072 0.028 0.010 0.019 0.155 0.011 0.576 5 I 0.087 0.197 0.023 0.012 0.023 0.212 0.008 0.439 6 E 0.071 0.341 0.014 0.009 0.022 0.127 0.011 0.405 7 G 0.100 0.393 0.016 0.007 0.012 0.079 0.016 0.377 8 R 0.177 0.404 0.018 0.008 0.010 0.069 0.026 0.288 9 L 0.067 0.661 0.039 0.014 0.021 0.023 0.010 0.164 10 K 0.043 0.617 0.034 0.028 0.050 0.030 0.010 0.188 11 E 0.104 0.534 0.027 0.015 0.020 0.038 0.016 0.244 12 L 0.122 0.569 0.058 0.019 0.024 0.026 0.047 0.135 13 G 0.279 0.237 0.147 0.025 0.033 0.019 0.060 0.201 14 F 0.052 0.078 0.613 0.050 0.036 0.028 0.008 0.136 15 T 0.038 0.045 0.271 0.086 0.102 0.065 0.011 0.382 16 L 0.042 0.017 0.152 0.032 0.060 0.075 0.006 0.616 17 P 0.002 0.001 0.012 0.002 0.006 0.016 0.001 0.961 18 V 0.038 0.004 0.042 0.019 0.033 0.099 0.006 0.758 19 A 0.185 0.017 0.060 0.029 0.036 0.064 0.008 0.601 20 A 0.087 0.025 0.030 0.014 0.036 0.050 0.008 0.749 21 A 0.147 0.029 0.053 0.026 0.050 0.103 0.012 0.578 22 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 23 A 0.057 0.012 0.038 0.023 0.043 0.088 0.008 0.732 24 A 0.291 0.018 0.060 0.027 0.031 0.066 0.010 0.496 25 N 0.145 0.018 0.037 0.014 0.022 0.064 0.008 0.692 26 Y 0.096 0.027 0.089 0.025 0.052 0.092 0.011 0.608 27 V 0.094 0.015 0.080 0.034 0.040 0.216 0.008 0.514 28 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.005 0.001 0.986 29 F 0.037 0.019 0.117 0.088 0.171 0.125 0.005 0.438 30 T 0.118 0.052 0.161 0.220 0.168 0.043 0.004 0.233 31 I 0.048 0.100 0.097 0.150 0.246 0.050 0.006 0.304 32 S 0.031 0.092 0.069 0.201 0.357 0.028 0.008 0.214 33 G 0.085 0.059 0.056 0.109 0.208 0.057 0.046 0.379 34 N 0.167 0.026 0.045 0.141 0.091 0.306 0.035 0.188 35 L 0.138 0.032 0.111 0.120 0.160 0.079 0.039 0.320 36 L 0.009 0.006 0.063 0.484 0.387 0.015 0.002 0.034 37 Y 0.003 0.004 0.110 0.399 0.405 0.012 0.001 0.068 38 V 0.003 0.003 0.090 0.404 0.453 0.009 0.001 0.037 39 S 0.002 0.003 0.075 0.298 0.512 0.014 0.001 0.095 40 G 0.005 0.002 0.050 0.248 0.518 0.022 0.002 0.153 41 Q 0.028 0.003 0.064 0.167 0.370 0.113 0.007 0.248 42 L 0.025 0.002 0.050 0.237 0.266 0.052 0.003 0.365 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.992 44 M 0.009 0.001 0.013 0.122 0.336 0.096 0.001 0.422 45 E 0.112 0.005 0.017 0.140 0.225 0.139 0.005 0.357 46 S 0.045 0.006 0.007 0.023 0.038 0.083 0.005 0.793 47 G 0.090 0.013 0.019 0.034 0.051 0.211 0.040 0.542 48 K 0.487 0.007 0.015 0.018 0.019 0.212 0.039 0.204 49 I 0.045 0.017 0.064 0.109 0.113 0.076 0.005 0.571 50 A 0.010 0.011 0.052 0.146 0.339 0.092 0.002 0.349 51 V 0.036 0.013 0.065 0.209 0.365 0.065 0.002 0.245 52 T 0.026 0.026 0.094 0.140 0.352 0.049 0.005 0.310 53 G 0.050 0.024 0.159 0.166 0.262 0.052 0.012 0.274 54 L 0.112 0.011 0.246 0.132 0.122 0.124 0.009 0.244 55 V 0.007 0.005 0.103 0.069 0.098 0.039 0.002 0.677 56 G 0.011 0.005 0.136 0.091 0.231 0.149 0.004 0.373 57 R 0.015 0.002 0.031 0.013 0.029 0.081 0.002 0.827 58 D 0.048 0.006 0.044 0.020 0.053 0.098 0.012 0.719 59 V 0.369 0.013 0.053 0.024 0.027 0.127 0.012 0.375 60 D 0.041 0.029 0.050 0.032 0.034 0.213 0.006 0.595 61 V 0.016 0.029 0.042 0.015 0.041 0.150 0.003 0.703 62 A 0.010 0.022 0.007 0.003 0.006 0.639 0.002 0.312 63 S 0.046 0.080 0.004 0.001 0.002 0.568 0.004 0.295 64 A 0.063 0.759 0.010 0.001 0.002 0.023 0.004 0.137 65 Q 0.006 0.858 0.003 0.001 0.001 0.041 0.001 0.090 66 R 0.007 0.781 0.001 0.001 0.001 0.106 0.001 0.103 67 A 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 68 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 69 E 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 70 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 C 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 74 N 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 75 I 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 76 L 0.005 0.965 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.024 77 A 0.004 0.968 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.018 78 Q 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 79 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.004 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 81 A 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 82 A 0.113 0.776 0.003 0.001 0.001 0.001 0.090 0.017 83 L 0.109 0.775 0.019 0.003 0.001 0.006 0.053 0.033 84 N 0.085 0.365 0.103 0.014 0.008 0.034 0.066 0.324 85 G 0.154 0.162 0.096 0.020 0.014 0.061 0.065 0.427 86 D 0.322 0.044 0.039 0.013 0.007 0.186 0.028 0.360 87 L 0.049 0.104 0.056 0.030 0.024 0.102 0.008 0.626 88 S 0.055 0.072 0.028 0.034 0.047 0.237 0.010 0.519 89 K 0.174 0.067 0.010 0.007 0.010 0.328 0.008 0.397 90 I 0.109 0.331 0.023 0.030 0.071 0.063 0.014 0.359 91 R 0.049 0.220 0.017 0.052 0.070 0.215 0.010 0.368 92 R 0.146 0.205 0.032 0.080 0.084 0.119 0.015 0.318 93 V 0.117 0.294 0.143 0.070 0.128 0.016 0.014 0.218 94 I 0.013 0.102 0.149 0.395 0.273 0.011 0.002 0.055 95 K 0.010 0.046 0.172 0.179 0.297 0.019 0.003 0.274 96 L 0.013 0.019 0.223 0.229 0.385 0.008 0.003 0.121 97 N 0.009 0.009 0.425 0.169 0.315 0.015 0.004 0.055 98 G 0.005 0.003 0.507 0.155 0.185 0.010 0.001 0.133 99 F 0.002 0.002 0.649 0.107 0.165 0.026 0.001 0.048 100 V 0.006 0.002 0.256 0.145 0.241 0.020 0.001 0.329 101 A 0.010 0.003 0.287 0.124 0.261 0.075 0.002 0.238 102 S 0.030 0.004 0.064 0.037 0.100 0.158 0.006 0.602 103 V 0.054 0.007 0.038 0.019 0.048 0.217 0.009 0.609 104 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.967 105 E 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.621 0.005 0.343 106 F 0.471 0.176 0.016 0.001 0.002 0.099 0.016 0.220 107 V 0.061 0.492 0.011 0.002 0.007 0.066 0.005 0.355 108 E 0.049 0.693 0.008 0.002 0.004 0.071 0.005 0.168 109 Q 0.121 0.695 0.005 0.001 0.003 0.019 0.021 0.136 110 H 0.108 0.752 0.015 0.002 0.003 0.009 0.018 0.093 111 L 0.032 0.657 0.102 0.009 0.007 0.020 0.012 0.160 112 V 0.077 0.569 0.064 0.009 0.011 0.019 0.013 0.237 113 I 0.063 0.749 0.058 0.008 0.010 0.014 0.009 0.089 114 N 0.066 0.547 0.052 0.011 0.014 0.038 0.022 0.251 115 G 0.166 0.232 0.055 0.006 0.010 0.074 0.042 0.415 116 A 0.200 0.266 0.103 0.010 0.012 0.132 0.028 0.249 117 S 0.054 0.277 0.031 0.026 0.022 0.103 0.016 0.471 118 N 0.035 0.275 0.038 0.010 0.016 0.091 0.005 0.530 119 L 0.028 0.467 0.027 0.007 0.013 0.192 0.005 0.261 120 I 0.027 0.764 0.010 0.013 0.033 0.038 0.004 0.110 121 A 0.027 0.893 0.017 0.007 0.015 0.005 0.003 0.034 122 T 0.027 0.899 0.019 0.005 0.008 0.003 0.009 0.032 123 V 0.184 0.651 0.013 0.006 0.010 0.007 0.036 0.093 124 L 0.095 0.611 0.040 0.024 0.031 0.019 0.033 0.148 125 G 0.133 0.164 0.058 0.027 0.047 0.052 0.065 0.454 126 E 0.192 0.056 0.057 0.018 0.015 0.110 0.032 0.521 127 P 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.991 128 G 0.057 0.016 0.038 0.012 0.022 0.100 0.010 0.745 129 R 0.255 0.019 0.050 0.024 0.021 0.110 0.007 0.514 130 H 0.032 0.012 0.012 0.008 0.016 0.036 0.002 0.882 131 A 0.065 0.061 0.079 0.067 0.135 0.076 0.006 0.513 132 R 0.079 0.105 0.126 0.085 0.112 0.088 0.008 0.398 133 A 0.078 0.179 0.120 0.101 0.147 0.074 0.009 0.292 134 A 0.049 0.219 0.207 0.093 0.199 0.024 0.009 0.201 135 V 0.029 0.132 0.234 0.216 0.233 0.035 0.006 0.116 136 G 0.022 0.093 0.176 0.197 0.241 0.046 0.006 0.218 137 M 0.025 0.104 0.195 0.157 0.306 0.028 0.007 0.178 138 A 0.031 0.093 0.145 0.160 0.266 0.043 0.011 0.251 139 S 0.068 0.062 0.072 0.084 0.175 0.031 0.019 0.489 140 L 0.157 0.061 0.116 0.069 0.128 0.081 0.032 0.356 141 P 0.011 0.002 0.006 0.005 0.011 0.008 0.002 0.954 142 F 0.011 0.003 0.024 0.015 0.030 0.023 0.002 0.892 143 N 0.045 0.007 0.036 0.020 0.037 0.124 0.011 0.720 144 A 0.475 0.008 0.038 0.042 0.058 0.028 0.017 0.334 145 S 0.080 0.025 0.202 0.077 0.126 0.084 0.010 0.396 146 V 0.021 0.005 0.089 0.450 0.339 0.019 0.002 0.075 147 E 0.010 0.010 0.225 0.238 0.402 0.030 0.002 0.082 148 I 0.002 0.001 0.036 0.521 0.406 0.003 0.001 0.029 149 D 0.001 0.002 0.127 0.278 0.545 0.008 0.001 0.038 150 A 0.003 0.001 0.042 0.423 0.499 0.005 0.001 0.026 151 I 0.001 0.001 0.092 0.258 0.624 0.003 0.001 0.020 152 V 0.002 0.001 0.126 0.343 0.486 0.003 0.001 0.039 153 E 0.001 0.001 0.161 0.207 0.469 0.007 0.001 0.155 154 I 0.003 0.001 0.139 0.250 0.503 0.019 0.001 0.084 155 D 0.004 0.001 0.074 0.099 0.238 0.043 0.002 0.540 156 V 0.016 0.001 0.076 0.103 0.200 0.101 0.004 0.498