# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1672.69 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.268 0.193 0.289 0.097 0.058 0.031 0.023 0.004 0.032 0.005 0.001 2 S 0.520 0.065 0.234 0.090 0.023 0.024 0.016 0.005 0.011 0.009 0.003 3 D 0.635 0.045 0.110 0.122 0.021 0.026 0.021 0.008 0.007 0.003 0.001 4 V 0.742 0.069 0.095 0.051 0.011 0.017 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 5 I 0.864 0.042 0.051 0.023 0.003 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 6 E 0.879 0.024 0.049 0.033 0.002 0.004 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 7 G 0.798 0.009 0.021 0.052 0.031 0.003 0.018 0.050 0.002 0.015 0.001 8 R 0.803 0.026 0.053 0.088 0.007 0.009 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 9 L 0.833 0.030 0.057 0.058 0.003 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 10 K 0.903 0.026 0.036 0.020 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 11 E 0.834 0.048 0.038 0.057 0.007 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 12 L 0.435 0.077 0.091 0.349 0.012 0.007 0.014 0.001 0.011 0.001 0.001 13 G 0.176 0.034 0.090 0.051 0.095 0.016 0.152 0.317 0.010 0.058 0.001 14 F 0.147 0.329 0.287 0.129 0.039 0.036 0.016 0.001 0.014 0.001 0.001 15 T 0.091 0.292 0.380 0.102 0.026 0.063 0.010 0.001 0.031 0.001 0.002 16 L 0.039 0.202 0.476 0.010 0.043 0.042 0.007 0.001 0.175 0.005 0.001 17 P 0.453 0.009 0.459 0.017 0.004 0.014 0.002 0.001 0.002 0.004 0.035 18 V 0.374 0.139 0.249 0.141 0.020 0.020 0.022 0.005 0.026 0.002 0.002 19 A 0.280 0.138 0.389 0.060 0.034 0.020 0.029 0.005 0.034 0.006 0.006 20 A 0.186 0.116 0.506 0.070 0.019 0.039 0.021 0.004 0.021 0.006 0.010 21 A 0.046 0.123 0.624 0.010 0.052 0.025 0.006 0.002 0.096 0.015 0.002 22 P 0.263 0.008 0.634 0.015 0.003 0.026 0.002 0.001 0.004 0.005 0.041 23 A 0.279 0.129 0.313 0.141 0.028 0.040 0.032 0.013 0.019 0.003 0.003 24 A 0.161 0.210 0.320 0.085 0.119 0.020 0.013 0.018 0.027 0.023 0.002 25 N 0.132 0.123 0.401 0.127 0.043 0.080 0.040 0.013 0.020 0.011 0.010 26 Y 0.092 0.236 0.211 0.185 0.135 0.055 0.045 0.015 0.020 0.005 0.001 27 V 0.055 0.515 0.293 0.010 0.048 0.015 0.005 0.001 0.057 0.001 0.001 28 P 0.250 0.070 0.542 0.035 0.039 0.034 0.006 0.001 0.007 0.004 0.014 29 F 0.074 0.473 0.135 0.032 0.246 0.013 0.003 0.002 0.020 0.001 0.001 30 T 0.098 0.716 0.119 0.006 0.013 0.023 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 31 I 0.142 0.597 0.147 0.014 0.021 0.036 0.006 0.001 0.037 0.001 0.001 32 S 0.122 0.215 0.212 0.268 0.058 0.027 0.050 0.003 0.037 0.006 0.003 33 G 0.036 0.015 0.055 0.051 0.153 0.008 0.097 0.350 0.006 0.227 0.001 34 N 0.110 0.132 0.175 0.210 0.064 0.042 0.214 0.028 0.016 0.006 0.002 35 L 0.035 0.541 0.307 0.027 0.029 0.031 0.016 0.001 0.013 0.001 0.001 36 L 0.058 0.581 0.255 0.017 0.036 0.040 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 37 Y 0.021 0.457 0.339 0.015 0.051 0.087 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 38 V 0.057 0.639 0.141 0.024 0.035 0.061 0.005 0.001 0.037 0.001 0.001 39 S 0.069 0.347 0.230 0.094 0.126 0.023 0.047 0.006 0.046 0.010 0.002 40 G 0.027 0.046 0.109 0.030 0.289 0.022 0.080 0.210 0.011 0.172 0.004 41 Q 0.064 0.472 0.265 0.067 0.062 0.028 0.015 0.002 0.020 0.001 0.003 42 L 0.012 0.453 0.344 0.002 0.029 0.024 0.005 0.001 0.129 0.001 0.001 43 P 0.080 0.012 0.772 0.008 0.008 0.059 0.002 0.001 0.004 0.005 0.051 44 M 0.139 0.213 0.432 0.102 0.046 0.031 0.005 0.003 0.024 0.003 0.003 45 E 0.058 0.188 0.479 0.026 0.031 0.070 0.010 0.002 0.125 0.009 0.003 46 S 0.471 0.030 0.328 0.106 0.008 0.011 0.016 0.001 0.008 0.005 0.016 47 G 0.094 0.010 0.033 0.062 0.051 0.006 0.140 0.531 0.003 0.070 0.001 48 K 0.140 0.215 0.327 0.178 0.046 0.042 0.027 0.006 0.018 0.002 0.001 49 I 0.130 0.336 0.403 0.060 0.013 0.035 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 50 A 0.314 0.245 0.291 0.053 0.032 0.040 0.009 0.002 0.011 0.002 0.002 51 V 0.212 0.410 0.171 0.073 0.057 0.039 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 52 T 0.111 0.302 0.230 0.222 0.050 0.023 0.028 0.001 0.031 0.001 0.001 53 G 0.030 0.022 0.065 0.018 0.183 0.016 0.067 0.381 0.008 0.210 0.002 54 L 0.109 0.344 0.366 0.045 0.033 0.058 0.012 0.001 0.030 0.001 0.002 55 V 0.132 0.324 0.388 0.058 0.011 0.040 0.013 0.001 0.031 0.001 0.003 56 G 0.118 0.090 0.368 0.032 0.138 0.048 0.031 0.031 0.035 0.102 0.006 57 R 0.324 0.098 0.360 0.098 0.045 0.019 0.019 0.006 0.010 0.010 0.010 58 D 0.078 0.071 0.154 0.229 0.073 0.121 0.174 0.077 0.010 0.011 0.004 59 V 0.125 0.393 0.286 0.071 0.076 0.022 0.003 0.001 0.020 0.002 0.001 60 D 0.029 0.084 0.563 0.020 0.015 0.231 0.007 0.001 0.047 0.003 0.001 61 V 0.896 0.007 0.055 0.029 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.932 0.013 0.016 0.033 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 S 0.833 0.023 0.031 0.070 0.018 0.010 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 64 A 0.978 0.002 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.995 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.957 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.854 0.002 0.011 0.124 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 83 L 0.586 0.010 0.022 0.346 0.003 0.005 0.020 0.002 0.005 0.001 0.001 84 N 0.099 0.008 0.036 0.349 0.014 0.010 0.422 0.042 0.004 0.015 0.001 85 G 0.118 0.007 0.047 0.069 0.040 0.007 0.038 0.536 0.003 0.136 0.001 86 D 0.194 0.097 0.359 0.192 0.021 0.071 0.023 0.004 0.033 0.004 0.002 87 L 0.789 0.018 0.100 0.073 0.003 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 88 S 0.774 0.030 0.053 0.093 0.009 0.007 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 89 K 0.573 0.045 0.072 0.215 0.028 0.031 0.020 0.002 0.012 0.001 0.001 90 I 0.878 0.019 0.050 0.043 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 R 0.899 0.027 0.022 0.039 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 92 R 0.611 0.075 0.042 0.159 0.056 0.008 0.037 0.004 0.007 0.001 0.001 93 V 0.411 0.280 0.199 0.030 0.005 0.042 0.023 0.001 0.010 0.001 0.001 94 I 0.195 0.480 0.233 0.025 0.016 0.036 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 95 K 0.095 0.463 0.245 0.026 0.034 0.101 0.011 0.001 0.022 0.001 0.001 96 L 0.065 0.508 0.216 0.027 0.049 0.106 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 97 N 0.094 0.459 0.200 0.095 0.052 0.044 0.014 0.001 0.039 0.001 0.001 98 G 0.100 0.145 0.219 0.037 0.369 0.041 0.021 0.019 0.018 0.030 0.001 99 F 0.102 0.473 0.227 0.029 0.055 0.079 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 100 V 0.189 0.402 0.255 0.033 0.015 0.069 0.014 0.001 0.021 0.001 0.001 101 A 0.305 0.223 0.197 0.113 0.089 0.032 0.011 0.004 0.017 0.007 0.002 102 S 0.094 0.155 0.352 0.095 0.068 0.131 0.028 0.004 0.062 0.007 0.003 103 V 0.444 0.079 0.344 0.024 0.014 0.026 0.006 0.001 0.058 0.003 0.002 104 P 0.906 0.003 0.075 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 E 0.818 0.016 0.029 0.114 0.005 0.007 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 106 F 0.871 0.013 0.029 0.068 0.005 0.004 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 107 V 0.931 0.014 0.026 0.020 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.827 0.012 0.015 0.120 0.006 0.005 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 109 Q 0.711 0.030 0.053 0.162 0.013 0.008 0.010 0.002 0.010 0.001 0.001 110 H 0.729 0.037 0.138 0.053 0.005 0.013 0.012 0.002 0.009 0.001 0.001 111 L 0.841 0.030 0.068 0.035 0.006 0.009 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 112 V 0.694 0.106 0.099 0.063 0.010 0.017 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 113 I 0.541 0.158 0.106 0.134 0.015 0.022 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 114 N 0.258 0.043 0.177 0.227 0.037 0.043 0.153 0.017 0.022 0.020 0.002 115 G 0.236 0.006 0.033 0.060 0.114 0.009 0.036 0.227 0.003 0.275 0.001 116 A 0.841 0.027 0.061 0.045 0.008 0.007 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 117 S 0.973 0.004 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 N 0.983 0.004 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.993 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 I 0.993 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 A 0.983 0.005 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 T 0.961 0.009 0.003 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 123 V 0.839 0.025 0.037 0.081 0.002 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 124 L 0.215 0.049 0.083 0.551 0.006 0.013 0.059 0.001 0.023 0.001 0.001 125 G 0.081 0.007 0.078 0.054 0.059 0.015 0.093 0.240 0.005 0.365 0.003 126 E 0.086 0.103 0.573 0.023 0.017 0.030 0.009 0.001 0.147 0.007 0.003 127 P 0.350 0.006 0.520 0.055 0.003 0.011 0.006 0.001 0.002 0.004 0.042 128 G 0.061 0.007 0.059 0.037 0.032 0.012 0.080 0.603 0.004 0.104 0.001 129 R 0.273 0.125 0.404 0.111 0.033 0.018 0.008 0.006 0.010 0.009 0.002 130 H 0.152 0.084 0.454 0.055 0.032 0.137 0.014 0.003 0.051 0.014 0.004 131 A 0.822 0.015 0.098 0.040 0.009 0.007 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 132 R 0.829 0.075 0.053 0.022 0.005 0.005 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 133 A 0.604 0.151 0.060 0.074 0.093 0.004 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 134 A 0.577 0.168 0.153 0.045 0.029 0.012 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 135 V 0.395 0.420 0.088 0.038 0.013 0.017 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 136 G 0.306 0.189 0.236 0.033 0.117 0.056 0.026 0.006 0.022 0.008 0.001 137 M 0.448 0.243 0.166 0.082 0.009 0.024 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 138 A 0.496 0.179 0.147 0.083 0.029 0.019 0.024 0.003 0.015 0.003 0.003 139 S 0.275 0.177 0.182 0.174 0.056 0.045 0.051 0.008 0.026 0.003 0.004 140 L 0.056 0.327 0.404 0.012 0.038 0.019 0.008 0.001 0.133 0.002 0.001 141 P 0.119 0.019 0.755 0.012 0.005 0.030 0.004 0.001 0.011 0.007 0.039 142 F 0.329 0.063 0.340 0.151 0.033 0.013 0.032 0.014 0.010 0.010 0.005 143 N 0.021 0.031 0.060 0.126 0.041 0.027 0.481 0.191 0.009 0.012 0.001 144 A 0.009 0.372 0.496 0.017 0.071 0.017 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 145 S 0.021 0.508 0.342 0.037 0.017 0.054 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 146 V 0.001 0.825 0.114 0.003 0.034 0.017 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 147 E 0.004 0.858 0.066 0.002 0.023 0.039 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 148 I 0.001 0.825 0.109 0.001 0.044 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 149 D 0.008 0.748 0.057 0.007 0.145 0.018 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 150 A 0.001 0.622 0.040 0.001 0.327 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 151 I 0.003 0.945 0.017 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 152 V 0.003 0.747 0.104 0.002 0.128 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 153 E 0.020 0.657 0.139 0.012 0.018 0.113 0.018 0.001 0.022 0.001 0.001 154 I 0.024 0.698 0.160 0.009 0.069 0.016 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 155 D 0.065 0.178 0.413 0.035 0.041 0.176 0.043 0.005 0.026 0.012 0.006 156 V 0.113 0.430 0.236 0.078 0.067 0.032 0.011 0.002 0.031 0.001 0.001