# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1672.69 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.178 0.075 0.017 0.145 0.019 0.030 0.163 0.094 0.113 0.061 2 S 0.052 0.287 0.094 0.025 0.129 0.021 0.034 0.220 0.073 0.040 0.026 3 D 0.045 0.091 0.044 0.014 0.077 0.018 0.032 0.433 0.129 0.082 0.034 4 V 0.046 0.095 0.030 0.005 0.105 0.006 0.028 0.536 0.095 0.038 0.017 5 I 0.034 0.044 0.018 0.006 0.037 0.010 0.021 0.643 0.118 0.054 0.016 6 E 0.016 0.029 0.012 0.009 0.023 0.013 0.027 0.711 0.113 0.036 0.011 7 G 0.012 0.025 0.018 0.013 0.019 0.015 0.026 0.693 0.113 0.055 0.010 8 R 0.024 0.041 0.012 0.005 0.031 0.005 0.033 0.684 0.099 0.055 0.011 9 L 0.028 0.023 0.006 0.002 0.041 0.004 0.012 0.674 0.154 0.043 0.012 10 K 0.024 0.041 0.014 0.007 0.049 0.014 0.039 0.625 0.152 0.026 0.009 11 E 0.086 0.024 0.012 0.010 0.060 0.017 0.134 0.448 0.094 0.093 0.024 12 L 0.068 0.314 0.073 0.026 0.189 0.029 0.069 0.115 0.045 0.051 0.020 13 G 0.128 0.089 0.040 0.040 0.148 0.040 0.040 0.090 0.071 0.180 0.134 14 F 0.161 0.195 0.056 0.014 0.302 0.011 0.028 0.060 0.046 0.070 0.056 15 T 0.088 0.328 0.166 0.021 0.203 0.014 0.025 0.027 0.021 0.046 0.060 16 L 0.048 0.454 0.270 0.014 0.143 0.005 0.007 0.013 0.013 0.008 0.025 17 P 0.069 0.263 0.073 0.020 0.137 0.023 0.076 0.135 0.137 0.043 0.026 18 V 0.060 0.142 0.093 0.021 0.100 0.027 0.086 0.116 0.155 0.160 0.042 19 A 0.059 0.292 0.138 0.028 0.153 0.013 0.048 0.076 0.071 0.091 0.030 20 A 0.059 0.257 0.212 0.057 0.117 0.016 0.030 0.065 0.070 0.086 0.032 21 A 0.036 0.339 0.248 0.039 0.113 0.015 0.027 0.067 0.071 0.025 0.020 22 P 0.047 0.245 0.168 0.019 0.121 0.014 0.059 0.162 0.106 0.037 0.022 23 A 0.066 0.081 0.035 0.013 0.076 0.021 0.076 0.168 0.183 0.229 0.051 24 A 0.058 0.325 0.110 0.031 0.199 0.024 0.037 0.072 0.061 0.053 0.030 25 N 0.112 0.101 0.053 0.028 0.144 0.034 0.088 0.155 0.105 0.127 0.052 26 Y 0.150 0.086 0.059 0.027 0.152 0.028 0.047 0.091 0.087 0.204 0.070 27 V 0.113 0.278 0.115 0.041 0.250 0.029 0.030 0.056 0.035 0.028 0.027 28 P 0.165 0.122 0.066 0.024 0.239 0.028 0.049 0.121 0.075 0.055 0.056 29 F 0.153 0.179 0.028 0.004 0.490 0.006 0.014 0.046 0.024 0.021 0.036 30 T 0.227 0.128 0.019 0.002 0.541 0.003 0.010 0.024 0.008 0.008 0.029 31 I 0.444 0.057 0.026 0.018 0.237 0.020 0.028 0.041 0.016 0.029 0.083 32 S 0.043 0.064 0.065 0.240 0.062 0.239 0.090 0.050 0.037 0.074 0.037 33 G 0.016 0.024 0.052 0.520 0.013 0.138 0.051 0.027 0.023 0.106 0.030 34 N 0.057 0.085 0.073 0.095 0.073 0.069 0.044 0.042 0.050 0.335 0.077 35 L 0.208 0.140 0.009 0.003 0.553 0.005 0.009 0.012 0.012 0.020 0.029 36 L 0.194 0.106 0.008 0.001 0.657 0.002 0.004 0.004 0.002 0.003 0.018 37 Y 0.311 0.091 0.028 0.002 0.494 0.003 0.004 0.004 0.002 0.004 0.058 38 V 0.363 0.072 0.023 0.032 0.270 0.056 0.023 0.017 0.013 0.038 0.095 39 S 0.059 0.115 0.079 0.225 0.106 0.198 0.079 0.022 0.023 0.061 0.032 40 G 0.113 0.076 0.070 0.218 0.134 0.049 0.024 0.026 0.039 0.179 0.072 41 Q 0.149 0.201 0.083 0.035 0.286 0.021 0.039 0.035 0.048 0.061 0.043 42 L 0.068 0.372 0.237 0.018 0.211 0.009 0.010 0.011 0.012 0.011 0.043 43 P 0.157 0.303 0.094 0.010 0.264 0.007 0.022 0.032 0.026 0.026 0.058 44 M 0.088 0.202 0.104 0.038 0.162 0.046 0.103 0.083 0.060 0.078 0.036 45 E 0.045 0.207 0.471 0.084 0.087 0.013 0.011 0.026 0.019 0.018 0.018 46 S 0.025 0.069 0.036 0.027 0.042 0.044 0.138 0.390 0.178 0.040 0.013 47 G 0.028 0.057 0.054 0.041 0.027 0.053 0.048 0.142 0.129 0.358 0.062 48 K 0.084 0.198 0.067 0.017 0.210 0.014 0.025 0.121 0.065 0.129 0.070 49 I 0.173 0.172 0.032 0.007 0.394 0.008 0.014 0.096 0.036 0.034 0.035 50 A 0.222 0.123 0.049 0.014 0.302 0.014 0.036 0.129 0.039 0.027 0.046 51 V 0.228 0.048 0.034 0.040 0.168 0.069 0.085 0.147 0.050 0.064 0.067 52 T 0.036 0.200 0.112 0.189 0.083 0.109 0.075 0.054 0.038 0.075 0.028 53 G 0.049 0.052 0.087 0.233 0.055 0.032 0.012 0.033 0.035 0.288 0.124 54 L 0.141 0.223 0.053 0.011 0.307 0.014 0.035 0.062 0.046 0.061 0.047 55 V 0.149 0.234 0.084 0.027 0.246 0.025 0.034 0.039 0.029 0.054 0.079 56 G 0.087 0.133 0.162 0.191 0.109 0.059 0.038 0.060 0.062 0.053 0.046 57 R 0.021 0.086 0.075 0.070 0.051 0.110 0.274 0.151 0.084 0.059 0.018 58 D 0.112 0.056 0.033 0.014 0.093 0.008 0.012 0.049 0.040 0.439 0.144 59 V 0.042 0.406 0.065 0.010 0.269 0.016 0.023 0.058 0.036 0.046 0.028 60 D 0.154 0.282 0.119 0.004 0.351 0.002 0.002 0.027 0.007 0.013 0.038 61 V 0.013 0.018 0.004 0.001 0.017 0.002 0.004 0.513 0.392 0.027 0.008 62 A 0.002 0.009 0.008 0.003 0.003 0.017 0.032 0.779 0.125 0.020 0.002 63 S 0.014 0.027 0.009 0.001 0.013 0.002 0.005 0.737 0.067 0.116 0.008 64 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.072 0.007 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.001 0.001 67 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.002 0.001 68 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 71 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.027 0.002 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.052 0.002 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.979 0.012 0.001 0.001 74 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.966 0.017 0.004 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.076 0.004 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.001 0.001 78 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.055 0.002 0.001 80 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.071 0.001 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.873 0.097 0.017 0.001 82 A 0.006 0.004 0.005 0.001 0.004 0.001 0.149 0.744 0.058 0.026 0.002 83 L 0.015 0.069 0.048 0.012 0.034 0.028 0.104 0.472 0.092 0.104 0.022 84 N 0.024 0.395 0.128 0.037 0.047 0.029 0.057 0.115 0.063 0.076 0.029 85 G 0.024 0.037 0.089 0.064 0.029 0.032 0.025 0.080 0.074 0.419 0.128 86 D 0.132 0.181 0.088 0.009 0.170 0.009 0.048 0.126 0.078 0.111 0.049 87 L 0.030 0.054 0.015 0.006 0.050 0.010 0.013 0.291 0.387 0.114 0.030 88 S 0.009 0.031 0.031 0.025 0.018 0.057 0.062 0.500 0.197 0.062 0.009 89 K 0.073 0.077 0.024 0.004 0.097 0.005 0.019 0.457 0.104 0.121 0.019 90 I 0.035 0.012 0.007 0.002 0.030 0.004 0.005 0.498 0.345 0.050 0.012 91 R 0.006 0.012 0.007 0.011 0.008 0.022 0.035 0.702 0.182 0.012 0.004 92 R 0.030 0.017 0.011 0.008 0.044 0.015 0.063 0.433 0.134 0.227 0.019 93 V 0.248 0.109 0.009 0.003 0.342 0.004 0.037 0.160 0.028 0.037 0.023 94 I 0.175 0.171 0.018 0.003 0.530 0.005 0.009 0.046 0.010 0.005 0.028 95 K 0.343 0.081 0.017 0.007 0.379 0.010 0.017 0.065 0.019 0.011 0.048 96 L 0.257 0.090 0.014 0.014 0.457 0.014 0.038 0.063 0.018 0.015 0.021 97 N 0.374 0.054 0.011 0.012 0.333 0.017 0.054 0.048 0.018 0.031 0.049 98 G 0.145 0.176 0.030 0.004 0.559 0.005 0.007 0.012 0.006 0.006 0.050 99 F 0.251 0.168 0.020 0.006 0.425 0.008 0.015 0.030 0.012 0.014 0.051 100 V 0.246 0.128 0.036 0.013 0.279 0.017 0.025 0.055 0.043 0.049 0.109 101 A 0.061 0.246 0.151 0.026 0.172 0.049 0.074 0.080 0.037 0.045 0.060 102 S 0.089 0.366 0.165 0.014 0.141 0.009 0.012 0.041 0.020 0.085 0.057 103 V 0.055 0.189 0.035 0.008 0.123 0.007 0.011 0.246 0.242 0.061 0.024 104 P 0.006 0.031 0.017 0.006 0.013 0.017 0.025 0.593 0.267 0.021 0.004 105 E 0.012 0.020 0.008 0.002 0.015 0.004 0.037 0.673 0.150 0.070 0.007 106 F 0.024 0.022 0.010 0.003 0.031 0.008 0.014 0.539 0.206 0.131 0.013 107 V 0.012 0.027 0.012 0.010 0.015 0.023 0.042 0.642 0.173 0.036 0.009 108 E 0.016 0.028 0.015 0.006 0.021 0.014 0.064 0.554 0.135 0.132 0.014 109 Q 0.043 0.111 0.040 0.008 0.093 0.012 0.036 0.408 0.099 0.130 0.019 110 H 0.071 0.077 0.026 0.009 0.079 0.012 0.020 0.450 0.161 0.061 0.034 111 L 0.032 0.069 0.015 0.005 0.097 0.009 0.029 0.536 0.162 0.029 0.015 112 V 0.071 0.039 0.018 0.006 0.086 0.010 0.059 0.485 0.090 0.113 0.022 113 I 0.079 0.056 0.029 0.019 0.076 0.025 0.086 0.414 0.076 0.094 0.044 114 N 0.017 0.110 0.082 0.079 0.044 0.071 0.074 0.352 0.075 0.073 0.024 115 G 0.021 0.058 0.070 0.052 0.021 0.022 0.012 0.333 0.108 0.258 0.045 116 A 0.013 0.032 0.016 0.004 0.019 0.004 0.008 0.643 0.180 0.071 0.010 117 S 0.004 0.021 0.008 0.002 0.009 0.004 0.007 0.849 0.083 0.010 0.003 118 N 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.009 0.920 0.046 0.008 0.001 119 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.929 0.049 0.007 0.001 120 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.865 0.115 0.008 0.001 121 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.819 0.153 0.007 0.001 122 T 0.007 0.007 0.005 0.002 0.010 0.003 0.071 0.742 0.104 0.048 0.002 123 V 0.044 0.029 0.016 0.007 0.040 0.011 0.127 0.449 0.112 0.145 0.021 124 L 0.043 0.362 0.088 0.021 0.145 0.017 0.048 0.109 0.070 0.068 0.028 125 G 0.055 0.069 0.103 0.081 0.048 0.026 0.041 0.117 0.101 0.263 0.096 126 E 0.049 0.195 0.324 0.049 0.111 0.021 0.035 0.084 0.063 0.045 0.024 127 P 0.027 0.194 0.069 0.031 0.062 0.040 0.199 0.164 0.141 0.056 0.018 128 G 0.030 0.044 0.070 0.083 0.030 0.026 0.031 0.069 0.094 0.430 0.095 129 R 0.034 0.375 0.214 0.034 0.124 0.011 0.024 0.082 0.046 0.038 0.018 130 H 0.114 0.201 0.107 0.017 0.161 0.014 0.024 0.149 0.086 0.072 0.056 131 A 0.092 0.190 0.031 0.012 0.226 0.020 0.042 0.222 0.107 0.031 0.027 132 R 0.143 0.070 0.028 0.017 0.183 0.029 0.045 0.256 0.100 0.078 0.051 133 A 0.126 0.146 0.037 0.013 0.346 0.014 0.033 0.156 0.051 0.045 0.033 134 A 0.337 0.067 0.009 0.006 0.366 0.006 0.023 0.100 0.022 0.029 0.036 135 V 0.166 0.219 0.030 0.008 0.427 0.009 0.023 0.057 0.016 0.012 0.034 136 G 0.258 0.142 0.040 0.013 0.308 0.011 0.020 0.077 0.031 0.031 0.071 137 M 0.153 0.106 0.018 0.015 0.221 0.023 0.032 0.172 0.161 0.062 0.038 138 A 0.091 0.126 0.046 0.019 0.197 0.031 0.095 0.155 0.150 0.057 0.033 139 S 0.109 0.110 0.063 0.017 0.185 0.016 0.081 0.079 0.067 0.212 0.061 140 L 0.051 0.333 0.369 0.035 0.127 0.006 0.010 0.012 0.014 0.019 0.025 141 P 0.036 0.253 0.420 0.112 0.060 0.017 0.014 0.026 0.040 0.010 0.012 142 F 0.005 0.055 0.052 0.027 0.013 0.051 0.579 0.126 0.080 0.009 0.003 143 N 0.036 0.008 0.014 0.013 0.011 0.010 0.013 0.012 0.029 0.699 0.156 144 A 0.035 0.563 0.014 0.003 0.338 0.006 0.012 0.006 0.006 0.008 0.010 145 S 0.293 0.050 0.003 0.001 0.609 0.002 0.003 0.002 0.002 0.007 0.028 146 V 0.171 0.083 0.001 0.001 0.735 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 147 E 0.220 0.036 0.002 0.001 0.727 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 148 I 0.470 0.019 0.001 0.001 0.487 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 149 D 0.211 0.076 0.008 0.008 0.608 0.026 0.021 0.003 0.002 0.004 0.035 150 A 0.319 0.037 0.004 0.001 0.609 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 151 I 0.408 0.069 0.003 0.003 0.470 0.006 0.008 0.003 0.002 0.004 0.024 152 V 0.125 0.136 0.060 0.001 0.620 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.048 153 E 0.502 0.103 0.010 0.004 0.256 0.006 0.008 0.008 0.006 0.017 0.081 154 I 0.084 0.308 0.135 0.023 0.289 0.034 0.035 0.016 0.014 0.013 0.049 155 D 0.223 0.237 0.086 0.018 0.276 0.013 0.015 0.027 0.023 0.028 0.054 156 V 0.116 0.168 0.053 0.024 0.201 0.034 0.061 0.124 0.113 0.061 0.045