# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1672.69 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.603 0.179 0.126 0.055 0.028 0.008 0.001 2 S 0.518 0.197 0.157 0.094 0.027 0.008 0.001 3 D 0.791 0.140 0.056 0.011 0.002 0.001 0.001 4 V 0.496 0.293 0.145 0.046 0.016 0.004 0.001 5 I 0.179 0.146 0.165 0.257 0.192 0.059 0.002 6 E 0.373 0.291 0.198 0.102 0.029 0.007 0.001 7 G 0.591 0.282 0.081 0.035 0.009 0.002 0.001 8 R 0.253 0.289 0.232 0.146 0.066 0.013 0.001 9 L 0.067 0.081 0.140 0.284 0.298 0.122 0.008 10 K 0.245 0.289 0.247 0.146 0.052 0.018 0.002 11 E 0.289 0.313 0.204 0.124 0.050 0.017 0.002 12 L 0.113 0.189 0.210 0.233 0.167 0.078 0.010 13 G 0.086 0.128 0.179 0.226 0.213 0.144 0.024 14 F 0.092 0.121 0.152 0.220 0.221 0.163 0.031 15 T 0.116 0.188 0.234 0.224 0.151 0.072 0.015 16 L 0.098 0.110 0.128 0.207 0.238 0.180 0.039 17 P 0.259 0.241 0.222 0.155 0.074 0.039 0.010 18 V 0.294 0.273 0.194 0.130 0.067 0.034 0.008 19 A 0.156 0.147 0.170 0.213 0.185 0.108 0.021 20 A 0.181 0.149 0.146 0.184 0.177 0.132 0.030 21 A 0.304 0.250 0.188 0.142 0.071 0.036 0.009 22 P 0.276 0.219 0.176 0.146 0.106 0.060 0.017 23 A 0.177 0.172 0.168 0.169 0.136 0.129 0.048 24 A 0.090 0.102 0.127 0.176 0.220 0.207 0.079 25 N 0.086 0.156 0.184 0.202 0.165 0.133 0.073 26 Y 0.031 0.038 0.068 0.111 0.193 0.335 0.224 27 V 0.030 0.044 0.072 0.130 0.222 0.305 0.197 28 P 0.034 0.057 0.100 0.159 0.211 0.251 0.188 29 F 0.018 0.020 0.032 0.063 0.155 0.406 0.305 30 T 0.031 0.053 0.081 0.138 0.203 0.318 0.177 31 I 0.044 0.102 0.146 0.211 0.218 0.183 0.096 32 S 0.042 0.077 0.087 0.155 0.208 0.259 0.171 33 G 0.053 0.128 0.150 0.221 0.191 0.173 0.084 34 N 0.065 0.145 0.213 0.221 0.161 0.137 0.059 35 L 0.011 0.028 0.058 0.138 0.284 0.339 0.143 36 L 0.004 0.007 0.012 0.029 0.093 0.400 0.456 37 Y 0.003 0.007 0.014 0.031 0.076 0.320 0.549 38 V 0.003 0.005 0.009 0.026 0.062 0.237 0.658 39 S 0.002 0.005 0.008 0.024 0.074 0.254 0.633 40 G 0.004 0.010 0.023 0.057 0.134 0.311 0.460 41 Q 0.008 0.026 0.059 0.116 0.209 0.349 0.233 42 L 0.009 0.024 0.053 0.118 0.249 0.415 0.133 43 P 0.023 0.051 0.087 0.161 0.296 0.313 0.070 44 M 0.068 0.132 0.197 0.273 0.208 0.105 0.017 45 E 0.280 0.275 0.211 0.140 0.065 0.025 0.004 46 S 0.413 0.248 0.165 0.112 0.043 0.017 0.002 47 G 0.622 0.214 0.104 0.039 0.014 0.006 0.001 48 K 0.476 0.279 0.137 0.068 0.027 0.011 0.002 49 I 0.193 0.197 0.179 0.210 0.148 0.064 0.008 50 A 0.176 0.210 0.201 0.194 0.130 0.075 0.014 51 V 0.105 0.122 0.136 0.202 0.214 0.171 0.049 52 T 0.127 0.157 0.170 0.195 0.172 0.126 0.052 53 G 0.118 0.146 0.149 0.183 0.183 0.163 0.058 54 L 0.109 0.142 0.198 0.218 0.177 0.118 0.040 55 V 0.069 0.068 0.101 0.162 0.246 0.280 0.074 56 G 0.108 0.167 0.193 0.218 0.193 0.097 0.023 57 R 0.260 0.335 0.176 0.140 0.059 0.025 0.005 58 D 0.315 0.274 0.184 0.136 0.066 0.022 0.003 59 V 0.154 0.158 0.186 0.244 0.174 0.076 0.007 60 D 0.270 0.398 0.183 0.097 0.035 0.015 0.001 61 V 0.131 0.186 0.260 0.224 0.162 0.033 0.003 62 A 0.302 0.438 0.119 0.111 0.023 0.006 0.001 63 S 0.099 0.224 0.300 0.199 0.145 0.031 0.001 64 A 0.015 0.030 0.066 0.216 0.337 0.313 0.024 65 Q 0.056 0.227 0.395 0.223 0.079 0.017 0.002 66 R 0.037 0.334 0.227 0.263 0.106 0.029 0.004 67 A 0.005 0.029 0.120 0.272 0.364 0.190 0.020 68 A 0.001 0.004 0.015 0.066 0.270 0.513 0.132 69 E 0.010 0.107 0.289 0.293 0.203 0.083 0.014 70 L 0.007 0.066 0.133 0.236 0.291 0.206 0.062 71 C 0.001 0.006 0.011 0.033 0.101 0.518 0.331 72 A 0.002 0.007 0.027 0.093 0.225 0.398 0.249 73 V 0.012 0.107 0.206 0.278 0.229 0.124 0.043 74 N 0.004 0.035 0.116 0.222 0.294 0.235 0.095 75 I 0.001 0.001 0.004 0.016 0.105 0.571 0.302 76 L 0.003 0.038 0.173 0.319 0.311 0.132 0.024 77 A 0.006 0.078 0.180 0.339 0.266 0.106 0.026 78 Q 0.001 0.006 0.019 0.059 0.208 0.534 0.171 79 V 0.002 0.005 0.015 0.058 0.226 0.527 0.168 80 K 0.024 0.176 0.288 0.344 0.129 0.034 0.005 81 A 0.050 0.224 0.260 0.251 0.150 0.057 0.008 82 A 0.032 0.079 0.124 0.244 0.268 0.227 0.026 83 L 0.087 0.203 0.240 0.253 0.173 0.040 0.004 84 N 0.468 0.374 0.094 0.051 0.011 0.002 0.001 85 G 0.398 0.305 0.171 0.082 0.036 0.008 0.001 86 D 0.202 0.273 0.273 0.149 0.073 0.029 0.001 87 L 0.110 0.227 0.267 0.249 0.128 0.019 0.001 88 S 0.340 0.463 0.096 0.081 0.017 0.003 0.001 89 K 0.300 0.337 0.188 0.108 0.055 0.012 0.001 90 I 0.035 0.094 0.223 0.340 0.228 0.074 0.005 91 R 0.083 0.277 0.308 0.246 0.068 0.017 0.001 92 R 0.017 0.130 0.223 0.337 0.240 0.049 0.004 93 V 0.004 0.011 0.031 0.078 0.246 0.530 0.102 94 I 0.004 0.017 0.041 0.112 0.233 0.448 0.145 95 K 0.015 0.087 0.183 0.298 0.204 0.133 0.081 96 L 0.004 0.013 0.024 0.069 0.191 0.447 0.252 97 N 0.012 0.051 0.108 0.199 0.226 0.246 0.158 98 G 0.009 0.027 0.041 0.088 0.186 0.390 0.260 99 F 0.015 0.038 0.075 0.149 0.248 0.346 0.128 100 V 0.019 0.032 0.059 0.137 0.260 0.370 0.123 101 A 0.085 0.174 0.236 0.238 0.154 0.090 0.023 102 S 0.120 0.182 0.223 0.202 0.160 0.095 0.018 103 V 0.109 0.144 0.194 0.254 0.193 0.094 0.011 104 P 0.492 0.288 0.134 0.063 0.017 0.006 0.001 105 E 0.417 0.349 0.135 0.065 0.027 0.007 0.001 106 F 0.134 0.138 0.193 0.250 0.195 0.085 0.005 107 V 0.205 0.243 0.262 0.185 0.082 0.020 0.002 108 E 0.393 0.398 0.116 0.069 0.018 0.005 0.001 109 Q 0.179 0.206 0.225 0.187 0.149 0.049 0.006 110 H 0.078 0.108 0.166 0.270 0.217 0.138 0.023 111 L 0.143 0.240 0.256 0.200 0.109 0.044 0.008 112 V 0.072 0.148 0.194 0.244 0.205 0.108 0.030 113 I 0.030 0.038 0.046 0.096 0.205 0.413 0.172 114 N 0.060 0.110 0.138 0.207 0.215 0.189 0.081 115 G 0.057 0.118 0.138 0.199 0.193 0.192 0.104 116 A 0.024 0.039 0.052 0.099 0.162 0.348 0.276 117 S 0.020 0.046 0.074 0.147 0.225 0.290 0.197 118 N 0.064 0.186 0.263 0.222 0.132 0.090 0.043 119 L 0.012 0.033 0.095 0.197 0.319 0.267 0.075 120 I 0.010 0.023 0.041 0.093 0.242 0.424 0.168 121 A 0.015 0.062 0.161 0.247 0.313 0.167 0.035 122 T 0.043 0.257 0.290 0.263 0.100 0.039 0.009 123 V 0.021 0.053 0.120 0.229 0.315 0.232 0.029 124 L 0.027 0.039 0.066 0.175 0.347 0.291 0.055 125 G 0.155 0.277 0.264 0.199 0.079 0.023 0.003 126 E 0.366 0.335 0.174 0.076 0.035 0.012 0.002 127 P 0.172 0.248 0.234 0.182 0.095 0.056 0.013 128 G 0.168 0.263 0.196 0.183 0.111 0.063 0.015 129 R 0.043 0.115 0.161 0.247 0.270 0.140 0.024 130 H 0.015 0.037 0.082 0.157 0.274 0.306 0.129 131 A 0.003 0.006 0.018 0.037 0.109 0.450 0.377 132 R 0.004 0.011 0.030 0.073 0.174 0.369 0.338 133 A 0.001 0.003 0.007 0.021 0.074 0.293 0.600 134 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.033 0.248 0.705 135 V 0.001 0.004 0.009 0.027 0.083 0.344 0.532 136 G 0.004 0.025 0.081 0.215 0.258 0.230 0.188 137 M 0.002 0.005 0.012 0.037 0.165 0.513 0.266 138 A 0.013 0.066 0.141 0.260 0.256 0.211 0.054 139 S 0.064 0.215 0.267 0.224 0.131 0.082 0.017 140 L 0.025 0.050 0.113 0.271 0.311 0.204 0.025 141 P 0.072 0.139 0.169 0.233 0.215 0.146 0.025 142 F 0.202 0.306 0.230 0.161 0.076 0.023 0.004 143 N 0.284 0.341 0.211 0.107 0.034 0.019 0.005 144 A 0.014 0.041 0.077 0.196 0.320 0.316 0.035 145 S 0.030 0.115 0.212 0.272 0.226 0.120 0.026 146 V 0.007 0.016 0.029 0.068 0.170 0.468 0.242 147 E 0.018 0.034 0.067 0.120 0.161 0.320 0.280 148 I 0.006 0.012 0.019 0.061 0.173 0.425 0.305 149 D 0.026 0.074 0.167 0.265 0.224 0.141 0.103 150 A 0.015 0.028 0.037 0.071 0.178 0.476 0.194 151 I 0.031 0.073 0.118 0.235 0.270 0.222 0.052 152 V 0.058 0.097 0.143 0.250 0.247 0.180 0.025 153 E 0.280 0.269 0.222 0.136 0.067 0.022 0.003 154 I 0.388 0.232 0.189 0.134 0.043 0.013 0.001 155 D 0.834 0.131 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 156 V 0.347 0.203 0.176 0.173 0.081 0.019 0.001