# TARGET T0423 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0423.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1672.69 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.187 0.109 0.108 0.136 0.148 0.116 0.080 0.053 0.033 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 2 S 0.242 0.132 0.130 0.131 0.130 0.087 0.069 0.035 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 3 D 0.502 0.165 0.121 0.080 0.054 0.035 0.021 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 4 V 0.305 0.176 0.129 0.136 0.117 0.065 0.038 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 5 I 0.124 0.082 0.085 0.132 0.186 0.148 0.111 0.068 0.038 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 6 E 0.294 0.179 0.159 0.130 0.101 0.064 0.039 0.014 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 7 G 0.680 0.154 0.071 0.039 0.023 0.018 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.220 0.176 0.163 0.154 0.132 0.089 0.038 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.100 0.077 0.088 0.154 0.214 0.156 0.096 0.062 0.032 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 10 K 0.427 0.207 0.130 0.086 0.056 0.048 0.025 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.511 0.163 0.109 0.071 0.052 0.045 0.026 0.007 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 L 0.123 0.098 0.120 0.147 0.173 0.154 0.087 0.046 0.026 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 13 G 0.151 0.097 0.111 0.141 0.166 0.127 0.083 0.053 0.034 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 14 F 0.150 0.071 0.065 0.102 0.127 0.128 0.108 0.100 0.061 0.040 0.023 0.017 0.007 0.002 15 T 0.225 0.121 0.122 0.116 0.114 0.092 0.075 0.049 0.038 0.024 0.015 0.006 0.002 0.001 16 L 0.099 0.060 0.078 0.100 0.134 0.130 0.117 0.098 0.070 0.050 0.035 0.017 0.008 0.004 17 P 0.184 0.119 0.126 0.136 0.128 0.096 0.077 0.055 0.035 0.023 0.015 0.005 0.002 0.002 18 V 0.236 0.128 0.123 0.126 0.117 0.089 0.063 0.046 0.031 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 19 A 0.129 0.090 0.081 0.112 0.139 0.127 0.112 0.091 0.052 0.035 0.018 0.008 0.004 0.002 20 A 0.133 0.079 0.087 0.111 0.130 0.126 0.104 0.089 0.056 0.041 0.022 0.013 0.006 0.003 21 A 0.238 0.157 0.130 0.130 0.109 0.082 0.060 0.040 0.025 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 22 P 0.138 0.104 0.112 0.137 0.146 0.119 0.084 0.066 0.042 0.025 0.015 0.007 0.003 0.002 23 A 0.089 0.079 0.081 0.125 0.157 0.145 0.111 0.090 0.054 0.036 0.017 0.009 0.004 0.002 24 A 0.096 0.071 0.077 0.097 0.127 0.131 0.119 0.091 0.077 0.052 0.034 0.016 0.007 0.004 25 N 0.123 0.100 0.107 0.120 0.132 0.113 0.093 0.081 0.055 0.036 0.024 0.010 0.004 0.003 26 Y 0.055 0.036 0.047 0.070 0.104 0.116 0.126 0.129 0.104 0.083 0.063 0.037 0.021 0.010 27 V 0.038 0.032 0.041 0.061 0.084 0.119 0.125 0.129 0.125 0.101 0.064 0.046 0.025 0.009 28 P 0.066 0.058 0.068 0.104 0.130 0.126 0.131 0.121 0.075 0.056 0.031 0.019 0.008 0.006 29 F 0.029 0.024 0.028 0.048 0.080 0.105 0.130 0.132 0.133 0.107 0.085 0.056 0.029 0.013 30 T 0.034 0.035 0.044 0.060 0.103 0.128 0.146 0.136 0.111 0.080 0.068 0.030 0.017 0.009 31 I 0.037 0.051 0.067 0.098 0.143 0.125 0.141 0.121 0.086 0.059 0.042 0.017 0.007 0.006 32 S 0.027 0.034 0.036 0.075 0.112 0.135 0.126 0.133 0.118 0.092 0.057 0.028 0.018 0.008 33 G 0.026 0.045 0.061 0.115 0.136 0.151 0.144 0.127 0.081 0.055 0.033 0.015 0.007 0.005 34 N 0.020 0.040 0.056 0.106 0.143 0.141 0.138 0.145 0.085 0.057 0.034 0.019 0.008 0.007 35 L 0.004 0.008 0.011 0.024 0.049 0.088 0.124 0.168 0.171 0.140 0.084 0.065 0.043 0.022 36 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.030 0.067 0.094 0.166 0.188 0.172 0.147 0.077 0.038 37 Y 0.001 0.002 0.003 0.004 0.010 0.021 0.044 0.071 0.154 0.170 0.228 0.145 0.073 0.073 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.031 0.092 0.153 0.282 0.193 0.138 0.084 39 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.025 0.054 0.117 0.170 0.158 0.204 0.140 0.105 40 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.034 0.064 0.146 0.221 0.161 0.199 0.093 0.053 41 Q 0.002 0.005 0.008 0.016 0.034 0.054 0.110 0.148 0.158 0.158 0.156 0.074 0.037 0.039 42 L 0.003 0.006 0.012 0.019 0.042 0.063 0.106 0.130 0.160 0.150 0.167 0.079 0.039 0.026 43 P 0.010 0.025 0.035 0.062 0.105 0.128 0.141 0.147 0.128 0.100 0.062 0.031 0.017 0.011 44 M 0.033 0.057 0.077 0.106 0.138 0.139 0.127 0.123 0.083 0.057 0.032 0.017 0.007 0.004 45 E 0.097 0.131 0.152 0.166 0.139 0.108 0.077 0.062 0.034 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 46 S 0.184 0.163 0.135 0.162 0.114 0.097 0.063 0.038 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 47 G 0.259 0.196 0.158 0.139 0.089 0.068 0.042 0.023 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 48 K 0.264 0.206 0.138 0.128 0.088 0.080 0.041 0.026 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 49 I 0.092 0.092 0.086 0.140 0.158 0.140 0.114 0.083 0.042 0.031 0.011 0.008 0.003 0.002 50 A 0.071 0.066 0.073 0.105 0.142 0.130 0.117 0.103 0.083 0.055 0.030 0.014 0.006 0.004 51 V 0.036 0.030 0.048 0.062 0.091 0.104 0.109 0.143 0.119 0.106 0.080 0.043 0.019 0.009 52 T 0.053 0.051 0.056 0.080 0.108 0.104 0.100 0.112 0.097 0.086 0.079 0.040 0.017 0.016 53 G 0.031 0.028 0.034 0.049 0.062 0.085 0.090 0.120 0.137 0.146 0.093 0.071 0.039 0.015 54 L 0.034 0.038 0.049 0.080 0.113 0.113 0.143 0.157 0.092 0.077 0.059 0.024 0.012 0.011 55 V 0.021 0.022 0.031 0.050 0.079 0.106 0.122 0.145 0.137 0.117 0.084 0.052 0.024 0.012 56 G 0.047 0.068 0.078 0.116 0.131 0.128 0.125 0.114 0.079 0.055 0.035 0.013 0.007 0.004 57 R 0.107 0.114 0.129 0.162 0.125 0.111 0.084 0.076 0.039 0.027 0.016 0.007 0.003 0.002 58 D 0.231 0.183 0.171 0.129 0.098 0.068 0.049 0.027 0.022 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 59 V 0.193 0.149 0.112 0.150 0.131 0.109 0.062 0.051 0.021 0.013 0.004 0.003 0.002 0.001 60 D 0.257 0.152 0.145 0.139 0.121 0.074 0.053 0.024 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 61 V 0.111 0.107 0.136 0.169 0.156 0.125 0.086 0.059 0.032 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 62 A 0.536 0.190 0.117 0.069 0.041 0.019 0.016 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 S 0.262 0.303 0.189 0.104 0.059 0.052 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.029 0.024 0.028 0.079 0.154 0.224 0.193 0.141 0.078 0.028 0.013 0.005 0.003 0.001 65 Q 0.096 0.159 0.216 0.219 0.147 0.089 0.041 0.016 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.514 0.246 0.120 0.059 0.027 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 A 0.040 0.078 0.094 0.189 0.217 0.193 0.109 0.048 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 68 A 0.012 0.013 0.025 0.064 0.132 0.214 0.234 0.193 0.069 0.022 0.015 0.004 0.003 0.001 69 E 0.177 0.270 0.181 0.171 0.096 0.063 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.184 0.181 0.156 0.187 0.138 0.077 0.043 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 C 0.011 0.017 0.028 0.074 0.134 0.237 0.233 0.156 0.071 0.021 0.012 0.003 0.002 0.001 72 A 0.027 0.044 0.066 0.125 0.167 0.207 0.175 0.128 0.037 0.014 0.007 0.002 0.002 0.001 73 V 0.263 0.353 0.155 0.120 0.059 0.030 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.056 0.078 0.116 0.201 0.202 0.165 0.100 0.053 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 75 I 0.006 0.009 0.019 0.063 0.128 0.244 0.267 0.172 0.062 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 76 L 0.078 0.170 0.184 0.227 0.177 0.102 0.041 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.324 0.299 0.131 0.125 0.070 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.021 0.035 0.060 0.146 0.187 0.226 0.162 0.107 0.038 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 79 V 0.011 0.017 0.034 0.074 0.152 0.203 0.265 0.159 0.061 0.012 0.008 0.002 0.002 0.001 80 K 0.223 0.334 0.201 0.129 0.065 0.034 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 A 0.292 0.263 0.133 0.134 0.073 0.081 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.029 0.033 0.060 0.152 0.211 0.227 0.165 0.083 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 83 L 0.055 0.069 0.094 0.168 0.287 0.160 0.099 0.044 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 84 N 0.518 0.221 0.116 0.061 0.039 0.025 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.313 0.169 0.130 0.135 0.110 0.080 0.036 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 D 0.222 0.135 0.158 0.145 0.142 0.095 0.063 0.017 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.133 0.115 0.106 0.160 0.184 0.136 0.085 0.048 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 88 S 0.395 0.227 0.129 0.108 0.066 0.036 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.191 0.252 0.154 0.164 0.100 0.080 0.032 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 90 I 0.026 0.039 0.044 0.128 0.179 0.208 0.159 0.121 0.045 0.023 0.014 0.007 0.004 0.001 91 R 0.045 0.093 0.123 0.167 0.177 0.162 0.107 0.061 0.041 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 92 R 0.032 0.033 0.044 0.098 0.141 0.151 0.151 0.135 0.093 0.063 0.024 0.023 0.010 0.004 93 V 0.004 0.006 0.009 0.023 0.056 0.095 0.150 0.158 0.156 0.109 0.114 0.065 0.034 0.021 94 I 0.002 0.002 0.004 0.006 0.016 0.033 0.064 0.096 0.141 0.165 0.203 0.139 0.086 0.041 95 K 0.005 0.010 0.009 0.021 0.039 0.059 0.094 0.137 0.166 0.141 0.134 0.076 0.046 0.062 96 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.033 0.055 0.145 0.230 0.177 0.171 0.113 0.047 97 N 0.001 0.002 0.004 0.011 0.028 0.054 0.106 0.154 0.166 0.166 0.115 0.087 0.048 0.058 98 G 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 0.020 0.042 0.064 0.160 0.225 0.195 0.156 0.086 0.033 99 F 0.003 0.006 0.008 0.021 0.047 0.077 0.137 0.180 0.148 0.140 0.104 0.060 0.037 0.032 100 V 0.002 0.005 0.008 0.015 0.027 0.054 0.086 0.113 0.179 0.175 0.147 0.110 0.052 0.025 101 A 0.023 0.044 0.052 0.088 0.127 0.138 0.153 0.150 0.087 0.065 0.041 0.016 0.009 0.007 102 S 0.029 0.058 0.093 0.129 0.165 0.152 0.121 0.097 0.076 0.037 0.025 0.011 0.004 0.003 103 V 0.023 0.036 0.050 0.106 0.158 0.175 0.156 0.136 0.087 0.041 0.018 0.008 0.005 0.002 104 P 0.223 0.191 0.172 0.154 0.104 0.076 0.040 0.018 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 105 E 0.380 0.225 0.175 0.089 0.058 0.041 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 F 0.129 0.109 0.104 0.159 0.191 0.132 0.090 0.050 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 107 V 0.270 0.181 0.135 0.152 0.114 0.067 0.049 0.015 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.605 0.193 0.087 0.043 0.027 0.023 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Q 0.241 0.166 0.165 0.135 0.112 0.094 0.043 0.019 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 110 H 0.140 0.113 0.126 0.166 0.177 0.115 0.082 0.038 0.021 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 111 L 0.217 0.144 0.114 0.133 0.125 0.107 0.068 0.043 0.025 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 112 V 0.094 0.061 0.067 0.115 0.164 0.150 0.116 0.096 0.059 0.042 0.017 0.012 0.005 0.002 113 I 0.053 0.034 0.043 0.069 0.120 0.133 0.144 0.140 0.097 0.070 0.049 0.028 0.014 0.006 114 N 0.170 0.116 0.112 0.122 0.122 0.098 0.078 0.069 0.046 0.031 0.019 0.010 0.004 0.003 115 G 0.165 0.120 0.109 0.121 0.128 0.104 0.089 0.064 0.044 0.030 0.014 0.006 0.003 0.002 116 A 0.033 0.032 0.039 0.081 0.131 0.181 0.171 0.135 0.099 0.052 0.027 0.010 0.006 0.003 117 S 0.092 0.101 0.133 0.163 0.162 0.133 0.090 0.054 0.039 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 118 N 0.310 0.246 0.159 0.117 0.073 0.048 0.021 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 119 L 0.048 0.056 0.068 0.129 0.171 0.173 0.135 0.116 0.056 0.025 0.012 0.006 0.003 0.001 120 I 0.021 0.032 0.050 0.116 0.171 0.190 0.179 0.128 0.074 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 121 A 0.197 0.213 0.175 0.157 0.105 0.083 0.034 0.015 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 122 T 0.376 0.232 0.196 0.089 0.046 0.039 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 V 0.045 0.052 0.079 0.172 0.225 0.184 0.120 0.076 0.029 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 124 L 0.066 0.083 0.080 0.166 0.218 0.166 0.114 0.066 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 125 G 0.489 0.210 0.142 0.073 0.039 0.026 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 E 0.498 0.179 0.168 0.069 0.036 0.025 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 P 0.154 0.121 0.151 0.177 0.164 0.120 0.072 0.020 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 128 G 0.161 0.162 0.176 0.176 0.140 0.089 0.053 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 129 R 0.099 0.109 0.085 0.169 0.189 0.126 0.098 0.068 0.028 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 130 H 0.022 0.041 0.049 0.115 0.163 0.157 0.148 0.139 0.074 0.045 0.024 0.014 0.005 0.004 131 A 0.007 0.007 0.012 0.025 0.054 0.086 0.139 0.174 0.152 0.130 0.092 0.068 0.038 0.015 132 R 0.010 0.013 0.018 0.029 0.054 0.082 0.121 0.134 0.175 0.141 0.091 0.072 0.036 0.023 133 A 0.004 0.003 0.006 0.008 0.018 0.034 0.068 0.087 0.154 0.182 0.191 0.132 0.073 0.040 134 A 0.002 0.002 0.004 0.008 0.017 0.035 0.063 0.101 0.148 0.160 0.158 0.148 0.097 0.057 135 V 0.004 0.004 0.005 0.008 0.014 0.030 0.054 0.079 0.154 0.188 0.156 0.160 0.104 0.042 136 G 0.010 0.017 0.020 0.039 0.064 0.093 0.152 0.170 0.142 0.122 0.084 0.047 0.021 0.019 137 M 0.005 0.008 0.012 0.026 0.053 0.089 0.139 0.169 0.154 0.121 0.119 0.051 0.032 0.021 138 A 0.019 0.034 0.043 0.085 0.126 0.154 0.148 0.133 0.106 0.079 0.032 0.023 0.012 0.006 139 S 0.068 0.111 0.130 0.154 0.159 0.129 0.097 0.069 0.044 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 140 L 0.039 0.049 0.054 0.099 0.167 0.164 0.146 0.122 0.072 0.046 0.023 0.011 0.006 0.002 141 P 0.037 0.070 0.086 0.150 0.184 0.164 0.124 0.093 0.049 0.023 0.013 0.004 0.002 0.002 142 F 0.088 0.114 0.106 0.181 0.170 0.126 0.084 0.061 0.033 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 143 N 0.053 0.104 0.101 0.158 0.178 0.159 0.099 0.072 0.042 0.017 0.011 0.003 0.001 0.002 144 A 0.006 0.007 0.013 0.024 0.056 0.100 0.149 0.153 0.158 0.136 0.097 0.056 0.035 0.011 145 S 0.004 0.010 0.016 0.036 0.078 0.113 0.158 0.184 0.158 0.108 0.066 0.032 0.018 0.020 146 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.031 0.051 0.125 0.198 0.235 0.183 0.105 0.047 147 E 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.023 0.044 0.089 0.150 0.159 0.183 0.138 0.084 0.113 148 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.020 0.094 0.195 0.226 0.239 0.135 0.076 149 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.036 0.074 0.146 0.178 0.204 0.129 0.089 0.120 150 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.021 0.085 0.177 0.246 0.247 0.139 0.065 151 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.025 0.052 0.104 0.146 0.166 0.171 0.145 0.090 0.082 152 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.032 0.054 0.131 0.198 0.218 0.206 0.100 0.037 153 E 0.005 0.016 0.020 0.049 0.073 0.116 0.152 0.179 0.140 0.101 0.066 0.042 0.020 0.021 154 I 0.016 0.022 0.032 0.048 0.081 0.102 0.124 0.123 0.134 0.117 0.105 0.061 0.023 0.012 155 D 0.041 0.080 0.093 0.157 0.173 0.158 0.109 0.088 0.051 0.028 0.013 0.005 0.002 0.002 156 V 0.055 0.048 0.061 0.091 0.145 0.153 0.131 0.112 0.083 0.054 0.033 0.021 0.009 0.003