# TARGET T0421 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0421.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 45.5732 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.600 0.190 0.098 0.066 0.032 0.012 0.002 2 A 0.491 0.226 0.136 0.087 0.040 0.017 0.003 3 L 0.321 0.153 0.179 0.185 0.111 0.046 0.006 4 D 0.564 0.280 0.086 0.042 0.020 0.006 0.001 5 E 0.571 0.277 0.085 0.043 0.017 0.005 0.001 6 A 0.368 0.190 0.153 0.150 0.099 0.035 0.004 7 P 0.435 0.263 0.161 0.090 0.037 0.013 0.001 8 A 0.418 0.199 0.165 0.127 0.066 0.022 0.003 9 E 0.417 0.297 0.159 0.083 0.031 0.011 0.001 10 A 0.196 0.134 0.147 0.200 0.196 0.111 0.015 11 R 0.328 0.245 0.183 0.135 0.073 0.031 0.004 12 P 0.380 0.254 0.154 0.112 0.063 0.032 0.005 13 G 0.236 0.195 0.174 0.176 0.124 0.076 0.019 14 S 0.221 0.181 0.165 0.169 0.151 0.092 0.021 15 R 0.132 0.221 0.234 0.199 0.132 0.069 0.014 16 A 0.089 0.104 0.148 0.208 0.223 0.176 0.052 17 V 0.048 0.067 0.095 0.182 0.291 0.262 0.054 18 E 0.151 0.277 0.231 0.184 0.104 0.046 0.006 19 L 0.065 0.111 0.185 0.266 0.245 0.117 0.011 20 E 0.149 0.289 0.261 0.189 0.081 0.029 0.002 21 I 0.079 0.090 0.183 0.298 0.249 0.095 0.005 22 D 0.455 0.325 0.137 0.059 0.020 0.005 0.001 23 G 0.528 0.270 0.114 0.061 0.021 0.006 0.001 24 R 0.433 0.253 0.152 0.104 0.046 0.011 0.001 25 S 0.475 0.295 0.130 0.067 0.026 0.007 0.001 26 R 0.250 0.270 0.218 0.161 0.076 0.023 0.002 27 I 0.183 0.200 0.223 0.202 0.141 0.048 0.003 28 F 0.159 0.175 0.224 0.233 0.155 0.051 0.003 29 D 0.355 0.318 0.180 0.090 0.044 0.013 0.001 30 I 0.268 0.205 0.215 0.199 0.088 0.024 0.001 31 D 0.566 0.274 0.093 0.043 0.018 0.005 0.001 32 D 0.474 0.258 0.143 0.087 0.029 0.009 0.001 33 P 0.537 0.238 0.127 0.066 0.025 0.006 0.001 34 D 0.466 0.318 0.126 0.063 0.021 0.006 0.001 35 L 0.176 0.171 0.215 0.230 0.152 0.053 0.004 36 P 0.244 0.230 0.204 0.178 0.108 0.034 0.002 37 K 0.381 0.354 0.158 0.069 0.030 0.009 0.001 38 W 0.151 0.192 0.233 0.245 0.134 0.042 0.003 39 I 0.137 0.159 0.216 0.237 0.179 0.067 0.004 40 D 0.276 0.258 0.217 0.155 0.070 0.022 0.002 41 E 0.512 0.284 0.119 0.057 0.021 0.006 0.001 42 E 0.373 0.294 0.162 0.111 0.047 0.013 0.001 43 A 0.189 0.258 0.248 0.187 0.091 0.027 0.001 44 F 0.132 0.153 0.241 0.257 0.167 0.048 0.002 45 R 0.213 0.277 0.254 0.163 0.074 0.018 0.001 46 S 0.362 0.249 0.209 0.127 0.045 0.008 0.001 47 D 0.630 0.273 0.061 0.026 0.008 0.001 0.001 48 D 0.661 0.259 0.057 0.018 0.004 0.001 0.001 49 Y 0.309 0.212 0.237 0.179 0.056 0.007 0.001 50 P 0.680 0.276 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 51 Y 0.192 0.189 0.259 0.266 0.081 0.013 0.001 52 K 0.557 0.284 0.110 0.035 0.012 0.002 0.001 53 K 0.442 0.326 0.143 0.070 0.018 0.002 0.001 54 K 0.392 0.389 0.166 0.042 0.011 0.001 0.001 55 L 0.087 0.114 0.268 0.388 0.125 0.018 0.001 56 D 0.484 0.327 0.132 0.040 0.015 0.002 0.001 57 R 0.601 0.275 0.086 0.032 0.006 0.001 0.001 58 E 0.782 0.206 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.401 0.432 0.114 0.047 0.005 0.001 0.001 60 Y 0.056 0.088 0.335 0.327 0.177 0.017 0.001 61 E 0.447 0.379 0.135 0.033 0.005 0.001 0.001 62 E 0.675 0.292 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 63 T 0.153 0.297 0.276 0.228 0.041 0.005 0.001 64 L 0.050 0.088 0.272 0.369 0.188 0.033 0.001 65 T 0.493 0.384 0.096 0.022 0.005 0.001 0.001 66 K 0.400 0.447 0.116 0.030 0.005 0.001 0.001 67 L 0.030 0.064 0.137 0.309 0.365 0.091 0.003 68 Q 0.042 0.174 0.302 0.307 0.138 0.036 0.001 69 I 0.210 0.322 0.261 0.143 0.053 0.011 0.001 70 E 0.133 0.317 0.292 0.187 0.059 0.011 0.001 71 L 0.019 0.044 0.075 0.179 0.348 0.305 0.029 72 V 0.026 0.088 0.234 0.341 0.228 0.077 0.005 73 K 0.136 0.354 0.286 0.154 0.052 0.016 0.002 74 V 0.020 0.041 0.085 0.216 0.370 0.240 0.029 75 Q 0.031 0.086 0.138 0.241 0.314 0.175 0.014 76 F 0.067 0.213 0.307 0.235 0.129 0.047 0.003 77 W 0.069 0.170 0.282 0.286 0.145 0.044 0.003 78 M 0.056 0.082 0.163 0.260 0.299 0.131 0.007 79 Q 0.266 0.319 0.228 0.127 0.048 0.010 0.001 80 A 0.472 0.329 0.119 0.057 0.019 0.004 0.001 81 T 0.367 0.324 0.178 0.093 0.033 0.006 0.001 82 G 0.233 0.333 0.222 0.136 0.060 0.015 0.001 83 K 0.054 0.147 0.211 0.276 0.227 0.081 0.005 84 R 0.009 0.048 0.160 0.322 0.300 0.149 0.013 85 V 0.001 0.003 0.008 0.021 0.121 0.550 0.296 86 M 0.001 0.001 0.003 0.009 0.045 0.284 0.658 87 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.162 0.819 88 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.026 0.145 0.819 89 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.201 0.781 90 E 0.002 0.006 0.014 0.040 0.104 0.289 0.546 91 G 0.006 0.018 0.028 0.074 0.145 0.353 0.376 92 R 0.018 0.048 0.102 0.174 0.253 0.283 0.120 93 D 0.037 0.069 0.103 0.158 0.219 0.293 0.121 94 A 0.044 0.053 0.066 0.114 0.202 0.320 0.201 95 A 0.086 0.080 0.084 0.165 0.196 0.247 0.144 96 G 0.110 0.143 0.152 0.172 0.198 0.154 0.071 97 K 0.048 0.074 0.092 0.139 0.191 0.286 0.171 98 G 0.106 0.145 0.159 0.186 0.186 0.154 0.063 99 G 0.087 0.146 0.195 0.221 0.174 0.126 0.051 100 A 0.025 0.039 0.067 0.128 0.201 0.317 0.222 101 I 0.014 0.015 0.021 0.056 0.152 0.412 0.330 102 H 0.030 0.091 0.168 0.245 0.224 0.188 0.055 103 A 0.030 0.068 0.117 0.187 0.259 0.243 0.097 104 T 0.012 0.020 0.031 0.084 0.183 0.452 0.218 105 T 0.034 0.074 0.128 0.232 0.267 0.204 0.061 106 A 0.138 0.237 0.217 0.182 0.124 0.083 0.020 107 N 0.115 0.173 0.241 0.253 0.124 0.076 0.018 108 M 0.066 0.057 0.085 0.164 0.271 0.285 0.073 109 N 0.162 0.223 0.182 0.169 0.134 0.100 0.031 110 P 0.121 0.097 0.105 0.168 0.212 0.209 0.088 111 R 0.135 0.193 0.189 0.176 0.153 0.116 0.038 112 S 0.115 0.142 0.153 0.192 0.168 0.149 0.082 113 A 0.040 0.039 0.051 0.099 0.198 0.323 0.249 114 R 0.040 0.094 0.125 0.182 0.213 0.240 0.107 115 V 0.026 0.039 0.067 0.128 0.211 0.341 0.188 116 V 0.040 0.075 0.121 0.198 0.243 0.240 0.083 117 A 0.037 0.068 0.097 0.165 0.244 0.305 0.084 118 L 0.055 0.086 0.162 0.265 0.254 0.156 0.024 119 T 0.315 0.393 0.169 0.079 0.033 0.010 0.001 120 K 0.255 0.301 0.213 0.150 0.061 0.018 0.001 121 P 0.221 0.163 0.193 0.229 0.153 0.040 0.002 122 T 0.508 0.281 0.125 0.060 0.022 0.005 0.001 123 E 0.693 0.226 0.055 0.019 0.006 0.001 0.001 124 T 0.564 0.303 0.088 0.034 0.009 0.002 0.001 125 E 0.289 0.202 0.201 0.185 0.099 0.024 0.001 126 R 0.357 0.247 0.205 0.122 0.055 0.014 0.001 127 G 0.483 0.277 0.135 0.069 0.027 0.009 0.001 128 Q 0.262 0.223 0.211 0.175 0.087 0.037 0.005 129 W 0.174 0.187 0.199 0.206 0.146 0.075 0.013 130 Y 0.077 0.097 0.131 0.186 0.221 0.217 0.071 131 F 0.049 0.048 0.066 0.129 0.205 0.323 0.179 132 Q 0.041 0.063 0.106 0.184 0.241 0.258 0.107 133 R 0.045 0.081 0.138 0.190 0.246 0.209 0.091 134 Y 0.020 0.039 0.061 0.113 0.209 0.363 0.195 135 V 0.029 0.066 0.107 0.189 0.256 0.274 0.079 136 A 0.129 0.245 0.268 0.203 0.104 0.045 0.005 137 T 0.106 0.244 0.269 0.234 0.105 0.039 0.003 138 F 0.041 0.053 0.107 0.246 0.330 0.206 0.018 139 P 0.086 0.126 0.201 0.305 0.212 0.067 0.004 140 T 0.529 0.352 0.082 0.025 0.009 0.002 0.001 141 A 0.314 0.344 0.198 0.111 0.025 0.008 0.001 142 G 0.141 0.181 0.174 0.229 0.194 0.072 0.009 143 E 0.040 0.117 0.191 0.286 0.225 0.124 0.017 144 F 0.029 0.030 0.045 0.095 0.224 0.397 0.179 145 V 0.022 0.034 0.062 0.126 0.183 0.333 0.240 146 L 0.012 0.015 0.027 0.057 0.110 0.287 0.493 147 F 0.008 0.012 0.022 0.044 0.096 0.255 0.563 148 D 0.009 0.017 0.022 0.038 0.109 0.311 0.493 149 R 0.030 0.052 0.073 0.131 0.170 0.251 0.293 150 S 0.052 0.063 0.068 0.140 0.180 0.288 0.209 151 W 0.032 0.046 0.065 0.121 0.219 0.326 0.192 152 Y 0.048 0.062 0.088 0.150 0.201 0.281 0.170 153 N 0.128 0.215 0.217 0.193 0.129 0.086 0.031 154 R 0.147 0.180 0.203 0.204 0.144 0.093 0.030 155 A 0.075 0.069 0.086 0.162 0.217 0.273 0.118 156 G 0.058 0.065 0.088 0.170 0.202 0.277 0.139 157 V 0.057 0.082 0.113 0.192 0.237 0.237 0.082 158 E 0.119 0.205 0.197 0.176 0.182 0.103 0.018 159 P 0.075 0.172 0.214 0.256 0.177 0.090 0.016 160 V 0.041 0.064 0.098 0.193 0.306 0.261 0.038 161 M 0.105 0.179 0.238 0.245 0.166 0.063 0.004 162 G 0.297 0.367 0.193 0.092 0.039 0.012 0.001 163 F 0.125 0.208 0.295 0.246 0.100 0.024 0.001 164 C 0.120 0.123 0.230 0.307 0.180 0.039 0.001 165 T 0.478 0.320 0.134 0.048 0.017 0.003 0.001 166 P 0.690 0.252 0.041 0.013 0.003 0.001 0.001 167 D 0.694 0.268 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 168 Q 0.206 0.327 0.271 0.158 0.033 0.005 0.001 169 Y 0.052 0.083 0.230 0.312 0.264 0.058 0.001 170 E 0.240 0.415 0.243 0.082 0.018 0.002 0.001 171 Q 0.264 0.411 0.197 0.101 0.025 0.003 0.001 172 F 0.018 0.062 0.143 0.288 0.318 0.166 0.006 173 L 0.028 0.069 0.180 0.349 0.283 0.087 0.003 174 K 0.363 0.476 0.114 0.032 0.012 0.002 0.001 175 E 0.088 0.244 0.268 0.272 0.104 0.022 0.002 176 A 0.018 0.034 0.072 0.154 0.356 0.331 0.035 177 P 0.094 0.228 0.292 0.249 0.108 0.027 0.002 178 R 0.214 0.353 0.235 0.127 0.052 0.017 0.002 179 F 0.025 0.029 0.060 0.168 0.293 0.330 0.095 180 E 0.031 0.060 0.092 0.155 0.288 0.304 0.071 181 E 0.080 0.218 0.302 0.229 0.108 0.054 0.011 182 M 0.070 0.120 0.180 0.258 0.227 0.124 0.020 183 I 0.046 0.064 0.107 0.191 0.276 0.268 0.047 184 A 0.096 0.135 0.176 0.250 0.215 0.109 0.020 185 N 0.313 0.326 0.204 0.101 0.040 0.015 0.002 186 E 0.237 0.286 0.246 0.167 0.046 0.016 0.002 187 G 0.186 0.245 0.192 0.183 0.120 0.062 0.013 188 I 0.025 0.037 0.065 0.169 0.347 0.296 0.061 189 H 0.022 0.081 0.164 0.228 0.242 0.212 0.052 190 L 0.008 0.016 0.035 0.081 0.145 0.369 0.344 191 F 0.004 0.007 0.017 0.057 0.124 0.335 0.458 192 K 0.004 0.007 0.018 0.050 0.134 0.343 0.445 193 F 0.002 0.005 0.009 0.025 0.073 0.326 0.560 194 W 0.010 0.023 0.049 0.122 0.162 0.324 0.309 195 I 0.008 0.021 0.038 0.087 0.225 0.456 0.164 196 N 0.058 0.172 0.223 0.212 0.196 0.120 0.019 197 I 0.046 0.068 0.136 0.339 0.248 0.146 0.018 198 G 0.296 0.260 0.178 0.128 0.102 0.034 0.002 199 R 0.517 0.285 0.114 0.057 0.022 0.005 0.001 200 E 0.694 0.256 0.036 0.010 0.003 0.001 0.001 201 M 0.328 0.315 0.171 0.132 0.044 0.010 0.001 202 Q 0.142 0.146 0.229 0.230 0.194 0.056 0.003 203 L 0.198 0.268 0.286 0.175 0.062 0.011 0.001 204 K 0.522 0.366 0.080 0.023 0.007 0.001 0.001 205 R 0.080 0.157 0.243 0.324 0.154 0.040 0.001 206 F 0.076 0.086 0.185 0.255 0.292 0.103 0.003 207 H 0.397 0.398 0.148 0.045 0.011 0.001 0.001 208 D 0.530 0.359 0.079 0.026 0.006 0.001 0.001 209 R 0.133 0.131 0.267 0.321 0.126 0.022 0.001 210 R 0.593 0.265 0.095 0.035 0.010 0.001 0.001 211 H 0.760 0.204 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 212 D 0.552 0.264 0.109 0.055 0.017 0.003 0.001 213 P 0.446 0.295 0.145 0.076 0.030 0.007 0.001 214 L 0.316 0.232 0.212 0.149 0.071 0.018 0.002 215 K 0.308 0.302 0.198 0.115 0.057 0.019 0.002 216 I 0.175 0.202 0.197 0.199 0.145 0.073 0.010 217 W 0.095 0.112 0.154 0.199 0.241 0.171 0.028 218 K 0.110 0.180 0.226 0.221 0.159 0.088 0.015 219 L 0.106 0.092 0.141 0.227 0.227 0.168 0.038 220 S 0.222 0.246 0.183 0.156 0.125 0.060 0.007 221 P 0.374 0.296 0.157 0.102 0.051 0.018 0.002 222 M 0.364 0.302 0.158 0.108 0.049 0.016 0.002 223 D 0.169 0.241 0.229 0.189 0.119 0.050 0.004 224 I 0.118 0.121 0.241 0.283 0.181 0.052 0.003 225 A 0.466 0.367 0.111 0.040 0.013 0.003 0.001 226 A 0.249 0.307 0.208 0.149 0.068 0.018 0.001 227 L 0.069 0.107 0.236 0.326 0.213 0.047 0.001 228 S 0.418 0.414 0.118 0.036 0.011 0.002 0.001 229 K 0.214 0.309 0.243 0.171 0.051 0.011 0.001 230 W 0.071 0.099 0.209 0.312 0.241 0.066 0.002 231 D 0.393 0.356 0.167 0.066 0.016 0.002 0.001 232 D 0.415 0.409 0.124 0.041 0.010 0.002 0.001 233 Y 0.058 0.079 0.130 0.274 0.336 0.117 0.005 234 T 0.106 0.236 0.309 0.225 0.103 0.020 0.001 235 G 0.261 0.362 0.245 0.104 0.024 0.005 0.001 236 K 0.148 0.210 0.257 0.219 0.136 0.028 0.002 237 R 0.096 0.174 0.210 0.274 0.181 0.061 0.004 238 D 0.209 0.299 0.224 0.154 0.082 0.030 0.002 239 R 0.089 0.203 0.303 0.276 0.094 0.031 0.003 240 M 0.032 0.036 0.054 0.108 0.286 0.388 0.097 241 L 0.036 0.055 0.088 0.173 0.257 0.295 0.096 242 K 0.083 0.191 0.261 0.225 0.133 0.088 0.019 243 E 0.057 0.118 0.205 0.261 0.210 0.122 0.027 244 T 0.044 0.050 0.065 0.114 0.243 0.375 0.109 245 H 0.117 0.175 0.200 0.214 0.174 0.100 0.021 246 T 0.159 0.217 0.229 0.204 0.111 0.067 0.013 247 E 0.259 0.271 0.199 0.149 0.081 0.036 0.005 248 H 0.221 0.269 0.192 0.143 0.105 0.058 0.013 249 G 0.031 0.058 0.107 0.204 0.301 0.233 0.067 250 P 0.023 0.062 0.104 0.188 0.266 0.273 0.084 251 W 0.008 0.018 0.033 0.068 0.203 0.462 0.209 252 A 0.006 0.023 0.061 0.124 0.240 0.366 0.179 253 V 0.004 0.006 0.014 0.035 0.090 0.382 0.468 254 I 0.004 0.009 0.020 0.052 0.150 0.417 0.346 255 R 0.054 0.126 0.186 0.232 0.200 0.152 0.050 256 G 0.056 0.098 0.149 0.239 0.228 0.197 0.034 257 N 0.211 0.265 0.199 0.158 0.110 0.051 0.005 258 D 0.213 0.235 0.184 0.163 0.131 0.066 0.008 259 K 0.181 0.210 0.226 0.181 0.133 0.060 0.010 260 R 0.223 0.255 0.205 0.160 0.099 0.050 0.008 261 R 0.120 0.183 0.235 0.233 0.148 0.069 0.013 262 S 0.057 0.093 0.119 0.189 0.285 0.207 0.049 263 R 0.021 0.073 0.129 0.219 0.237 0.258 0.064 264 I 0.014 0.029 0.061 0.150 0.286 0.367 0.094 265 N 0.023 0.106 0.232 0.276 0.234 0.107 0.023 266 V 0.004 0.008 0.018 0.060 0.166 0.440 0.305 267 I 0.002 0.006 0.015 0.043 0.164 0.499 0.271 268 R 0.020 0.103 0.240 0.304 0.192 0.116 0.026 269 H 0.011 0.046 0.132 0.226 0.305 0.214 0.066 270 M 0.001 0.004 0.008 0.027 0.147 0.599 0.213 271 L 0.007 0.035 0.111 0.292 0.324 0.203 0.028 272 T 0.081 0.347 0.263 0.182 0.094 0.032 0.002 273 K 0.029 0.122 0.288 0.347 0.171 0.042 0.001 274 L 0.019 0.030 0.078 0.208 0.437 0.222 0.007 275 D 0.252 0.489 0.178 0.058 0.020 0.003 0.001 276 Y 0.193 0.246 0.292 0.209 0.050 0.008 0.001 277 D 0.499 0.302 0.130 0.054 0.013 0.002 0.001 278 G 0.681 0.225 0.066 0.023 0.005 0.001 0.001 279 K 0.632 0.233 0.088 0.036 0.009 0.001 0.001 280 D 0.623 0.288 0.062 0.020 0.005 0.001 0.001 281 E 0.374 0.290 0.188 0.112 0.031 0.005 0.001 282 A 0.550 0.315 0.092 0.031 0.010 0.002 0.001 283 A 0.201 0.270 0.271 0.185 0.059 0.012 0.001 284 I 0.117 0.115 0.216 0.269 0.226 0.055 0.002 285 G 0.295 0.370 0.202 0.091 0.035 0.007 0.001 286 E 0.405 0.324 0.152 0.083 0.031 0.006 0.001 287 V 0.337 0.270 0.185 0.137 0.058 0.013 0.001 288 D 0.378 0.279 0.180 0.110 0.043 0.010 0.001 289 E 0.489 0.292 0.143 0.056 0.017 0.003 0.001 290 K 0.365 0.348 0.181 0.083 0.020 0.004 0.001 291 I 0.104 0.164 0.238 0.286 0.164 0.043 0.001 292 L 0.109 0.140 0.253 0.287 0.165 0.044 0.001 293 G 0.544 0.307 0.102 0.035 0.010 0.002 0.001 294 S 0.620 0.281 0.065 0.025 0.007 0.001 0.001 295 G 0.373 0.218 0.176 0.154 0.063 0.014 0.001 296 P 0.597 0.261 0.093 0.035 0.012 0.003 0.001 297 G 0.560 0.299 0.096 0.034 0.009 0.002 0.001 298 F 0.188 0.163 0.220 0.236 0.140 0.048 0.005 299 L 0.203 0.157 0.185 0.215 0.152 0.079 0.009 300 R 0.403 0.241 0.164 0.107 0.055 0.027 0.004