This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA F A 3 3 NATAA E A 4 4 NATAA S A 5 5 NATAA A A 6 6 NATAA E A 7 7 NATAA V A 8 8 NATAA G A 9 9 NATAA H A 10 10 NATAA S A 11 11 NATAA I A 12 12 NATAA D A 13 13 NATAA K A 14 14 NATAA D A 15 15 NATAA T A 16 16 NATAA Y A 17 17 NATAA E A 18 18 NATAA K A 19 19 NATAA A A 20 20 NATAA V A 21 21 NATAA I A 22 22 NATAA E A 23 23 NATAA L A 24 24 NATAA R A 25 25 NATAA E A 26 26 NATAA A A 27 27 NATAA L A 28 28 NATAA L A 29 29 NATAA E A 30 30 NATAA A A 31 31 NATAA Q A 32 32 NATAA F A 33 33 NATAA E A 34 34 NATAA L A 35 35 NATAA K A 36 36 NATAA Q A 37 37 NATAA Q A 38 38 NATAA A A 39 39 NATAA R A 40 40 NATAA F A 41 41 NATRO P A 42 42 NATAA V A 43 43 NATAA I A 44 44 NATAA I A 45 45 NATAA L A 46 46 NATAA I A 47 47 NATAA N A 48 48 NATAA G A 49 49 NATAA I A 50 50 NATAA E A 51 51 NATAA G A 52 52 NATAA A A 53 53 NATAA G A 54 54 NATAA K A 55 55 NATAA G A 56 56 NATAA E A 57 57 NATAA T A 58 58 NATAA V A 59 59 NATAA K A 60 60 NATAA L A 61 61 NATAA L A 62 62 NATAA N A 63 63 NATAA E A 64 64 NATAA W A 65 65 NATAA M A 66 66 NATAA D A 67 67 NATRO P A 68 68 NATAA R A 69 69 NATAA L A 70 70 NATAA I A 71 71 NATAA E A 72 72 NATAA V A 73 73 NATAA Q A 74 74 NATAA S A 75 75 NATAA F A 76 76 NATAA L A 77 77 NATAA R A 78 78 NATRO P A 79 79 NATAA S A 80 80 NATAA D A 81 81 NATAA E A 82 82 NATAA E A 83 83 NATAA L A 84 84 NATAA E A 85 85 NATAA R A 86 86 NATRO P A 87 87 NATRO P A 88 88 NATAA Q A 89 89 NATAA W A 90 90 NATAA R A 91 91 NATAA F A 92 92 NATAA W A 93 93 NATAA R A 94 94 NATAA R A 95 95 NATAA L A 96 96 NATRO P A 97 97 NATRO P A 98 98 NATAA K A 99 99 NATAA G A 100 100 NATAA R A 101 101 NATAA T A 102 102 NATAA G A 103 103 NATAA I A 104 104 NATAA F A 105 105 NATAA F A 106 106 NATAA G A 107 107 NATAA N A 108 108 NATAA W A 109 109 NATAA Y A 110 110 NATAA S A 111 111 NATAA Q A 112 112 NATAA M A 113 113 NATAA L A 114 114 NATAA Y A 115 115 NATAA A A 116 116 NATAA R A 117 117 NATAA V A 118 118 NATAA E A 119 119 NATAA G A 120 120 NATAA H A 121 121 NATAA I A 122 122 NATAA K A 123 123 NATAA E A 124 124 NATAA A A 125 125 NATAA K A 126 126 NATAA L A 127 127 NATAA D A 128 128 NATAA Q A 129 129 NATAA A A 130 130 NATAA I A 131 131 NATAA D A 132 132 NATAA A A 133 133 NATAA A A 134 134 NATAA E A 135 135 NATAA R A 136 136 NATAA F A 137 137 NATAA E A 138 138 NATAA R A 139 139 NATAA M A 140 140 NATAA L A 141 141 NATRO C A 142 142 NATAA D A 143 143 NATAA E A 144 144 NATAA G A 145 145 NATAA A A 146 146 NATAA L A 147 147 NATAA L A 148 148 NATAA F A 149 149 NATAA K A 150 150 NATAA F A 151 151 NATAA W A 152 152 NATAA F A 153 153 NATAA H A 154 154 NATAA L A 155 155 NATAA S A 156 156 NATAA K A 157 157 NATAA K A 158 158 NATAA Q A 159 159 NATAA L A 160 160 NATAA K A 161 161 NATAA E A 162 162 NATAA R A 163 163 NATAA L A 164 164 NATAA K A 165 165 NATAA A A 166 166 NATAA L A 167 167 NATAA E A 168 168 NATAA K A 169 169 NATAA D A 170 170 NATRO P A 171 171 NATAA Q A 172 172 NATAA H A 173 173 NATAA S A 174 174 NATAA W A 175 175 NATAA K A 176 176 NATAA L A 177 177 NATAA S A 178 178 NATRO P A 179 179 NATAA L A 180 180 NATAA D A 181 181 NATAA W A 182 182 NATAA K A 183 183 NATAA Q A 184 184 NATAA S A 185 185 NATAA E A 186 186 NATAA V A 187 187 NATAA Y A 188 188 NATAA D A 189 189 NATAA R A 190 190 NATAA F A 191 191 NATAA V A 192 192 NATAA H A 193 193 NATAA Y A 194 194 NATAA G A 195 195 NATAA E A 196 196 NATAA R A 197 197 NATAA V A 198 198 NATAA L A 199 199 NATAA R A 200 200 NATAA R A 201 201 NATAA T A 202 202 NATAA S A 203 203 NATAA R A 204 204 NATAA D A 205 205 NATAA Y A 206 206 NATAA A A 207 207 NATRO P A 208 208 NATAA W A 209 209 NATAA Y A 210 210 NATAA V A 211 211 NATAA V A 212 212 NATAA E A 213 213 NATAA G A 214 214 NATAA A A 215 215 NATAA D A 216 216 NATAA E A 217 217 NATAA R A 218 218 NATAA Y A 219 219 NATAA R A 220 220 NATAA A A 221 221 NATAA L A 222 222 NATAA T A 223 223 NATAA V A 224 224 NATAA G A 225 225 NATAA R A 226 226 NATAA I A 227 227 NATAA L A 228 228 NATAA L A 229 229 NATAA E A 230 230 NATAA G A 231 231 NATAA L A 232 232 NATAA Q A 233 233 NATAA A A 234 234 NATAA A A 235 235 NATAA L A 236 236 NATAA A A 237 237 NATAA T A 238 238 NATAA K A 239 239 NATAA E A 240 240 NATAA R A 241 241 NATAA A A 242 242 NATAA K A 243 243 NATAA R A 244 244 NATAA Q A 245 245 NATRO P A 246 246 NATAA H A 247 247 NATAA A A 248 248 NATAA A A 249 249 NATRO P A 250 250 NATAA L A 251 251 NATAA V A 252 252 NATAA S A 253 253 NATAA S A 254 254 NATAA L A 255 255 NATAA D A 256 256 NATAA N A 257 257 NATAA R A 258 258 NATAA G A 259 259 NATAA L A 260 260 NATAA L A 261 261 NATAA D A 262 262 NATAA S A 263 263 NATAA L A 264 264 NATAA D A 265 265 NATAA L A 266 266 NATAA G A 267 267 NATAA Q A 268 268 NATAA Y A 269 269 NATAA L A 270 270 NATAA D A 271 271 NATAA K A 272 272 NATAA D A 273 273 NATAA A A 274 274 NATAA Y A 275 275 NATAA K A 276 276 NATAA E A 277 277 NATAA Q A 278 278 NATAA L A 279 279 NATAA A A 280 280 NATAA A A 281 281 NATAA E A 282 282 NATAA Q A 283 283 NATAA A A 284 284 NATAA R A 285 285 NATAA L A 286 286 NATAA A A 287 287 NATAA G A 288 288 NATAA L A 289 289 NATAA I A 290 290 NATAA R A 291 291 NATAA D A 292 292 NATAA K A 293 293 NATAA R A 294 294 NATAA F A 295 295 NATAA R A 296 296 NATAA Q A 297 297 NATAA H A 298 298 NATAA S A 299 299 NATAA L A 300 300 NATAA V A 301 301 NATAA A A 302 302 NATAA V A 303 303 NATAA F A 304 304 NATAA E A 305 305 NATAA G A 306 306 NATAA N A 307 307 NATAA D A 308 308 NATAA A A 309 309 NATAA A A 310 310 NATAA G A 311 311 NATAA K A 312 312 NATAA G A 313 313 NATAA G A 314 314 NATAA A A 315 315 NATAA I A 316 316 NATAA R A 317 317 NATAA R A 318 318 NATAA V A 319 319 NATAA T A 320 320 NATAA D A 321 321 NATAA A A 322 322 NATAA L A 323 323 NATAA D A 324 324 NATRO P A 325 325 NATAA R A 326 326 NATAA Q A 327 327 NATAA Y A 328 328 NATAA H A 329 329 NATAA I A 330 330 NATAA V A 331 331 NATRO P A 332 332 NATAA I A 333 333 NATAA A A 334 334 NATAA A A 335 335 NATRO P A 336 336 NATAA T A 337 337 NATAA E A 338 338 NATAA E A 339 339 NATAA E A 340 340 NATAA R A 341 341 NATAA A A 342 342 NATAA Q A 343 343 NATRO P A 344 344 NATAA Y A 345 345 NATAA L A 346 346 NATAA W A 347 347 NATAA R A 348 348 NATAA F A 349 349 NATAA W A 350 350 NATAA R A 351 351 NATAA H A 352 352 NATAA I A 353 353 NATRO P A 354 354 NATAA A A 355 355 NATAA R A 356 356 NATAA R A 357 357 NATAA Q A 358 358 NATAA F A 359 359 NATAA T A 360 360 NATAA I A 361 361 NATAA F A 362 362 NATAA D A 363 363 NATAA R A 364 364 NATAA S A 365 365 NATAA W A 366 366 NATAA Y A 367 367 NATAA G A 368 368 NATAA R A 369 369 NATAA V A 370 370 NATAA L A 371 371 NATAA V A 372 372 NATAA E A 373 373 NATAA R A 374 374 NATAA I A 375 375 NATAA E A 376 376 NATAA G A 377 377 NATAA F A 378 378 NATRO C A 379 379 NATAA A A 380 380 NATRO P A 381 381 NATAA A A 382 382 NATAA D A 383 383 NATAA W A 384 384 NATAA L A 385 385 NATAA R A 386 386 NATAA A A 387 387 NATAA Y A 388 388 NATAA G A 389 389 NATAA E A 390 390 NATAA I A 391 391 NATAA N A 392 392 NATAA D A 393 393 NATAA F A 394 394 NATAA E A 395 395 NATAA E A 396 396 NATAA Q A 397 397 NATAA L A 398 398 NATAA S A 399 399 NATAA E A 400 400 NATAA Y A 401 401 NATAA G A 402 402 NATAA I A 403 403 NATAA I A 404 404 NATAA V A 405 405 NATAA V A 406 406 NATAA K A 407 407 NATAA F A 408 408 NATAA W A 409 409 NATAA L A 410 410 NATAA A A 411 411 NATAA I A 412 412 NATAA D A 413 413 NATAA K A 414 414 NATAA Q A 415 415 NATAA T A 416 416 NATAA Q A 417 417 NATAA M A 418 418 NATAA E A 419 419 NATAA R A 420 420 NATAA F A 421 421 NATAA K A 422 422 NATAA E A 423 423 NATAA R A 424 424 NATAA E A 425 425 NATAA K A 426 426 NATAA T A 427 427 NATRO P A 428 428 NATAA Y A 429 429 NATAA K A 430 430 NATAA R A 431 431 NATAA Y A 432 432 NATAA K A 433 433 NATAA I A 434 434 NATAA T A 435 435 NATAA E A 436 436 NATAA E A 437 437 NATAA D A 438 438 NATAA W A 439 439 NATAA R A 440 440 NATAA N A 441 441 NATAA R A 442 442 NATAA D A 443 443 NATAA K A 444 444 NATAA W A 445 445 NATAA D A 446 446 NATAA Q A 447 447 NATAA Y A 448 448 NATAA V A 449 449 NATAA D A 450 450 NATAA A A 451 451 NATAA V A 452 452 NATAA G A 453 453 NATAA D A 454 454 NATAA M A 455 455 NATAA V A 456 456 NATAA D A 457 457 NATAA R A 458 458 NATAA T A 459 459 NATAA S A 460 460 NATAA T A 461 461 NATAA E A 462 462 NATAA I A 463 463 NATAA A A 464 464 NATRO P A 465 465 NATAA W A 466 466 NATAA T A 467 467 NATAA L A 468 468 NATAA V A 469 469 NATAA E A 470 470 NATAA A A 471 471 NATAA N A 472 472 NATAA D A 473 473 NATAA K A 474 474 NATAA R A 475 475 NATAA F A 476 476 NATAA A A 477 477 NATAA R A 478 478 NATAA V A 479 479 NATAA K A 480 480 NATAA V A 481 481 NATAA L A 482 482 NATAA R A 483 483 NATAA T A 484 484 NATAA I A 485 485 NATAA N A 486 486 NATAA D A 487 487 NATAA A A 488 488 NATAA I A 489 489 NATAA E A 490 490 NATAA A A 491 491 NATAA A A 492 492 NATAA Y A 493 493 NATAA K A 494 494 NATAA K A 495 495 NATAA D A 496 496 NATAA K