# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.145 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.043 0.029 0.035 0.076 0.107 0.065 0.592 2 F 0.142 0.065 0.024 0.038 0.041 0.110 0.065 0.515 3 E 0.062 0.076 0.031 0.044 0.066 0.101 0.044 0.577 4 S 0.067 0.061 0.023 0.023 0.043 0.093 0.069 0.621 5 A 0.120 0.043 0.032 0.037 0.042 0.114 0.062 0.549 6 E 0.153 0.040 0.031 0.029 0.031 0.088 0.128 0.501 7 V 0.074 0.032 0.013 0.009 0.019 0.114 0.044 0.694 8 G 0.109 0.029 0.022 0.016 0.030 0.118 0.065 0.611 9 H 0.050 0.032 0.032 0.037 0.052 0.106 0.045 0.645 10 S 0.047 0.059 0.021 0.021 0.030 0.119 0.054 0.649 11 I 0.012 0.046 0.031 0.017 0.021 0.127 0.149 0.597 12 D 0.036 0.828 0.002 0.001 0.002 0.014 0.046 0.070 13 K 0.041 0.897 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.034 14 D 0.005 0.925 0.002 0.001 0.001 0.005 0.028 0.034 15 T 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.012 16 Y 0.004 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.006 17 E 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 18 K 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 19 A 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 20 V 0.004 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.006 21 I 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 22 E 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.015 23 L 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 24 R 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 25 E 0.008 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.017 26 A 0.006 0.943 0.002 0.001 0.001 0.003 0.025 0.021 27 L 0.008 0.903 0.006 0.001 0.001 0.003 0.066 0.014 28 L 0.020 0.906 0.003 0.001 0.001 0.006 0.037 0.028 29 E 0.008 0.925 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.047 30 A 0.007 0.934 0.003 0.001 0.001 0.004 0.021 0.030 31 Q 0.010 0.932 0.004 0.001 0.001 0.005 0.029 0.020 32 F 0.021 0.908 0.003 0.001 0.001 0.006 0.025 0.036 33 E 0.016 0.866 0.011 0.001 0.002 0.009 0.043 0.051 34 L 0.058 0.717 0.034 0.005 0.008 0.020 0.057 0.101 35 K 0.347 0.068 0.086 0.013 0.013 0.045 0.169 0.259 36 Q 0.447 0.004 0.010 0.004 0.006 0.048 0.032 0.449 37 Q 0.097 0.001 0.002 0.001 0.001 0.072 0.014 0.812 38 A 0.007 0.001 0.007 0.001 0.002 0.148 0.008 0.827 39 R 0.004 0.001 0.024 0.002 0.005 0.129 0.014 0.822 40 F 0.002 0.001 0.195 0.022 0.015 0.162 0.033 0.571 41 P 0.001 0.001 0.863 0.004 0.012 0.022 0.026 0.072 42 V 0.001 0.001 0.918 0.006 0.016 0.006 0.029 0.025 43 I 0.001 0.001 0.987 0.003 0.003 0.001 0.004 0.003 44 I 0.001 0.001 0.984 0.004 0.004 0.001 0.005 0.003 45 L 0.001 0.001 0.938 0.008 0.009 0.006 0.014 0.023 46 I 0.019 0.003 0.808 0.016 0.030 0.038 0.024 0.062 47 N 0.029 0.032 0.274 0.087 0.081 0.136 0.071 0.291 48 G 0.075 0.062 0.124 0.055 0.095 0.159 0.093 0.336 49 I 0.090 0.054 0.116 0.079 0.072 0.156 0.124 0.309 50 E 0.311 0.049 0.044 0.025 0.045 0.108 0.072 0.345 51 G 0.135 0.009 0.030 0.022 0.040 0.129 0.082 0.553 52 A 0.028 0.006 0.011 0.006 0.011 0.168 0.021 0.750 53 G 0.138 0.044 0.011 0.013 0.016 0.108 0.102 0.570 54 K 0.036 0.171 0.005 0.004 0.007 0.114 0.033 0.630 55 G 0.079 0.278 0.012 0.012 0.027 0.085 0.101 0.406 56 E 0.015 0.629 0.022 0.038 0.064 0.037 0.039 0.157 57 T 0.008 0.859 0.009 0.009 0.025 0.011 0.012 0.067 58 V 0.037 0.439 0.041 0.041 0.042 0.023 0.276 0.101 59 K 0.035 0.590 0.037 0.026 0.052 0.025 0.148 0.088 60 L 0.044 0.544 0.051 0.041 0.055 0.030 0.099 0.137 61 L 0.092 0.364 0.059 0.043 0.066 0.047 0.125 0.204 62 N 0.249 0.120 0.035 0.026 0.046 0.069 0.156 0.298 63 E 0.059 0.058 0.027 0.029 0.032 0.096 0.067 0.632 64 W 0.011 0.030 0.033 0.038 0.060 0.172 0.059 0.596 65 M 0.008 0.014 0.022 0.012 0.019 0.142 0.038 0.744 66 D 0.500 0.088 0.004 0.008 0.006 0.025 0.275 0.094 67 P 0.058 0.061 0.011 0.006 0.014 0.095 0.058 0.698 68 R 0.018 0.050 0.072 0.063 0.091 0.114 0.058 0.536 69 L 0.028 0.030 0.079 0.043 0.134 0.095 0.117 0.474 70 I 0.012 0.015 0.121 0.297 0.147 0.066 0.077 0.264 71 E 0.008 0.017 0.167 0.168 0.337 0.036 0.062 0.205 72 V 0.036 0.016 0.123 0.177 0.166 0.074 0.052 0.357 73 Q 0.044 0.012 0.232 0.187 0.201 0.047 0.046 0.231 74 S 0.072 0.009 0.073 0.065 0.116 0.079 0.062 0.524 75 F 0.039 0.003 0.054 0.040 0.069 0.130 0.044 0.621 76 L 0.043 0.004 0.028 0.035 0.050 0.110 0.026 0.702 77 R 0.043 0.012 0.013 0.028 0.041 0.115 0.037 0.711 78 P 0.009 0.013 0.008 0.018 0.026 0.131 0.016 0.779 79 S 0.105 0.170 0.010 0.018 0.025 0.082 0.095 0.495 80 D 0.459 0.160 0.006 0.008 0.010 0.045 0.124 0.188 81 E 0.172 0.054 0.022 0.026 0.037 0.076 0.081 0.531 82 E 0.156 0.012 0.014 0.014 0.027 0.085 0.058 0.634 83 L 0.051 0.010 0.023 0.031 0.032 0.143 0.059 0.652 84 E 0.010 0.017 0.007 0.011 0.019 0.119 0.015 0.801 85 R 0.100 0.185 0.008 0.020 0.019 0.081 0.086 0.501 86 P 0.084 0.473 0.007 0.015 0.020 0.061 0.087 0.253 87 P 0.045 0.498 0.012 0.018 0.033 0.062 0.069 0.262 88 Q 0.035 0.617 0.019 0.024 0.059 0.031 0.089 0.127 89 W 0.050 0.512 0.031 0.035 0.063 0.037 0.116 0.156 90 R 0.057 0.242 0.078 0.103 0.122 0.041 0.167 0.190 91 F 0.175 0.104 0.051 0.081 0.150 0.056 0.131 0.253 92 W 0.290 0.023 0.018 0.064 0.095 0.068 0.114 0.327 93 R 0.017 0.008 0.011 0.053 0.078 0.113 0.026 0.694 94 R 0.004 0.007 0.010 0.030 0.050 0.113 0.025 0.760 95 L 0.011 0.004 0.030 0.058 0.062 0.125 0.055 0.654 96 P 0.760 0.006 0.003 0.004 0.004 0.024 0.079 0.119 97 P 0.517 0.007 0.007 0.005 0.006 0.055 0.100 0.303 98 K 0.006 0.003 0.012 0.002 0.009 0.106 0.020 0.842 99 G 0.018 0.007 0.064 0.023 0.049 0.165 0.054 0.619 100 R 0.004 0.006 0.151 0.229 0.226 0.068 0.081 0.233 101 T 0.005 0.008 0.335 0.105 0.164 0.038 0.092 0.253 102 G 0.008 0.007 0.378 0.150 0.237 0.031 0.047 0.143 103 I 0.019 0.004 0.493 0.100 0.095 0.044 0.066 0.178 104 F 0.031 0.017 0.312 0.123 0.141 0.077 0.073 0.226 105 F 0.031 0.123 0.077 0.036 0.067 0.124 0.061 0.481 106 G 0.055 0.108 0.070 0.045 0.063 0.135 0.141 0.384 107 N 0.072 0.259 0.040 0.055 0.047 0.092 0.227 0.208 108 W 0.084 0.392 0.034 0.024 0.038 0.078 0.121 0.230 109 Y 0.096 0.363 0.024 0.022 0.036 0.066 0.146 0.247 110 S 0.069 0.400 0.014 0.023 0.056 0.069 0.111 0.257 111 Q 0.034 0.311 0.019 0.035 0.096 0.064 0.111 0.329 112 M 0.018 0.370 0.039 0.119 0.153 0.051 0.056 0.195 113 L 0.026 0.400 0.047 0.078 0.160 0.037 0.060 0.191 114 Y 0.052 0.234 0.043 0.098 0.112 0.044 0.132 0.285 115 A 0.033 0.104 0.105 0.119 0.189 0.058 0.127 0.265 116 R 0.075 0.094 0.080 0.094 0.114 0.065 0.111 0.368 117 V 0.226 0.076 0.035 0.044 0.050 0.066 0.100 0.403 118 E 0.075 0.036 0.026 0.020 0.036 0.100 0.061 0.646 119 G 0.028 0.036 0.023 0.020 0.037 0.101 0.028 0.728 120 H 0.038 0.099 0.023 0.027 0.032 0.114 0.060 0.606 121 I 0.023 0.180 0.020 0.015 0.016 0.106 0.074 0.566 122 K 0.058 0.828 0.002 0.001 0.002 0.010 0.035 0.065 123 E 0.066 0.826 0.002 0.001 0.001 0.010 0.041 0.053 124 A 0.014 0.845 0.004 0.002 0.002 0.014 0.044 0.076 125 K 0.007 0.936 0.002 0.001 0.001 0.005 0.019 0.030 126 L 0.014 0.945 0.002 0.001 0.001 0.003 0.021 0.014 127 D 0.016 0.905 0.002 0.001 0.001 0.005 0.048 0.024 128 Q 0.007 0.907 0.002 0.001 0.001 0.005 0.043 0.035 129 A 0.011 0.917 0.007 0.001 0.001 0.004 0.041 0.020 130 I 0.078 0.791 0.008 0.001 0.001 0.008 0.061 0.052 131 D 0.017 0.767 0.004 0.001 0.001 0.015 0.035 0.161 132 A 0.002 0.916 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.066 133 A 0.006 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.012 134 E 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.012 135 R 0.009 0.922 0.002 0.001 0.001 0.004 0.037 0.026 136 F 0.012 0.910 0.007 0.001 0.001 0.004 0.052 0.015 137 E 0.075 0.731 0.015 0.002 0.003 0.017 0.110 0.048 138 R 0.058 0.547 0.014 0.004 0.007 0.032 0.087 0.252 139 M 0.049 0.214 0.057 0.019 0.028 0.074 0.134 0.426 140 L 0.082 0.011 0.147 0.025 0.029 0.106 0.333 0.267 141 C 0.434 0.003 0.010 0.005 0.006 0.078 0.060 0.404 142 D 0.141 0.005 0.007 0.002 0.004 0.098 0.029 0.715 143 E 0.006 0.003 0.018 0.002 0.006 0.189 0.009 0.767 144 G 0.003 0.003 0.099 0.043 0.141 0.153 0.049 0.508 145 A 0.002 0.005 0.197 0.154 0.250 0.057 0.110 0.224 146 L 0.003 0.004 0.291 0.208 0.314 0.019 0.073 0.087 147 L 0.003 0.005 0.193 0.276 0.336 0.019 0.076 0.093 148 F 0.002 0.002 0.169 0.256 0.470 0.011 0.050 0.041 149 K 0.002 0.003 0.124 0.322 0.444 0.015 0.026 0.063 150 F 0.002 0.003 0.056 0.322 0.537 0.019 0.017 0.045 151 W 0.012 0.004 0.053 0.322 0.353 0.041 0.083 0.131 152 F 0.006 0.005 0.063 0.226 0.532 0.025 0.037 0.107 153 H 0.009 0.027 0.042 0.200 0.187 0.079 0.107 0.349 154 L 0.006 0.110 0.044 0.085 0.104 0.091 0.069 0.491 155 S 0.036 0.867 0.001 0.001 0.001 0.004 0.068 0.022 156 K 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 157 K 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 158 Q 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 159 L 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 160 K 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 161 E 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.022 162 R 0.010 0.948 0.003 0.001 0.001 0.003 0.012 0.024 163 L 0.057 0.834 0.006 0.001 0.001 0.006 0.060 0.036 164 K 0.097 0.430 0.015 0.002 0.002 0.047 0.131 0.278 165 A 0.105 0.208 0.021 0.002 0.004 0.059 0.040 0.561 166 L 0.412 0.081 0.016 0.003 0.004 0.040 0.090 0.353 167 E 0.021 0.015 0.008 0.004 0.005 0.123 0.040 0.785 168 K 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.077 0.004 0.906 169 D 0.299 0.061 0.010 0.007 0.005 0.046 0.274 0.298 170 P 0.103 0.021 0.014 0.007 0.015 0.119 0.084 0.637 171 Q 0.049 0.007 0.012 0.008 0.012 0.069 0.028 0.815 172 H 0.065 0.015 0.052 0.041 0.069 0.152 0.048 0.558 173 S 0.037 0.004 0.060 0.020 0.071 0.114 0.049 0.646 174 W 0.020 0.002 0.083 0.172 0.172 0.079 0.034 0.438 175 K 0.004 0.002 0.103 0.135 0.264 0.093 0.023 0.376 176 L 0.003 0.004 0.060 0.067 0.065 0.106 0.019 0.674 177 S 0.262 0.295 0.023 0.016 0.015 0.046 0.204 0.139 178 P 0.087 0.507 0.011 0.010 0.014 0.053 0.058 0.259 179 L 0.024 0.328 0.018 0.024 0.029 0.059 0.064 0.454 180 D 0.174 0.413 0.014 0.007 0.010 0.031 0.247 0.104 181 W 0.124 0.390 0.017 0.009 0.010 0.053 0.205 0.190 182 K 0.052 0.484 0.010 0.012 0.014 0.046 0.064 0.317 183 Q 0.052 0.618 0.007 0.004 0.009 0.028 0.044 0.239 184 S 0.086 0.523 0.014 0.008 0.009 0.043 0.103 0.214 185 E 0.027 0.561 0.014 0.011 0.013 0.046 0.080 0.249 186 V 0.015 0.814 0.006 0.003 0.004 0.015 0.022 0.121 187 Y 0.039 0.849 0.004 0.001 0.002 0.010 0.027 0.067 188 D 0.038 0.757 0.005 0.002 0.002 0.014 0.103 0.080 189 R 0.008 0.877 0.003 0.001 0.002 0.010 0.045 0.054 190 F 0.009 0.898 0.007 0.001 0.001 0.006 0.049 0.028 191 V 0.021 0.896 0.007 0.001 0.002 0.007 0.033 0.033 192 H 0.019 0.875 0.006 0.002 0.003 0.008 0.027 0.060 193 Y 0.008 0.909 0.006 0.001 0.002 0.008 0.023 0.042 194 G 0.017 0.924 0.004 0.001 0.002 0.007 0.019 0.026 195 E 0.032 0.866 0.005 0.002 0.002 0.010 0.031 0.051 196 R 0.059 0.732 0.014 0.005 0.009 0.020 0.069 0.091 197 V 0.117 0.148 0.074 0.012 0.020 0.047 0.454 0.129 198 L 0.187 0.056 0.073 0.018 0.031 0.094 0.274 0.268 199 R 0.071 0.021 0.023 0.023 0.040 0.106 0.040 0.676 200 R 0.020 0.007 0.017 0.015 0.025 0.103 0.020 0.794 201 T 0.029 0.008 0.025 0.032 0.047 0.154 0.043 0.662 202 S 0.108 0.008 0.011 0.011 0.020 0.090 0.055 0.697 203 R 0.371 0.007 0.005 0.005 0.005 0.061 0.071 0.476 204 D 0.070 0.004 0.015 0.009 0.017 0.125 0.030 0.731 205 Y 0.029 0.003 0.013 0.007 0.017 0.105 0.028 0.800 206 A 0.011 0.004 0.057 0.069 0.097 0.161 0.048 0.552 207 P 0.005 0.004 0.106 0.086 0.196 0.088 0.068 0.447 208 W 0.004 0.004 0.131 0.218 0.239 0.061 0.047 0.298 209 Y 0.003 0.004 0.347 0.202 0.236 0.031 0.037 0.139 210 V 0.007 0.003 0.224 0.174 0.230 0.056 0.046 0.259 211 V 0.013 0.002 0.355 0.132 0.194 0.052 0.037 0.214 212 E 0.059 0.013 0.137 0.042 0.053 0.108 0.094 0.495 213 G 0.065 0.038 0.044 0.022 0.026 0.149 0.067 0.588 214 A 0.049 0.186 0.014 0.006 0.009 0.106 0.061 0.569 215 D 0.163 0.420 0.004 0.005 0.009 0.049 0.164 0.185 216 E 0.038 0.631 0.007 0.014 0.019 0.046 0.075 0.171 217 R 0.029 0.756 0.003 0.012 0.022 0.021 0.058 0.098 218 Y 0.020 0.253 0.007 0.010 0.016 0.019 0.600 0.074 219 R 0.004 0.819 0.007 0.009 0.015 0.010 0.101 0.036 220 A 0.002 0.961 0.002 0.003 0.004 0.002 0.013 0.014 221 L 0.002 0.946 0.004 0.004 0.004 0.002 0.026 0.012 222 T 0.001 0.975 0.002 0.001 0.002 0.001 0.013 0.005 223 V 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 224 G 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 225 R 0.004 0.935 0.003 0.001 0.001 0.002 0.046 0.009 226 I 0.004 0.896 0.006 0.001 0.001 0.002 0.077 0.012 227 L 0.009 0.944 0.005 0.001 0.001 0.002 0.026 0.012 228 L 0.025 0.866 0.008 0.001 0.001 0.006 0.053 0.039 229 E 0.011 0.907 0.004 0.001 0.001 0.008 0.014 0.054 230 G 0.018 0.892 0.007 0.001 0.002 0.008 0.016 0.055 231 L 0.093 0.730 0.019 0.002 0.002 0.016 0.069 0.069 232 Q 0.237 0.502 0.008 0.002 0.002 0.025 0.043 0.180 233 A 0.136 0.120 0.021 0.002 0.003 0.068 0.101 0.549 234 A 0.136 0.104 0.021 0.003 0.004 0.095 0.058 0.579 235 L 0.109 0.064 0.006 0.003 0.004 0.076 0.039 0.701 236 A 0.016 0.042 0.006 0.002 0.003 0.090 0.014 0.828 237 T 0.053 0.169 0.009 0.004 0.009 0.071 0.035 0.650 238 K 0.238 0.121 0.020 0.007 0.008 0.071 0.113 0.423 239 E 0.182 0.046 0.028 0.008 0.010 0.078 0.064 0.583 240 R 0.159 0.011 0.015 0.005 0.008 0.076 0.041 0.685 241 A 0.088 0.005 0.018 0.004 0.007 0.107 0.029 0.742 242 K 0.033 0.003 0.015 0.006 0.012 0.119 0.030 0.783 243 R 0.020 0.003 0.021 0.009 0.016 0.110 0.030 0.790