# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1203 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.281 0.205 0.189 0.173 0.113 0.037 0.002 2 F 0.278 0.208 0.252 0.173 0.074 0.015 0.001 3 E 0.601 0.282 0.080 0.028 0.007 0.001 0.001 4 S 0.663 0.241 0.070 0.021 0.004 0.001 0.001 5 A 0.363 0.186 0.214 0.173 0.057 0.007 0.001 6 E 0.753 0.215 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 7 V 0.395 0.266 0.186 0.120 0.029 0.004 0.001 8 G 0.647 0.252 0.073 0.021 0.006 0.001 0.001 9 H 0.387 0.273 0.187 0.114 0.033 0.005 0.001 10 S 0.482 0.360 0.126 0.024 0.007 0.001 0.001 11 I 0.099 0.127 0.258 0.365 0.128 0.022 0.001 12 D 0.423 0.338 0.156 0.053 0.025 0.004 0.001 13 K 0.356 0.291 0.197 0.122 0.030 0.004 0.001 14 D 0.761 0.226 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 15 T 0.287 0.433 0.183 0.086 0.010 0.001 0.001 16 Y 0.043 0.071 0.282 0.316 0.259 0.030 0.001 17 E 0.271 0.431 0.219 0.068 0.011 0.001 0.001 18 K 0.624 0.340 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 19 A 0.112 0.273 0.304 0.266 0.040 0.005 0.001 20 V 0.033 0.060 0.206 0.338 0.306 0.056 0.001 21 I 0.402 0.469 0.107 0.018 0.004 0.001 0.001 22 E 0.373 0.531 0.078 0.015 0.002 0.001 0.001 23 L 0.014 0.044 0.126 0.316 0.407 0.091 0.002 24 R 0.018 0.113 0.300 0.401 0.146 0.022 0.001 25 E 0.467 0.450 0.066 0.013 0.003 0.001 0.001 26 A 0.069 0.260 0.366 0.255 0.046 0.004 0.001 27 L 0.008 0.021 0.041 0.104 0.417 0.383 0.025 28 L 0.010 0.079 0.306 0.429 0.149 0.026 0.001 29 E 0.213 0.506 0.201 0.061 0.016 0.003 0.001 30 A 0.008 0.030 0.092 0.280 0.410 0.171 0.010 31 Q 0.017 0.053 0.104 0.237 0.377 0.200 0.012 32 F 0.087 0.299 0.350 0.177 0.067 0.018 0.001 33 E 0.109 0.285 0.329 0.213 0.054 0.010 0.001 34 L 0.040 0.053 0.116 0.228 0.371 0.183 0.009 35 K 0.177 0.252 0.279 0.199 0.076 0.016 0.001 36 Q 0.485 0.320 0.128 0.049 0.015 0.004 0.001 37 Q 0.395 0.273 0.180 0.110 0.033 0.007 0.001 38 A 0.434 0.283 0.153 0.083 0.036 0.010 0.001 39 R 0.215 0.293 0.235 0.155 0.076 0.023 0.003 40 F 0.060 0.155 0.232 0.251 0.205 0.087 0.011 41 P 0.019 0.058 0.106 0.208 0.343 0.228 0.037 42 V 0.003 0.016 0.052 0.124 0.278 0.414 0.113 43 I 0.001 0.003 0.010 0.032 0.109 0.418 0.426 44 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.032 0.264 0.695 45 L 0.001 0.002 0.005 0.020 0.058 0.227 0.688 46 I 0.001 0.001 0.003 0.010 0.046 0.304 0.635 47 N 0.005 0.025 0.068 0.156 0.226 0.323 0.196 48 G 0.012 0.039 0.056 0.125 0.249 0.369 0.151 49 I 0.030 0.064 0.124 0.214 0.264 0.237 0.067 50 E 0.134 0.214 0.207 0.191 0.120 0.106 0.028 51 G 0.088 0.109 0.132 0.177 0.220 0.202 0.074 52 A 0.094 0.079 0.084 0.150 0.215 0.259 0.118 53 G 0.111 0.153 0.154 0.165 0.187 0.157 0.072 54 K 0.042 0.063 0.074 0.113 0.191 0.312 0.206 55 G 0.070 0.103 0.149 0.202 0.219 0.179 0.078 56 E 0.102 0.182 0.228 0.220 0.144 0.089 0.036 57 T 0.019 0.036 0.061 0.115 0.208 0.356 0.206 58 V 0.014 0.026 0.048 0.116 0.268 0.392 0.137 59 K 0.071 0.231 0.276 0.220 0.128 0.064 0.009 60 L 0.033 0.107 0.219 0.312 0.221 0.094 0.015 61 L 0.013 0.022 0.037 0.095 0.287 0.468 0.078 62 N 0.048 0.132 0.230 0.329 0.197 0.060 0.004 63 E 0.352 0.433 0.137 0.050 0.021 0.006 0.001 64 W 0.093 0.170 0.296 0.313 0.099 0.027 0.001 65 M 0.123 0.108 0.197 0.255 0.242 0.071 0.004 66 D 0.487 0.341 0.113 0.042 0.013 0.003 0.001 67 P 0.574 0.292 0.084 0.034 0.012 0.003 0.001 68 R 0.225 0.267 0.221 0.188 0.075 0.022 0.002 69 L 0.111 0.221 0.250 0.220 0.135 0.056 0.007 70 I 0.055 0.059 0.098 0.205 0.300 0.230 0.054 71 E 0.047 0.147 0.218 0.262 0.185 0.119 0.022 72 V 0.023 0.034 0.056 0.124 0.245 0.386 0.131 73 Q 0.044 0.104 0.163 0.214 0.213 0.202 0.060 74 S 0.054 0.094 0.119 0.191 0.243 0.229 0.069 75 F 0.066 0.091 0.136 0.210 0.248 0.199 0.050 76 L 0.156 0.240 0.226 0.176 0.134 0.061 0.006 77 R 0.285 0.329 0.195 0.116 0.054 0.020 0.002 78 P 0.273 0.185 0.188 0.191 0.123 0.037 0.003 79 S 0.515 0.244 0.126 0.074 0.032 0.008 0.001 80 D 0.747 0.198 0.039 0.011 0.004 0.001 0.001 81 E 0.528 0.309 0.104 0.046 0.011 0.002 0.001 82 E 0.313 0.238 0.197 0.148 0.083 0.020 0.001 83 L 0.250 0.211 0.251 0.197 0.072 0.019 0.001 84 E 0.638 0.250 0.077 0.024 0.008 0.002 0.001 85 R 0.334 0.241 0.204 0.153 0.050 0.016 0.002 86 P 0.290 0.254 0.186 0.148 0.085 0.032 0.004 87 P 0.105 0.114 0.156 0.230 0.213 0.154 0.027 88 Q 0.109 0.146 0.175 0.206 0.195 0.140 0.030 89 W 0.096 0.139 0.178 0.225 0.212 0.128 0.022 90 R 0.162 0.241 0.233 0.182 0.119 0.054 0.009 91 F 0.112 0.194 0.211 0.231 0.159 0.079 0.014 92 W 0.081 0.090 0.139 0.231 0.268 0.167 0.024 93 R 0.209 0.292 0.241 0.157 0.075 0.025 0.002 94 R 0.268 0.369 0.197 0.109 0.043 0.013 0.001 95 L 0.061 0.094 0.181 0.310 0.263 0.086 0.005 96 P 0.158 0.202 0.230 0.240 0.137 0.031 0.002 97 P 0.491 0.347 0.106 0.036 0.015 0.004 0.001 98 K 0.306 0.341 0.205 0.111 0.028 0.008 0.001 99 G 0.098 0.143 0.202 0.262 0.209 0.079 0.008 100 R 0.038 0.115 0.241 0.326 0.166 0.099 0.015 101 T 0.013 0.014 0.024 0.050 0.159 0.488 0.252 102 G 0.013 0.018 0.031 0.073 0.136 0.356 0.373 103 I 0.012 0.020 0.033 0.063 0.125 0.285 0.462 104 F 0.009 0.017 0.027 0.052 0.110 0.269 0.516 105 F 0.012 0.024 0.034 0.058 0.131 0.323 0.418 106 G 0.048 0.093 0.134 0.178 0.179 0.202 0.165 107 N 0.074 0.108 0.104 0.159 0.181 0.233 0.141 108 W 0.041 0.054 0.079 0.151 0.243 0.298 0.135 109 Y 0.064 0.084 0.116 0.178 0.203 0.247 0.107 110 S 0.165 0.226 0.188 0.169 0.134 0.091 0.027 111 Q 0.199 0.257 0.207 0.169 0.096 0.054 0.017 112 M 0.069 0.078 0.104 0.194 0.258 0.231 0.065 113 L 0.063 0.116 0.168 0.236 0.219 0.163 0.035 114 Y 0.067 0.091 0.127 0.223 0.257 0.201 0.035 115 A 0.183 0.305 0.217 0.143 0.109 0.040 0.003 116 R 0.124 0.244 0.245 0.234 0.111 0.039 0.004 117 V 0.053 0.081 0.155 0.250 0.306 0.144 0.011 118 E 0.168 0.236 0.265 0.222 0.087 0.021 0.001 119 G 0.593 0.312 0.067 0.020 0.007 0.001 0.001 120 H 0.277 0.333 0.224 0.130 0.029 0.006 0.001 121 I 0.117 0.099 0.206 0.294 0.229 0.053 0.002 122 K 0.403 0.381 0.142 0.053 0.017 0.003 0.001 123 E 0.456 0.369 0.117 0.044 0.012 0.002 0.001 124 A 0.157 0.221 0.254 0.238 0.110 0.020 0.001 125 K 0.136 0.278 0.290 0.194 0.081 0.019 0.001 126 L 0.042 0.082 0.189 0.298 0.285 0.098 0.006 127 D 0.197 0.379 0.259 0.121 0.037 0.007 0.001 128 Q 0.144 0.276 0.258 0.217 0.084 0.021 0.001 129 A 0.049 0.141 0.218 0.289 0.209 0.089 0.006 130 I 0.033 0.063 0.161 0.308 0.309 0.120 0.007 131 D 0.240 0.459 0.197 0.073 0.025 0.005 0.001 132 A 0.072 0.194 0.258 0.282 0.145 0.045 0.004 133 A 0.013 0.031 0.069 0.164 0.353 0.331 0.039 134 E 0.076 0.275 0.305 0.224 0.096 0.022 0.001 135 R 0.074 0.257 0.312 0.225 0.104 0.024 0.003 136 F 0.007 0.017 0.032 0.101 0.333 0.428 0.080 137 E 0.016 0.082 0.183 0.351 0.251 0.109 0.008 138 R 0.074 0.276 0.331 0.215 0.072 0.029 0.002 139 M 0.038 0.119 0.270 0.326 0.189 0.055 0.003 140 L 0.023 0.039 0.077 0.189 0.355 0.288 0.029 141 C 0.051 0.121 0.210 0.288 0.218 0.098 0.013 142 D 0.312 0.368 0.207 0.082 0.022 0.007 0.001 143 E 0.185 0.340 0.274 0.146 0.040 0.012 0.002 144 G 0.041 0.074 0.107 0.232 0.330 0.186 0.030 145 A 0.013 0.055 0.120 0.258 0.293 0.231 0.030 146 L 0.006 0.023 0.054 0.106 0.227 0.410 0.174 147 L 0.003 0.016 0.063 0.141 0.212 0.297 0.268 148 F 0.001 0.001 0.003 0.012 0.078 0.396 0.509 149 K 0.001 0.011 0.045 0.129 0.226 0.357 0.230 150 F 0.001 0.002 0.004 0.018 0.059 0.389 0.528 151 W 0.002 0.006 0.022 0.076 0.150 0.408 0.335 152 F 0.002 0.012 0.028 0.076 0.267 0.481 0.134 153 H 0.034 0.208 0.267 0.193 0.191 0.095 0.012 154 L 0.019 0.056 0.136 0.371 0.263 0.142 0.013 155 S 0.158 0.222 0.218 0.175 0.170 0.055 0.003 156 K 0.293 0.304 0.211 0.131 0.051 0.010 0.001 157 K 0.685 0.290 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 158 Q 0.193 0.367 0.230 0.168 0.035 0.006 0.001 159 L 0.047 0.064 0.173 0.259 0.355 0.098 0.003 160 K 0.137 0.344 0.327 0.149 0.039 0.004 0.001 161 E 0.442 0.460 0.075 0.018 0.004 0.001 0.001 162 R 0.019 0.074 0.216 0.431 0.216 0.043 0.001 163 L 0.034 0.071 0.196 0.274 0.336 0.088 0.001 164 K 0.376 0.480 0.117 0.022 0.005 0.001 0.001 165 A 0.442 0.424 0.096 0.032 0.005 0.001 0.001 166 L 0.074 0.118 0.320 0.341 0.133 0.013 0.001 167 E 0.534 0.324 0.106 0.028 0.007 0.001 0.001 168 K 0.772 0.210 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 169 D 0.465 0.300 0.154 0.068 0.013 0.001 0.001 170 P 0.494 0.293 0.147 0.053 0.012 0.001 0.001 171 Q 0.557 0.300 0.106 0.030 0.006 0.001 0.001 172 H 0.457 0.361 0.121 0.048 0.012 0.002 0.001 173 S 0.101 0.227 0.255 0.262 0.121 0.033 0.001 174 W 0.065 0.096 0.190 0.275 0.259 0.107 0.007 175 K 0.128 0.301 0.304 0.181 0.066 0.019 0.001 176 L 0.076 0.106 0.172 0.262 0.256 0.117 0.012 177 S 0.122 0.208 0.219 0.223 0.163 0.060 0.004 178 P 0.308 0.326 0.191 0.108 0.050 0.016 0.001 179 L 0.290 0.288 0.196 0.142 0.063 0.018 0.002 180 D 0.176 0.241 0.221 0.184 0.129 0.047 0.003 181 W 0.108 0.138 0.276 0.282 0.152 0.041 0.003 182 K 0.445 0.364 0.124 0.046 0.017 0.004 0.001 183 Q 0.243 0.279 0.202 0.164 0.086 0.025 0.001 184 S 0.084 0.145 0.282 0.308 0.149 0.030 0.001 185 E 0.389 0.434 0.126 0.039 0.011 0.002 0.001 186 V 0.084 0.186 0.277 0.296 0.126 0.030 0.002 187 Y 0.038 0.080 0.174 0.332 0.277 0.096 0.003 188 D 0.281 0.394 0.218 0.082 0.020 0.004 0.001 189 R 0.146 0.348 0.300 0.164 0.036 0.007 0.001 190 F 0.016 0.043 0.072 0.204 0.401 0.249 0.016 191 V 0.012 0.068 0.193 0.353 0.277 0.094 0.004 192 H 0.053 0.276 0.351 0.228 0.072 0.018 0.001 193 Y 0.010 0.028 0.071 0.193 0.409 0.262 0.026 194 G 0.021 0.094 0.178 0.324 0.267 0.107 0.010 195 E 0.160 0.374 0.265 0.128 0.055 0.018 0.002 196 R 0.052 0.178 0.329 0.335 0.085 0.020 0.002 197 V 0.020 0.048 0.091 0.190 0.358 0.265 0.027 198 L 0.025 0.043 0.080 0.190 0.316 0.294 0.051 199 R 0.127 0.318 0.286 0.159 0.073 0.032 0.003 200 R 0.055 0.132 0.233 0.287 0.194 0.087 0.013 201 T 0.041 0.059 0.083 0.139 0.275 0.328 0.076 202 S 0.105 0.155 0.232 0.248 0.164 0.081 0.015 203 R 0.247 0.300 0.232 0.137 0.054 0.025 0.005 204 D 0.251 0.308 0.199 0.139 0.073 0.027 0.003 205 Y 0.056 0.129 0.179 0.245 0.232 0.138 0.021 206 A 0.022 0.069 0.127 0.224 0.318 0.205 0.034 207 P 0.017 0.082 0.158 0.243 0.266 0.196 0.037 208 W 0.003 0.010 0.022 0.063 0.235 0.504 0.163 209 Y 0.003 0.018 0.064 0.155 0.283 0.374 0.103 210 V 0.002 0.006 0.015 0.037 0.113 0.434 0.393 211 V 0.002 0.007 0.020 0.061 0.192 0.465 0.253 212 E 0.040 0.141 0.217 0.268 0.204 0.109 0.021 213 G 0.028 0.083 0.152 0.269 0.275 0.175 0.018 214 A 0.198 0.310 0.210 0.147 0.098 0.035 0.002 215 D 0.194 0.224 0.230 0.204 0.105 0.039 0.003 216 E 0.354 0.312 0.194 0.091 0.036 0.011 0.001 217 R 0.246 0.281 0.222 0.160 0.065 0.024 0.003 218 Y 0.100 0.164 0.240 0.265 0.165 0.061 0.006 219 R 0.084 0.172 0.203 0.235 0.204 0.091 0.010 220 A 0.029 0.095 0.152 0.245 0.246 0.200 0.033 221 L 0.022 0.047 0.103 0.226 0.310 0.250 0.041 222 T 0.032 0.143 0.275 0.280 0.187 0.071 0.012 223 V 0.007 0.017 0.038 0.109 0.250 0.403 0.176 224 G 0.003 0.013 0.033 0.087 0.246 0.478 0.140 225 R 0.028 0.164 0.297 0.284 0.146 0.070 0.011 226 I 0.008 0.045 0.157 0.280 0.322 0.152 0.036 227 L 0.001 0.005 0.010 0.032 0.186 0.586 0.179 228 L 0.004 0.028 0.101 0.334 0.319 0.194 0.020 229 E 0.102 0.426 0.255 0.140 0.058 0.019 0.001 230 G 0.014 0.080 0.267 0.412 0.183 0.041 0.002 231 L 0.009 0.015 0.033 0.106 0.386 0.417 0.033 232 Q 0.111 0.307 0.300 0.187 0.077 0.017 0.001 233 A 0.250 0.338 0.237 0.132 0.032 0.010 0.001 234 A 0.171 0.204 0.247 0.229 0.117 0.030 0.001 235 L 0.269 0.242 0.220 0.167 0.077 0.024 0.001 236 A 0.348 0.214 0.174 0.145 0.091 0.026 0.002 237 T 0.525 0.271 0.122 0.055 0.022 0.005 0.001 238 K 0.526 0.261 0.119 0.064 0.024 0.005 0.001 239 E 0.606 0.261 0.081 0.034 0.015 0.004 0.001 240 R 0.440 0.229 0.176 0.109 0.036 0.010 0.001 241 A 0.645 0.194 0.098 0.043 0.016 0.004 0.001 242 K 0.682 0.186 0.083 0.036 0.010 0.003 0.001 243 R 0.718 0.173 0.063 0.030 0.011 0.004 0.001