# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1537 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.070 0.021 0.046 0.075 0.104 0.049 0.569 2 F 0.264 0.072 0.020 0.032 0.061 0.087 0.090 0.375 3 E 0.091 0.045 0.009 0.025 0.030 0.085 0.043 0.673 4 S 0.094 0.035 0.016 0.017 0.034 0.119 0.079 0.605 5 A 0.158 0.043 0.018 0.031 0.032 0.095 0.083 0.539 6 E 0.155 0.018 0.017 0.016 0.033 0.081 0.087 0.592 7 V 0.044 0.018 0.030 0.024 0.029 0.134 0.039 0.683 8 G 0.067 0.021 0.025 0.017 0.034 0.116 0.071 0.648 9 H 0.049 0.031 0.019 0.032 0.029 0.116 0.021 0.702 10 S 0.162 0.086 0.023 0.013 0.037 0.104 0.056 0.519 11 I 0.012 0.019 0.020 0.012 0.012 0.150 0.101 0.674 12 D 0.032 0.755 0.006 0.004 0.006 0.026 0.085 0.085 13 K 0.046 0.867 0.001 0.001 0.001 0.008 0.033 0.042 14 D 0.005 0.849 0.002 0.003 0.001 0.012 0.061 0.067 15 T 0.004 0.929 0.002 0.001 0.001 0.004 0.045 0.015 16 Y 0.003 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.004 17 E 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 18 K 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 19 A 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.009 20 V 0.005 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.002 21 I 0.009 0.931 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.011 22 E 0.008 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.030 23 L 0.003 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.010 24 R 0.010 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.008 25 E 0.012 0.898 0.002 0.001 0.001 0.004 0.062 0.022 26 A 0.007 0.902 0.002 0.001 0.001 0.005 0.048 0.036 27 L 0.006 0.938 0.002 0.001 0.001 0.002 0.044 0.007 28 L 0.009 0.901 0.002 0.001 0.001 0.003 0.069 0.016 29 E 0.006 0.936 0.002 0.001 0.001 0.002 0.036 0.018 30 A 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 31 Q 0.004 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.031 0.005 32 F 0.005 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.012 33 E 0.011 0.821 0.008 0.001 0.002 0.007 0.114 0.036 34 L 0.061 0.488 0.048 0.008 0.003 0.027 0.285 0.081 35 K 0.326 0.106 0.028 0.004 0.003 0.036 0.202 0.296 36 Q 0.169 0.019 0.012 0.001 0.001 0.046 0.020 0.732 37 Q 0.258 0.007 0.011 0.001 0.001 0.052 0.026 0.644 38 A 0.017 0.002 0.013 0.001 0.001 0.088 0.008 0.871 39 R 0.007 0.002 0.015 0.001 0.001 0.111 0.008 0.855 40 F 0.004 0.009 0.136 0.012 0.010 0.189 0.053 0.587 41 P 0.001 0.007 0.654 0.013 0.024 0.066 0.055 0.179 42 V 0.001 0.002 0.896 0.019 0.028 0.009 0.018 0.028 43 I 0.001 0.001 0.979 0.006 0.007 0.001 0.003 0.004 44 I 0.001 0.001 0.979 0.009 0.005 0.001 0.005 0.001 45 L 0.002 0.002 0.918 0.015 0.032 0.004 0.011 0.017 46 I 0.004 0.003 0.836 0.048 0.040 0.013 0.026 0.029 47 N 0.010 0.003 0.600 0.027 0.069 0.045 0.027 0.219 48 G 0.120 0.015 0.203 0.031 0.059 0.137 0.079 0.356 49 I 0.117 0.012 0.074 0.015 0.019 0.173 0.096 0.494 50 E 0.136 0.026 0.032 0.010 0.016 0.124 0.053 0.601 51 G 0.158 0.039 0.014 0.006 0.011 0.123 0.055 0.594 52 A 0.031 0.035 0.025 0.009 0.014 0.162 0.060 0.664 53 G 0.038 0.091 0.021 0.009 0.020 0.119 0.295 0.407 54 K 0.027 0.364 0.009 0.026 0.017 0.091 0.106 0.360 55 G 0.051 0.642 0.005 0.011 0.016 0.033 0.033 0.209 56 E 0.007 0.870 0.004 0.008 0.010 0.011 0.023 0.066 57 T 0.011 0.914 0.004 0.001 0.005 0.003 0.050 0.011 58 V 0.019 0.770 0.003 0.008 0.005 0.007 0.170 0.017 59 K 0.026 0.777 0.005 0.012 0.007 0.008 0.122 0.044 60 L 0.080 0.666 0.008 0.007 0.012 0.017 0.056 0.155 61 L 0.117 0.641 0.025 0.012 0.006 0.028 0.074 0.095 62 N 0.380 0.206 0.016 0.005 0.007 0.039 0.075 0.271 63 E 0.241 0.012 0.004 0.003 0.004 0.055 0.029 0.653 64 W 0.006 0.012 0.027 0.007 0.019 0.159 0.038 0.732 65 M 0.007 0.004 0.064 0.009 0.013 0.144 0.023 0.737 66 D 0.765 0.018 0.004 0.003 0.002 0.023 0.073 0.112 67 P 0.049 0.005 0.029 0.004 0.005 0.119 0.040 0.749 68 R 0.009 0.005 0.221 0.005 0.035 0.109 0.037 0.579 69 L 0.008 0.004 0.094 0.036 0.049 0.164 0.053 0.593 70 I 0.004 0.002 0.143 0.078 0.092 0.118 0.028 0.535 71 E 0.006 0.005 0.235 0.198 0.263 0.051 0.108 0.136 72 V 0.008 0.002 0.129 0.101 0.132 0.074 0.040 0.515 73 Q 0.014 0.002 0.180 0.230 0.286 0.058 0.043 0.186 74 S 0.032 0.003 0.081 0.157 0.242 0.089 0.034 0.363 75 F 0.011 0.002 0.068 0.109 0.193 0.102 0.043 0.472 76 L 0.015 0.002 0.068 0.060 0.118 0.142 0.038 0.557 77 R 0.035 0.006 0.024 0.060 0.080 0.141 0.061 0.593 78 P 0.038 0.006 0.010 0.015 0.020 0.120 0.034 0.757 79 S 0.154 0.043 0.011 0.023 0.030 0.097 0.073 0.568 80 D 0.140 0.040 0.011 0.019 0.023 0.107 0.064 0.595 81 E 0.115 0.036 0.018 0.032 0.050 0.094 0.060 0.595 82 E 0.184 0.019 0.015 0.029 0.067 0.084 0.057 0.545 83 L 0.032 0.009 0.013 0.028 0.053 0.123 0.032 0.710 84 E 0.012 0.021 0.009 0.021 0.044 0.129 0.022 0.742 85 R 0.090 0.238 0.007 0.040 0.037 0.090 0.063 0.435 86 P 0.193 0.337 0.005 0.029 0.019 0.054 0.081 0.281 87 P 0.098 0.332 0.013 0.021 0.037 0.057 0.087 0.354 88 Q 0.091 0.393 0.023 0.024 0.038 0.050 0.085 0.296 89 W 0.229 0.251 0.016 0.044 0.040 0.050 0.073 0.297 90 R 0.151 0.168 0.021 0.063 0.063 0.053 0.053 0.428 91 F 0.443 0.071 0.021 0.018 0.039 0.039 0.025 0.344 92 W 0.389 0.021 0.012 0.015 0.027 0.044 0.062 0.429 93 R 0.015 0.004 0.028 0.020 0.035 0.118 0.014 0.766 94 R 0.008 0.006 0.016 0.011 0.035 0.123 0.009 0.791 95 L 0.012 0.011 0.029 0.029 0.019 0.173 0.031 0.695 96 P 0.600 0.098 0.009 0.005 0.007 0.039 0.077 0.165 97 P 0.147 0.029 0.026 0.002 0.004 0.067 0.408 0.316 98 K 0.004 0.079 0.071 0.011 0.010 0.129 0.071 0.626 99 G 0.046 0.443 0.058 0.014 0.057 0.061 0.075 0.246 100 R 0.011 0.451 0.064 0.113 0.051 0.051 0.099 0.159 101 T 0.015 0.506 0.056 0.043 0.134 0.028 0.113 0.104 102 G 0.025 0.372 0.111 0.076 0.144 0.030 0.154 0.088 103 I 0.020 0.068 0.132 0.144 0.112 0.046 0.381 0.097 104 F 0.042 0.266 0.062 0.130 0.133 0.063 0.139 0.165 105 F 0.222 0.458 0.022 0.014 0.026 0.040 0.062 0.156 106 G 0.111 0.176 0.016 0.020 0.015 0.120 0.152 0.391 107 N 0.036 0.321 0.014 0.016 0.017 0.102 0.121 0.374 108 W 0.141 0.327 0.014 0.009 0.014 0.068 0.081 0.346 109 Y 0.226 0.357 0.008 0.012 0.009 0.054 0.097 0.238 110 S 0.037 0.275 0.009 0.013 0.019 0.094 0.049 0.504 111 Q 0.042 0.275 0.023 0.018 0.058 0.098 0.071 0.414 112 M 0.037 0.314 0.040 0.063 0.119 0.069 0.115 0.242 113 L 0.045 0.243 0.074 0.086 0.135 0.069 0.126 0.222 114 Y 0.038 0.138 0.053 0.130 0.153 0.072 0.123 0.293 115 A 0.027 0.055 0.111 0.132 0.198 0.071 0.089 0.316 116 R 0.040 0.041 0.117 0.124 0.174 0.076 0.071 0.356 117 V 0.075 0.038 0.066 0.071 0.086 0.101 0.071 0.491 118 E 0.113 0.040 0.039 0.037 0.048 0.095 0.060 0.568 119 G 0.079 0.046 0.023 0.020 0.031 0.097 0.041 0.663 120 H 0.051 0.064 0.020 0.017 0.023 0.111 0.036 0.678 121 I 0.058 0.116 0.026 0.021 0.031 0.105 0.069 0.574 122 K 0.042 0.335 0.037 0.034 0.040 0.067 0.103 0.342 123 E 0.037 0.318 0.055 0.038 0.058 0.060 0.121 0.313 124 A 0.023 0.330 0.088 0.072 0.073 0.054 0.096 0.265 125 K 0.032 0.713 0.037 0.021 0.041 0.020 0.050 0.085 126 L 0.053 0.804 0.011 0.009 0.012 0.011 0.043 0.057 127 D 0.043 0.730 0.013 0.011 0.008 0.015 0.121 0.059 128 Q 0.037 0.746 0.015 0.005 0.010 0.015 0.086 0.086 129 A 0.052 0.832 0.006 0.003 0.004 0.010 0.038 0.055 130 I 0.118 0.684 0.005 0.005 0.003 0.023 0.067 0.094 131 D 0.022 0.716 0.006 0.002 0.003 0.021 0.067 0.163 132 A 0.015 0.900 0.002 0.001 0.001 0.007 0.034 0.041 133 A 0.028 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.010 134 E 0.007 0.896 0.002 0.001 0.001 0.007 0.033 0.054 135 R 0.015 0.913 0.003 0.001 0.001 0.004 0.027 0.037 136 F 0.031 0.851 0.009 0.003 0.001 0.007 0.079 0.019 137 E 0.109 0.653 0.014 0.005 0.005 0.021 0.080 0.114 138 R 0.161 0.354 0.009 0.005 0.008 0.034 0.056 0.373 139 M 0.099 0.170 0.053 0.013 0.022 0.084 0.091 0.468 140 L 0.123 0.044 0.092 0.015 0.018 0.118 0.119 0.471 141 C 0.318 0.020 0.008 0.005 0.004 0.052 0.025 0.568 142 D 0.227 0.013 0.006 0.002 0.003 0.053 0.015 0.681 143 E 0.014 0.007 0.020 0.003 0.005 0.114 0.017 0.819 144 G 0.016 0.012 0.030 0.010 0.018 0.135 0.047 0.732 145 A 0.026 0.017 0.099 0.043 0.045 0.137 0.091 0.543 146 L 0.015 0.015 0.322 0.076 0.118 0.077 0.071 0.306 147 L 0.007 0.007 0.324 0.057 0.163 0.071 0.058 0.312 148 F 0.002 0.004 0.539 0.124 0.178 0.030 0.043 0.080 149 K 0.003 0.003 0.428 0.130 0.267 0.025 0.038 0.105 150 F 0.004 0.003 0.624 0.170 0.111 0.019 0.032 0.037 151 W 0.005 0.003 0.550 0.061 0.129 0.034 0.068 0.151 152 F 0.006 0.005 0.582 0.101 0.097 0.039 0.027 0.143 153 H 0.014 0.010 0.167 0.044 0.084 0.134 0.053 0.494 154 L 0.003 0.017 0.163 0.011 0.014 0.096 0.023 0.673 155 S 0.058 0.866 0.002 0.001 0.001 0.006 0.051 0.017 156 K 0.034 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.008 157 K 0.005 0.852 0.002 0.001 0.001 0.005 0.106 0.031 158 Q 0.004 0.910 0.002 0.001 0.001 0.003 0.063 0.016 159 L 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 160 K 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 161 E 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 162 R 0.011 0.902 0.003 0.002 0.001 0.003 0.059 0.018 163 L 0.180 0.497 0.023 0.010 0.005 0.019 0.202 0.064 164 K 0.286 0.229 0.017 0.006 0.007 0.035 0.106 0.315 165 A 0.188 0.072 0.016 0.003 0.004 0.054 0.026 0.636 166 L 0.435 0.011 0.011 0.003 0.005 0.055 0.054 0.427 167 E 0.005 0.004 0.019 0.003 0.007 0.171 0.014 0.777 168 K 0.007 0.008 0.007 0.002 0.003 0.093 0.006 0.875 169 D 0.384 0.066 0.006 0.010 0.005 0.073 0.223 0.234 170 P 0.110 0.079 0.014 0.008 0.005 0.105 0.062 0.617 171 Q 0.138 0.064 0.022 0.003 0.014 0.070 0.035 0.654 172 H 0.090 0.095 0.067 0.031 0.029 0.103 0.072 0.513 173 S 0.086 0.052 0.074 0.042 0.086 0.095 0.067 0.498 174 W 0.068 0.019 0.054 0.060 0.117 0.088 0.122 0.472 175 K 0.010 0.017 0.045 0.059 0.104 0.111 0.031 0.624 176 L 0.017 0.031 0.040 0.033 0.054 0.092 0.021 0.712 177 S 0.141 0.369 0.013 0.031 0.024 0.056 0.081 0.286 178 P 0.200 0.400 0.008 0.006 0.007 0.052 0.082 0.246 179 L 0.047 0.470 0.016 0.007 0.010 0.050 0.098 0.302 180 D 0.092 0.293 0.019 0.006 0.010 0.053 0.307 0.220 181 W 0.064 0.407 0.018 0.015 0.009 0.070 0.191 0.226 182 K 0.081 0.568 0.012 0.004 0.007 0.039 0.091 0.199 183 Q 0.027 0.714 0.004 0.004 0.002 0.028 0.048 0.173 184 S 0.024 0.739 0.005 0.005 0.004 0.027 0.060 0.136 185 E 0.022 0.763 0.010 0.005 0.005 0.020 0.079 0.096 186 V 0.023 0.871 0.004 0.002 0.002 0.008 0.046 0.044 187 Y 0.032 0.897 0.002 0.002 0.001 0.006 0.032 0.028 188 D 0.017 0.843 0.005 0.003 0.002 0.011 0.058 0.061 189 R 0.009 0.883 0.006 0.001 0.003 0.008 0.039 0.050 190 F 0.011 0.928 0.005 0.001 0.001 0.005 0.035 0.014 191 V 0.017 0.799 0.010 0.005 0.002 0.010 0.123 0.033 192 H 0.024 0.777 0.008 0.003 0.003 0.012 0.095 0.079 193 Y 0.026 0.814 0.010 0.002 0.002 0.009 0.090 0.047 194 G 0.023 0.830 0.008 0.002 0.002 0.014 0.057 0.064 195 E 0.034 0.817 0.004 0.002 0.002 0.016 0.032 0.095 196 R 0.041 0.728 0.009 0.002 0.003 0.023 0.061 0.134 197 V 0.084 0.177 0.046 0.006 0.007 0.056 0.464 0.161 198 L 0.067 0.136 0.051 0.010 0.009 0.087 0.360 0.280 199 R 0.048 0.051 0.034 0.004 0.007 0.089 0.055 0.711 200 R 0.039 0.026 0.027 0.009 0.006 0.113 0.037 0.743 201 T 0.046 0.019 0.046 0.008 0.010 0.128 0.046 0.696 202 S 0.167 0.014 0.033 0.005 0.007 0.085 0.047 0.642 203 R 0.234 0.003 0.018 0.005 0.008 0.084 0.067 0.581 204 D 0.016 0.002 0.034 0.009 0.014 0.149 0.026 0.750 205 Y 0.013 0.001 0.019 0.007 0.017 0.145 0.013 0.784 206 A 0.033 0.008 0.082 0.049 0.091 0.167 0.088 0.482 207 P 0.004 0.004 0.210 0.075 0.138 0.134 0.056 0.381 208 W 0.001 0.002 0.243 0.104 0.222 0.079 0.039 0.311 209 Y 0.001 0.002 0.455 0.241 0.190 0.022 0.032 0.058 210 V 0.002 0.002 0.409 0.230 0.172 0.029 0.037 0.119 211 V 0.004 0.005 0.433 0.200 0.165 0.029 0.062 0.101 212 E 0.040 0.013 0.275 0.089 0.137 0.071 0.072 0.304 213 G 0.056 0.034 0.100 0.054 0.066 0.124 0.088 0.480 214 A 0.057 0.192 0.022 0.018 0.021 0.087 0.067 0.536 215 D 0.136 0.504 0.006 0.007 0.009 0.036 0.085 0.217 216 E 0.042 0.655 0.006 0.010 0.007 0.033 0.065 0.182 217 R 0.071 0.727 0.006 0.004 0.010 0.021 0.045 0.116 218 Y 0.066 0.314 0.012 0.010 0.013 0.040 0.436 0.109 219 R 0.010 0.625 0.013 0.015 0.016 0.032 0.192 0.097 220 A 0.015 0.837 0.004 0.003 0.006 0.011 0.071 0.052 221 L 0.004 0.897 0.004 0.009 0.003 0.008 0.044 0.031 222 T 0.004 0.956 0.002 0.002 0.002 0.003 0.017 0.013 223 V 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 224 G 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 225 R 0.009 0.902 0.003 0.003 0.001 0.002 0.070 0.010 226 I 0.038 0.839 0.006 0.003 0.005 0.007 0.055 0.047 227 L 0.123 0.678 0.026 0.005 0.006 0.014 0.089 0.058 228 L 0.285 0.244 0.021 0.010 0.007 0.047 0.137 0.249 229 E 0.163 0.191 0.008 0.004 0.007 0.047 0.038 0.542 230 G 0.051 0.108 0.034 0.006 0.010 0.105 0.040 0.647 231 L 0.148 0.157 0.022 0.011 0.010 0.086 0.060 0.505 232 Q 0.260 0.176 0.013 0.004 0.005 0.065 0.060 0.418 233 A 0.089 0.082 0.027 0.004 0.006 0.082 0.127 0.581 234 A 0.052 0.122 0.031 0.011 0.013 0.099 0.169 0.503 235 L 0.067 0.167 0.029 0.006 0.011 0.087 0.043 0.591 236 A 0.067 0.335 0.016 0.010 0.012 0.058 0.054 0.448 237 T 0.171 0.389 0.014 0.008 0.010 0.048 0.106 0.255 238 K 0.194 0.174 0.028 0.020 0.020 0.056 0.196 0.311 239 E 0.238 0.060 0.029 0.015 0.033 0.060 0.087 0.478 240 R 0.265 0.028 0.021 0.021 0.033 0.065 0.062 0.504 241 A 0.115 0.012 0.018 0.017 0.033 0.094 0.030 0.681 242 K 0.066 0.012 0.016 0.017 0.034 0.100 0.022 0.732 243 R 0.059 0.010 0.013 0.027 0.039 0.108 0.028 0.716