# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1537 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.099 0.045 0.027 0.053 0.080 0.014 0.581 2 F 0.081 0.130 0.048 0.044 0.078 0.123 0.013 0.483 3 E 0.065 0.106 0.029 0.030 0.044 0.153 0.012 0.561 4 S 0.129 0.116 0.028 0.017 0.032 0.102 0.027 0.548 5 A 0.280 0.134 0.044 0.021 0.028 0.054 0.030 0.408 6 E 0.074 0.120 0.032 0.026 0.026 0.215 0.017 0.488 7 V 0.112 0.124 0.034 0.026 0.043 0.135 0.024 0.502 8 G 0.151 0.069 0.036 0.014 0.027 0.072 0.029 0.603 9 H 0.144 0.051 0.057 0.041 0.034 0.140 0.018 0.515 10 S 0.085 0.027 0.026 0.020 0.024 0.074 0.010 0.733 11 I 0.069 0.040 0.033 0.031 0.053 0.070 0.006 0.697 12 D 0.041 0.033 0.013 0.014 0.022 0.481 0.006 0.390 13 K 0.032 0.025 0.006 0.003 0.006 0.061 0.003 0.864 14 D 0.013 0.036 0.006 0.001 0.002 0.360 0.003 0.580 15 T 0.023 0.033 0.001 0.001 0.001 0.847 0.002 0.095 16 Y 0.064 0.828 0.004 0.001 0.001 0.031 0.003 0.069 17 E 0.018 0.909 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.053 18 K 0.006 0.922 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.053 19 A 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.033 20 V 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 21 I 0.008 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 22 E 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 23 L 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.020 24 R 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 25 E 0.001 0.984 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 26 A 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 27 L 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.014 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 29 E 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 30 A 0.007 0.941 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.032 31 Q 0.038 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 32 F 0.007 0.896 0.053 0.001 0.001 0.007 0.003 0.032 33 E 0.005 0.959 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.023 34 L 0.007 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 35 K 0.011 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 36 Q 0.030 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 37 Q 0.085 0.836 0.005 0.001 0.001 0.002 0.042 0.029 38 A 0.217 0.495 0.022 0.007 0.003 0.015 0.102 0.140 39 R 0.234 0.128 0.113 0.015 0.010 0.041 0.099 0.361 40 F 0.238 0.020 0.226 0.040 0.017 0.061 0.027 0.370 41 P 0.002 0.001 0.012 0.002 0.002 0.002 0.001 0.981 42 V 0.014 0.001 0.555 0.072 0.110 0.053 0.002 0.193 43 I 0.013 0.001 0.850 0.034 0.040 0.015 0.001 0.046 44 I 0.001 0.001 0.931 0.030 0.026 0.004 0.001 0.008 45 L 0.001 0.001 0.969 0.010 0.012 0.002 0.001 0.006 46 I 0.001 0.001 0.947 0.015 0.021 0.005 0.001 0.011 47 N 0.001 0.001 0.797 0.044 0.068 0.034 0.001 0.056 48 G 0.006 0.001 0.410 0.035 0.081 0.136 0.004 0.328 49 I 0.031 0.001 0.176 0.029 0.070 0.235 0.007 0.450 50 E 0.020 0.002 0.025 0.010 0.019 0.128 0.007 0.789 51 G 0.089 0.005 0.014 0.006 0.014 0.095 0.017 0.760 52 A 0.374 0.022 0.019 0.012 0.018 0.153 0.029 0.374 53 G 0.174 0.059 0.034 0.028 0.045 0.144 0.019 0.497 54 K 0.077 0.064 0.029 0.025 0.054 0.077 0.008 0.666 55 G 0.034 0.075 0.021 0.016 0.028 0.102 0.005 0.720 56 E 0.050 0.065 0.008 0.012 0.016 0.234 0.005 0.610 57 T 0.057 0.269 0.015 0.007 0.017 0.242 0.005 0.389 58 V 0.027 0.549 0.015 0.015 0.028 0.063 0.003 0.300 59 K 0.006 0.857 0.010 0.003 0.007 0.024 0.001 0.092 60 L 0.008 0.912 0.003 0.001 0.001 0.021 0.001 0.054 61 L 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 62 N 0.016 0.972 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 63 E 0.037 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 64 W 0.234 0.599 0.003 0.002 0.002 0.003 0.110 0.048 65 M 0.229 0.450 0.025 0.006 0.006 0.012 0.119 0.153 66 D 0.105 0.242 0.136 0.067 0.032 0.070 0.057 0.290 67 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 68 R 0.048 0.037 0.056 0.033 0.022 0.437 0.021 0.346 69 L 0.852 0.005 0.011 0.004 0.003 0.021 0.022 0.083 70 I 0.064 0.044 0.442 0.152 0.098 0.036 0.003 0.160 71 E 0.009 0.010 0.222 0.161 0.199 0.075 0.002 0.323 72 V 0.016 0.005 0.107 0.156 0.275 0.012 0.001 0.427 73 Q 0.006 0.010 0.209 0.244 0.428 0.034 0.001 0.068 74 S 0.011 0.006 0.117 0.191 0.232 0.030 0.002 0.411 75 F 0.014 0.007 0.140 0.202 0.365 0.035 0.004 0.233 76 L 0.032 0.006 0.080 0.143 0.278 0.058 0.006 0.397 77 R 0.019 0.003 0.044 0.116 0.184 0.061 0.004 0.569 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 79 S 0.026 0.002 0.017 0.051 0.124 0.157 0.004 0.619 80 D 0.040 0.001 0.003 0.005 0.009 0.021 0.002 0.919 81 E 0.099 0.009 0.009 0.025 0.038 0.246 0.008 0.566 82 E 0.196 0.017 0.009 0.023 0.021 0.359 0.011 0.364 83 L 0.188 0.089 0.025 0.052 0.061 0.128 0.015 0.442 84 E 0.104 0.104 0.038 0.042 0.093 0.108 0.017 0.494 85 R 0.111 0.055 0.049 0.041 0.093 0.077 0.012 0.563 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 88 Q 0.122 0.030 0.022 0.026 0.066 0.297 0.005 0.433 89 W 0.403 0.110 0.013 0.017 0.032 0.056 0.005 0.363 90 R 0.109 0.344 0.035 0.019 0.035 0.066 0.006 0.385 91 F 0.134 0.273 0.023 0.011 0.020 0.061 0.013 0.465 92 W 0.115 0.530 0.034 0.024 0.044 0.022 0.013 0.219 93 R 0.084 0.570 0.025 0.028 0.029 0.055 0.022 0.186 94 R 0.331 0.269 0.017 0.015 0.022 0.022 0.055 0.269 95 L 0.257 0.251 0.082 0.017 0.033 0.024 0.047 0.289 96 P 0.012 0.013 0.009 0.008 0.010 0.029 0.003 0.915 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 98 K 0.033 0.014 0.056 0.022 0.042 0.105 0.007 0.720 99 G 0.668 0.007 0.014 0.012 0.011 0.042 0.015 0.231 100 R 0.318 0.065 0.126 0.055 0.059 0.083 0.011 0.284 101 T 0.045 0.059 0.167 0.127 0.170 0.074 0.006 0.351 102 G 0.046 0.050 0.169 0.234 0.299 0.039 0.004 0.158 103 I 0.037 0.100 0.216 0.188 0.251 0.054 0.004 0.149 104 F 0.019 0.094 0.174 0.190 0.286 0.063 0.005 0.169 105 F 0.022 0.093 0.099 0.109 0.282 0.081 0.008 0.306 106 G 0.042 0.096 0.063 0.065 0.152 0.082 0.014 0.487 107 N 0.066 0.095 0.037 0.046 0.071 0.156 0.020 0.510 108 W 0.135 0.166 0.023 0.019 0.028 0.133 0.023 0.474 109 Y 0.063 0.447 0.036 0.023 0.066 0.073 0.013 0.279 110 S 0.098 0.428 0.020 0.021 0.038 0.105 0.019 0.270 111 Q 0.193 0.470 0.020 0.015 0.020 0.035 0.038 0.209 112 M 0.215 0.391 0.037 0.018 0.022 0.030 0.035 0.252 113 L 0.045 0.392 0.079 0.086 0.086 0.046 0.014 0.252 114 Y 0.029 0.208 0.076 0.145 0.208 0.031 0.007 0.295 115 A 0.041 0.221 0.075 0.204 0.182 0.042 0.006 0.228 116 R 0.040 0.169 0.059 0.098 0.160 0.028 0.007 0.438 117 V 0.043 0.253 0.105 0.135 0.264 0.022 0.007 0.172 118 E 0.032 0.172 0.057 0.128 0.222 0.028 0.010 0.350 119 G 0.039 0.043 0.014 0.026 0.061 0.025 0.011 0.782 120 H 0.142 0.054 0.037 0.033 0.066 0.097 0.033 0.538 121 I 0.166 0.034 0.052 0.038 0.058 0.051 0.022 0.578 122 K 0.040 0.032 0.066 0.080 0.093 0.100 0.006 0.582 123 E 0.017 0.020 0.025 0.026 0.054 0.053 0.002 0.803 124 A 0.064 0.092 0.084 0.140 0.213 0.066 0.005 0.336 125 K 0.042 0.222 0.101 0.081 0.148 0.092 0.006 0.307 126 L 0.047 0.269 0.090 0.084 0.163 0.061 0.005 0.281 127 D 0.028 0.373 0.057 0.044 0.094 0.041 0.006 0.357 128 Q 0.034 0.346 0.030 0.021 0.040 0.103 0.007 0.419 129 A 0.050 0.507 0.015 0.004 0.012 0.208 0.010 0.194 130 I 0.116 0.749 0.009 0.003 0.007 0.018 0.011 0.087 131 D 0.048 0.812 0.011 0.003 0.005 0.027 0.006 0.088 132 A 0.107 0.720 0.004 0.001 0.001 0.036 0.016 0.115 133 A 0.061 0.836 0.005 0.001 0.002 0.007 0.010 0.079 134 E 0.012 0.625 0.003 0.001 0.001 0.118 0.007 0.233 135 R 0.022 0.719 0.004 0.001 0.001 0.062 0.007 0.184 136 F 0.022 0.931 0.019 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 137 E 0.010 0.960 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.018 138 R 0.013 0.960 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 139 M 0.059 0.898 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.021 140 L 0.086 0.820 0.013 0.005 0.005 0.003 0.029 0.039 141 C 0.071 0.602 0.064 0.022 0.021 0.017 0.043 0.161 142 D 0.130 0.324 0.035 0.033 0.019 0.052 0.046 0.360 143 E 0.096 0.086 0.022 0.007 0.007 0.063 0.055 0.664 144 G 0.429 0.032 0.038 0.012 0.010 0.074 0.114 0.292 145 A 0.274 0.018 0.156 0.031 0.019 0.218 0.025 0.259 146 L 0.022 0.007 0.075 0.143 0.111 0.054 0.003 0.584 147 L 0.024 0.005 0.177 0.126 0.300 0.082 0.003 0.283 148 F 0.020 0.003 0.248 0.295 0.308 0.019 0.001 0.106 149 K 0.003 0.002 0.491 0.149 0.289 0.014 0.001 0.051 150 F 0.004 0.001 0.599 0.149 0.171 0.011 0.001 0.064 151 W 0.001 0.001 0.654 0.084 0.169 0.011 0.001 0.080 152 F 0.003 0.001 0.594 0.105 0.166 0.032 0.001 0.099 153 H 0.005 0.001 0.292 0.068 0.143 0.063 0.002 0.425 154 L 0.023 0.002 0.215 0.040 0.096 0.153 0.004 0.466 155 S 0.012 0.002 0.012 0.005 0.008 0.393 0.002 0.565 156 K 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 0.001 0.969 157 K 0.004 0.012 0.002 0.001 0.001 0.319 0.001 0.662 158 Q 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.963 0.001 0.026 159 L 0.069 0.874 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.041 160 K 0.004 0.991 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 161 E 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 162 R 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 163 L 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 164 K 0.009 0.968 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 165 A 0.033 0.916 0.003 0.001 0.001 0.004 0.019 0.025 166 L 0.165 0.771 0.003 0.001 0.001 0.001 0.039 0.021 167 E 0.272 0.523 0.025 0.004 0.002 0.008 0.092 0.075 168 K 0.130 0.234 0.061 0.012 0.008 0.058 0.094 0.404 169 D 0.267 0.083 0.053 0.019 0.010 0.145 0.042 0.380 170 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 171 Q 0.008 0.009 0.012 0.006 0.008 0.717 0.003 0.238 172 H 0.654 0.009 0.003 0.003 0.002 0.187 0.010 0.131 173 S 0.341 0.171 0.032 0.015 0.024 0.073 0.018 0.326 174 W 0.099 0.143 0.159 0.050 0.048 0.055 0.009 0.437 175 K 0.091 0.074 0.060 0.092 0.098 0.097 0.010 0.478 176 L 0.067 0.068 0.036 0.042 0.121 0.039 0.008 0.619 177 S 0.059 0.047 0.060 0.059 0.097 0.241 0.010 0.426 178 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 179 L 0.017 0.012 0.022 0.018 0.036 0.531 0.004 0.361 180 D 0.338 0.016 0.005 0.004 0.004 0.210 0.006 0.417 181 W 0.162 0.305 0.026 0.009 0.020 0.052 0.009 0.417 182 K 0.056 0.288 0.018 0.006 0.012 0.267 0.007 0.346 183 Q 0.124 0.365 0.005 0.003 0.007 0.266 0.013 0.217 184 S 0.130 0.715 0.008 0.003 0.007 0.013 0.015 0.109 185 E 0.034 0.692 0.023 0.004 0.004 0.030 0.010 0.203 186 V 0.041 0.576 0.011 0.004 0.006 0.073 0.012 0.278 187 Y 0.036 0.844 0.009 0.004 0.009 0.013 0.005 0.078 188 D 0.024 0.825 0.008 0.004 0.004 0.020 0.006 0.108 189 R 0.039 0.824 0.007 0.001 0.002 0.020 0.009 0.098 190 F 0.034 0.901 0.010 0.001 0.002 0.007 0.005 0.040 191 V 0.020 0.895 0.008 0.005 0.006 0.012 0.005 0.048 192 H 0.027 0.876 0.010 0.004 0.006 0.010 0.005 0.063 193 Y 0.027 0.901 0.010 0.002 0.003 0.006 0.006 0.046 194 G 0.019 0.903 0.008 0.003 0.005 0.008 0.006 0.049 195 E 0.031 0.804 0.012 0.005 0.007 0.019 0.009 0.113 196 R 0.044 0.777 0.012 0.004 0.005 0.027 0.015 0.116 197 V 0.076 0.743 0.014 0.003 0.004 0.017 0.017 0.126 198 L 0.031 0.790 0.022 0.004 0.007 0.017 0.008 0.120 199 R 0.052 0.769 0.021 0.007 0.010 0.024 0.013 0.103 200 R 0.210 0.590 0.015 0.008 0.010 0.013 0.030 0.124 201 T 0.160 0.556 0.030 0.011 0.011 0.023 0.038 0.172 202 S 0.138 0.335 0.042 0.035 0.029 0.049 0.045 0.327 203 R 0.095 0.165 0.047 0.026 0.021 0.080 0.026 0.540 204 D 0.109 0.058 0.029 0.021 0.015 0.192 0.026 0.550 205 Y 0.364 0.043 0.040 0.016 0.018 0.150 0.058 0.312 206 A 0.335 0.018 0.160 0.033 0.026 0.139 0.018 0.270 207 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 208 W 0.012 0.002 0.212 0.075 0.180 0.114 0.002 0.403 209 Y 0.128 0.003 0.507 0.066 0.087 0.060 0.002 0.147 210 V 0.012 0.003 0.655 0.044 0.086 0.017 0.001 0.182 211 V 0.005 0.001 0.862 0.029 0.027 0.045 0.001 0.031 212 E 0.002 0.001 0.230 0.028 0.036 0.039 0.001 0.663 213 G 0.009 0.004 0.387 0.039 0.132 0.126 0.004 0.299 214 A 0.020 0.003 0.027 0.004 0.009 0.443 0.005 0.487 215 D 0.094 0.012 0.014 0.006 0.010 0.093 0.015 0.755 216 E 0.048 0.034 0.012 0.002 0.005 0.113 0.006 0.780 217 R 0.035 0.072 0.004 0.003 0.005 0.563 0.006 0.312 218 Y 0.141 0.468 0.010 0.004 0.010 0.065 0.013 0.288 219 R 0.029 0.819 0.014 0.004 0.007 0.027 0.004 0.097 220 A 0.023 0.843 0.010 0.002 0.005 0.012 0.005 0.100 221 L 0.027 0.906 0.007 0.003 0.005 0.004 0.004 0.045 222 T 0.011 0.914 0.005 0.004 0.004 0.012 0.003 0.048 223 V 0.010 0.890 0.005 0.002 0.003 0.010 0.003 0.078 224 G 0.006 0.954 0.006 0.001 0.003 0.004 0.002 0.023 225 R 0.006 0.950 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.030 226 I 0.004 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 227 L 0.003 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 228 L 0.004 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 229 E 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 230 G 0.042 0.905 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.022 231 L 0.148 0.742 0.014 0.001 0.001 0.004 0.046 0.044 232 Q 0.048 0.708 0.080 0.008 0.005 0.017 0.020 0.114 233 A 0.057 0.431 0.051 0.011 0.011 0.032 0.018 0.390 234 A 0.112 0.281 0.035 0.005 0.006 0.034 0.023 0.503 235 L 0.162 0.271 0.089 0.012 0.013 0.041 0.018 0.394 236 A 0.061 0.278 0.102 0.017 0.017 0.110 0.013 0.400 237 T 0.073 0.169 0.032 0.014 0.021 0.077 0.010 0.605 238 K 0.063 0.193 0.032 0.008 0.015 0.071 0.009 0.608 239 E 0.072 0.216 0.022 0.009 0.014 0.160 0.013 0.495 240 R 0.119 0.390 0.018 0.009 0.015 0.114 0.018 0.316 241 A 0.115 0.551 0.021 0.008 0.013 0.050 0.019 0.223 242 K 0.134 0.436 0.029 0.013 0.020 0.036 0.029 0.304 243 R 0.140 0.355 0.043 0.018 0.024 0.035 0.022 0.362