# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.2135 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.023 0.040 0.006 0.010 0.015 0.034 0.004 0.869 2 R 0.044 0.102 0.013 0.024 0.047 0.101 0.009 0.659 3 F 0.165 0.158 0.019 0.029 0.041 0.125 0.023 0.441 4 R 0.225 0.178 0.023 0.021 0.033 0.090 0.029 0.401 5 Q 0.230 0.067 0.045 0.016 0.027 0.054 0.038 0.522 6 H 0.282 0.022 0.111 0.050 0.042 0.059 0.033 0.401 7 S 0.049 0.004 0.197 0.070 0.047 0.059 0.010 0.564 8 L 0.010 0.001 0.510 0.128 0.106 0.050 0.002 0.192 9 V 0.003 0.001 0.797 0.061 0.062 0.025 0.001 0.051 10 A 0.001 0.001 0.909 0.029 0.039 0.007 0.001 0.014 11 V 0.001 0.001 0.931 0.016 0.033 0.005 0.001 0.014 12 F 0.001 0.001 0.846 0.038 0.062 0.017 0.001 0.035 13 E 0.003 0.003 0.336 0.033 0.078 0.190 0.003 0.355 14 G 0.028 0.005 0.127 0.040 0.134 0.252 0.013 0.402 15 N 0.065 0.023 0.079 0.040 0.043 0.339 0.014 0.397 16 D 0.080 0.060 0.021 0.025 0.034 0.136 0.009 0.635 17 A 0.169 0.174 0.015 0.018 0.058 0.088 0.009 0.470 18 A 0.207 0.131 0.022 0.022 0.037 0.188 0.028 0.366 19 G 0.405 0.065 0.025 0.017 0.023 0.078 0.043 0.345 20 K 0.173 0.075 0.019 0.014 0.016 0.061 0.012 0.630 21 G 0.019 0.017 0.010 0.006 0.011 0.044 0.005 0.887 22 G 0.142 0.039 0.053 0.016 0.031 0.103 0.013 0.604 23 A 0.102 0.083 0.055 0.016 0.020 0.184 0.007 0.534 24 I 0.042 0.245 0.066 0.035 0.072 0.123 0.004 0.412 25 R 0.025 0.530 0.036 0.018 0.055 0.050 0.003 0.283 26 R 0.044 0.545 0.014 0.010 0.018 0.057 0.007 0.305 27 V 0.041 0.773 0.020 0.010 0.022 0.021 0.007 0.106 28 T 0.021 0.897 0.007 0.007 0.012 0.007 0.005 0.045 29 D 0.046 0.788 0.008 0.006 0.009 0.019 0.016 0.108 30 A 0.240 0.485 0.037 0.013 0.021 0.027 0.059 0.118 31 L 0.398 0.313 0.033 0.012 0.012 0.036 0.075 0.122 32 D 0.172 0.162 0.065 0.050 0.025 0.181 0.028 0.317 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 34 R 0.014 0.009 0.021 0.015 0.020 0.606 0.011 0.306 35 Q 0.765 0.005 0.016 0.004 0.004 0.057 0.034 0.115 36 Y 0.248 0.112 0.112 0.078 0.063 0.043 0.009 0.334 37 H 0.054 0.014 0.168 0.220 0.233 0.112 0.005 0.193 38 I 0.017 0.008 0.055 0.077 0.147 0.045 0.006 0.644 39 V 0.010 0.001 0.108 0.293 0.513 0.017 0.002 0.055 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 41 I 0.006 0.001 0.178 0.079 0.266 0.084 0.003 0.384 42 A 0.076 0.005 0.041 0.025 0.036 0.095 0.010 0.711 43 A 0.133 0.006 0.025 0.022 0.045 0.066 0.008 0.694 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 45 T 0.010 0.003 0.008 0.009 0.027 0.428 0.002 0.513 46 E 0.054 0.009 0.004 0.002 0.011 0.044 0.003 0.871 47 E 0.028 0.037 0.002 0.004 0.007 0.328 0.004 0.590 48 E 0.192 0.046 0.003 0.005 0.005 0.562 0.011 0.176 49 R 0.158 0.674 0.003 0.004 0.005 0.029 0.005 0.124 50 A 0.087 0.788 0.002 0.002 0.008 0.008 0.011 0.093 51 Q 0.239 0.471 0.011 0.008 0.014 0.021 0.029 0.207 52 P 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 53 Y 0.035 0.178 0.028 0.027 0.046 0.157 0.009 0.521 54 L 0.168 0.407 0.060 0.012 0.021 0.093 0.009 0.229 55 W 0.037 0.660 0.045 0.016 0.032 0.026 0.004 0.180 56 R 0.035 0.686 0.024 0.014 0.028 0.025 0.005 0.185 57 F 0.044 0.776 0.009 0.016 0.028 0.019 0.008 0.101 58 W 0.022 0.906 0.006 0.011 0.016 0.004 0.004 0.031 59 R 0.031 0.817 0.008 0.020 0.020 0.011 0.010 0.082 60 H 0.151 0.570 0.014 0.020 0.032 0.019 0.061 0.133 61 I 0.291 0.367 0.027 0.037 0.050 0.025 0.032 0.170 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 63 A 0.009 0.009 0.017 0.016 0.024 0.084 0.006 0.834 64 R 0.293 0.021 0.025 0.010 0.016 0.081 0.018 0.537 65 R 0.481 0.015 0.046 0.036 0.039 0.048 0.032 0.304 66 Q 0.208 0.007 0.218 0.073 0.054 0.137 0.013 0.291 67 F 0.018 0.003 0.196 0.185 0.156 0.067 0.003 0.373 68 T 0.003 0.001 0.372 0.226 0.312 0.021 0.001 0.064 69 I 0.003 0.001 0.396 0.129 0.170 0.037 0.001 0.263 70 F 0.001 0.001 0.571 0.142 0.222 0.015 0.001 0.049 71 D 0.002 0.001 0.248 0.122 0.210 0.079 0.002 0.336 72 R 0.006 0.002 0.236 0.037 0.131 0.102 0.004 0.482 73 S 0.011 0.002 0.045 0.024 0.041 0.506 0.009 0.362 74 W 0.186 0.006 0.040 0.019 0.035 0.170 0.031 0.512 75 Y 0.125 0.057 0.044 0.061 0.069 0.231 0.008 0.406 76 G 0.058 0.059 0.024 0.060 0.104 0.169 0.007 0.518 77 R 0.097 0.137 0.018 0.042 0.126 0.062 0.009 0.509 78 V 0.138 0.195 0.025 0.091 0.159 0.054 0.010 0.328 79 L 0.065 0.256 0.035 0.151 0.199 0.048 0.010 0.236 80 V 0.041 0.300 0.046 0.136 0.217 0.025 0.008 0.226 81 E 0.036 0.281 0.049 0.118 0.208 0.030 0.008 0.270 82 R 0.047 0.243 0.036 0.081 0.101 0.043 0.015 0.434 83 I 0.059 0.325 0.078 0.075 0.192 0.030 0.011 0.231 84 E 0.037 0.283 0.056 0.065 0.099 0.030 0.012 0.418 85 G 0.081 0.137 0.031 0.033 0.059 0.063 0.026 0.570 86 F 0.287 0.077 0.054 0.041 0.054 0.047 0.033 0.407 87 C 0.132 0.076 0.061 0.024 0.039 0.087 0.021 0.560 88 A 0.040 0.033 0.031 0.014 0.031 0.236 0.005 0.610 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 90 A 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.201 0.001 0.786 91 D 0.151 0.034 0.003 0.001 0.002 0.566 0.008 0.235 92 W 0.079 0.723 0.002 0.001 0.002 0.042 0.002 0.148 93 L 0.015 0.922 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.048 94 R 0.020 0.921 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.044 95 A 0.023 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 96 Y 0.023 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 97 G 0.034 0.887 0.009 0.001 0.001 0.007 0.011 0.051 98 E 0.127 0.677 0.019 0.001 0.001 0.015 0.044 0.116 99 I 0.181 0.683 0.031 0.001 0.003 0.009 0.018 0.074 100 N 0.017 0.491 0.022 0.001 0.002 0.029 0.007 0.431 101 D 0.023 0.357 0.019 0.001 0.002 0.104 0.008 0.486 102 F 0.064 0.548 0.012 0.001 0.002 0.118 0.008 0.248 103 E 0.027 0.736 0.006 0.001 0.002 0.122 0.003 0.101 104 E 0.009 0.936 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.040 105 Q 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 106 L 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 107 S 0.016 0.945 0.006 0.004 0.002 0.003 0.008 0.015 108 E 0.032 0.890 0.007 0.003 0.003 0.005 0.020 0.040 109 Y 0.154 0.602 0.022 0.006 0.007 0.017 0.094 0.097 110 G 0.474 0.134 0.097 0.017 0.011 0.032 0.122 0.115 111 I 0.049 0.077 0.413 0.112 0.043 0.084 0.012 0.210 112 I 0.006 0.015 0.148 0.363 0.330 0.032 0.003 0.102 113 V 0.008 0.041 0.082 0.227 0.410 0.018 0.002 0.211 114 V 0.003 0.015 0.116 0.302 0.514 0.010 0.001 0.039 115 K 0.002 0.015 0.069 0.351 0.504 0.007 0.002 0.050 116 F 0.009 0.024 0.073 0.379 0.441 0.007 0.004 0.062 117 W 0.010 0.027 0.061 0.293 0.525 0.008 0.004 0.073 118 L 0.007 0.022 0.083 0.410 0.429 0.007 0.003 0.041 119 A 0.013 0.020 0.042 0.201 0.542 0.013 0.006 0.163 120 I 0.067 0.021 0.101 0.163 0.372 0.042 0.010 0.222 121 D 0.007 0.019 0.022 0.041 0.128 0.483 0.004 0.297 122 K 0.006 0.009 0.018 0.004 0.052 0.036 0.002 0.873 123 Q 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.489 0.002 0.495 124 T 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 0.919 0.006 0.033 125 Q 0.045 0.855 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.064 126 M 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 127 E 0.008 0.928 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.049 128 R 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.018 129 F 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 130 K 0.004 0.971 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 131 E 0.016 0.930 0.004 0.001 0.001 0.009 0.010 0.029 132 R 0.058 0.903 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.023 133 E 0.042 0.912 0.002 0.002 0.002 0.003 0.007 0.030 134 K 0.092 0.657 0.021 0.004 0.004 0.024 0.051 0.148 135 T 0.277 0.411 0.028 0.013 0.013 0.041 0.035 0.182 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 137 Y 0.022 0.042 0.037 0.021 0.029 0.309 0.013 0.528 138 K 0.530 0.036 0.066 0.016 0.014 0.054 0.022 0.261 139 R 0.128 0.174 0.086 0.058 0.077 0.056 0.014 0.407 140 Y 0.134 0.078 0.164 0.072 0.105 0.057 0.015 0.375 141 K 0.097 0.025 0.117 0.180 0.217 0.039 0.018 0.307 142 I 0.041 0.014 0.151 0.173 0.139 0.071 0.009 0.401 143 T 0.008 0.010 0.042 0.092 0.124 0.330 0.003 0.390 144 E 0.004 0.008 0.025 0.007 0.050 0.025 0.001 0.880 145 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.731 0.002 0.260 146 D 0.223 0.005 0.002 0.001 0.002 0.628 0.050 0.089 147 W 0.070 0.843 0.002 0.001 0.002 0.015 0.002 0.066 148 R 0.015 0.714 0.002 0.002 0.004 0.165 0.003 0.095 149 N 0.122 0.550 0.004 0.002 0.008 0.129 0.035 0.150 150 R 0.105 0.820 0.002 0.002 0.005 0.007 0.013 0.046 151 D 0.067 0.657 0.003 0.003 0.004 0.051 0.015 0.200 152 K 0.077 0.517 0.024 0.002 0.002 0.159 0.033 0.187 153 W 0.073 0.808 0.013 0.001 0.003 0.018 0.007 0.077 154 D 0.010 0.664 0.004 0.001 0.001 0.024 0.003 0.292 155 Q 0.016 0.746 0.007 0.001 0.001 0.047 0.006 0.177 156 Y 0.021 0.928 0.002 0.001 0.001 0.013 0.003 0.032 157 V 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 158 D 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 159 A 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 160 V 0.013 0.967 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 161 G 0.013 0.946 0.005 0.001 0.001 0.003 0.007 0.026 162 D 0.026 0.894 0.003 0.001 0.001 0.005 0.012 0.058 163 M 0.043 0.895 0.004 0.001 0.001 0.012 0.012 0.033 164 V 0.036 0.918 0.008 0.002 0.001 0.006 0.006 0.023 165 D 0.156 0.703 0.021 0.005 0.004 0.012 0.040 0.059 166 R 0.317 0.447 0.021 0.007 0.007 0.006 0.093 0.103 167 T 0.287 0.258 0.037 0.018 0.010 0.034 0.163 0.193 168 S 0.155 0.090 0.179 0.028 0.018 0.083 0.057 0.388 169 T 0.044 0.038 0.157 0.027 0.019 0.217 0.015 0.483 170 E 0.051 0.012 0.035 0.015 0.017 0.273 0.019 0.579 171 I 0.189 0.021 0.056 0.022 0.029 0.117 0.035 0.531 172 A 0.191 0.024 0.170 0.095 0.086 0.113 0.011 0.310 173 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.982 174 W 0.008 0.001 0.084 0.104 0.392 0.020 0.002 0.388 175 T 0.021 0.001 0.228 0.289 0.306 0.031 0.003 0.121 176 L 0.008 0.002 0.081 0.150 0.133 0.025 0.002 0.601 177 V 0.004 0.001 0.317 0.239 0.357 0.015 0.001 0.067 178 E 0.003 0.001 0.027 0.057 0.060 0.070 0.001 0.781 179 A 0.011 0.002 0.172 0.064 0.339 0.081 0.004 0.327 180 N 0.005 0.003 0.012 0.014 0.019 0.547 0.005 0.394 181 D 0.205 0.005 0.015 0.008 0.021 0.119 0.039 0.587 182 K 0.098 0.029 0.010 0.007 0.010 0.233 0.008 0.604 183 R 0.030 0.012 0.005 0.007 0.007 0.666 0.005 0.267 184 F 0.067 0.129 0.014 0.011 0.035 0.311 0.006 0.426 185 A 0.079 0.431 0.017 0.023 0.047 0.106 0.005 0.293 186 R 0.054 0.552 0.011 0.008 0.025 0.083 0.007 0.259 187 V 0.034 0.783 0.020 0.006 0.015 0.022 0.006 0.114 188 K 0.015 0.827 0.011 0.005 0.010 0.025 0.004 0.103 189 V 0.008 0.877 0.010 0.001 0.003 0.026 0.003 0.072 190 L 0.005 0.958 0.006 0.001 0.002 0.006 0.001 0.022 191 R 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 192 T 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 193 I 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 194 N 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 195 D 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 196 A 0.020 0.953 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 197 I 0.015 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 198 E 0.022 0.930 0.005 0.001 0.001 0.005 0.007 0.030 199 A 0.023 0.907 0.005 0.001 0.001 0.006 0.010 0.048 200 A 0.078 0.841 0.005 0.001 0.001 0.010 0.019 0.046 201 Y 0.123 0.703 0.014 0.003 0.002 0.022 0.031 0.103 202 K 0.159 0.589 0.046 0.005 0.004 0.024 0.028 0.144 203 K 0.222 0.347 0.024 0.007 0.006 0.042 0.055 0.297 204 D 0.200 0.269 0.044 0.013 0.014 0.068 0.038 0.354 205 K 0.044 0.100 0.041 0.006 0.007 0.033 0.010 0.759