# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.2135 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.112 0.119 0.048 0.018 0.176 0.019 0.032 0.223 0.107 0.095 0.050 2 R 0.114 0.076 0.037 0.012 0.132 0.019 0.061 0.250 0.141 0.110 0.047 3 F 0.159 0.058 0.037 0.041 0.136 0.049 0.065 0.181 0.096 0.116 0.062 4 R 0.069 0.210 0.133 0.061 0.128 0.075 0.093 0.091 0.055 0.061 0.024 5 Q 0.095 0.037 0.037 0.048 0.078 0.030 0.027 0.042 0.042 0.366 0.199 6 H 0.185 0.240 0.063 0.007 0.398 0.007 0.023 0.009 0.014 0.015 0.039 7 S 0.264 0.107 0.010 0.004 0.531 0.017 0.026 0.005 0.003 0.007 0.025 8 L 0.227 0.092 0.003 0.001 0.667 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 9 V 0.178 0.012 0.001 0.001 0.808 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.156 0.029 0.001 0.001 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 11 V 0.403 0.019 0.001 0.001 0.536 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 12 F 0.283 0.125 0.022 0.012 0.396 0.012 0.006 0.003 0.002 0.013 0.125 13 E 0.153 0.142 0.067 0.129 0.180 0.085 0.055 0.016 0.012 0.062 0.098 14 G 0.101 0.197 0.190 0.111 0.167 0.032 0.019 0.022 0.024 0.088 0.047 15 N 0.070 0.132 0.090 0.045 0.129 0.035 0.055 0.122 0.184 0.098 0.040 16 D 0.081 0.117 0.090 0.023 0.130 0.021 0.060 0.162 0.168 0.094 0.052 17 A 0.094 0.071 0.045 0.020 0.104 0.027 0.086 0.211 0.140 0.141 0.062 18 A 0.047 0.173 0.117 0.078 0.071 0.070 0.123 0.120 0.054 0.099 0.046 19 G 0.053 0.059 0.123 0.198 0.052 0.060 0.037 0.100 0.040 0.194 0.083 20 K 0.053 0.094 0.070 0.087 0.076 0.051 0.063 0.224 0.125 0.126 0.032 21 G 0.026 0.049 0.061 0.127 0.034 0.036 0.038 0.369 0.116 0.106 0.037 22 G 0.012 0.027 0.038 0.038 0.018 0.025 0.027 0.566 0.194 0.044 0.011 23 A 0.029 0.047 0.005 0.001 0.041 0.001 0.004 0.718 0.057 0.090 0.009 24 I 0.016 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.884 0.057 0.011 0.008 25 R 0.002 0.004 0.001 0.002 0.004 0.005 0.008 0.929 0.042 0.002 0.001 26 R 0.006 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.947 0.014 0.018 0.001 27 V 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.879 0.088 0.018 0.002 28 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.754 0.222 0.005 0.001 29 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 0.595 0.337 0.015 0.001 30 A 0.014 0.017 0.017 0.002 0.017 0.003 0.215 0.381 0.178 0.145 0.011 31 L 0.031 0.458 0.133 0.009 0.095 0.018 0.039 0.062 0.022 0.115 0.018 32 D 0.287 0.118 0.039 0.004 0.479 0.002 0.003 0.014 0.007 0.020 0.026 33 P 0.066 0.024 0.009 0.003 0.079 0.008 0.033 0.236 0.494 0.021 0.028 34 R 0.025 0.075 0.032 0.016 0.061 0.059 0.269 0.244 0.126 0.072 0.021 35 Q 0.171 0.086 0.025 0.008 0.185 0.010 0.040 0.087 0.079 0.199 0.111 36 Y 0.123 0.248 0.043 0.006 0.447 0.013 0.019 0.031 0.017 0.029 0.025 37 H 0.182 0.118 0.016 0.003 0.643 0.004 0.004 0.008 0.003 0.007 0.013 38 I 0.371 0.066 0.009 0.002 0.462 0.003 0.007 0.007 0.007 0.019 0.048 39 V 0.042 0.506 0.206 0.017 0.181 0.011 0.009 0.005 0.004 0.005 0.014 40 P 0.176 0.226 0.057 0.011 0.312 0.013 0.024 0.044 0.048 0.035 0.055 41 I 0.101 0.187 0.054 0.015 0.222 0.017 0.037 0.062 0.109 0.140 0.056 42 A 0.046 0.160 0.113 0.081 0.094 0.078 0.067 0.037 0.049 0.216 0.059 43 A 0.032 0.395 0.351 0.017 0.135 0.004 0.007 0.013 0.010 0.021 0.013 44 P 0.075 0.291 0.115 0.016 0.165 0.015 0.027 0.083 0.099 0.084 0.030 45 T 0.007 0.605 0.281 0.005 0.044 0.002 0.003 0.027 0.018 0.005 0.003 46 E 0.009 0.017 0.003 0.001 0.013 0.002 0.012 0.562 0.354 0.022 0.006 47 E 0.008 0.019 0.006 0.002 0.014 0.003 0.014 0.603 0.257 0.070 0.005 48 E 0.017 0.018 0.005 0.001 0.026 0.003 0.018 0.634 0.196 0.076 0.008 49 R 0.010 0.035 0.009 0.002 0.022 0.004 0.030 0.685 0.162 0.034 0.007 50 A 0.036 0.025 0.013 0.006 0.031 0.012 0.069 0.367 0.124 0.282 0.034 51 Q 0.037 0.329 0.109 0.008 0.099 0.005 0.008 0.276 0.062 0.049 0.018 52 P 0.013 0.020 0.008 0.003 0.019 0.005 0.021 0.740 0.148 0.014 0.008 53 Y 0.020 0.023 0.006 0.001 0.022 0.002 0.013 0.710 0.143 0.050 0.010 54 L 0.021 0.026 0.001 0.001 0.025 0.001 0.007 0.811 0.073 0.025 0.009 55 W 0.018 0.011 0.002 0.002 0.025 0.004 0.013 0.864 0.045 0.011 0.006 56 R 0.021 0.034 0.005 0.001 0.033 0.003 0.009 0.817 0.054 0.019 0.004 57 F 0.019 0.025 0.002 0.001 0.024 0.002 0.013 0.795 0.069 0.043 0.007 58 W 0.020 0.011 0.003 0.002 0.023 0.005 0.026 0.651 0.222 0.025 0.011 59 R 0.009 0.016 0.006 0.003 0.016 0.012 0.097 0.586 0.219 0.030 0.007 60 H 0.054 0.091 0.060 0.006 0.097 0.009 0.100 0.255 0.074 0.225 0.030 61 I 0.058 0.408 0.175 0.008 0.168 0.008 0.014 0.048 0.024 0.067 0.023 62 P 0.047 0.280 0.368 0.019 0.084 0.009 0.019 0.084 0.059 0.013 0.017 63 A 0.017 0.024 0.021 0.014 0.017 0.023 0.101 0.443 0.275 0.054 0.011 64 R 0.015 0.291 0.099 0.091 0.047 0.063 0.155 0.087 0.052 0.087 0.014 65 R 0.036 0.042 0.048 0.086 0.038 0.033 0.012 0.023 0.024 0.481 0.176 66 Q 0.143 0.311 0.040 0.004 0.420 0.003 0.007 0.014 0.010 0.022 0.024 67 F 0.280 0.067 0.004 0.001 0.630 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.006 68 T 0.205 0.111 0.009 0.002 0.644 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.016 69 I 0.408 0.042 0.006 0.002 0.445 0.004 0.004 0.006 0.003 0.011 0.069 70 F 0.178 0.177 0.055 0.031 0.338 0.034 0.030 0.028 0.015 0.035 0.079 71 D 0.231 0.134 0.054 0.017 0.342 0.012 0.016 0.041 0.023 0.065 0.067 72 R 0.086 0.134 0.057 0.032 0.152 0.035 0.031 0.134 0.169 0.121 0.049 73 S 0.076 0.241 0.119 0.016 0.167 0.016 0.048 0.160 0.087 0.044 0.025 74 W 0.072 0.034 0.017 0.009 0.059 0.015 0.064 0.342 0.188 0.152 0.049 75 Y 0.050 0.173 0.073 0.051 0.104 0.057 0.086 0.223 0.080 0.077 0.026 76 G 0.056 0.056 0.064 0.084 0.061 0.061 0.037 0.213 0.099 0.205 0.064 77 R 0.094 0.166 0.062 0.013 0.173 0.010 0.022 0.236 0.099 0.091 0.034 78 V 0.204 0.119 0.014 0.003 0.385 0.007 0.023 0.149 0.047 0.026 0.024 79 L 0.213 0.106 0.013 0.004 0.351 0.010 0.023 0.143 0.034 0.044 0.058 80 V 0.248 0.107 0.019 0.009 0.322 0.017 0.026 0.131 0.036 0.030 0.056 81 E 0.127 0.215 0.054 0.011 0.339 0.015 0.024 0.136 0.034 0.022 0.023 82 R 0.246 0.114 0.013 0.002 0.350 0.003 0.015 0.162 0.032 0.033 0.029 83 I 0.169 0.085 0.020 0.010 0.185 0.027 0.055 0.213 0.086 0.075 0.076 84 E 0.044 0.198 0.055 0.085 0.096 0.111 0.125 0.146 0.070 0.043 0.028 85 G 0.055 0.068 0.059 0.065 0.078 0.044 0.044 0.118 0.126 0.266 0.077 86 F 0.066 0.116 0.097 0.014 0.161 0.013 0.047 0.116 0.121 0.191 0.057 87 C 0.057 0.360 0.156 0.023 0.126 0.022 0.035 0.033 0.023 0.126 0.039 88 A 0.006 0.547 0.396 0.006 0.031 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 89 P 0.003 0.020 0.008 0.001 0.006 0.002 0.008 0.574 0.368 0.007 0.003 90 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.832 0.137 0.012 0.001 91 D 0.004 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.869 0.064 0.036 0.003 92 W 0.004 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.894 0.069 0.020 0.002 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.901 0.085 0.006 0.001 94 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.917 0.066 0.005 0.001 95 A 0.004 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.036 0.799 0.082 0.058 0.002 96 Y 0.013 0.033 0.012 0.004 0.016 0.005 0.015 0.672 0.145 0.069 0.016 97 G 0.004 0.008 0.008 0.010 0.005 0.014 0.035 0.695 0.191 0.024 0.007 98 E 0.023 0.021 0.007 0.001 0.023 0.002 0.032 0.601 0.079 0.202 0.010 99 I 0.023 0.054 0.009 0.002 0.033 0.002 0.010 0.674 0.129 0.047 0.018 100 N 0.003 0.008 0.004 0.006 0.006 0.015 0.030 0.815 0.102 0.007 0.004 101 D 0.004 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.898 0.043 0.035 0.003 102 F 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.875 0.099 0.011 0.002 103 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.888 0.100 0.003 0.001 104 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.044 0.002 0.001 105 Q 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 0.886 0.058 0.019 0.001 106 L 0.009 0.022 0.003 0.001 0.013 0.001 0.006 0.834 0.062 0.047 0.003 107 S 0.005 0.005 0.008 0.002 0.004 0.003 0.033 0.744 0.178 0.013 0.004 108 E 0.009 0.003 0.009 0.011 0.005 0.020 0.171 0.636 0.083 0.048 0.004 109 Y 0.002 0.656 0.174 0.030 0.015 0.029 0.059 0.015 0.005 0.012 0.002 110 G 0.018 0.005 0.006 0.025 0.007 0.005 0.002 0.004 0.007 0.413 0.508 111 I 0.142 0.330 0.027 0.002 0.454 0.002 0.006 0.012 0.008 0.005 0.013 112 I 0.259 0.059 0.003 0.001 0.649 0.005 0.008 0.004 0.001 0.002 0.008 113 V 0.414 0.065 0.003 0.001 0.472 0.002 0.005 0.003 0.002 0.003 0.031 114 V 0.228 0.045 0.003 0.001 0.698 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.009 115 K 0.330 0.047 0.003 0.001 0.598 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 116 F 0.357 0.076 0.003 0.001 0.492 0.002 0.008 0.005 0.006 0.003 0.047 117 W 0.312 0.088 0.005 0.002 0.487 0.010 0.017 0.016 0.007 0.013 0.043 118 L 0.153 0.219 0.022 0.010 0.446 0.025 0.016 0.023 0.010 0.025 0.052 119 A 0.252 0.074 0.033 0.006 0.455 0.006 0.007 0.019 0.009 0.047 0.092 120 I 0.051 0.223 0.108 0.068 0.107 0.064 0.067 0.089 0.046 0.138 0.039 121 D 0.007 0.511 0.408 0.006 0.045 0.001 0.002 0.013 0.004 0.003 0.002 122 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.580 0.415 0.001 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.932 0.060 0.004 0.001 124 T 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.957 0.030 0.006 0.001 125 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.009 0.005 0.001 126 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.030 0.001 0.001 127 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.001 0.001 128 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.033 0.012 0.001 129 F 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.798 0.176 0.011 0.002 130 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.832 0.137 0.007 0.001 131 E 0.005 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.038 0.776 0.116 0.044 0.002 132 R 0.019 0.073 0.024 0.002 0.047 0.005 0.043 0.492 0.195 0.087 0.013 133 E 0.054 0.037 0.017 0.004 0.067 0.007 0.043 0.458 0.190 0.093 0.030 134 K 0.060 0.066 0.033 0.015 0.074 0.019 0.092 0.214 0.096 0.292 0.039 135 T 0.035 0.446 0.265 0.012 0.142 0.006 0.010 0.037 0.017 0.022 0.009 136 P 0.060 0.067 0.021 0.005 0.094 0.009 0.038 0.320 0.297 0.059 0.031 137 Y 0.117 0.069 0.022 0.007 0.150 0.013 0.053 0.232 0.187 0.113 0.038 138 K 0.073 0.183 0.042 0.011 0.185 0.029 0.068 0.214 0.095 0.064 0.037 139 R 0.194 0.108 0.022 0.007 0.298 0.011 0.035 0.116 0.062 0.095 0.054 140 Y 0.153 0.210 0.034 0.005 0.444 0.012 0.012 0.041 0.026 0.035 0.028 141 K 0.186 0.110 0.034 0.004 0.523 0.006 0.013 0.037 0.013 0.025 0.048 142 I 0.188 0.201 0.051 0.014 0.255 0.018 0.024 0.021 0.016 0.133 0.080 143 T 0.003 0.562 0.400 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.007 0.012 0.003 0.001 0.008 0.002 0.012 0.533 0.409 0.008 0.005 145 E 0.006 0.035 0.010 0.005 0.014 0.011 0.032 0.621 0.177 0.087 0.004 146 D 0.042 0.081 0.016 0.002 0.080 0.003 0.010 0.529 0.085 0.132 0.019 147 W 0.009 0.009 0.002 0.001 0.012 0.002 0.006 0.730 0.196 0.029 0.006 148 R 0.004 0.011 0.003 0.002 0.008 0.004 0.025 0.785 0.135 0.019 0.002 149 N 0.015 0.013 0.005 0.001 0.014 0.003 0.030 0.670 0.147 0.094 0.008 150 R 0.011 0.041 0.013 0.003 0.020 0.005 0.016 0.672 0.157 0.054 0.009 151 D 0.013 0.023 0.010 0.003 0.018 0.006 0.033 0.725 0.118 0.042 0.009 152 K 0.015 0.035 0.011 0.002 0.021 0.003 0.023 0.665 0.107 0.108 0.011 153 W 0.014 0.031 0.007 0.001 0.022 0.002 0.007 0.753 0.117 0.035 0.010 154 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.899 0.080 0.005 0.001 155 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.944 0.038 0.008 0.001 156 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.925 0.050 0.013 0.001 157 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.030 0.002 0.001 158 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.964 0.030 0.002 0.001 159 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.020 0.017 0.001 160 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.045 0.007 0.001 161 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.854 0.136 0.002 0.001 162 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.932 0.043 0.016 0.001 163 M 0.006 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.824 0.111 0.032 0.002 164 V 0.005 0.007 0.001 0.001 0.006 0.002 0.020 0.773 0.162 0.019 0.003 165 D 0.010 0.008 0.003 0.001 0.011 0.002 0.043 0.718 0.165 0.034 0.005 166 R 0.039 0.044 0.032 0.005 0.060 0.009 0.091 0.419 0.118 0.159 0.024 167 T 0.055 0.307 0.136 0.013 0.153 0.014 0.025 0.146 0.045 0.075 0.031 168 S 0.139 0.076 0.043 0.016 0.136 0.015 0.030 0.147 0.107 0.210 0.080 169 T 0.058 0.236 0.128 0.022 0.143 0.019 0.034 0.153 0.144 0.045 0.019 170 E 0.058 0.060 0.028 0.012 0.081 0.021 0.142 0.265 0.225 0.085 0.024 171 I 0.127 0.070 0.045 0.025 0.134 0.024 0.062 0.071 0.088 0.286 0.069 172 A 0.064 0.343 0.194 0.034 0.205 0.029 0.025 0.020 0.014 0.044 0.027 173 P 0.186 0.178 0.051 0.014 0.403 0.014 0.028 0.020 0.021 0.038 0.047 174 W 0.207 0.157 0.016 0.003 0.572 0.006 0.010 0.003 0.005 0.007 0.013 175 T 0.116 0.060 0.003 0.001 0.816 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 176 L 0.409 0.016 0.001 0.001 0.556 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 177 V 0.051 0.516 0.162 0.014 0.218 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.025 178 E 0.291 0.144 0.049 0.012 0.300 0.008 0.010 0.013 0.014 0.036 0.124 179 A 0.054 0.188 0.072 0.065 0.112 0.047 0.054 0.100 0.139 0.128 0.041 180 N 0.050 0.108 0.086 0.096 0.099 0.072 0.092 0.091 0.066 0.200 0.039 181 D 0.121 0.143 0.096 0.019 0.201 0.010 0.013 0.132 0.099 0.119 0.047 182 K 0.034 0.061 0.027 0.012 0.061 0.023 0.048 0.429 0.248 0.039 0.019 183 R 0.030 0.061 0.022 0.008 0.042 0.016 0.050 0.522 0.139 0.083 0.026 184 F 0.050 0.024 0.008 0.005 0.042 0.006 0.018 0.606 0.139 0.062 0.040 185 A 0.026 0.052 0.009 0.002 0.050 0.006 0.013 0.748 0.065 0.022 0.007 186 R 0.019 0.015 0.001 0.001 0.022 0.001 0.003 0.890 0.021 0.020 0.007 187 V 0.014 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.900 0.057 0.002 0.003 188 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.981 0.009 0.002 0.001 189 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.015 0.002 0.001 190 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 191 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 192 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.003 0.001 193 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.016 0.003 0.001 194 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.043 0.001 0.001 195 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.055 0.002 0.001 196 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.935 0.031 0.026 0.001 197 I 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.843 0.125 0.012 0.002 198 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.807 0.158 0.007 0.001 199 A 0.003 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.040 0.767 0.137 0.033 0.002 200 A 0.012 0.047 0.017 0.003 0.024 0.005 0.067 0.527 0.206 0.082 0.010 201 Y 0.056 0.040 0.016 0.004 0.064 0.007 0.041 0.355 0.198 0.180 0.039 202 K 0.060 0.090 0.036 0.007 0.103 0.010 0.065 0.329 0.161 0.108 0.030 203 K 0.067 0.105 0.063 0.026 0.112 0.031 0.126 0.153 0.079 0.198 0.040 204 D 0.113 0.277 0.164 0.014 0.269 0.008 0.011 0.040 0.026 0.052 0.027 205 K 0.061 0.102 0.056 0.019 0.113 0.025 0.045 0.243 0.228 0.072 0.036