# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.2135 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.774 0.184 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 2 R 0.692 0.232 0.054 0.018 0.003 0.001 0.001 3 F 0.548 0.249 0.140 0.053 0.010 0.001 0.001 4 R 0.582 0.297 0.088 0.026 0.006 0.001 0.001 5 Q 0.465 0.399 0.093 0.031 0.011 0.002 0.001 6 H 0.041 0.126 0.213 0.337 0.221 0.060 0.002 7 S 0.011 0.073 0.211 0.329 0.261 0.109 0.006 8 L 0.001 0.005 0.017 0.045 0.186 0.541 0.206 9 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.066 0.353 0.565 10 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.207 0.767 11 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.028 0.156 0.806 12 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.239 0.734 13 E 0.002 0.008 0.022 0.061 0.143 0.326 0.438 14 G 0.009 0.027 0.042 0.103 0.180 0.363 0.277 15 N 0.022 0.057 0.128 0.208 0.253 0.250 0.083 16 D 0.049 0.094 0.147 0.198 0.207 0.231 0.073 17 A 0.054 0.060 0.073 0.125 0.221 0.314 0.153 18 A 0.104 0.092 0.092 0.169 0.194 0.231 0.118 19 G 0.119 0.157 0.162 0.174 0.187 0.143 0.057 20 K 0.058 0.094 0.114 0.158 0.202 0.251 0.123 21 G 0.124 0.174 0.180 0.192 0.172 0.121 0.038 22 G 0.113 0.194 0.218 0.217 0.149 0.084 0.025 23 A 0.027 0.050 0.091 0.162 0.235 0.293 0.142 24 I 0.013 0.019 0.029 0.070 0.204 0.445 0.221 25 R 0.039 0.138 0.224 0.269 0.192 0.118 0.021 26 R 0.033 0.097 0.184 0.264 0.247 0.141 0.034 27 V 0.008 0.014 0.023 0.063 0.195 0.524 0.174 28 T 0.028 0.072 0.155 0.299 0.267 0.151 0.029 29 D 0.146 0.295 0.240 0.169 0.088 0.053 0.009 30 A 0.082 0.140 0.238 0.292 0.157 0.079 0.012 31 L 0.058 0.057 0.087 0.163 0.291 0.291 0.054 32 D 0.145 0.262 0.223 0.174 0.114 0.068 0.014 33 P 0.124 0.108 0.127 0.201 0.220 0.169 0.050 34 R 0.165 0.237 0.213 0.174 0.128 0.069 0.014 35 Q 0.172 0.224 0.197 0.188 0.118 0.077 0.024 36 Y 0.061 0.066 0.099 0.168 0.264 0.249 0.093 37 H 0.073 0.178 0.193 0.224 0.174 0.128 0.031 38 I 0.038 0.054 0.094 0.171 0.246 0.302 0.095 39 V 0.059 0.107 0.160 0.237 0.231 0.170 0.036 40 P 0.087 0.132 0.151 0.203 0.220 0.175 0.032 41 I 0.077 0.105 0.182 0.267 0.232 0.122 0.014 42 A 0.322 0.379 0.173 0.082 0.034 0.010 0.001 43 A 0.263 0.291 0.207 0.151 0.067 0.020 0.001 44 P 0.243 0.185 0.202 0.208 0.130 0.032 0.001 45 T 0.507 0.274 0.128 0.062 0.023 0.005 0.001 46 E 0.688 0.230 0.057 0.019 0.005 0.001 0.001 47 E 0.529 0.306 0.103 0.046 0.013 0.002 0.001 48 E 0.341 0.247 0.201 0.138 0.061 0.012 0.001 49 R 0.343 0.251 0.216 0.131 0.048 0.010 0.001 50 A 0.530 0.272 0.117 0.054 0.020 0.005 0.001 51 Q 0.306 0.242 0.216 0.158 0.057 0.018 0.002 52 P 0.329 0.283 0.181 0.124 0.058 0.022 0.003 53 Y 0.086 0.120 0.167 0.233 0.218 0.149 0.028 54 L 0.063 0.068 0.091 0.159 0.237 0.283 0.099 55 W 0.046 0.069 0.108 0.178 0.231 0.270 0.099 56 R 0.058 0.095 0.148 0.195 0.225 0.196 0.081 57 F 0.030 0.052 0.081 0.139 0.228 0.317 0.152 58 W 0.047 0.083 0.117 0.183 0.242 0.252 0.075 59 R 0.152 0.247 0.241 0.187 0.114 0.053 0.007 60 H 0.132 0.254 0.239 0.207 0.115 0.048 0.004 61 I 0.057 0.083 0.160 0.269 0.279 0.142 0.011 62 P 0.137 0.169 0.213 0.257 0.174 0.048 0.003 63 A 0.545 0.324 0.087 0.030 0.012 0.003 0.001 64 R 0.385 0.313 0.175 0.097 0.024 0.006 0.001 65 R 0.337 0.316 0.166 0.116 0.050 0.013 0.001 66 Q 0.061 0.153 0.226 0.303 0.176 0.073 0.008 67 F 0.031 0.034 0.049 0.106 0.276 0.397 0.106 68 T 0.029 0.052 0.095 0.191 0.208 0.299 0.126 69 I 0.017 0.021 0.038 0.077 0.136 0.312 0.399 70 F 0.011 0.015 0.029 0.056 0.117 0.284 0.489 71 D 0.013 0.024 0.031 0.053 0.136 0.316 0.427 72 R 0.037 0.069 0.097 0.153 0.181 0.234 0.230 73 S 0.059 0.074 0.080 0.158 0.188 0.274 0.168 74 W 0.032 0.049 0.076 0.141 0.248 0.304 0.150 75 Y 0.046 0.069 0.100 0.156 0.207 0.279 0.144 76 G 0.117 0.210 0.221 0.196 0.141 0.089 0.024 77 R 0.166 0.234 0.230 0.192 0.107 0.057 0.014 78 V 0.048 0.066 0.107 0.211 0.262 0.237 0.069 79 L 0.037 0.049 0.073 0.152 0.241 0.335 0.113 80 V 0.039 0.087 0.151 0.262 0.258 0.175 0.028 81 E 0.178 0.339 0.209 0.134 0.100 0.037 0.003 82 R 0.042 0.122 0.212 0.325 0.204 0.087 0.008 83 I 0.032 0.056 0.103 0.200 0.351 0.239 0.019 84 E 0.155 0.263 0.276 0.198 0.085 0.021 0.001 85 G 0.374 0.395 0.148 0.059 0.019 0.004 0.001 86 F 0.117 0.211 0.292 0.252 0.106 0.022 0.001 87 C 0.116 0.136 0.251 0.303 0.164 0.030 0.001 88 A 0.485 0.327 0.128 0.044 0.013 0.002 0.001 89 P 0.647 0.263 0.063 0.022 0.005 0.001 0.001 90 A 0.656 0.269 0.055 0.016 0.004 0.001 0.001 91 D 0.291 0.400 0.197 0.089 0.019 0.003 0.001 92 W 0.058 0.089 0.182 0.288 0.294 0.085 0.003 93 L 0.102 0.261 0.329 0.225 0.069 0.013 0.001 94 R 0.254 0.388 0.214 0.103 0.034 0.007 0.001 95 A 0.038 0.102 0.189 0.318 0.252 0.096 0.005 96 Y 0.034 0.081 0.169 0.299 0.296 0.116 0.005 97 G 0.274 0.410 0.196 0.080 0.032 0.008 0.001 98 E 0.130 0.280 0.270 0.214 0.083 0.021 0.002 99 I 0.028 0.041 0.083 0.185 0.359 0.275 0.030 100 N 0.117 0.273 0.277 0.206 0.099 0.026 0.001 101 D 0.219 0.380 0.218 0.119 0.049 0.013 0.001 102 F 0.019 0.031 0.064 0.163 0.318 0.335 0.068 103 E 0.026 0.066 0.120 0.224 0.322 0.217 0.025 104 E 0.122 0.315 0.309 0.167 0.063 0.022 0.002 105 Q 0.067 0.152 0.272 0.321 0.144 0.042 0.003 106 L 0.041 0.049 0.099 0.193 0.326 0.269 0.023 107 S 0.165 0.203 0.234 0.230 0.127 0.037 0.003 108 E 0.503 0.343 0.104 0.035 0.011 0.003 0.001 109 Y 0.264 0.275 0.230 0.166 0.049 0.014 0.001 110 G 0.197 0.272 0.216 0.174 0.095 0.040 0.006 111 I 0.040 0.064 0.108 0.217 0.338 0.200 0.034 112 I 0.028 0.080 0.146 0.211 0.258 0.223 0.055 113 V 0.013 0.021 0.040 0.088 0.149 0.374 0.316 114 V 0.007 0.012 0.030 0.089 0.155 0.332 0.374 115 K 0.007 0.012 0.028 0.069 0.158 0.327 0.398 116 F 0.004 0.007 0.013 0.034 0.092 0.362 0.488 117 W 0.017 0.037 0.072 0.154 0.196 0.314 0.210 118 L 0.016 0.045 0.077 0.150 0.287 0.350 0.075 119 A 0.070 0.218 0.256 0.202 0.164 0.082 0.007 120 I 0.043 0.066 0.154 0.395 0.239 0.097 0.007 121 D 0.386 0.307 0.156 0.083 0.055 0.013 0.001 122 K 0.545 0.287 0.105 0.047 0.014 0.002 0.001 123 Q 0.726 0.245 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 124 T 0.311 0.401 0.165 0.099 0.021 0.003 0.001 125 Q 0.075 0.106 0.233 0.284 0.250 0.051 0.001 126 M 0.144 0.291 0.334 0.179 0.047 0.006 0.001 127 E 0.508 0.415 0.061 0.013 0.003 0.001 0.001 128 R 0.037 0.119 0.271 0.407 0.145 0.021 0.001 129 F 0.041 0.065 0.162 0.248 0.372 0.110 0.002 130 K 0.341 0.470 0.145 0.035 0.007 0.001 0.001 131 E 0.497 0.424 0.060 0.016 0.003 0.001 0.001 132 R 0.085 0.134 0.336 0.344 0.093 0.010 0.001 133 E 0.478 0.285 0.156 0.065 0.016 0.001 0.001 134 K 0.783 0.193 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 135 T 0.545 0.299 0.105 0.043 0.008 0.001 0.001 136 P 0.393 0.342 0.167 0.072 0.022 0.004 0.001 137 Y 0.205 0.235 0.280 0.198 0.068 0.012 0.001 138 K 0.277 0.330 0.217 0.117 0.048 0.010 0.001 139 R 0.126 0.254 0.256 0.217 0.109 0.037 0.002 140 Y 0.046 0.077 0.141 0.229 0.322 0.173 0.013 141 K 0.076 0.248 0.317 0.228 0.098 0.031 0.002 142 I 0.052 0.077 0.148 0.284 0.283 0.143 0.013 143 T 0.157 0.270 0.240 0.185 0.114 0.032 0.001 144 E 0.370 0.337 0.162 0.092 0.032 0.007 0.001 145 E 0.483 0.356 0.101 0.043 0.014 0.003 0.001 146 D 0.155 0.291 0.246 0.196 0.088 0.023 0.001 147 W 0.071 0.103 0.289 0.310 0.190 0.036 0.001 148 R 0.414 0.404 0.131 0.040 0.009 0.001 0.001 149 N 0.276 0.310 0.215 0.132 0.056 0.011 0.001 150 R 0.085 0.151 0.295 0.320 0.129 0.020 0.001 151 D 0.503 0.400 0.073 0.018 0.005 0.001 0.001 152 K 0.188 0.331 0.262 0.170 0.042 0.007 0.001 153 W 0.040 0.077 0.183 0.320 0.299 0.080 0.002 154 D 0.315 0.402 0.203 0.066 0.013 0.002 0.001 155 Q 0.270 0.442 0.198 0.074 0.013 0.002 0.001 156 Y 0.023 0.053 0.095 0.238 0.389 0.194 0.009 157 V 0.017 0.081 0.233 0.386 0.226 0.055 0.001 158 D 0.160 0.454 0.255 0.098 0.027 0.006 0.001 159 A 0.020 0.058 0.128 0.274 0.383 0.128 0.009 160 V 0.022 0.084 0.150 0.272 0.310 0.151 0.012 161 G 0.090 0.258 0.313 0.217 0.087 0.032 0.003 162 D 0.054 0.153 0.334 0.326 0.102 0.027 0.003 163 M 0.019 0.027 0.040 0.095 0.283 0.443 0.092 164 V 0.033 0.046 0.075 0.172 0.266 0.308 0.100 165 D 0.085 0.231 0.295 0.221 0.097 0.061 0.011 166 R 0.056 0.107 0.194 0.256 0.233 0.129 0.026 167 T 0.052 0.057 0.069 0.126 0.237 0.349 0.109 168 S 0.131 0.188 0.203 0.200 0.165 0.093 0.020 169 T 0.188 0.249 0.230 0.180 0.089 0.052 0.012 170 E 0.216 0.267 0.211 0.160 0.095 0.044 0.007 171 I 0.080 0.141 0.178 0.212 0.213 0.142 0.034 172 A 0.022 0.044 0.080 0.160 0.294 0.303 0.097 173 P 0.020 0.064 0.114 0.202 0.254 0.261 0.085 174 W 0.007 0.016 0.030 0.066 0.203 0.463 0.215 175 T 0.007 0.027 0.074 0.146 0.263 0.338 0.145 176 L 0.003 0.006 0.013 0.034 0.096 0.415 0.432 177 V 0.005 0.012 0.031 0.082 0.204 0.424 0.242 178 E 0.052 0.144 0.211 0.251 0.188 0.124 0.029 179 A 0.043 0.083 0.149 0.251 0.260 0.190 0.024 180 N 0.205 0.278 0.206 0.159 0.105 0.044 0.004 181 D 0.214 0.242 0.207 0.173 0.110 0.050 0.005 182 K 0.246 0.261 0.230 0.151 0.079 0.030 0.004 183 R 0.222 0.288 0.217 0.155 0.079 0.035 0.004 184 F 0.064 0.124 0.211 0.275 0.218 0.094 0.014 185 A 0.039 0.084 0.120 0.194 0.308 0.217 0.038 186 R 0.017 0.080 0.152 0.246 0.242 0.224 0.039 187 V 0.013 0.034 0.082 0.195 0.309 0.309 0.057 188 K 0.019 0.108 0.258 0.294 0.229 0.079 0.014 189 V 0.002 0.006 0.013 0.046 0.164 0.499 0.269 190 L 0.002 0.011 0.035 0.098 0.276 0.462 0.117 191 R 0.027 0.157 0.289 0.300 0.143 0.074 0.010 192 T 0.008 0.037 0.155 0.299 0.335 0.138 0.028 193 I 0.001 0.003 0.004 0.013 0.102 0.623 0.254 194 N 0.007 0.045 0.169 0.377 0.275 0.114 0.012 195 D 0.101 0.394 0.272 0.161 0.051 0.019 0.001 196 A 0.016 0.061 0.178 0.359 0.282 0.101 0.005 197 I 0.017 0.023 0.045 0.131 0.412 0.351 0.021 198 E 0.117 0.363 0.310 0.144 0.054 0.011 0.001 199 A 0.245 0.338 0.240 0.134 0.036 0.007 0.001 200 A 0.177 0.207 0.278 0.236 0.085 0.017 0.001 201 Y 0.387 0.233 0.199 0.127 0.046 0.008 0.001 202 K 0.760 0.194 0.033 0.010 0.003 0.001 0.001 203 K 0.797 0.173 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 204 D 0.659 0.190 0.093 0.045 0.011 0.002 0.001 205 K 0.786 0.173 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001