# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1703 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.099 0.106 0.044 0.020 0.177 0.024 0.035 0.251 0.110 0.085 0.047 2 R 0.098 0.128 0.041 0.013 0.182 0.016 0.041 0.277 0.102 0.064 0.038 3 F 0.146 0.068 0.027 0.022 0.156 0.039 0.055 0.221 0.133 0.088 0.046 4 R 0.072 0.157 0.130 0.039 0.115 0.053 0.075 0.186 0.104 0.050 0.020 5 Q 0.114 0.037 0.040 0.021 0.082 0.034 0.107 0.165 0.116 0.212 0.072 6 H 0.106 0.304 0.119 0.020 0.222 0.025 0.046 0.037 0.036 0.057 0.027 7 S 0.133 0.155 0.030 0.033 0.177 0.069 0.126 0.032 0.038 0.121 0.087 8 L 0.228 0.047 0.003 0.002 0.674 0.004 0.025 0.003 0.002 0.005 0.007 9 V 0.248 0.031 0.001 0.001 0.703 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 10 A 0.178 0.044 0.002 0.001 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 11 V 0.296 0.025 0.001 0.001 0.660 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 12 F 0.357 0.067 0.007 0.005 0.316 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.233 13 E 0.177 0.095 0.061 0.104 0.171 0.091 0.085 0.006 0.007 0.105 0.098 14 G 0.057 0.212 0.279 0.196 0.125 0.025 0.010 0.011 0.017 0.045 0.022 15 N 0.078 0.126 0.068 0.084 0.146 0.071 0.047 0.085 0.123 0.128 0.045 16 D 0.070 0.119 0.129 0.035 0.118 0.036 0.077 0.120 0.137 0.122 0.038 17 A 0.069 0.067 0.052 0.031 0.076 0.044 0.080 0.215 0.154 0.150 0.063 18 A 0.028 0.192 0.124 0.101 0.057 0.054 0.085 0.155 0.072 0.110 0.023 19 G 0.026 0.063 0.122 0.143 0.025 0.040 0.027 0.199 0.075 0.226 0.055 20 K 0.011 0.033 0.026 0.016 0.019 0.007 0.011 0.649 0.156 0.062 0.011 21 G 0.003 0.012 0.007 0.004 0.005 0.004 0.006 0.819 0.116 0.021 0.003 22 G 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.027 0.003 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.019 0.002 0.001 24 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.036 0.001 0.001 25 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.011 0.001 0.001 27 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.941 0.051 0.003 0.001 28 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.780 0.210 0.003 0.001 29 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.114 0.720 0.137 0.017 0.001 30 A 0.018 0.038 0.025 0.003 0.029 0.004 0.141 0.422 0.122 0.175 0.023 31 L 0.075 0.277 0.078 0.014 0.135 0.019 0.044 0.054 0.053 0.185 0.066 32 D 0.107 0.324 0.208 0.012 0.199 0.008 0.008 0.023 0.013 0.037 0.061 33 P 0.020 0.026 0.008 0.005 0.028 0.014 0.069 0.342 0.434 0.042 0.012 34 R 0.027 0.112 0.064 0.019 0.070 0.049 0.158 0.202 0.124 0.151 0.023 35 Q 0.144 0.075 0.016 0.008 0.162 0.008 0.027 0.062 0.047 0.294 0.157 36 Y 0.224 0.154 0.023 0.004 0.505 0.006 0.007 0.012 0.010 0.020 0.035 37 H 0.135 0.175 0.022 0.007 0.562 0.025 0.030 0.010 0.005 0.010 0.019 38 I 0.468 0.061 0.009 0.005 0.369 0.003 0.003 0.003 0.004 0.010 0.064 39 V 0.116 0.240 0.075 0.016 0.477 0.014 0.011 0.009 0.007 0.011 0.026 40 P 0.258 0.152 0.022 0.003 0.490 0.003 0.004 0.006 0.006 0.009 0.046 41 I 0.224 0.180 0.040 0.019 0.229 0.016 0.027 0.028 0.046 0.058 0.133 42 A 0.068 0.176 0.126 0.079 0.155 0.078 0.119 0.041 0.046 0.068 0.043 43 A 0.077 0.276 0.222 0.065 0.179 0.019 0.028 0.032 0.034 0.044 0.026 44 P 0.070 0.272 0.154 0.070 0.153 0.035 0.028 0.029 0.040 0.103 0.047 45 T 0.051 0.331 0.363 0.021 0.172 0.008 0.008 0.014 0.011 0.010 0.012 46 E 0.015 0.033 0.012 0.006 0.021 0.017 0.068 0.331 0.434 0.048 0.015 47 E 0.033 0.117 0.055 0.013 0.068 0.016 0.054 0.263 0.173 0.182 0.026 48 E 0.103 0.078 0.027 0.008 0.139 0.012 0.024 0.219 0.108 0.199 0.083 49 R 0.092 0.117 0.046 0.014 0.142 0.028 0.066 0.264 0.103 0.085 0.042 50 A 0.070 0.113 0.065 0.055 0.081 0.065 0.065 0.156 0.098 0.184 0.049 51 Q 0.063 0.228 0.195 0.046 0.145 0.019 0.020 0.123 0.052 0.078 0.030 52 P 0.072 0.183 0.044 0.008 0.157 0.014 0.039 0.306 0.101 0.049 0.027 53 Y 0.115 0.132 0.029 0.007 0.205 0.013 0.034 0.293 0.077 0.055 0.040 54 L 0.102 0.068 0.012 0.007 0.145 0.011 0.018 0.451 0.108 0.044 0.034 55 W 0.061 0.064 0.022 0.007 0.128 0.016 0.022 0.518 0.120 0.026 0.016 56 R 0.056 0.078 0.034 0.008 0.102 0.017 0.041 0.526 0.083 0.039 0.017 57 F 0.067 0.054 0.013 0.005 0.069 0.006 0.027 0.479 0.188 0.062 0.029 58 W 0.016 0.017 0.007 0.005 0.028 0.011 0.021 0.403 0.422 0.059 0.011 59 R 0.012 0.039 0.014 0.004 0.035 0.012 0.109 0.494 0.222 0.051 0.007 60 H 0.031 0.037 0.021 0.006 0.051 0.008 0.064 0.155 0.158 0.441 0.029 61 I 0.049 0.427 0.221 0.008 0.178 0.004 0.008 0.029 0.023 0.035 0.016 62 P 0.045 0.384 0.197 0.008 0.124 0.010 0.019 0.130 0.057 0.013 0.012 63 A 0.005 0.021 0.008 0.002 0.010 0.008 0.070 0.500 0.341 0.032 0.004 64 R 0.034 0.041 0.014 0.005 0.035 0.009 0.041 0.419 0.156 0.210 0.036 65 R 0.065 0.077 0.020 0.005 0.108 0.010 0.019 0.400 0.098 0.135 0.062 66 Q 0.084 0.102 0.020 0.005 0.177 0.015 0.056 0.409 0.067 0.040 0.023 67 F 0.200 0.066 0.010 0.006 0.246 0.011 0.025 0.273 0.081 0.032 0.049 68 T 0.113 0.118 0.021 0.008 0.318 0.019 0.045 0.255 0.057 0.023 0.024 69 I 0.256 0.082 0.011 0.003 0.414 0.005 0.017 0.125 0.029 0.021 0.037 70 F 0.162 0.135 0.033 0.021 0.238 0.034 0.038 0.118 0.040 0.067 0.116 71 D 0.146 0.209 0.078 0.017 0.301 0.024 0.030 0.078 0.034 0.046 0.038 72 R 0.032 0.043 0.012 0.007 0.053 0.021 0.046 0.222 0.332 0.216 0.016 73 S 0.044 0.115 0.082 0.009 0.113 0.012 0.050 0.363 0.152 0.048 0.012 74 W 0.035 0.034 0.013 0.005 0.035 0.012 0.071 0.452 0.203 0.115 0.025 75 Y 0.061 0.175 0.065 0.045 0.095 0.035 0.069 0.163 0.107 0.141 0.046 76 G 0.031 0.083 0.074 0.085 0.045 0.061 0.040 0.245 0.088 0.194 0.054 77 R 0.069 0.186 0.071 0.017 0.144 0.010 0.026 0.217 0.083 0.137 0.039 78 V 0.082 0.183 0.046 0.007 0.215 0.015 0.021 0.304 0.070 0.031 0.027 79 L 0.120 0.106 0.019 0.006 0.202 0.007 0.019 0.402 0.065 0.030 0.025 80 V 0.113 0.067 0.011 0.003 0.164 0.005 0.007 0.478 0.112 0.015 0.023 81 E 0.050 0.061 0.018 0.004 0.138 0.020 0.049 0.561 0.074 0.014 0.011 82 R 0.102 0.048 0.019 0.004 0.111 0.006 0.041 0.521 0.095 0.035 0.020 83 I 0.070 0.030 0.014 0.018 0.060 0.022 0.066 0.463 0.140 0.079 0.037 84 E 0.018 0.127 0.062 0.126 0.042 0.086 0.121 0.243 0.136 0.031 0.009 85 G 0.019 0.025 0.041 0.123 0.021 0.045 0.079 0.171 0.149 0.278 0.050 86 F 0.047 0.107 0.055 0.020 0.093 0.010 0.050 0.141 0.118 0.306 0.053 87 C 0.071 0.285 0.129 0.016 0.182 0.016 0.026 0.049 0.051 0.122 0.053 88 A 0.043 0.396 0.333 0.017 0.110 0.009 0.011 0.030 0.018 0.016 0.017 89 P 0.053 0.183 0.079 0.014 0.092 0.014 0.032 0.271 0.191 0.045 0.026 90 A 0.019 0.059 0.026 0.008 0.037 0.019 0.049 0.513 0.210 0.045 0.015 91 D 0.046 0.047 0.018 0.006 0.059 0.008 0.024 0.478 0.137 0.141 0.035 92 W 0.038 0.073 0.019 0.005 0.066 0.007 0.018 0.548 0.129 0.073 0.022 93 L 0.049 0.045 0.015 0.005 0.074 0.011 0.020 0.586 0.121 0.050 0.024 94 R 0.023 0.062 0.027 0.005 0.053 0.013 0.045 0.622 0.112 0.028 0.009 95 A 0.061 0.083 0.029 0.009 0.059 0.011 0.057 0.492 0.067 0.096 0.037 96 Y 0.027 0.040 0.012 0.010 0.053 0.010 0.015 0.542 0.215 0.058 0.019 97 G 0.003 0.007 0.006 0.009 0.003 0.018 0.047 0.784 0.104 0.016 0.003 98 E 0.010 0.020 0.009 0.003 0.010 0.002 0.011 0.601 0.073 0.247 0.014 99 I 0.012 0.005 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.826 0.118 0.014 0.005 100 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.895 0.094 0.002 0.001 101 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.935 0.037 0.016 0.001 102 F 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.920 0.058 0.008 0.001 103 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.891 0.105 0.001 0.001 104 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.928 0.062 0.002 0.001 105 Q 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.029 0.887 0.063 0.011 0.001 106 L 0.015 0.012 0.003 0.002 0.019 0.004 0.019 0.738 0.136 0.045 0.009 107 S 0.007 0.032 0.013 0.003 0.010 0.005 0.034 0.681 0.193 0.018 0.005 108 E 0.006 0.005 0.007 0.004 0.006 0.016 0.155 0.550 0.139 0.095 0.018 109 Y 0.016 0.644 0.170 0.013 0.063 0.010 0.039 0.015 0.009 0.016 0.005 110 G 0.047 0.011 0.013 0.033 0.019 0.026 0.012 0.023 0.027 0.444 0.346 111 I 0.111 0.389 0.068 0.011 0.298 0.007 0.019 0.024 0.020 0.029 0.024 112 I 0.237 0.101 0.008 0.002 0.587 0.012 0.019 0.008 0.004 0.005 0.017 113 V 0.275 0.047 0.003 0.003 0.632 0.005 0.016 0.004 0.002 0.002 0.011 114 V 0.236 0.043 0.003 0.001 0.702 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 115 K 0.172 0.052 0.003 0.001 0.761 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 116 F 0.250 0.058 0.002 0.001 0.642 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 117 W 0.281 0.079 0.012 0.006 0.339 0.007 0.011 0.008 0.009 0.049 0.199 118 L 0.064 0.392 0.161 0.023 0.248 0.019 0.020 0.014 0.013 0.022 0.026 119 A 0.140 0.360 0.136 0.010 0.281 0.005 0.007 0.012 0.009 0.021 0.020 120 I 0.027 0.413 0.154 0.019 0.091 0.038 0.044 0.089 0.063 0.045 0.017 121 D 0.083 0.500 0.157 0.003 0.193 0.001 0.002 0.036 0.009 0.008 0.009 122 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.800 0.195 0.002 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.046 0.002 0.001 124 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.019 0.005 0.001 125 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.021 0.003 0.001 126 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.060 0.001 0.001 127 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.966 0.028 0.001 0.001 128 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.943 0.035 0.003 0.001 129 F 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.807 0.146 0.025 0.003 130 K 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.004 0.030 0.796 0.144 0.011 0.002 131 E 0.010 0.016 0.011 0.003 0.015 0.007 0.105 0.461 0.155 0.194 0.023 132 R 0.050 0.281 0.159 0.009 0.141 0.009 0.038 0.122 0.069 0.089 0.034 133 E 0.049 0.106 0.042 0.011 0.079 0.023 0.064 0.223 0.128 0.200 0.076 134 K 0.056 0.181 0.088 0.027 0.093 0.024 0.059 0.090 0.084 0.249 0.049 135 T 0.083 0.325 0.227 0.014 0.233 0.007 0.007 0.033 0.016 0.026 0.028 136 P 0.043 0.095 0.026 0.007 0.081 0.014 0.036 0.401 0.241 0.039 0.017 137 Y 0.033 0.056 0.021 0.007 0.070 0.016 0.050 0.437 0.215 0.076 0.018 138 K 0.059 0.085 0.029 0.007 0.117 0.014 0.035 0.386 0.127 0.107 0.033 139 R 0.118 0.061 0.013 0.004 0.158 0.007 0.026 0.338 0.153 0.080 0.042 140 Y 0.092 0.135 0.028 0.008 0.215 0.021 0.037 0.254 0.118 0.062 0.030 141 K 0.131 0.143 0.031 0.007 0.287 0.012 0.045 0.209 0.041 0.058 0.037 142 I 0.090 0.235 0.073 0.016 0.208 0.018 0.036 0.101 0.053 0.123 0.048 143 T 0.073 0.384 0.216 0.006 0.253 0.003 0.003 0.033 0.008 0.008 0.012 144 E 0.005 0.014 0.003 0.001 0.010 0.004 0.014 0.655 0.280 0.011 0.003 145 E 0.004 0.011 0.005 0.002 0.009 0.005 0.033 0.763 0.133 0.032 0.003 146 D 0.016 0.018 0.004 0.001 0.019 0.002 0.007 0.705 0.109 0.101 0.018 147 W 0.006 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.007 0.790 0.147 0.028 0.006 148 R 0.002 0.009 0.004 0.002 0.005 0.005 0.020 0.850 0.091 0.011 0.002 149 N 0.010 0.015 0.005 0.003 0.012 0.004 0.028 0.622 0.111 0.176 0.013 150 R 0.027 0.035 0.013 0.003 0.052 0.005 0.013 0.608 0.171 0.056 0.016 151 D 0.007 0.016 0.008 0.002 0.012 0.011 0.044 0.754 0.116 0.025 0.006 152 K 0.018 0.024 0.008 0.003 0.019 0.004 0.036 0.585 0.110 0.180 0.014 153 W 0.030 0.024 0.008 0.006 0.048 0.005 0.010 0.635 0.158 0.060 0.018 154 D 0.003 0.006 0.003 0.002 0.006 0.008 0.014 0.833 0.112 0.011 0.002 155 Q 0.004 0.009 0.004 0.001 0.008 0.002 0.014 0.796 0.101 0.058 0.003 156 Y 0.021 0.007 0.002 0.001 0.017 0.001 0.006 0.814 0.092 0.028 0.011 157 V 0.012 0.021 0.005 0.001 0.030 0.004 0.009 0.816 0.088 0.009 0.004 158 D 0.023 0.025 0.007 0.001 0.038 0.006 0.036 0.780 0.057 0.020 0.008 159 A 0.035 0.019 0.008 0.004 0.031 0.005 0.035 0.757 0.064 0.029 0.013 160 V 0.011 0.023 0.008 0.007 0.025 0.009 0.015 0.756 0.117 0.022 0.006 161 G 0.006 0.007 0.004 0.005 0.008 0.008 0.018 0.797 0.123 0.019 0.005 162 D 0.007 0.014 0.009 0.003 0.014 0.004 0.024 0.767 0.106 0.047 0.006 163 M 0.021 0.014 0.004 0.001 0.022 0.002 0.011 0.747 0.120 0.047 0.012 164 V 0.014 0.013 0.003 0.002 0.022 0.005 0.013 0.710 0.188 0.024 0.008 165 D 0.010 0.019 0.010 0.003 0.021 0.010 0.043 0.718 0.141 0.021 0.005 166 R 0.018 0.016 0.009 0.004 0.022 0.009 0.062 0.558 0.180 0.109 0.014 167 T 0.045 0.149 0.048 0.010 0.095 0.013 0.053 0.323 0.136 0.104 0.024 168 S 0.049 0.066 0.027 0.011 0.071 0.016 0.045 0.279 0.181 0.197 0.059 169 T 0.047 0.192 0.102 0.017 0.115 0.021 0.060 0.183 0.158 0.084 0.021 170 E 0.084 0.125 0.062 0.016 0.133 0.026 0.083 0.168 0.123 0.133 0.045 171 I 0.152 0.112 0.056 0.027 0.150 0.021 0.051 0.069 0.101 0.195 0.066 172 A 0.069 0.318 0.229 0.028 0.187 0.025 0.024 0.041 0.028 0.029 0.022 173 P 0.144 0.176 0.029 0.014 0.237 0.023 0.122 0.081 0.063 0.065 0.046 174 W 0.265 0.107 0.010 0.003 0.506 0.005 0.015 0.018 0.014 0.016 0.040 175 T 0.122 0.125 0.010 0.002 0.692 0.006 0.013 0.010 0.004 0.005 0.012 176 L 0.384 0.029 0.002 0.001 0.567 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 177 V 0.170 0.208 0.029 0.011 0.450 0.019 0.009 0.009 0.004 0.014 0.077 178 E 0.309 0.118 0.090 0.024 0.291 0.013 0.018 0.014 0.005 0.024 0.095 179 A 0.042 0.134 0.070 0.069 0.100 0.036 0.062 0.201 0.180 0.072 0.035 180 N 0.032 0.109 0.064 0.126 0.048 0.081 0.068 0.124 0.089 0.226 0.032 181 D 0.064 0.150 0.095 0.024 0.160 0.013 0.016 0.156 0.091 0.177 0.053 182 K 0.043 0.082 0.032 0.006 0.073 0.011 0.020 0.491 0.176 0.045 0.021 183 R 0.021 0.057 0.022 0.006 0.038 0.011 0.032 0.633 0.127 0.042 0.012 184 F 0.026 0.028 0.009 0.004 0.030 0.005 0.016 0.736 0.098 0.033 0.015 185 A 0.007 0.021 0.008 0.001 0.013 0.003 0.008 0.870 0.051 0.014 0.004 186 R 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.942 0.032 0.004 0.001 187 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.962 0.028 0.001 0.001 188 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.010 0.001 0.001 189 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.011 0.001 0.001 190 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 191 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 192 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.010 0.001 0.001 193 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.028 0.002 0.001 194 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.075 0.001 0.001 195 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.968 0.027 0.001 0.001 196 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.961 0.026 0.004 0.001 197 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.875 0.111 0.008 0.001 198 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.889 0.100 0.002 0.001 199 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.827 0.116 0.013 0.001 200 A 0.012 0.015 0.007 0.002 0.013 0.004 0.063 0.631 0.156 0.086 0.012 201 Y 0.029 0.043 0.014 0.004 0.043 0.008 0.038 0.428 0.185 0.170 0.037 202 K 0.033 0.119 0.056 0.014 0.063 0.020 0.094 0.282 0.136 0.150 0.035 203 K 0.060 0.210 0.175 0.024 0.132 0.019 0.054 0.107 0.055 0.119 0.046 204 D 0.071 0.292 0.131 0.023 0.172 0.019 0.036 0.090 0.062 0.066 0.038 205 K 0.065 0.136 0.083 0.035 0.104 0.037 0.067 0.178 0.126 0.118 0.051