# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1703 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.730 0.202 0.046 0.016 0.006 0.001 0.001 2 R 0.700 0.238 0.047 0.012 0.002 0.001 0.001 3 F 0.342 0.203 0.277 0.147 0.027 0.003 0.001 4 R 0.640 0.257 0.077 0.021 0.005 0.001 0.001 5 Q 0.513 0.336 0.101 0.038 0.011 0.001 0.001 6 H 0.140 0.286 0.258 0.198 0.096 0.020 0.001 7 S 0.044 0.176 0.197 0.258 0.237 0.084 0.004 8 L 0.002 0.017 0.076 0.214 0.362 0.299 0.031 9 V 0.001 0.002 0.007 0.021 0.118 0.508 0.343 10 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.220 0.758 11 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.111 0.873 12 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.128 0.858 13 E 0.001 0.002 0.005 0.014 0.051 0.273 0.654 14 G 0.003 0.009 0.016 0.044 0.138 0.382 0.409 15 N 0.013 0.036 0.061 0.126 0.208 0.338 0.218 16 D 0.036 0.079 0.110 0.151 0.210 0.284 0.130 17 A 0.050 0.072 0.093 0.140 0.205 0.260 0.179 18 A 0.062 0.058 0.054 0.096 0.175 0.303 0.252 19 G 0.067 0.089 0.097 0.133 0.181 0.226 0.207 20 K 0.023 0.031 0.039 0.070 0.149 0.322 0.365 21 G 0.033 0.053 0.074 0.127 0.201 0.284 0.229 22 G 0.031 0.060 0.110 0.166 0.216 0.229 0.187 23 A 0.008 0.015 0.025 0.052 0.119 0.352 0.429 24 I 0.007 0.015 0.029 0.067 0.186 0.406 0.289 25 R 0.032 0.138 0.261 0.264 0.177 0.103 0.024 26 R 0.024 0.100 0.222 0.305 0.236 0.097 0.017 27 V 0.006 0.014 0.024 0.080 0.305 0.499 0.071 28 T 0.023 0.101 0.222 0.365 0.219 0.068 0.003 29 D 0.248 0.451 0.199 0.074 0.023 0.006 0.001 30 A 0.077 0.184 0.349 0.309 0.068 0.013 0.001 31 L 0.082 0.077 0.192 0.301 0.285 0.061 0.002 32 D 0.556 0.352 0.068 0.018 0.005 0.001 0.001 33 P 0.624 0.292 0.058 0.020 0.005 0.001 0.001 34 R 0.312 0.302 0.208 0.132 0.038 0.007 0.001 35 Q 0.212 0.349 0.249 0.126 0.050 0.013 0.001 36 Y 0.057 0.069 0.131 0.247 0.320 0.153 0.023 37 H 0.055 0.187 0.240 0.257 0.166 0.085 0.009 38 I 0.029 0.049 0.082 0.163 0.251 0.340 0.085 39 V 0.037 0.071 0.123 0.193 0.238 0.261 0.078 40 P 0.067 0.113 0.144 0.202 0.228 0.187 0.059 41 I 0.069 0.095 0.137 0.202 0.240 0.201 0.056 42 A 0.147 0.232 0.217 0.188 0.142 0.067 0.007 43 A 0.252 0.286 0.192 0.140 0.087 0.039 0.004 44 P 0.232 0.205 0.202 0.189 0.128 0.040 0.003 45 T 0.477 0.258 0.147 0.078 0.031 0.008 0.001 46 E 0.649 0.220 0.080 0.035 0.013 0.003 0.001 47 E 0.551 0.289 0.102 0.042 0.013 0.003 0.001 48 E 0.339 0.237 0.207 0.141 0.063 0.012 0.001 49 R 0.359 0.329 0.190 0.086 0.030 0.007 0.001 50 A 0.281 0.243 0.198 0.171 0.080 0.025 0.002 51 Q 0.236 0.248 0.253 0.176 0.066 0.020 0.001 52 P 0.399 0.359 0.148 0.068 0.020 0.005 0.001 53 Y 0.035 0.074 0.150 0.276 0.288 0.157 0.019 54 L 0.029 0.048 0.069 0.155 0.291 0.344 0.065 55 W 0.022 0.073 0.169 0.280 0.235 0.191 0.030 56 R 0.086 0.205 0.246 0.233 0.151 0.067 0.013 57 F 0.019 0.049 0.089 0.177 0.319 0.299 0.047 58 W 0.058 0.130 0.207 0.277 0.220 0.098 0.010 59 R 0.260 0.357 0.202 0.112 0.050 0.018 0.001 60 H 0.164 0.260 0.257 0.200 0.089 0.028 0.002 61 I 0.089 0.090 0.165 0.281 0.270 0.099 0.007 62 P 0.452 0.347 0.119 0.051 0.025 0.006 0.001 63 A 0.467 0.322 0.125 0.059 0.020 0.006 0.001 64 R 0.143 0.197 0.256 0.232 0.120 0.045 0.006 65 R 0.078 0.144 0.228 0.274 0.179 0.085 0.011 66 Q 0.049 0.106 0.177 0.227 0.226 0.173 0.043 67 F 0.017 0.021 0.034 0.078 0.189 0.422 0.240 68 T 0.015 0.023 0.040 0.096 0.180 0.379 0.268 69 I 0.023 0.041 0.070 0.123 0.178 0.284 0.282 70 F 0.010 0.015 0.026 0.058 0.122 0.323 0.446 71 D 0.015 0.032 0.050 0.082 0.160 0.342 0.319 72 R 0.058 0.114 0.169 0.214 0.177 0.168 0.100 73 S 0.105 0.140 0.123 0.172 0.181 0.191 0.088 74 W 0.047 0.064 0.090 0.167 0.251 0.283 0.098 75 Y 0.071 0.092 0.133 0.192 0.211 0.223 0.079 76 G 0.155 0.222 0.186 0.174 0.144 0.096 0.024 77 R 0.175 0.258 0.219 0.173 0.105 0.054 0.015 78 V 0.059 0.072 0.100 0.206 0.272 0.231 0.060 79 L 0.057 0.119 0.179 0.237 0.222 0.159 0.028 80 V 0.067 0.107 0.152 0.245 0.245 0.160 0.025 81 E 0.227 0.340 0.198 0.121 0.083 0.028 0.003 82 R 0.082 0.186 0.232 0.278 0.157 0.059 0.007 83 I 0.042 0.070 0.128 0.212 0.334 0.194 0.021 84 E 0.122 0.228 0.269 0.247 0.102 0.030 0.002 85 G 0.384 0.369 0.154 0.064 0.022 0.006 0.001 86 F 0.091 0.177 0.268 0.303 0.125 0.035 0.002 87 C 0.097 0.091 0.172 0.254 0.277 0.103 0.006 88 A 0.341 0.357 0.187 0.084 0.025 0.006 0.001 89 P 0.530 0.318 0.102 0.037 0.010 0.002 0.001 90 A 0.252 0.236 0.215 0.194 0.083 0.019 0.001 91 D 0.258 0.340 0.205 0.121 0.056 0.017 0.002 92 W 0.055 0.095 0.179 0.280 0.261 0.119 0.011 93 L 0.136 0.286 0.281 0.189 0.082 0.024 0.002 94 R 0.096 0.206 0.262 0.246 0.139 0.046 0.004 95 A 0.060 0.161 0.193 0.251 0.223 0.102 0.010 96 Y 0.025 0.063 0.137 0.286 0.306 0.171 0.012 97 G 0.145 0.329 0.265 0.161 0.074 0.025 0.002 98 E 0.062 0.177 0.277 0.287 0.142 0.049 0.006 99 I 0.014 0.027 0.060 0.155 0.359 0.343 0.042 100 N 0.054 0.241 0.314 0.247 0.118 0.026 0.001 101 D 0.113 0.365 0.264 0.169 0.073 0.016 0.001 102 F 0.009 0.027 0.060 0.180 0.409 0.291 0.024 103 E 0.037 0.151 0.244 0.346 0.178 0.043 0.002 104 E 0.191 0.423 0.255 0.098 0.027 0.007 0.001 105 Q 0.053 0.167 0.348 0.331 0.086 0.015 0.001 106 L 0.039 0.053 0.123 0.243 0.377 0.159 0.006 107 S 0.172 0.275 0.280 0.191 0.065 0.015 0.001 108 E 0.559 0.315 0.089 0.028 0.008 0.002 0.001 109 Y 0.315 0.325 0.203 0.113 0.035 0.009 0.001 110 G 0.157 0.219 0.211 0.205 0.150 0.052 0.006 111 I 0.047 0.137 0.234 0.262 0.200 0.106 0.014 112 I 0.017 0.061 0.131 0.213 0.287 0.231 0.060 113 V 0.005 0.033 0.104 0.184 0.258 0.293 0.122 114 V 0.001 0.004 0.008 0.034 0.163 0.515 0.274 115 K 0.002 0.023 0.104 0.299 0.276 0.238 0.058 116 F 0.001 0.002 0.005 0.020 0.088 0.504 0.380 117 W 0.001 0.007 0.028 0.083 0.187 0.442 0.251 118 L 0.003 0.019 0.049 0.144 0.323 0.380 0.081 119 A 0.038 0.240 0.307 0.204 0.145 0.059 0.005 120 I 0.020 0.051 0.131 0.360 0.288 0.142 0.009 121 D 0.242 0.281 0.203 0.131 0.111 0.030 0.002 122 K 0.330 0.315 0.193 0.114 0.039 0.008 0.001 123 Q 0.677 0.277 0.035 0.008 0.003 0.001 0.001 124 T 0.267 0.372 0.200 0.127 0.028 0.005 0.001 125 Q 0.083 0.105 0.210 0.256 0.268 0.073 0.003 126 M 0.095 0.235 0.350 0.233 0.074 0.012 0.001 127 E 0.441 0.455 0.078 0.019 0.006 0.001 0.001 128 R 0.023 0.081 0.214 0.429 0.209 0.043 0.001 129 F 0.036 0.070 0.181 0.260 0.351 0.101 0.002 130 K 0.334 0.475 0.146 0.035 0.008 0.001 0.001 131 E 0.528 0.397 0.057 0.015 0.003 0.001 0.001 132 R 0.100 0.150 0.339 0.319 0.085 0.007 0.001 133 E 0.516 0.311 0.124 0.039 0.010 0.001 0.001 134 K 0.750 0.223 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 135 T 0.574 0.295 0.092 0.032 0.006 0.001 0.001 136 P 0.428 0.317 0.173 0.064 0.016 0.002 0.001 137 Y 0.322 0.283 0.251 0.116 0.025 0.003 0.001 138 K 0.455 0.371 0.120 0.041 0.012 0.002 0.001 139 R 0.096 0.226 0.251 0.276 0.116 0.033 0.002 140 Y 0.046 0.087 0.179 0.272 0.294 0.118 0.005 141 K 0.123 0.361 0.301 0.153 0.047 0.013 0.001 142 I 0.049 0.089 0.182 0.309 0.261 0.102 0.008 143 T 0.064 0.118 0.204 0.295 0.226 0.088 0.005 144 E 0.395 0.357 0.154 0.065 0.024 0.005 0.001 145 E 0.554 0.360 0.058 0.020 0.006 0.001 0.001 146 D 0.114 0.200 0.226 0.259 0.159 0.041 0.002 147 W 0.070 0.136 0.313 0.291 0.155 0.035 0.001 148 R 0.374 0.389 0.160 0.057 0.017 0.003 0.001 149 N 0.246 0.290 0.222 0.149 0.077 0.015 0.001 150 R 0.079 0.139 0.264 0.335 0.156 0.028 0.001 151 D 0.496 0.393 0.081 0.021 0.007 0.001 0.001 152 K 0.201 0.324 0.262 0.166 0.038 0.008 0.001 153 W 0.053 0.085 0.217 0.337 0.249 0.057 0.002 154 D 0.321 0.397 0.200 0.066 0.013 0.002 0.001 155 Q 0.203 0.385 0.250 0.123 0.032 0.006 0.001 156 Y 0.021 0.055 0.093 0.252 0.373 0.196 0.011 157 V 0.020 0.102 0.255 0.362 0.202 0.058 0.002 158 D 0.073 0.310 0.352 0.192 0.057 0.014 0.001 159 A 0.011 0.025 0.058 0.180 0.411 0.280 0.036 160 V 0.013 0.065 0.134 0.283 0.316 0.172 0.016 161 G 0.084 0.270 0.315 0.205 0.087 0.036 0.004 162 D 0.058 0.177 0.319 0.310 0.106 0.028 0.003 163 M 0.019 0.044 0.072 0.156 0.340 0.325 0.044 164 V 0.026 0.051 0.104 0.221 0.331 0.233 0.034 165 D 0.136 0.356 0.280 0.143 0.060 0.024 0.002 166 R 0.060 0.148 0.259 0.291 0.173 0.062 0.006 167 T 0.052 0.069 0.103 0.186 0.309 0.248 0.033 168 S 0.152 0.221 0.275 0.223 0.097 0.030 0.003 169 T 0.372 0.339 0.174 0.079 0.027 0.009 0.001 170 E 0.282 0.321 0.192 0.132 0.056 0.016 0.001 171 I 0.075 0.150 0.216 0.266 0.200 0.085 0.008 172 A 0.070 0.197 0.246 0.252 0.168 0.061 0.006 173 P 0.032 0.153 0.249 0.273 0.197 0.086 0.011 174 W 0.005 0.014 0.029 0.093 0.317 0.457 0.085 175 T 0.003 0.031 0.112 0.282 0.303 0.242 0.027 176 L 0.003 0.009 0.024 0.059 0.160 0.499 0.246 177 V 0.002 0.009 0.028 0.080 0.229 0.475 0.176 178 E 0.035 0.134 0.218 0.289 0.204 0.100 0.020 179 A 0.018 0.056 0.127 0.252 0.297 0.223 0.027 180 N 0.196 0.318 0.211 0.146 0.097 0.030 0.002 181 D 0.227 0.272 0.210 0.168 0.086 0.033 0.003 182 K 0.277 0.279 0.219 0.135 0.067 0.020 0.002 183 R 0.247 0.273 0.223 0.154 0.072 0.028 0.003 184 F 0.158 0.208 0.258 0.219 0.117 0.037 0.004 185 A 0.155 0.239 0.210 0.187 0.147 0.056 0.006 186 R 0.040 0.108 0.158 0.239 0.242 0.186 0.027 187 V 0.028 0.062 0.145 0.259 0.294 0.190 0.022 188 K 0.063 0.225 0.314 0.239 0.119 0.034 0.004 189 V 0.006 0.016 0.037 0.099 0.268 0.437 0.137 190 L 0.004 0.016 0.040 0.112 0.298 0.443 0.088 191 R 0.047 0.238 0.310 0.241 0.113 0.046 0.005 192 T 0.014 0.078 0.255 0.358 0.227 0.059 0.009 193 I 0.001 0.004 0.007 0.023 0.172 0.647 0.144 194 N 0.007 0.050 0.181 0.416 0.254 0.086 0.006 195 D 0.150 0.477 0.232 0.101 0.030 0.010 0.001 196 A 0.023 0.095 0.258 0.392 0.189 0.042 0.002 197 I 0.018 0.025 0.054 0.151 0.449 0.290 0.013 198 E 0.139 0.366 0.298 0.142 0.047 0.008 0.001 199 A 0.429 0.385 0.127 0.046 0.011 0.002 0.001 200 A 0.266 0.277 0.248 0.158 0.044 0.007 0.001 201 Y 0.279 0.201 0.245 0.186 0.077 0.012 0.001 202 K 0.728 0.213 0.044 0.011 0.003 0.001 0.001 203 K 0.793 0.169 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 204 D 0.738 0.165 0.063 0.027 0.007 0.001 0.001 205 K 0.794 0.160 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001