# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.106 0.049 0.010 0.019 0.032 0.040 0.075 0.010 0.005 0.048 0.607 2 R 0.107 0.027 0.010 0.012 0.028 0.041 0.092 0.010 0.005 0.048 0.620 3 F 0.137 0.007 0.014 0.011 0.029 0.038 0.116 0.007 0.006 0.056 0.579 4 R 0.092 0.003 0.003 0.011 0.017 0.025 0.123 0.003 0.001 0.032 0.691 5 Q 0.024 0.002 0.001 0.017 0.012 0.022 0.187 0.001 0.001 0.032 0.703 6 H 0.002 0.001 0.001 0.059 0.032 0.047 0.291 0.001 0.001 0.064 0.503 7 S 0.001 0.001 0.001 0.328 0.050 0.129 0.151 0.001 0.001 0.132 0.208 8 L 0.001 0.001 0.001 0.564 0.075 0.156 0.025 0.001 0.001 0.142 0.038 9 V 0.001 0.001 0.001 0.721 0.056 0.063 0.006 0.001 0.001 0.139 0.014 10 A 0.001 0.001 0.001 0.888 0.032 0.037 0.002 0.001 0.001 0.037 0.004 11 V 0.001 0.001 0.001 0.851 0.036 0.042 0.005 0.001 0.001 0.049 0.016 12 F 0.002 0.001 0.001 0.710 0.085 0.076 0.022 0.001 0.001 0.042 0.062 13 E 0.012 0.006 0.001 0.295 0.048 0.065 0.159 0.001 0.001 0.041 0.372 14 G 0.089 0.027 0.003 0.077 0.026 0.039 0.150 0.005 0.001 0.101 0.482 15 N 0.194 0.025 0.005 0.023 0.015 0.014 0.147 0.008 0.002 0.078 0.488 16 D 0.227 0.062 0.003 0.012 0.007 0.009 0.078 0.007 0.001 0.054 0.539 17 A 0.120 0.053 0.002 0.010 0.007 0.009 0.100 0.007 0.001 0.049 0.643 18 A 0.024 0.182 0.002 0.012 0.014 0.016 0.133 0.003 0.001 0.051 0.561 19 G 0.018 0.504 0.002 0.013 0.028 0.036 0.045 0.006 0.001 0.063 0.285 20 K 0.006 0.933 0.001 0.002 0.008 0.006 0.010 0.001 0.001 0.008 0.026 21 G 0.005 0.882 0.001 0.003 0.009 0.011 0.005 0.002 0.001 0.053 0.029 22 G 0.003 0.921 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.050 0.012 23 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 24 I 0.013 0.124 0.002 0.002 0.005 0.005 0.004 0.004 0.002 0.815 0.024 25 R 0.009 0.745 0.021 0.002 0.004 0.003 0.010 0.002 0.012 0.167 0.026 26 R 0.063 0.753 0.025 0.003 0.005 0.003 0.011 0.004 0.013 0.048 0.072 27 V 0.197 0.431 0.071 0.003 0.004 0.008 0.022 0.034 0.032 0.059 0.138 28 T 0.442 0.059 0.014 0.004 0.003 0.009 0.044 0.021 0.016 0.051 0.337 29 D 0.088 0.019 0.008 0.012 0.007 0.010 0.121 0.005 0.005 0.036 0.690 30 A 0.010 0.008 0.005 0.015 0.006 0.006 0.191 0.002 0.003 0.023 0.733 31 L 0.044 0.007 0.014 0.015 0.010 0.014 0.177 0.010 0.006 0.040 0.661 32 D 0.531 0.012 0.004 0.008 0.006 0.009 0.094 0.011 0.002 0.029 0.293 33 P 0.144 0.004 0.001 0.022 0.007 0.011 0.082 0.002 0.001 0.022 0.705 34 R 0.017 0.004 0.001 0.097 0.015 0.030 0.181 0.001 0.001 0.022 0.631 35 Q 0.007 0.001 0.001 0.117 0.037 0.183 0.089 0.001 0.001 0.025 0.540 36 Y 0.004 0.001 0.001 0.151 0.142 0.112 0.136 0.001 0.001 0.030 0.424 37 H 0.003 0.001 0.001 0.257 0.167 0.303 0.045 0.001 0.001 0.019 0.205 38 I 0.004 0.001 0.001 0.138 0.142 0.108 0.088 0.001 0.001 0.024 0.493 39 V 0.021 0.003 0.001 0.277 0.146 0.229 0.050 0.001 0.001 0.034 0.239 40 P 0.019 0.002 0.001 0.089 0.065 0.137 0.068 0.001 0.001 0.066 0.554 41 I 0.033 0.003 0.001 0.110 0.087 0.136 0.064 0.002 0.001 0.063 0.501 42 A 0.022 0.001 0.001 0.062 0.038 0.051 0.074 0.001 0.001 0.043 0.708 43 A 0.016 0.004 0.001 0.050 0.029 0.038 0.153 0.001 0.001 0.033 0.677 44 P 0.020 0.018 0.001 0.010 0.010 0.012 0.140 0.001 0.001 0.013 0.776 45 T 0.305 0.239 0.001 0.007 0.013 0.017 0.061 0.007 0.001 0.029 0.321 46 E 0.225 0.236 0.001 0.007 0.012 0.021 0.053 0.007 0.001 0.034 0.403 47 E 0.134 0.219 0.003 0.011 0.021 0.038 0.064 0.006 0.001 0.063 0.442 48 E 0.123 0.044 0.004 0.014 0.036 0.062 0.096 0.007 0.002 0.118 0.493 49 R 0.042 0.056 0.005 0.014 0.040 0.041 0.147 0.004 0.002 0.060 0.589 50 A 0.046 0.193 0.003 0.011 0.051 0.044 0.077 0.006 0.001 0.024 0.544 51 Q 0.110 0.341 0.002 0.010 0.056 0.060 0.053 0.012 0.001 0.038 0.318 52 P 0.065 0.349 0.003 0.018 0.034 0.057 0.069 0.007 0.001 0.065 0.332 53 Y 0.042 0.420 0.008 0.027 0.031 0.046 0.080 0.008 0.002 0.065 0.270 54 L 0.079 0.588 0.007 0.018 0.021 0.027 0.043 0.014 0.003 0.036 0.164 55 W 0.170 0.439 0.006 0.018 0.027 0.032 0.031 0.015 0.004 0.056 0.201 56 R 0.105 0.296 0.011 0.016 0.034 0.033 0.047 0.014 0.005 0.078 0.360 57 F 0.163 0.237 0.011 0.011 0.018 0.025 0.047 0.025 0.006 0.066 0.391 58 W 0.288 0.084 0.006 0.016 0.017 0.023 0.061 0.021 0.005 0.073 0.404 59 R 0.032 0.041 0.003 0.029 0.022 0.026 0.103 0.004 0.002 0.034 0.703 60 H 0.012 0.081 0.003 0.014 0.013 0.015 0.131 0.004 0.001 0.028 0.699 61 I 0.156 0.158 0.009 0.010 0.016 0.016 0.090 0.027 0.006 0.101 0.410 62 P 0.350 0.216 0.006 0.005 0.004 0.005 0.038 0.013 0.005 0.054 0.305 63 A 0.131 0.257 0.003 0.007 0.004 0.005 0.041 0.006 0.002 0.036 0.507 64 R 0.041 0.038 0.002 0.012 0.007 0.015 0.101 0.007 0.002 0.325 0.450 65 R 0.026 0.155 0.011 0.034 0.023 0.028 0.150 0.004 0.003 0.231 0.335 66 Q 0.024 0.256 0.009 0.071 0.061 0.064 0.093 0.006 0.002 0.085 0.329 67 F 0.023 0.222 0.010 0.070 0.107 0.128 0.052 0.013 0.002 0.085 0.288 68 T 0.042 0.201 0.005 0.095 0.105 0.183 0.056 0.008 0.002 0.102 0.200 69 I 0.026 0.069 0.007 0.132 0.086 0.114 0.094 0.006 0.002 0.255 0.209 70 F 0.025 0.105 0.023 0.163 0.107 0.076 0.093 0.008 0.007 0.130 0.264 71 D 0.143 0.187 0.015 0.066 0.055 0.075 0.071 0.022 0.008 0.078 0.281 72 R 0.127 0.173 0.011 0.037 0.045 0.046 0.067 0.017 0.004 0.058 0.413 73 S 0.082 0.169 0.009 0.039 0.041 0.059 0.090 0.011 0.005 0.084 0.410 74 W 0.107 0.141 0.013 0.033 0.030 0.049 0.088 0.014 0.005 0.097 0.422 75 Y 0.058 0.147 0.011 0.024 0.035 0.027 0.077 0.012 0.004 0.053 0.551 76 G 0.055 0.269 0.004 0.019 0.035 0.046 0.073 0.010 0.002 0.042 0.446 77 R 0.023 0.337 0.003 0.021 0.048 0.057 0.059 0.005 0.001 0.059 0.385 78 V 0.017 0.500 0.007 0.024 0.068 0.062 0.046 0.006 0.002 0.060 0.208 79 L 0.035 0.700 0.008 0.013 0.029 0.047 0.019 0.011 0.003 0.033 0.103 80 V 0.066 0.637 0.006 0.014 0.030 0.032 0.021 0.009 0.003 0.038 0.142 81 E 0.038 0.400 0.011 0.029 0.048 0.063 0.044 0.008 0.006 0.089 0.263 82 R 0.066 0.273 0.020 0.020 0.031 0.046 0.071 0.013 0.011 0.130 0.319 83 I 0.239 0.200 0.033 0.013 0.024 0.026 0.054 0.033 0.018 0.071 0.288 84 E 0.365 0.080 0.008 0.010 0.012 0.016 0.046 0.018 0.005 0.038 0.401 85 G 0.092 0.036 0.003 0.016 0.010 0.017 0.074 0.008 0.003 0.042 0.701 86 F 0.022 0.037 0.004 0.019 0.012 0.014 0.157 0.005 0.002 0.030 0.698 87 C 0.054 0.107 0.005 0.016 0.011 0.014 0.130 0.011 0.003 0.048 0.602 88 A 0.190 0.233 0.005 0.014 0.012 0.010 0.073 0.018 0.003 0.054 0.388 89 P 0.081 0.401 0.005 0.011 0.008 0.008 0.055 0.010 0.002 0.033 0.387 90 A 0.120 0.526 0.004 0.011 0.005 0.009 0.036 0.012 0.002 0.044 0.230 91 D 0.095 0.482 0.008 0.018 0.010 0.013 0.046 0.017 0.004 0.078 0.229 92 W 0.050 0.559 0.006 0.015 0.011 0.014 0.053 0.008 0.002 0.040 0.241 93 L 0.058 0.522 0.008 0.016 0.014 0.018 0.036 0.013 0.004 0.068 0.243 94 R 0.061 0.462 0.019 0.013 0.018 0.013 0.047 0.019 0.009 0.069 0.271 95 A 0.089 0.719 0.004 0.003 0.003 0.004 0.016 0.012 0.003 0.020 0.126 96 Y 0.232 0.275 0.003 0.007 0.005 0.005 0.032 0.018 0.003 0.172 0.248 97 G 0.020 0.514 0.010 0.009 0.006 0.005 0.050 0.006 0.005 0.088 0.288 98 E 0.031 0.831 0.004 0.003 0.002 0.003 0.011 0.006 0.002 0.018 0.090 99 I 0.065 0.775 0.003 0.002 0.002 0.002 0.013 0.011 0.002 0.034 0.091 100 N 0.017 0.822 0.004 0.002 0.002 0.002 0.012 0.004 0.002 0.037 0.096 101 D 0.024 0.860 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.003 0.032 0.060 102 F 0.041 0.881 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.003 0.018 0.038 103 E 0.118 0.400 0.010 0.005 0.003 0.005 0.033 0.020 0.010 0.200 0.197 104 E 0.061 0.473 0.020 0.009 0.005 0.008 0.041 0.006 0.012 0.089 0.275 105 Q 0.065 0.159 0.034 0.016 0.012 0.010 0.078 0.009 0.013 0.113 0.490 106 L 0.199 0.018 0.083 0.015 0.010 0.021 0.074 0.029 0.037 0.133 0.382 107 S 0.494 0.007 0.007 0.005 0.003 0.005 0.064 0.007 0.005 0.018 0.385 108 E 0.085 0.002 0.001 0.010 0.005 0.007 0.077 0.002 0.001 0.012 0.799 109 Y 0.004 0.001 0.001 0.012 0.004 0.005 0.217 0.001 0.001 0.014 0.742 110 G 0.009 0.002 0.001 0.054 0.023 0.068 0.159 0.001 0.001 0.055 0.628 111 I 0.005 0.001 0.001 0.083 0.046 0.048 0.209 0.001 0.001 0.059 0.547 112 I 0.002 0.002 0.001 0.414 0.088 0.140 0.073 0.001 0.001 0.053 0.229 113 V 0.001 0.001 0.001 0.468 0.092 0.190 0.058 0.001 0.001 0.065 0.127 114 V 0.001 0.001 0.001 0.721 0.084 0.134 0.011 0.001 0.001 0.028 0.021 115 K 0.001 0.001 0.001 0.618 0.114 0.179 0.006 0.001 0.001 0.053 0.029 116 F 0.001 0.001 0.001 0.531 0.148 0.206 0.016 0.001 0.001 0.062 0.035 117 W 0.002 0.002 0.001 0.454 0.138 0.188 0.018 0.001 0.001 0.129 0.068 118 L 0.010 0.004 0.001 0.347 0.158 0.122 0.025 0.001 0.001 0.158 0.173 119 A 0.010 0.013 0.001 0.256 0.060 0.065 0.118 0.001 0.001 0.084 0.390 120 I 0.006 0.018 0.001 0.030 0.011 0.013 0.157 0.002 0.001 0.186 0.576 121 D 0.065 0.625 0.002 0.006 0.005 0.003 0.034 0.007 0.002 0.107 0.144 122 K 0.073 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.013 0.042 123 Q 0.034 0.722 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.005 0.001 0.091 0.131 124 T 0.016 0.915 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.021 0.031 125 Q 0.011 0.956 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.018 126 M 0.018 0.934 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.016 0.019 127 E 0.031 0.820 0.009 0.001 0.002 0.002 0.010 0.005 0.004 0.050 0.067 128 R 0.076 0.697 0.022 0.001 0.001 0.002 0.020 0.007 0.010 0.074 0.089 129 F 0.314 0.325 0.033 0.004 0.003 0.004 0.028 0.016 0.019 0.074 0.179 130 K 0.238 0.057 0.011 0.005 0.003 0.006 0.065 0.011 0.009 0.068 0.527 131 E 0.111 0.013 0.003 0.006 0.004 0.006 0.044 0.008 0.003 0.049 0.751 132 R 0.042 0.003 0.001 0.008 0.004 0.003 0.086 0.002 0.001 0.039 0.811 133 E 0.010 0.006 0.001 0.012 0.003 0.004 0.146 0.001 0.001 0.017 0.799 134 K 0.010 0.015 0.001 0.008 0.003 0.004 0.111 0.002 0.001 0.017 0.829 135 T 0.201 0.279 0.001 0.012 0.007 0.008 0.081 0.008 0.001 0.047 0.354 136 P 0.148 0.381 0.001 0.010 0.004 0.007 0.047 0.005 0.001 0.043 0.354 137 Y 0.075 0.331 0.002 0.020 0.007 0.015 0.052 0.004 0.001 0.067 0.425 138 K 0.077 0.309 0.004 0.023 0.014 0.031 0.050 0.006 0.001 0.071 0.414 139 R 0.049 0.051 0.002 0.015 0.026 0.035 0.071 0.008 0.001 0.279 0.463 140 Y 0.048 0.088 0.005 0.042 0.056 0.041 0.110 0.005 0.002 0.171 0.432 141 K 0.041 0.164 0.003 0.042 0.029 0.030 0.113 0.003 0.001 0.060 0.515 142 I 0.025 0.233 0.003 0.012 0.011 0.014 0.074 0.007 0.001 0.061 0.560 143 T 0.064 0.782 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 0.007 0.001 0.023 0.101 144 E 0.067 0.853 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.022 0.045 145 E 0.044 0.342 0.003 0.004 0.003 0.003 0.031 0.009 0.002 0.387 0.172 146 D 0.037 0.741 0.012 0.003 0.002 0.002 0.019 0.006 0.006 0.098 0.073 147 W 0.116 0.687 0.012 0.003 0.002 0.002 0.014 0.009 0.006 0.049 0.099 148 R 0.039 0.725 0.009 0.003 0.003 0.003 0.017 0.007 0.004 0.027 0.164 149 N 0.023 0.819 0.003 0.001 0.001 0.002 0.015 0.004 0.002 0.019 0.111 150 R 0.026 0.831 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.002 0.039 0.075 151 D 0.024 0.860 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.003 0.041 0.051 152 K 0.011 0.930 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.013 0.035 153 W 0.008 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.013 154 D 0.010 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.033 0.019 155 Q 0.002 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 156 Y 0.004 0.973 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.008 157 V 0.017 0.891 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.033 0.029 158 D 0.033 0.769 0.017 0.002 0.002 0.002 0.013 0.007 0.013 0.072 0.069 159 A 0.065 0.676 0.019 0.003 0.002 0.002 0.021 0.009 0.012 0.072 0.118 160 V 0.175 0.415 0.016 0.008 0.002 0.004 0.038 0.018 0.016 0.114 0.195 161 G 0.059 0.344 0.006 0.005 0.002 0.003 0.063 0.008 0.007 0.057 0.447 162 D 0.034 0.527 0.003 0.005 0.002 0.002 0.030 0.006 0.003 0.058 0.329 163 M 0.081 0.097 0.003 0.006 0.002 0.003 0.033 0.013 0.003 0.569 0.189 164 V 0.049 0.106 0.008 0.017 0.004 0.004 0.065 0.006 0.005 0.458 0.278 165 D 0.060 0.043 0.004 0.031 0.005 0.006 0.073 0.005 0.003 0.404 0.366 166 R 0.060 0.065 0.015 0.047 0.014 0.012 0.082 0.006 0.007 0.185 0.508 167 T 0.093 0.052 0.009 0.028 0.013 0.021 0.138 0.008 0.005 0.061 0.572 168 S 0.136 0.038 0.006 0.016 0.010 0.020 0.105 0.009 0.003 0.054 0.602 169 T 0.123 0.013 0.004 0.019 0.016 0.019 0.120 0.005 0.002 0.065 0.613 170 E 0.034 0.010 0.005 0.021 0.013 0.020 0.169 0.003 0.002 0.049 0.675 171 I 0.025 0.005 0.002 0.021 0.016 0.020 0.130 0.002 0.001 0.074 0.704 172 A 0.028 0.007 0.002 0.040 0.035 0.038 0.232 0.002 0.001 0.102 0.514 173 P 0.009 0.008 0.001 0.115 0.068 0.147 0.134 0.001 0.001 0.060 0.458 174 W 0.003 0.005 0.001 0.206 0.134 0.216 0.068 0.001 0.001 0.046 0.321 175 T 0.002 0.002 0.001 0.301 0.163 0.400 0.025 0.001 0.001 0.024 0.081 176 L 0.002 0.001 0.001 0.260 0.160 0.235 0.070 0.001 0.001 0.074 0.197 177 V 0.005 0.005 0.001 0.305 0.289 0.166 0.045 0.001 0.001 0.041 0.141 178 E 0.093 0.015 0.002 0.143 0.114 0.161 0.072 0.004 0.001 0.054 0.341 179 A 0.124 0.019 0.002 0.042 0.047 0.058 0.061 0.005 0.001 0.041 0.598 180 N 0.059 0.061 0.001 0.015 0.019 0.028 0.107 0.003 0.001 0.021 0.686 181 D 0.053 0.400 0.001 0.007 0.012 0.021 0.051 0.004 0.001 0.027 0.423 182 K 0.031 0.564 0.002 0.004 0.018 0.017 0.038 0.006 0.001 0.040 0.281 183 R 0.011 0.872 0.001 0.002 0.008 0.010 0.011 0.002 0.001 0.025 0.058 184 F 0.006 0.934 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.001 0.001 0.018 0.025 185 A 0.002 0.935 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.034 0.016 186 R 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 187 V 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 188 K 0.002 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.890 0.006 189 V 0.001 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 190 L 0.017 0.637 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.312 0.022 191 R 0.004 0.909 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.065 0.013 192 T 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 193 I 0.004 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 194 N 0.010 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.018 0.012 195 D 0.009 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.020 0.016 196 A 0.012 0.937 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.016 0.018 197 I 0.062 0.818 0.018 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.014 0.031 0.040 198 E 0.148 0.653 0.014 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.013 0.034 0.111 199 A 0.166 0.307 0.013 0.005 0.003 0.004 0.043 0.011 0.010 0.079 0.358 200 A 0.111 0.062 0.015 0.008 0.004 0.007 0.094 0.012 0.010 0.130 0.547 201 Y 0.234 0.012 0.010 0.008 0.004 0.007 0.086 0.008 0.008 0.077 0.546 202 K 0.121 0.002 0.002 0.006 0.003 0.004 0.067 0.002 0.001 0.017 0.774 203 K 0.024 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.065 0.001 0.001 0.008 0.892 204 D 0.019 0.001 0.001 0.006 0.004 0.006 0.121 0.001 0.001 0.018 0.824 205 K 0.016 0.004 0.001 0.013 0.008 0.012 0.134 0.001 0.001 0.022 0.790