# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.157 0.093 0.010 0.015 0.016 0.059 0.074 0.575 2 R 0.166 0.050 0.014 0.009 0.013 0.060 0.056 0.632 3 F 0.223 0.012 0.015 0.009 0.008 0.079 0.065 0.589 4 R 0.084 0.005 0.013 0.005 0.006 0.083 0.023 0.782 5 Q 0.020 0.003 0.017 0.002 0.004 0.114 0.017 0.823 6 H 0.003 0.005 0.090 0.010 0.012 0.166 0.036 0.676 7 S 0.001 0.005 0.623 0.027 0.045 0.072 0.058 0.169 8 L 0.001 0.002 0.820 0.042 0.048 0.015 0.018 0.054 9 V 0.001 0.001 0.948 0.016 0.018 0.003 0.004 0.010 10 A 0.001 0.001 0.966 0.011 0.011 0.001 0.006 0.004 11 V 0.002 0.001 0.910 0.015 0.028 0.006 0.013 0.025 12 F 0.004 0.002 0.821 0.032 0.048 0.018 0.027 0.047 13 E 0.010 0.002 0.601 0.028 0.068 0.055 0.027 0.209 14 G 0.083 0.009 0.211 0.027 0.053 0.167 0.081 0.369 15 N 0.079 0.011 0.063 0.010 0.015 0.213 0.086 0.522 16 D 0.188 0.049 0.031 0.008 0.014 0.141 0.105 0.465 17 A 0.163 0.083 0.011 0.005 0.008 0.126 0.090 0.514 18 A 0.017 0.066 0.024 0.007 0.012 0.163 0.099 0.611 19 G 0.020 0.324 0.014 0.011 0.023 0.092 0.184 0.333 20 K 0.025 0.737 0.004 0.013 0.012 0.031 0.062 0.115 21 G 0.023 0.800 0.004 0.010 0.012 0.020 0.037 0.093 22 G 0.007 0.871 0.004 0.008 0.014 0.010 0.048 0.037 23 A 0.018 0.872 0.005 0.002 0.009 0.005 0.077 0.012 24 I 0.027 0.338 0.006 0.013 0.009 0.016 0.559 0.031 25 R 0.013 0.717 0.007 0.023 0.010 0.023 0.116 0.092 26 R 0.083 0.681 0.011 0.005 0.011 0.021 0.039 0.148 27 V 0.106 0.639 0.020 0.016 0.005 0.032 0.068 0.116 28 T 0.368 0.185 0.010 0.004 0.006 0.046 0.060 0.322 29 D 0.234 0.016 0.007 0.004 0.006 0.061 0.031 0.641 30 A 0.004 0.008 0.018 0.004 0.014 0.137 0.022 0.794 31 L 0.009 0.004 0.048 0.012 0.013 0.147 0.024 0.743 32 D 0.771 0.008 0.003 0.002 0.002 0.022 0.063 0.129 33 P 0.085 0.002 0.015 0.003 0.003 0.086 0.023 0.784 34 R 0.009 0.001 0.151 0.002 0.016 0.100 0.026 0.695 35 Q 0.010 0.001 0.128 0.032 0.034 0.162 0.047 0.585 36 Y 0.004 0.001 0.058 0.021 0.034 0.107 0.012 0.765 37 H 0.002 0.001 0.456 0.127 0.149 0.059 0.059 0.147 38 I 0.002 0.001 0.044 0.026 0.031 0.064 0.010 0.823 39 V 0.012 0.001 0.355 0.178 0.171 0.062 0.045 0.175 40 P 0.067 0.002 0.072 0.063 0.086 0.106 0.030 0.575 41 I 0.019 0.003 0.124 0.063 0.105 0.112 0.065 0.510 42 A 0.028 0.003 0.086 0.025 0.047 0.141 0.039 0.630 43 A 0.024 0.009 0.020 0.038 0.051 0.149 0.050 0.659 44 P 0.022 0.015 0.010 0.009 0.011 0.114 0.025 0.794 45 T 0.232 0.185 0.007 0.014 0.014 0.068 0.103 0.378 46 E 0.161 0.273 0.009 0.009 0.010 0.074 0.080 0.384 47 E 0.142 0.177 0.015 0.012 0.020 0.062 0.102 0.470 48 E 0.233 0.073 0.011 0.019 0.031 0.072 0.130 0.430 49 R 0.055 0.104 0.014 0.019 0.037 0.097 0.037 0.638 50 A 0.062 0.214 0.011 0.010 0.028 0.084 0.029 0.562 51 Q 0.131 0.609 0.003 0.017 0.016 0.031 0.062 0.130 52 P 0.098 0.324 0.011 0.027 0.030 0.064 0.085 0.361 53 Y 0.083 0.367 0.030 0.026 0.079 0.046 0.104 0.264 54 L 0.097 0.395 0.031 0.037 0.040 0.053 0.090 0.257 55 W 0.244 0.246 0.018 0.040 0.033 0.057 0.057 0.304 56 R 0.169 0.193 0.024 0.030 0.046 0.056 0.084 0.397 57 F 0.251 0.152 0.026 0.017 0.027 0.055 0.041 0.432 58 W 0.355 0.034 0.017 0.013 0.020 0.063 0.121 0.377 59 R 0.008 0.023 0.022 0.025 0.029 0.118 0.021 0.754 60 H 0.036 0.051 0.018 0.009 0.025 0.099 0.022 0.740 61 I 0.115 0.120 0.022 0.042 0.015 0.109 0.115 0.462 62 P 0.266 0.152 0.019 0.010 0.015 0.071 0.080 0.386 63 A 0.194 0.196 0.025 0.004 0.013 0.056 0.083 0.430 64 R 0.017 0.035 0.050 0.011 0.014 0.112 0.322 0.439 65 R 0.008 0.261 0.074 0.076 0.063 0.105 0.155 0.257 66 Q 0.066 0.405 0.070 0.028 0.070 0.049 0.110 0.202 67 F 0.021 0.287 0.081 0.093 0.072 0.070 0.138 0.238 68 T 0.028 0.298 0.116 0.059 0.154 0.065 0.107 0.172 69 I 0.025 0.060 0.142 0.072 0.106 0.097 0.254 0.243 70 F 0.029 0.144 0.121 0.122 0.075 0.080 0.234 0.196 71 D 0.289 0.280 0.023 0.019 0.028 0.050 0.107 0.203 72 R 0.142 0.128 0.017 0.020 0.015 0.116 0.094 0.469 73 S 0.066 0.159 0.014 0.015 0.020 0.112 0.065 0.549 74 W 0.158 0.141 0.015 0.011 0.021 0.097 0.060 0.496 75 Y 0.126 0.260 0.012 0.017 0.018 0.086 0.066 0.414 76 G 0.044 0.279 0.010 0.014 0.026 0.099 0.039 0.489 77 R 0.040 0.416 0.013 0.028 0.046 0.077 0.063 0.316 78 V 0.025 0.535 0.020 0.040 0.070 0.044 0.072 0.193 79 L 0.032 0.686 0.026 0.035 0.043 0.021 0.080 0.076 80 V 0.039 0.641 0.018 0.058 0.045 0.021 0.088 0.089 81 E 0.053 0.481 0.047 0.072 0.065 0.028 0.090 0.165 82 R 0.130 0.277 0.041 0.057 0.083 0.042 0.060 0.309 83 I 0.217 0.231 0.064 0.042 0.053 0.059 0.077 0.256 84 E 0.223 0.087 0.024 0.019 0.026 0.059 0.047 0.515 85 G 0.203 0.039 0.014 0.010 0.022 0.071 0.045 0.595 86 F 0.017 0.035 0.035 0.016 0.026 0.127 0.034 0.709 87 C 0.049 0.059 0.034 0.011 0.018 0.112 0.035 0.682 88 A 0.243 0.265 0.011 0.011 0.008 0.060 0.102 0.299 89 P 0.126 0.201 0.017 0.008 0.008 0.077 0.072 0.491 90 A 0.107 0.291 0.023 0.007 0.013 0.056 0.074 0.429 91 D 0.074 0.453 0.026 0.009 0.015 0.053 0.061 0.310 92 W 0.109 0.557 0.013 0.011 0.016 0.032 0.062 0.200 93 L 0.141 0.380 0.014 0.019 0.020 0.052 0.129 0.245 94 R 0.065 0.426 0.026 0.015 0.030 0.053 0.082 0.304 95 A 0.083 0.753 0.006 0.004 0.008 0.017 0.022 0.107 96 Y 0.260 0.382 0.006 0.007 0.005 0.035 0.171 0.134 97 G 0.011 0.458 0.018 0.013 0.008 0.054 0.195 0.243 98 E 0.041 0.810 0.005 0.001 0.003 0.012 0.035 0.093 99 I 0.031 0.905 0.001 0.002 0.001 0.005 0.033 0.021 100 N 0.007 0.866 0.004 0.003 0.002 0.011 0.033 0.075 101 D 0.019 0.874 0.005 0.001 0.003 0.006 0.057 0.036 102 F 0.024 0.880 0.008 0.002 0.002 0.005 0.063 0.015 103 E 0.122 0.288 0.018 0.008 0.007 0.039 0.348 0.170 104 E 0.044 0.250 0.012 0.009 0.007 0.073 0.101 0.503 105 Q 0.066 0.123 0.069 0.006 0.013 0.102 0.103 0.518 106 L 0.231 0.034 0.055 0.012 0.004 0.096 0.162 0.407 107 S 0.493 0.011 0.003 0.001 0.001 0.034 0.023 0.432 108 E 0.065 0.004 0.011 0.001 0.002 0.069 0.013 0.836 109 Y 0.004 0.003 0.028 0.003 0.005 0.139 0.014 0.806 110 G 0.010 0.008 0.033 0.015 0.018 0.157 0.035 0.723 111 I 0.018 0.012 0.138 0.052 0.050 0.137 0.077 0.515 112 I 0.009 0.010 0.459 0.058 0.108 0.059 0.071 0.226 113 V 0.004 0.004 0.521 0.048 0.116 0.052 0.048 0.207 114 V 0.002 0.004 0.582 0.118 0.163 0.028 0.036 0.068 115 K 0.003 0.004 0.380 0.159 0.261 0.027 0.043 0.124 116 F 0.004 0.004 0.609 0.177 0.114 0.019 0.035 0.038 117 W 0.006 0.004 0.483 0.066 0.163 0.038 0.063 0.176 118 L 0.009 0.005 0.452 0.122 0.120 0.060 0.020 0.211 119 A 0.022 0.007 0.123 0.038 0.097 0.169 0.063 0.482 120 I 0.003 0.005 0.133 0.008 0.012 0.122 0.037 0.680 121 D 0.082 0.773 0.003 0.001 0.001 0.014 0.085 0.041 122 K 0.037 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.013 123 Q 0.005 0.829 0.001 0.001 0.001 0.008 0.103 0.052 124 T 0.005 0.874 0.003 0.001 0.001 0.006 0.088 0.023 125 Q 0.007 0.954 0.002 0.001 0.001 0.002 0.027 0.007 126 M 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.007 127 E 0.005 0.932 0.001 0.001 0.002 0.004 0.029 0.027 128 R 0.020 0.783 0.010 0.005 0.008 0.012 0.092 0.070 129 F 0.271 0.291 0.042 0.022 0.013 0.030 0.232 0.097 130 K 0.303 0.085 0.029 0.013 0.014 0.049 0.113 0.394 131 E 0.125 0.012 0.011 0.004 0.004 0.052 0.017 0.774 132 R 0.274 0.009 0.016 0.004 0.008 0.071 0.052 0.568 133 E 0.006 0.003 0.019 0.004 0.006 0.141 0.012 0.809 134 K 0.008 0.004 0.002 0.002 0.002 0.075 0.004 0.903 135 T 0.237 0.095 0.010 0.020 0.011 0.096 0.119 0.413 136 P 0.170 0.119 0.015 0.009 0.008 0.070 0.045 0.563 137 Y 0.167 0.135 0.022 0.009 0.023 0.069 0.064 0.510 138 K 0.084 0.196 0.053 0.032 0.050 0.073 0.100 0.413 139 R 0.028 0.060 0.085 0.049 0.102 0.082 0.242 0.352 140 Y 0.020 0.192 0.058 0.118 0.088 0.073 0.168 0.283 141 K 0.075 0.203 0.040 0.045 0.053 0.074 0.092 0.418 142 I 0.035 0.376 0.018 0.025 0.020 0.060 0.051 0.415 143 T 0.043 0.745 0.008 0.006 0.009 0.022 0.065 0.103 144 E 0.061 0.797 0.006 0.002 0.003 0.014 0.065 0.054 145 E 0.032 0.339 0.014 0.005 0.006 0.044 0.396 0.165 146 D 0.020 0.709 0.010 0.006 0.005 0.029 0.101 0.119 147 W 0.189 0.382 0.020 0.005 0.004 0.040 0.227 0.133 148 R 0.050 0.475 0.013 0.005 0.003 0.053 0.087 0.315 149 N 0.045 0.601 0.005 0.001 0.002 0.035 0.036 0.275 150 R 0.071 0.653 0.004 0.003 0.001 0.032 0.058 0.178 151 D 0.025 0.728 0.005 0.001 0.002 0.027 0.059 0.154 152 K 0.019 0.866 0.002 0.001 0.001 0.010 0.035 0.065 153 W 0.021 0.917 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.018 154 D 0.007 0.895 0.004 0.002 0.001 0.008 0.044 0.038 155 Q 0.004 0.946 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 0.025 156 Y 0.003 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 157 V 0.009 0.868 0.008 0.003 0.001 0.004 0.095 0.011 158 D 0.036 0.789 0.006 0.003 0.002 0.006 0.104 0.054 159 A 0.088 0.718 0.014 0.002 0.002 0.011 0.080 0.086 160 V 0.087 0.655 0.011 0.003 0.003 0.022 0.056 0.162 161 G 0.071 0.598 0.006 0.002 0.003 0.036 0.033 0.251 162 D 0.044 0.629 0.008 0.002 0.004 0.034 0.040 0.238 163 M 0.071 0.135 0.039 0.006 0.007 0.068 0.503 0.171 164 V 0.071 0.210 0.034 0.008 0.007 0.080 0.353 0.236 165 D 0.040 0.042 0.042 0.004 0.005 0.110 0.180 0.577 166 R 0.024 0.061 0.046 0.011 0.005 0.128 0.080 0.645 167 T 0.066 0.048 0.055 0.006 0.006 0.129 0.069 0.621 168 S 0.165 0.033 0.040 0.006 0.005 0.083 0.049 0.620 169 T 0.169 0.004 0.018 0.003 0.007 0.086 0.066 0.647 170 E 0.015 0.003 0.046 0.006 0.010 0.136 0.027 0.756 171 I 0.012 0.001 0.022 0.004 0.009 0.134 0.016 0.802 172 A 0.038 0.011 0.077 0.033 0.039 0.167 0.085 0.550 173 P 0.005 0.005 0.174 0.032 0.065 0.156 0.050 0.514 174 W 0.001 0.002 0.274 0.052 0.123 0.092 0.036 0.420 175 T 0.001 0.005 0.560 0.145 0.175 0.022 0.033 0.060 176 L 0.002 0.002 0.529 0.153 0.135 0.030 0.041 0.107 177 V 0.003 0.004 0.497 0.175 0.130 0.028 0.073 0.091 178 E 0.093 0.021 0.247 0.079 0.147 0.065 0.095 0.254 179 A 0.160 0.040 0.087 0.039 0.042 0.125 0.082 0.425 180 N 0.038 0.088 0.010 0.012 0.014 0.122 0.041 0.676 181 D 0.090 0.366 0.006 0.008 0.013 0.077 0.081 0.358 182 K 0.041 0.579 0.007 0.009 0.007 0.029 0.180 0.149 183 R 0.023 0.775 0.002 0.004 0.006 0.013 0.080 0.096 184 F 0.011 0.893 0.002 0.005 0.003 0.006 0.053 0.027 185 A 0.002 0.954 0.001 0.002 0.004 0.003 0.015 0.017 186 R 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 187 V 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 188 K 0.003 0.259 0.006 0.003 0.002 0.005 0.714 0.008 189 V 0.002 0.938 0.002 0.001 0.001 0.002 0.048 0.007 190 L 0.005 0.869 0.006 0.001 0.001 0.003 0.109 0.007 191 R 0.002 0.863 0.008 0.003 0.001 0.005 0.106 0.013 192 T 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.016 193 I 0.005 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 194 N 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.008 195 D 0.005 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.014 196 A 0.021 0.875 0.004 0.001 0.001 0.006 0.062 0.031 197 I 0.088 0.735 0.007 0.003 0.002 0.011 0.111 0.043 198 E 0.155 0.478 0.007 0.003 0.004 0.034 0.061 0.259 199 A 0.150 0.195 0.018 0.006 0.010 0.058 0.051 0.511 200 A 0.218 0.070 0.026 0.010 0.015 0.067 0.088 0.505 201 Y 0.174 0.013 0.025 0.011 0.012 0.077 0.058 0.630 202 K 0.154 0.004 0.011 0.005 0.007 0.053 0.021 0.745 203 K 0.066 0.002 0.009 0.004 0.005 0.073 0.011 0.830 204 D 0.019 0.002 0.008 0.004 0.005 0.097 0.008 0.858 205 K 0.034 0.004 0.017 0.014 0.021 0.121 0.026 0.763