# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.059 0.075 0.004 0.013 0.015 0.030 0.151 0.002 0.001 0.005 0.646 2 R 0.068 0.081 0.003 0.009 0.013 0.025 0.093 0.003 0.001 0.003 0.703 3 F 0.204 0.118 0.005 0.013 0.019 0.045 0.056 0.007 0.001 0.003 0.529 4 R 0.167 0.166 0.009 0.021 0.022 0.045 0.100 0.013 0.001 0.004 0.453 5 Q 0.322 0.095 0.013 0.019 0.019 0.029 0.053 0.016 0.001 0.004 0.430 6 H 0.353 0.040 0.037 0.053 0.027 0.035 0.043 0.011 0.001 0.007 0.394 7 S 0.281 0.005 0.018 0.084 0.055 0.076 0.074 0.004 0.001 0.006 0.396 8 L 0.039 0.001 0.013 0.603 0.044 0.042 0.071 0.001 0.001 0.002 0.186 9 V 0.003 0.001 0.001 0.722 0.063 0.099 0.023 0.001 0.001 0.001 0.089 10 A 0.001 0.001 0.001 0.893 0.042 0.036 0.008 0.001 0.001 0.001 0.020 11 V 0.001 0.001 0.001 0.925 0.011 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.035 12 F 0.001 0.001 0.001 0.939 0.016 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 13 E 0.001 0.001 0.001 0.806 0.019 0.034 0.026 0.001 0.001 0.001 0.114 14 G 0.002 0.001 0.001 0.535 0.051 0.068 0.067 0.001 0.001 0.003 0.273 15 N 0.003 0.001 0.001 0.134 0.041 0.060 0.155 0.001 0.001 0.004 0.601 16 D 0.008 0.001 0.001 0.084 0.034 0.058 0.181 0.001 0.001 0.006 0.626 17 A 0.013 0.002 0.001 0.043 0.013 0.016 0.271 0.001 0.001 0.010 0.631 18 A 0.042 0.014 0.002 0.018 0.016 0.023 0.446 0.001 0.001 0.051 0.386 19 G 0.182 0.018 0.008 0.013 0.015 0.025 0.270 0.001 0.001 0.085 0.383 20 K 0.162 0.117 0.019 0.015 0.016 0.022 0.286 0.002 0.001 0.011 0.351 21 G 0.014 0.070 0.002 0.014 0.013 0.026 0.198 0.001 0.001 0.002 0.660 22 G 0.098 0.108 0.006 0.017 0.066 0.087 0.138 0.002 0.001 0.005 0.473 23 A 0.038 0.561 0.009 0.014 0.021 0.023 0.096 0.002 0.001 0.001 0.235 24 I 0.009 0.621 0.003 0.023 0.049 0.098 0.047 0.002 0.001 0.001 0.147 25 R 0.010 0.762 0.003 0.010 0.023 0.051 0.033 0.002 0.001 0.001 0.107 26 R 0.010 0.882 0.001 0.006 0.006 0.011 0.017 0.002 0.001 0.001 0.065 27 V 0.015 0.910 0.002 0.003 0.004 0.013 0.004 0.004 0.001 0.001 0.045 28 T 0.013 0.949 0.003 0.001 0.003 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 0.016 29 D 0.046 0.876 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 0.039 30 A 0.252 0.571 0.014 0.002 0.002 0.004 0.002 0.104 0.001 0.001 0.049 31 L 0.386 0.342 0.076 0.002 0.002 0.005 0.004 0.111 0.001 0.001 0.070 32 D 0.106 0.122 0.052 0.010 0.022 0.017 0.063 0.052 0.001 0.001 0.555 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 34 R 0.030 0.015 0.012 0.024 0.021 0.060 0.371 0.001 0.001 0.012 0.452 35 Q 0.639 0.006 0.006 0.015 0.007 0.007 0.114 0.001 0.001 0.026 0.178 36 Y 0.253 0.026 0.044 0.117 0.053 0.071 0.047 0.002 0.001 0.005 0.381 37 H 0.009 0.002 0.003 0.305 0.112 0.083 0.111 0.001 0.001 0.001 0.374 38 I 0.007 0.001 0.001 0.090 0.047 0.115 0.015 0.001 0.001 0.001 0.724 39 V 0.007 0.002 0.001 0.384 0.238 0.215 0.026 0.001 0.001 0.001 0.126 40 P 0.001 0.001 0.001 0.045 0.021 0.050 0.013 0.001 0.001 0.001 0.870 41 I 0.006 0.001 0.002 0.264 0.177 0.276 0.035 0.001 0.001 0.002 0.236 42 A 0.018 0.002 0.002 0.088 0.066 0.150 0.086 0.001 0.001 0.009 0.579 43 A 0.021 0.001 0.001 0.060 0.094 0.082 0.093 0.001 0.001 0.004 0.645 44 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.977 45 T 0.015 0.001 0.001 0.029 0.029 0.059 0.211 0.001 0.001 0.003 0.652 46 E 0.053 0.005 0.001 0.005 0.003 0.005 0.091 0.001 0.001 0.011 0.826 47 E 0.025 0.015 0.001 0.007 0.008 0.020 0.329 0.001 0.001 0.016 0.579 48 E 0.294 0.022 0.004 0.007 0.015 0.026 0.295 0.001 0.001 0.028 0.309 49 R 0.222 0.330 0.011 0.009 0.018 0.022 0.122 0.004 0.001 0.007 0.255 50 A 0.092 0.569 0.020 0.011 0.017 0.032 0.040 0.010 0.001 0.004 0.205 51 Q 0.181 0.264 0.010 0.019 0.028 0.058 0.042 0.008 0.001 0.003 0.386 52 P 0.008 0.005 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.971 53 Y 0.096 0.078 0.010 0.020 0.029 0.040 0.135 0.002 0.001 0.001 0.588 54 L 0.143 0.202 0.007 0.015 0.017 0.030 0.086 0.004 0.001 0.003 0.492 55 W 0.093 0.392 0.010 0.021 0.028 0.082 0.047 0.005 0.001 0.002 0.321 56 R 0.073 0.358 0.011 0.028 0.012 0.034 0.060 0.005 0.001 0.003 0.417 57 F 0.151 0.388 0.004 0.018 0.016 0.029 0.046 0.008 0.001 0.002 0.339 58 W 0.170 0.401 0.008 0.016 0.013 0.029 0.021 0.011 0.001 0.002 0.329 59 R 0.126 0.383 0.015 0.025 0.016 0.042 0.042 0.018 0.001 0.002 0.329 60 H 0.260 0.214 0.027 0.013 0.006 0.011 0.038 0.034 0.001 0.004 0.394 61 I 0.445 0.149 0.044 0.008 0.012 0.017 0.018 0.019 0.001 0.002 0.285 62 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.992 63 A 0.015 0.005 0.003 0.007 0.005 0.012 0.081 0.001 0.001 0.001 0.872 64 R 0.179 0.049 0.004 0.013 0.007 0.013 0.143 0.002 0.001 0.011 0.580 65 R 0.307 0.109 0.010 0.012 0.014 0.019 0.087 0.002 0.001 0.009 0.431 66 Q 0.146 0.147 0.015 0.032 0.018 0.024 0.123 0.002 0.001 0.004 0.490 67 F 0.079 0.260 0.006 0.067 0.044 0.072 0.079 0.002 0.001 0.002 0.388 68 T 0.035 0.413 0.005 0.107 0.092 0.137 0.051 0.003 0.001 0.001 0.156 69 I 0.023 0.446 0.005 0.090 0.087 0.138 0.042 0.004 0.001 0.001 0.164 70 F 0.031 0.454 0.006 0.096 0.078 0.120 0.033 0.007 0.001 0.001 0.174 71 D 0.039 0.528 0.012 0.064 0.072 0.120 0.024 0.010 0.001 0.002 0.129 72 R 0.036 0.496 0.008 0.038 0.045 0.109 0.034 0.008 0.001 0.003 0.224 73 S 0.082 0.297 0.011 0.038 0.032 0.078 0.132 0.011 0.001 0.005 0.315 74 W 0.229 0.364 0.020 0.014 0.014 0.022 0.073 0.014 0.001 0.005 0.244 75 Y 0.133 0.499 0.037 0.012 0.014 0.022 0.056 0.014 0.001 0.003 0.210 76 G 0.116 0.302 0.031 0.016 0.017 0.029 0.068 0.013 0.001 0.004 0.405 77 R 0.136 0.235 0.018 0.013 0.020 0.025 0.066 0.009 0.001 0.003 0.473 78 V 0.062 0.198 0.011 0.013 0.021 0.026 0.083 0.004 0.001 0.002 0.581 79 L 0.026 0.296 0.008 0.017 0.030 0.051 0.131 0.003 0.001 0.002 0.436 80 V 0.027 0.418 0.008 0.030 0.038 0.092 0.077 0.003 0.001 0.002 0.305 81 E 0.028 0.535 0.004 0.024 0.025 0.047 0.057 0.003 0.001 0.002 0.275 82 R 0.050 0.650 0.005 0.012 0.014 0.022 0.038 0.005 0.001 0.001 0.202 83 I 0.050 0.802 0.006 0.007 0.008 0.020 0.012 0.008 0.001 0.001 0.087 84 E 0.069 0.730 0.009 0.009 0.014 0.034 0.015 0.013 0.001 0.001 0.106 85 G 0.124 0.315 0.007 0.009 0.008 0.014 0.019 0.022 0.001 0.001 0.482 86 F 0.412 0.253 0.042 0.007 0.010 0.012 0.021 0.031 0.001 0.002 0.211 87 C 0.284 0.186 0.072 0.013 0.008 0.014 0.037 0.031 0.001 0.003 0.352 88 A 0.118 0.108 0.053 0.014 0.039 0.034 0.103 0.013 0.001 0.003 0.514 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 90 A 0.036 0.024 0.005 0.021 0.020 0.057 0.144 0.001 0.001 0.002 0.690 91 D 0.181 0.072 0.005 0.022 0.008 0.012 0.194 0.002 0.001 0.010 0.495 92 W 0.097 0.311 0.005 0.033 0.020 0.027 0.102 0.003 0.001 0.004 0.397 93 L 0.134 0.294 0.016 0.036 0.022 0.049 0.081 0.006 0.001 0.007 0.354 94 R 0.082 0.550 0.008 0.027 0.013 0.024 0.077 0.005 0.001 0.004 0.210 95 A 0.071 0.473 0.004 0.012 0.011 0.020 0.084 0.007 0.001 0.002 0.317 96 Y 0.161 0.454 0.007 0.010 0.006 0.018 0.028 0.008 0.001 0.003 0.305 97 G 0.086 0.295 0.012 0.006 0.004 0.011 0.084 0.006 0.001 0.003 0.492 98 E 0.195 0.320 0.016 0.003 0.001 0.002 0.204 0.006 0.001 0.002 0.251 99 I 0.112 0.628 0.013 0.003 0.002 0.004 0.019 0.006 0.001 0.001 0.213 100 N 0.021 0.579 0.005 0.003 0.004 0.008 0.030 0.004 0.001 0.001 0.347 101 D 0.030 0.636 0.002 0.002 0.001 0.001 0.052 0.004 0.001 0.001 0.272 102 F 0.037 0.840 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.100 103 E 0.009 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.037 104 E 0.010 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.062 105 Q 0.048 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.039 106 L 0.036 0.917 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.017 107 S 0.021 0.854 0.023 0.001 0.001 0.002 0.005 0.036 0.001 0.001 0.057 108 E 0.096 0.647 0.012 0.002 0.002 0.003 0.007 0.053 0.001 0.001 0.177 109 Y 0.343 0.340 0.037 0.005 0.004 0.004 0.019 0.062 0.001 0.004 0.181 110 G 0.566 0.048 0.055 0.007 0.008 0.008 0.036 0.034 0.001 0.006 0.232 111 I 0.105 0.011 0.515 0.065 0.022 0.021 0.042 0.005 0.001 0.005 0.210 112 I 0.011 0.001 0.003 0.213 0.183 0.196 0.046 0.001 0.001 0.001 0.344 113 V 0.006 0.001 0.002 0.331 0.105 0.144 0.040 0.001 0.001 0.001 0.371 114 V 0.002 0.001 0.001 0.794 0.052 0.105 0.010 0.001 0.001 0.001 0.037 115 K 0.001 0.001 0.001 0.690 0.047 0.097 0.037 0.001 0.001 0.001 0.127 116 F 0.001 0.001 0.001 0.867 0.044 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 0.034 117 W 0.001 0.001 0.001 0.578 0.064 0.091 0.031 0.001 0.001 0.001 0.234 118 L 0.003 0.001 0.001 0.386 0.175 0.153 0.079 0.001 0.001 0.003 0.198 119 A 0.002 0.001 0.001 0.114 0.047 0.062 0.145 0.001 0.001 0.003 0.626 120 I 0.006 0.002 0.002 0.070 0.044 0.067 0.222 0.001 0.001 0.004 0.583 121 D 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.491 0.001 0.001 0.002 0.490 122 K 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 0.002 0.913 123 Q 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.652 0.001 0.001 0.008 0.324 124 T 0.118 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.656 0.001 0.001 0.007 0.150 125 Q 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.015 126 M 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 127 E 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 128 R 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 129 F 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 130 K 0.005 0.975 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 131 E 0.021 0.929 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.014 132 R 0.123 0.765 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.066 0.001 0.001 0.028 133 E 0.205 0.514 0.085 0.002 0.002 0.002 0.007 0.090 0.001 0.001 0.092 134 K 0.133 0.233 0.231 0.007 0.003 0.005 0.039 0.057 0.001 0.002 0.290 135 T 0.115 0.147 0.102 0.009 0.017 0.009 0.131 0.022 0.001 0.005 0.444 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.994 137 Y 0.011 0.024 0.007 0.013 0.014 0.056 0.330 0.001 0.001 0.004 0.542 138 K 0.224 0.057 0.003 0.007 0.008 0.012 0.218 0.001 0.001 0.016 0.455 139 R 0.173 0.422 0.007 0.012 0.009 0.011 0.069 0.003 0.001 0.003 0.292 140 Y 0.117 0.552 0.016 0.024 0.026 0.032 0.038 0.007 0.001 0.003 0.185 141 K 0.088 0.448 0.005 0.020 0.021 0.039 0.029 0.011 0.001 0.002 0.338 142 I 0.104 0.480 0.009 0.036 0.028 0.047 0.037 0.017 0.001 0.002 0.239 143 T 0.089 0.336 0.008 0.012 0.026 0.036 0.073 0.015 0.001 0.003 0.403 144 E 0.041 0.102 0.009 0.004 0.005 0.015 0.038 0.003 0.001 0.002 0.782 145 E 0.031 0.099 0.008 0.008 0.003 0.013 0.205 0.001 0.001 0.005 0.627 146 D 0.299 0.148 0.004 0.004 0.002 0.004 0.241 0.003 0.001 0.005 0.291 147 W 0.246 0.594 0.008 0.002 0.001 0.002 0.019 0.005 0.001 0.001 0.123 148 R 0.044 0.738 0.010 0.003 0.002 0.004 0.028 0.006 0.001 0.001 0.165 149 N 0.101 0.659 0.004 0.002 0.001 0.002 0.026 0.012 0.001 0.001 0.192 150 R 0.173 0.611 0.005 0.003 0.001 0.003 0.010 0.014 0.001 0.001 0.180 151 D 0.048 0.544 0.008 0.002 0.001 0.002 0.037 0.010 0.001 0.001 0.348 152 K 0.052 0.613 0.020 0.002 0.001 0.001 0.080 0.008 0.001 0.001 0.223 153 W 0.061 0.716 0.006 0.002 0.001 0.001 0.027 0.006 0.001 0.001 0.179 154 D 0.025 0.671 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.278 155 Q 0.024 0.745 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.195 156 Y 0.028 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.065 157 V 0.005 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.021 158 D 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.020 159 A 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.021 160 V 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 161 G 0.026 0.916 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.033 162 D 0.089 0.745 0.022 0.002 0.001 0.001 0.008 0.029 0.001 0.001 0.102 163 M 0.157 0.688 0.020 0.002 0.001 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 0.098 164 V 0.094 0.561 0.021 0.007 0.004 0.007 0.025 0.020 0.001 0.001 0.258 165 D 0.126 0.375 0.027 0.012 0.011 0.022 0.040 0.027 0.001 0.003 0.356 166 R 0.217 0.403 0.029 0.016 0.005 0.011 0.038 0.022 0.001 0.004 0.255 167 T 0.187 0.455 0.017 0.017 0.009 0.015 0.071 0.022 0.001 0.004 0.202 168 S 0.157 0.264 0.021 0.028 0.015 0.026 0.078 0.021 0.001 0.007 0.382 169 T 0.134 0.174 0.033 0.041 0.023 0.045 0.089 0.015 0.001 0.013 0.433 170 E 0.074 0.040 0.009 0.016 0.008 0.013 0.217 0.005 0.001 0.007 0.612 171 I 0.294 0.041 0.067 0.026 0.020 0.037 0.138 0.009 0.001 0.019 0.348 172 A 0.235 0.018 0.032 0.042 0.057 0.051 0.113 0.004 0.001 0.008 0.439 173 P 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.971 174 W 0.015 0.001 0.001 0.165 0.049 0.088 0.045 0.001 0.001 0.001 0.636 175 T 0.033 0.002 0.001 0.422 0.190 0.157 0.065 0.001 0.001 0.003 0.127 176 L 0.007 0.002 0.001 0.363 0.110 0.195 0.039 0.001 0.001 0.001 0.281 177 V 0.002 0.001 0.001 0.630 0.144 0.150 0.016 0.001 0.001 0.001 0.055 178 E 0.002 0.002 0.001 0.231 0.120 0.227 0.046 0.001 0.001 0.001 0.370 179 A 0.005 0.004 0.001 0.297 0.089 0.231 0.079 0.001 0.001 0.002 0.291 180 N 0.011 0.003 0.001 0.087 0.023 0.070 0.337 0.001 0.001 0.007 0.460 181 D 0.162 0.009 0.004 0.022 0.010 0.015 0.187 0.001 0.001 0.021 0.569 182 K 0.035 0.018 0.004 0.006 0.003 0.005 0.285 0.001 0.001 0.007 0.636 183 R 0.032 0.027 0.002 0.003 0.004 0.008 0.535 0.001 0.001 0.005 0.384 184 F 0.070 0.165 0.003 0.003 0.007 0.013 0.192 0.001 0.001 0.005 0.541 185 A 0.027 0.560 0.005 0.002 0.007 0.010 0.109 0.001 0.001 0.001 0.277 186 R 0.013 0.803 0.002 0.001 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 0.001 0.128 187 V 0.009 0.910 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.061 188 K 0.003 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.037 189 V 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.021 190 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 191 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 192 T 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 193 I 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 194 N 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 195 D 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 196 A 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 197 I 0.004 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 198 E 0.003 0.985 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 199 A 0.010 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.014 200 A 0.039 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.012 201 Y 0.056 0.863 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.027 202 K 0.064 0.719 0.103 0.001 0.001 0.002 0.006 0.049 0.001 0.001 0.053 203 K 0.120 0.436 0.028 0.004 0.004 0.005 0.022 0.047 0.001 0.001 0.333 204 D 0.184 0.156 0.025 0.006 0.007 0.008 0.018 0.023 0.001 0.002 0.572 205 K 0.144 0.089 0.040 0.014 0.013 0.016 0.089 0.012 0.001 0.006 0.577