# TARGET T0419 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0419.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.056 0.067 0.018 0.026 0.039 0.070 0.009 0.715 2 R 0.075 0.083 0.015 0.029 0.043 0.092 0.012 0.651 3 F 0.133 0.182 0.032 0.048 0.077 0.052 0.016 0.461 4 R 0.121 0.195 0.035 0.055 0.070 0.103 0.016 0.405 5 Q 0.179 0.097 0.029 0.033 0.040 0.096 0.022 0.504 6 H 0.254 0.054 0.081 0.040 0.049 0.055 0.035 0.432 7 S 0.156 0.016 0.215 0.069 0.063 0.094 0.023 0.365 8 L 0.035 0.004 0.509 0.109 0.110 0.040 0.005 0.187 9 V 0.006 0.001 0.793 0.060 0.071 0.020 0.001 0.049 10 A 0.001 0.001 0.829 0.074 0.069 0.008 0.001 0.019 11 V 0.001 0.001 0.930 0.019 0.031 0.004 0.001 0.015 12 F 0.001 0.001 0.906 0.029 0.039 0.009 0.001 0.017 13 E 0.001 0.001 0.740 0.050 0.076 0.039 0.001 0.094 14 G 0.004 0.001 0.408 0.079 0.157 0.103 0.002 0.247 15 N 0.008 0.001 0.077 0.016 0.041 0.183 0.003 0.671 16 D 0.021 0.001 0.024 0.012 0.020 0.178 0.010 0.734 17 A 0.141 0.002 0.010 0.005 0.008 0.119 0.020 0.695 18 A 0.141 0.013 0.014 0.010 0.013 0.433 0.017 0.359 19 G 0.233 0.036 0.023 0.020 0.041 0.195 0.024 0.428 20 K 0.097 0.068 0.031 0.025 0.053 0.138 0.008 0.581 21 G 0.019 0.068 0.020 0.018 0.035 0.095 0.003 0.743 22 G 0.031 0.064 0.007 0.010 0.020 0.190 0.003 0.675 23 A 0.043 0.308 0.011 0.008 0.018 0.228 0.003 0.381 24 I 0.019 0.717 0.010 0.006 0.016 0.046 0.002 0.183 25 R 0.008 0.888 0.005 0.002 0.005 0.017 0.001 0.074 26 R 0.005 0.952 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.030 27 V 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 28 T 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 29 D 0.037 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 30 A 0.264 0.576 0.002 0.001 0.001 0.002 0.122 0.031 31 L 0.332 0.345 0.017 0.003 0.003 0.010 0.172 0.119 32 D 0.128 0.209 0.076 0.035 0.013 0.105 0.076 0.358 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 34 R 0.066 0.020 0.087 0.026 0.014 0.342 0.022 0.423 35 Q 0.824 0.003 0.012 0.007 0.003 0.024 0.018 0.112 36 Y 0.074 0.021 0.469 0.066 0.049 0.040 0.004 0.277 37 H 0.017 0.004 0.268 0.156 0.125 0.084 0.002 0.344 38 I 0.006 0.001 0.096 0.038 0.116 0.006 0.001 0.736 39 V 0.008 0.001 0.332 0.208 0.273 0.077 0.001 0.100 40 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 41 I 0.006 0.001 0.100 0.130 0.394 0.055 0.001 0.314 42 A 0.019 0.001 0.036 0.043 0.095 0.024 0.001 0.781 43 A 0.023 0.001 0.022 0.041 0.098 0.025 0.002 0.787 44 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.989 45 T 0.048 0.003 0.020 0.051 0.114 0.140 0.005 0.619 46 E 0.030 0.001 0.003 0.003 0.006 0.025 0.002 0.931 47 E 0.065 0.009 0.007 0.010 0.019 0.265 0.007 0.618 48 E 0.249 0.025 0.009 0.012 0.017 0.207 0.014 0.466 49 R 0.168 0.160 0.023 0.028 0.046 0.146 0.013 0.414 50 A 0.101 0.264 0.037 0.022 0.075 0.061 0.016 0.424 51 Q 0.155 0.163 0.042 0.028 0.056 0.067 0.017 0.472 52 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 53 Y 0.036 0.052 0.026 0.050 0.086 0.118 0.006 0.625 54 L 0.218 0.205 0.055 0.042 0.063 0.099 0.009 0.309 55 W 0.119 0.399 0.034 0.032 0.067 0.036 0.007 0.305 56 R 0.070 0.410 0.043 0.025 0.043 0.056 0.007 0.345 57 F 0.093 0.277 0.023 0.014 0.027 0.063 0.016 0.487 58 W 0.125 0.445 0.034 0.027 0.051 0.027 0.020 0.270 59 R 0.084 0.475 0.047 0.040 0.036 0.083 0.023 0.213 60 H 0.238 0.231 0.024 0.016 0.029 0.031 0.039 0.391 61 I 0.245 0.240 0.106 0.021 0.034 0.045 0.027 0.282 62 P 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.987 63 A 0.007 0.009 0.008 0.005 0.012 0.028 0.002 0.929 64 R 0.141 0.067 0.045 0.019 0.027 0.147 0.017 0.537 65 R 0.423 0.062 0.025 0.017 0.020 0.076 0.029 0.349 66 Q 0.201 0.181 0.111 0.045 0.050 0.092 0.021 0.298 67 F 0.072 0.127 0.128 0.105 0.140 0.062 0.011 0.355 68 T 0.044 0.138 0.141 0.225 0.249 0.043 0.007 0.153 69 I 0.033 0.125 0.130 0.215 0.328 0.028 0.007 0.134 70 F 0.030 0.138 0.175 0.200 0.259 0.058 0.006 0.135 71 D 0.018 0.103 0.077 0.201 0.290 0.053 0.008 0.250 72 R 0.037 0.108 0.077 0.094 0.192 0.083 0.013 0.397 73 S 0.053 0.095 0.035 0.056 0.079 0.326 0.025 0.331 74 W 0.255 0.115 0.021 0.024 0.033 0.140 0.046 0.366 75 Y 0.084 0.319 0.051 0.034 0.063 0.116 0.021 0.312 76 G 0.134 0.209 0.035 0.037 0.069 0.108 0.035 0.373 77 R 0.224 0.199 0.033 0.034 0.043 0.077 0.024 0.366 78 V 0.060 0.145 0.026 0.028 0.041 0.054 0.011 0.635 79 L 0.038 0.208 0.043 0.075 0.134 0.090 0.008 0.404 80 V 0.033 0.237 0.049 0.084 0.139 0.047 0.004 0.408 81 E 0.027 0.379 0.040 0.083 0.106 0.066 0.004 0.294 82 R 0.040 0.446 0.029 0.030 0.068 0.050 0.005 0.331 83 I 0.038 0.755 0.036 0.019 0.061 0.010 0.005 0.077 84 E 0.030 0.741 0.023 0.026 0.055 0.011 0.007 0.106 85 G 0.076 0.416 0.010 0.010 0.019 0.023 0.022 0.424 86 F 0.362 0.304 0.018 0.009 0.016 0.023 0.083 0.184 87 C 0.343 0.239 0.057 0.014 0.025 0.019 0.065 0.238 88 A 0.072 0.102 0.073 0.037 0.026 0.170 0.018 0.502 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 90 A 0.097 0.036 0.068 0.026 0.043 0.160 0.010 0.560 91 D 0.220 0.049 0.032 0.018 0.011 0.134 0.007 0.528 92 W 0.090 0.194 0.047 0.017 0.034 0.093 0.007 0.519 93 L 0.167 0.208 0.045 0.013 0.029 0.098 0.012 0.428 94 R 0.120 0.260 0.046 0.027 0.036 0.082 0.009 0.419 95 A 0.066 0.411 0.028 0.007 0.017 0.123 0.015 0.333 96 Y 0.113 0.499 0.021 0.006 0.013 0.030 0.016 0.302 97 G 0.051 0.443 0.021 0.006 0.008 0.117 0.010 0.344 98 E 0.116 0.338 0.008 0.003 0.004 0.197 0.016 0.318 99 I 0.092 0.746 0.019 0.003 0.007 0.016 0.008 0.108 100 N 0.023 0.756 0.009 0.003 0.003 0.067 0.004 0.134 101 D 0.039 0.718 0.004 0.001 0.001 0.025 0.006 0.205 102 F 0.039 0.898 0.010 0.001 0.001 0.006 0.004 0.041 103 E 0.018 0.870 0.003 0.002 0.002 0.026 0.005 0.075 104 E 0.029 0.892 0.004 0.001 0.001 0.016 0.007 0.050 105 Q 0.131 0.792 0.008 0.001 0.001 0.004 0.025 0.038 106 L 0.100 0.809 0.025 0.003 0.003 0.003 0.017 0.040 107 S 0.044 0.702 0.020 0.009 0.008 0.020 0.024 0.174 108 E 0.157 0.389 0.011 0.007 0.006 0.040 0.049 0.341 109 Y 0.276 0.163 0.026 0.005 0.004 0.058 0.158 0.309 110 G 0.580 0.036 0.042 0.013 0.006 0.025 0.128 0.169 111 I 0.113 0.022 0.350 0.041 0.023 0.125 0.012 0.314 112 I 0.012 0.003 0.075 0.100 0.080 0.027 0.001 0.702 113 V 0.020 0.003 0.174 0.125 0.280 0.058 0.002 0.339 114 V 0.016 0.002 0.284 0.265 0.297 0.022 0.001 0.114 115 K 0.003 0.001 0.580 0.124 0.238 0.010 0.001 0.043 116 F 0.003 0.001 0.673 0.121 0.141 0.008 0.001 0.053 117 W 0.001 0.001 0.678 0.085 0.161 0.009 0.001 0.065 118 L 0.002 0.001 0.602 0.116 0.176 0.028 0.001 0.076 119 A 0.003 0.001 0.309 0.084 0.172 0.063 0.002 0.367 120 I 0.015 0.001 0.179 0.034 0.088 0.151 0.003 0.527 121 D 0.014 0.002 0.019 0.009 0.015 0.313 0.003 0.626 122 K 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.001 0.966 123 Q 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.489 0.001 0.491 124 T 0.015 0.019 0.001 0.001 0.001 0.893 0.001 0.072 125 Q 0.065 0.859 0.002 0.001 0.001 0.017 0.002 0.053 126 M 0.008 0.975 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 127 E 0.006 0.955 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.029 128 R 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 129 F 0.016 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 130 K 0.016 0.945 0.013 0.001 0.001 0.002 0.009 0.013 131 E 0.068 0.808 0.006 0.003 0.002 0.010 0.031 0.073 132 R 0.179 0.665 0.009 0.002 0.002 0.008 0.065 0.069 133 E 0.291 0.287 0.046 0.009 0.005 0.019 0.107 0.236 134 K 0.128 0.135 0.113 0.018 0.016 0.074 0.055 0.460 135 T 0.166 0.051 0.072 0.030 0.019 0.197 0.017 0.447 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 137 Y 0.014 0.014 0.025 0.020 0.046 0.268 0.003 0.611 138 K 0.285 0.026 0.013 0.019 0.017 0.270 0.005 0.366 139 R 0.233 0.197 0.017 0.018 0.038 0.099 0.010 0.388 140 Y 0.119 0.388 0.095 0.044 0.073 0.035 0.007 0.239 141 K 0.069 0.311 0.051 0.051 0.067 0.057 0.009 0.384 142 I 0.061 0.227 0.021 0.023 0.053 0.032 0.007 0.577 143 T 0.069 0.327 0.029 0.022 0.051 0.162 0.018 0.321 144 E 0.059 0.111 0.013 0.006 0.010 0.062 0.013 0.728 145 E 0.034 0.125 0.014 0.004 0.006 0.241 0.012 0.565 146 D 0.102 0.186 0.008 0.002 0.002 0.334 0.014 0.352 147 W 0.127 0.592 0.011 0.001 0.003 0.033 0.013 0.221 148 R 0.043 0.688 0.009 0.001 0.002 0.109 0.007 0.141 149 N 0.101 0.678 0.003 0.001 0.001 0.095 0.015 0.106 150 R 0.149 0.774 0.007 0.001 0.001 0.004 0.011 0.053 151 D 0.023 0.781 0.014 0.001 0.001 0.026 0.008 0.145 152 K 0.058 0.644 0.006 0.001 0.002 0.064 0.015 0.210 153 W 0.050 0.850 0.007 0.001 0.002 0.012 0.006 0.072 154 D 0.029 0.834 0.006 0.001 0.001 0.028 0.007 0.095 155 Q 0.032 0.820 0.005 0.001 0.001 0.024 0.007 0.110 156 Y 0.022 0.914 0.008 0.001 0.001 0.010 0.003 0.042 157 V 0.014 0.918 0.005 0.002 0.002 0.011 0.003 0.045 158 D 0.014 0.942 0.008 0.001 0.002 0.003 0.002 0.028 159 A 0.017 0.959 0.005 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 160 V 0.015 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 161 G 0.044 0.873 0.006 0.001 0.002 0.006 0.016 0.051 162 D 0.117 0.658 0.015 0.003 0.003 0.015 0.052 0.137 163 M 0.213 0.415 0.028 0.003 0.002 0.039 0.057 0.243 164 V 0.052 0.478 0.041 0.008 0.007 0.069 0.014 0.331 165 D 0.062 0.406 0.038 0.008 0.011 0.117 0.014 0.345 166 R 0.242 0.438 0.027 0.008 0.009 0.041 0.022 0.214 167 T 0.179 0.507 0.028 0.007 0.009 0.052 0.025 0.193 168 S 0.130 0.457 0.031 0.024 0.021 0.053 0.026 0.258 169 T 0.105 0.298 0.043 0.022 0.023 0.073 0.026 0.411 170 E 0.168 0.123 0.032 0.028 0.021 0.132 0.032 0.464 171 I 0.275 0.105 0.049 0.025 0.032 0.116 0.044 0.355 172 A 0.194 0.046 0.153 0.053 0.046 0.128 0.019 0.362 173 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 174 W 0.016 0.003 0.206 0.065 0.117 0.080 0.003 0.510 175 T 0.159 0.005 0.405 0.096 0.099 0.074 0.004 0.158 176 L 0.021 0.006 0.538 0.052 0.116 0.018 0.002 0.248 177 V 0.008 0.002 0.832 0.046 0.039 0.040 0.001 0.032 178 E 0.003 0.002 0.336 0.064 0.063 0.040 0.001 0.490 179 A 0.007 0.005 0.464 0.057 0.152 0.090 0.003 0.222 180 N 0.016 0.006 0.070 0.013 0.027 0.428 0.006 0.433 181 D 0.097 0.010 0.021 0.007 0.013 0.113 0.018 0.721 182 K 0.060 0.029 0.014 0.003 0.006 0.200 0.009 0.679 183 R 0.036 0.054 0.004 0.003 0.005 0.585 0.007 0.306 184 F 0.138 0.344 0.010 0.004 0.010 0.107 0.012 0.375 185 A 0.033 0.714 0.016 0.004 0.007 0.052 0.004 0.171 186 R 0.019 0.794 0.008 0.002 0.004 0.033 0.003 0.136 187 V 0.015 0.926 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.047 188 K 0.004 0.951 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.034 189 V 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.044 190 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 191 R 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 192 T 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 193 I 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 194 N 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 195 D 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 196 A 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 197 I 0.010 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 198 E 0.011 0.964 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 199 A 0.016 0.956 0.003 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 200 A 0.049 0.892 0.003 0.001 0.001 0.004 0.023 0.028 201 Y 0.112 0.789 0.011 0.001 0.001 0.004 0.032 0.051 202 K 0.077 0.688 0.053 0.005 0.004 0.017 0.034 0.122 203 K 0.183 0.327 0.027 0.009 0.006 0.038 0.054 0.357 204 D 0.159 0.149 0.035 0.009 0.009 0.027 0.039 0.573 205 K 0.113 0.056 0.041 0.011 0.009 0.072 0.021 0.676