This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 292 NATAA K A 2 293 NATAA R A 3 294 NATAA F A 4 295 NATAA R A 5 296 NATAA Q A 6 297 NATAA H A 7 298 NATAA S A 8 299 NATAA L A 9 300 NATAA V A 10 301 NATAA A A 11 302 NATAA V A 12 303 NATAA F A 13 304 NATAA E A 14 305 NATAA G A 15 306 NATAA N A 16 307 NATAA D A 17 308 NATAA A A 18 309 NATAA A A 19 310 NATAA G A 20 311 NATAA K A 21 312 NATAA G A 22 313 NATAA G A 23 314 NATAA A A 24 315 NATAA I A 25 316 NATAA R A 26 317 NATAA R A 27 318 NATAA V A 28 319 NATAA T A 29 320 NATAA D A 30 321 NATAA A A 31 322 NATAA L A 32 323 NATAA D A 33 324 NATRO P A 34 325 NATAA R A 35 326 NATAA Q A 36 327 NATAA Y A 37 328 NATAA H A 38 329 NATAA I A 39 330 NATAA V A 40 331 NATRO P A 41 332 NATAA I A 42 333 NATAA A A 43 334 NATAA A A 44 335 NATRO P A 45 336 NATAA T A 46 337 NATAA E A 47 338 NATAA E A 48 339 NATAA E A 49 340 NATAA R A 50 341 NATAA A A 51 342 NATAA Q A 52 343 NATRO P A 53 344 NATAA Y A 54 345 NATAA L A 55 346 NATAA W A 56 347 NATAA R A 57 348 NATAA F A 58 349 NATAA W A 59 350 NATAA R A 60 351 NATAA H A 61 352 NATAA I A 62 353 NATRO P A 63 354 NATAA A A 64 355 NATAA R A 65 356 NATAA R A 66 357 NATAA Q A 67 358 NATAA F A 68 359 NATAA T A 69 360 NATAA I A 70 361 NATAA F A 71 362 NATAA D A 72 363 NATAA R A 73 364 NATAA S A 74 365 NATAA W A 75 366 NATAA Y A 76 367 NATAA G A 77 368 NATAA R A 78 369 NATAA V A 79 370 NATAA L A 80 371 NATAA V A 81 372 NATAA E A 82 373 NATAA R A 83 374 NATAA I A 84 375 NATAA E A 85 376 NATAA G A 86 377 NATAA F A 87 378 NATRO C A 88 379 NATAA A A 89 380 NATRO P A 90 381 NATAA A A 91 382 NATAA D A 92 383 NATAA W A 93 384 NATAA L A 94 385 NATAA R A 95 386 NATAA A A 96 387 NATAA Y A 97 388 NATAA G A 98 389 NATAA E A 99 390 NATAA I A 100 391 NATAA N A 101 392 NATAA D A 102 393 NATAA F A 103 394 NATAA E A 104 395 NATAA E A 105 396 NATAA Q A 106 397 NATAA L A 107 398 NATAA S A 108 399 NATAA E A 109 400 NATAA Y A 110 401 NATAA G A 111 402 NATAA I A 112 403 NATAA I A 113 404 NATAA V A 114 405 NATAA V A 115 406 NATAA K A 116 407 NATAA F A 117 408 NATAA W A 118 409 NATAA L A 119 410 NATAA A A 120 411 NATAA I A 121 412 NATAA D A 122 413 NATAA K A 123 414 NATAA Q A 124 415 NATAA T A 125 416 NATAA Q A 126 417 NATAA M A 127 418 NATAA E A 128 419 NATAA R A 129 420 NATAA F A 130 421 NATAA K A 131 422 NATAA E A 132 423 NATAA R A 133 424 NATAA E A 134 425 NATAA K A 135 426 NATAA T A 136 427 NATRO P A 137 428 NATAA Y A 138 429 NATAA K A 139 430 NATAA R A 140 431 NATAA Y A 141 432 NATAA K A 142 433 NATAA I A 143 434 NATAA T A 144 435 NATAA E A 145 436 NATAA E A 146 437 NATAA D A 147 438 NATAA W A 148 439 NATAA R A 149 440 NATAA N A 150 441 NATAA R A 151 442 NATAA D A 152 443 NATAA K A 153 444 NATAA W A 154 445 NATAA D A 155 446 NATAA Q A 156 447 NATAA Y A 157 448 NATAA V A 158 449 NATAA D A 159 450 NATAA A A 160 451 NATAA V A 161 452 NATAA G A 162 453 NATAA D A 163 454 NATAA M A 164 455 NATAA V A 165 456 NATAA D A 166 457 NATAA R A 167 458 NATAA T A 168 459 NATAA S A 169 460 NATAA T A 170 461 NATAA E A 171 462 NATAA I A 172 463 NATAA A A 173 464 NATRO P A 174 465 NATAA W A 175 466 NATAA T A 176 467 NATAA L A 177 468 NATAA V A 178 469 NATAA E A 179 470 NATAA A A 180 471 NATAA N A 181 472 NATAA D A 182 473 NATAA K A 183 474 NATAA R A 184 475 NATAA F A 185 476 NATAA A A 186 477 NATAA R A 187 478 NATAA V A 188 479 NATAA K A 189 480 NATAA V A 190 481 NATAA L A 191 482 NATAA R A 192 483 NATAA T A 193 484 NATAA I A 194 485 NATAA N A 195 486 NATAA D A 196 487 NATAA A A 197 488 NATAA I A 198 489 NATAA E A 199 490 NATAA A A 200 491 NATAA A A 201 492 NATAA Y A 202 493 NATAA K A 203 494 NATAA K A 204 495 NATAA D A 205 496 NATAA K