# TARGET T0418 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0418.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2182 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.004 0.003 0.002 0.151 0.802 2 K 0.196 0.018 0.005 0.003 0.090 0.688 3 Y 0.534 0.007 0.006 0.002 0.080 0.371 4 T 0.860 0.002 0.007 0.001 0.035 0.094 5 V 0.980 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 6 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 7 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 8 F 0.954 0.003 0.001 0.001 0.010 0.031 9 D 0.756 0.008 0.002 0.002 0.160 0.072 10 F 0.204 0.006 0.013 0.013 0.602 0.162 11 D 0.091 0.010 0.017 0.016 0.708 0.159 12 Y 0.110 0.010 0.030 0.038 0.668 0.143 13 T 0.356 0.028 0.025 0.078 0.224 0.290 14 L 0.560 0.036 0.036 0.103 0.126 0.139 15 A 0.483 0.014 0.053 0.118 0.167 0.164 16 D 0.210 0.017 0.058 0.126 0.246 0.343 17 S 0.043 0.012 0.038 0.214 0.254 0.440 18 S 0.004 0.001 0.087 0.557 0.165 0.186 19 R 0.001 0.001 0.130 0.783 0.064 0.022 20 G 0.001 0.001 0.099 0.821 0.061 0.017 21 I 0.001 0.001 0.034 0.907 0.036 0.020 22 V 0.001 0.001 0.008 0.959 0.017 0.015 23 T 0.001 0.001 0.008 0.970 0.015 0.007 24 C 0.001 0.001 0.007 0.976 0.010 0.006 25 F 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 26 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.006 0.003 27 S 0.001 0.001 0.001 0.989 0.006 0.004 28 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.002 29 L 0.001 0.001 0.003 0.980 0.012 0.003 30 E 0.001 0.001 0.010 0.963 0.018 0.007 31 R 0.001 0.001 0.011 0.953 0.019 0.017 32 H 0.001 0.001 0.006 0.894 0.020 0.079 33 G 0.001 0.001 0.001 0.020 0.046 0.932 34 Y 0.004 0.003 0.002 0.016 0.082 0.893 35 T 0.018 0.008 0.004 0.022 0.103 0.845 36 G 0.032 0.018 0.009 0.071 0.166 0.705 37 I 0.027 0.005 0.007 0.085 0.104 0.772 38 T 0.022 0.003 0.027 0.579 0.109 0.260 39 D 0.011 0.001 0.024 0.843 0.059 0.062 40 D 0.014 0.002 0.028 0.827 0.081 0.048 41 M 0.012 0.002 0.023 0.875 0.059 0.029 42 I 0.010 0.002 0.025 0.875 0.055 0.033 43 K 0.009 0.001 0.032 0.850 0.068 0.041 44 R 0.009 0.001 0.026 0.821 0.077 0.066 45 T 0.016 0.005 0.024 0.682 0.131 0.141 46 I 0.022 0.006 0.020 0.483 0.189 0.280 47 G 0.025 0.005 0.020 0.334 0.248 0.369 48 K 0.018 0.006 0.025 0.334 0.272 0.344 49 T 0.017 0.007 0.035 0.451 0.218 0.272 50 L 0.013 0.002 0.047 0.709 0.128 0.102 51 E 0.011 0.002 0.045 0.816 0.073 0.053 52 E 0.014 0.002 0.043 0.861 0.050 0.029 53 S 0.014 0.002 0.028 0.899 0.034 0.024 54 F 0.020 0.003 0.041 0.873 0.038 0.025 55 S 0.016 0.001 0.047 0.857 0.049 0.029 56 I 0.011 0.002 0.040 0.857 0.049 0.041 57 L 0.012 0.005 0.037 0.747 0.092 0.106 58 T 0.009 0.003 0.071 0.599 0.176 0.141 59 G 0.007 0.002 0.081 0.427 0.264 0.219 60 I 0.008 0.004 0.065 0.251 0.345 0.327 61 T 0.009 0.007 0.059 0.199 0.369 0.357 62 D 0.008 0.005 0.048 0.211 0.348 0.381 63 A 0.005 0.002 0.126 0.479 0.274 0.114 64 D 0.006 0.003 0.094 0.551 0.234 0.113 65 Q 0.005 0.002 0.064 0.584 0.191 0.154 66 L 0.005 0.003 0.024 0.703 0.123 0.142 67 E 0.005 0.002 0.014 0.767 0.108 0.104 68 S 0.003 0.002 0.014 0.811 0.083 0.087 69 F 0.003 0.002 0.013 0.803 0.070 0.109 70 R 0.002 0.001 0.008 0.881 0.045 0.063 71 Q 0.001 0.001 0.005 0.908 0.043 0.042 72 E 0.001 0.001 0.004 0.925 0.030 0.039 73 Y 0.002 0.001 0.006 0.893 0.033 0.065 74 S 0.001 0.001 0.004 0.925 0.027 0.041 75 K 0.001 0.001 0.003 0.940 0.025 0.030 76 E 0.002 0.001 0.003 0.941 0.025 0.029 77 A 0.003 0.001 0.005 0.926 0.029 0.037 78 D 0.003 0.001 0.009 0.907 0.040 0.041 79 I 0.004 0.001 0.011 0.880 0.055 0.048 80 Y 0.004 0.001 0.015 0.840 0.070 0.069 81 M 0.008 0.005 0.032 0.638 0.125 0.192 82 N 0.009 0.006 0.115 0.432 0.241 0.198 83 A 0.011 0.002 0.147 0.311 0.275 0.253 84 N 0.023 0.006 0.082 0.134 0.312 0.443 85 T 0.058 0.033 0.023 0.065 0.261 0.562 86 I 0.049 0.017 0.009 0.033 0.187 0.705 87 L 0.038 0.026 0.010 0.040 0.162 0.723 88 F 0.021 0.032 0.016 0.058 0.483 0.391 89 P 0.010 0.006 0.039 0.193 0.506 0.245 90 D 0.011 0.011 0.045 0.216 0.446 0.271 91 T 0.002 0.002 0.011 0.925 0.048 0.012 92 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.008 0.004 93 P 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 94 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 96 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 98 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.002 99 K 0.001 0.001 0.011 0.971 0.013 0.004 100 K 0.001 0.001 0.020 0.925 0.039 0.014 101 Q 0.002 0.001 0.018 0.724 0.105 0.151 102 G 0.002 0.001 0.001 0.004 0.087 0.906 103 I 0.040 0.001 0.001 0.001 0.113 0.845 104 R 0.373 0.005 0.002 0.001 0.093 0.526 105 I 0.967 0.004 0.001 0.001 0.007 0.022 106 G 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 107 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 108 I 0.924 0.001 0.002 0.001 0.021 0.050 109 S 0.692 0.005 0.002 0.003 0.090 0.208 110 T 0.151 0.009 0.004 0.010 0.312 0.515 111 K 0.040 0.022 0.004 0.022 0.340 0.573 112 Y 0.021 0.009 0.011 0.154 0.324 0.481 113 R 0.002 0.001 0.042 0.829 0.086 0.040 114 F 0.003 0.001 0.026 0.887 0.053 0.031 115 R 0.003 0.002 0.019 0.932 0.021 0.023 116 I 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 117 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 118 S 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.001 119 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 120 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 121 R 0.001 0.001 0.006 0.983 0.008 0.003 122 N 0.001 0.001 0.005 0.965 0.017 0.014 123 H 0.001 0.001 0.007 0.866 0.036 0.090 124 M 0.001 0.002 0.002 0.028 0.109 0.858 125 P 0.012 0.008 0.056 0.053 0.344 0.527 126 D 0.053 0.010 0.220 0.046 0.426 0.245 127 D 0.087 0.005 0.409 0.052 0.335 0.112 128 W 0.294 0.016 0.268 0.054 0.218 0.149 129 F 0.452 0.011 0.100 0.062 0.223 0.152 130 D 0.624 0.004 0.049 0.052 0.129 0.141 131 I 0.916 0.003 0.008 0.020 0.023 0.031 132 I 0.952 0.004 0.002 0.014 0.011 0.016 133 I 0.917 0.009 0.001 0.020 0.015 0.038 134 G 0.498 0.010 0.012 0.058 0.106 0.316 135 G 0.082 0.007 0.221 0.158 0.264 0.267 136 E 0.023 0.004 0.419 0.165 0.298 0.091 137 D 0.017 0.009 0.434 0.156 0.314 0.069 138 V 0.019 0.021 0.264 0.199 0.404 0.092 139 T 0.013 0.007 0.178 0.179 0.442 0.182 140 H 0.019 0.004 0.074 0.108 0.495 0.299 141 H 0.017 0.013 0.031 0.051 0.435 0.453 142 K 0.021 0.038 0.010 0.028 0.388 0.515 143 P 0.023 0.020 0.031 0.043 0.434 0.450 144 D 0.008 0.011 0.012 0.037 0.288 0.643 145 P 0.004 0.003 0.046 0.647 0.148 0.152 146 E 0.002 0.001 0.014 0.861 0.055 0.068 147 G 0.001 0.001 0.006 0.982 0.007 0.005 148 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 149 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 150 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 152 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 153 D 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.002 154 R 0.001 0.001 0.010 0.965 0.013 0.011 155 L 0.003 0.001 0.010 0.820 0.036 0.130 156 K 0.004 0.001 0.001 0.006 0.042 0.947 157 A 0.022 0.012 0.001 0.001 0.057 0.907 158 C 0.038 0.010 0.003 0.005 0.196 0.749 159 P 0.018 0.005 0.556 0.047 0.307 0.066 160 E 0.046 0.001 0.598 0.029 0.269 0.056 161 E 0.239 0.003 0.480 0.025 0.207 0.047 162 V 0.839 0.005 0.009 0.012 0.025 0.110 163 L 0.967 0.006 0.001 0.004 0.006 0.016 164 Y 0.971 0.003 0.001 0.003 0.005 0.016 165 I 0.846 0.002 0.006 0.009 0.049 0.089 166 G 0.268 0.014 0.012 0.019 0.236 0.451 167 D 0.046 0.013 0.006 0.013 0.336 0.587 168 S 0.011 0.022 0.005 0.025 0.358 0.579 169 T 0.002 0.002 0.048 0.658 0.231 0.059 170 V 0.001 0.001 0.038 0.802 0.135 0.023 171 D 0.001 0.001 0.014 0.941 0.036 0.007 172 A 0.001 0.001 0.005 0.972 0.018 0.004 173 G 0.001 0.001 0.003 0.979 0.013 0.003 174 T 0.001 0.001 0.005 0.983 0.009 0.001 175 A 0.001 0.001 0.009 0.976 0.012 0.002 176 A 0.001 0.001 0.015 0.968 0.012 0.004 177 A 0.001 0.001 0.018 0.958 0.015 0.008 178 A 0.003 0.001 0.013 0.867 0.039 0.078 179 G 0.004 0.001 0.001 0.006 0.062 0.926 180 V 0.049 0.001 0.001 0.002 0.091 0.857 181 S 0.546 0.005 0.002 0.002 0.068 0.378 182 F 0.963 0.004 0.001 0.001 0.007 0.023 183 T 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 184 G 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 185 V 0.878 0.004 0.002 0.004 0.032 0.080 186 T 0.517 0.015 0.006 0.009 0.218 0.234 187 S 0.079 0.014 0.023 0.016 0.558 0.309 188 G 0.032 0.008 0.024 0.016 0.619 0.300 189 M 0.036 0.013 0.030 0.028 0.554 0.339 190 T 0.038 0.028 0.016 0.051 0.368 0.499 191 T 0.026 0.011 0.025 0.179 0.295 0.464 192 A 0.005 0.002 0.074 0.585 0.211 0.123 193 Q 0.006 0.002 0.067 0.682 0.168 0.075 194 E 0.003 0.002 0.085 0.799 0.091 0.020 195 F 0.005 0.002 0.085 0.794 0.081 0.032 196 Q 0.005 0.002 0.140 0.753 0.077 0.023 197 A 0.005 0.002 0.115 0.741 0.101 0.037 198 Y 0.007 0.002 0.055 0.576 0.174 0.186 199 P 0.007 0.004 0.043 0.056 0.364 0.526 200 Y 0.034 0.004 0.070 0.048 0.418 0.426 201 D 0.244 0.005 0.101 0.032 0.414 0.205 202 R 0.733 0.019 0.045 0.015 0.119 0.068 203 I 0.882 0.012 0.011 0.007 0.037 0.052 204 I 0.751 0.014 0.023 0.023 0.105 0.084 205 S 0.156 0.013 0.028 0.071 0.354 0.377 206 T 0.034 0.012 0.007 0.056 0.248 0.644 207 L 0.001 0.001 0.070 0.877 0.037 0.015 208 G 0.001 0.001 0.054 0.907 0.025 0.013 209 Q 0.001 0.001 0.092 0.896 0.010 0.001 210 L 0.001 0.001 0.036 0.944 0.014 0.005 211 I 0.001 0.001 0.028 0.951 0.017 0.003 212 S 0.001 0.001 0.036 0.923 0.032 0.008 213 V 0.001 0.001 0.023 0.928 0.034 0.015 214 P 0.001 0.003 0.025 0.912 0.045 0.014 215 E 0.002 0.003 0.045 0.822 0.091 0.036 216 D 0.002 0.002 0.049 0.603 0.221 0.123 217 K 0.004 0.004 0.066 0.372 0.449 0.104 218 S 0.004 0.003 0.032 0.168 0.606 0.187 219 G 0.008 0.004 0.019 0.054 0.579 0.336 220 C 0.039 0.027 0.011 0.014 0.349 0.560 221 P 0.049 0.039 0.006 0.012 0.131 0.763 222 L 0.002 0.003 0.005 0.005 0.055 0.931