# TARGET T0418 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0418.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2182 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.532 0.315 0.112 0.035 0.006 0.001 0.001 2 K 0.297 0.435 0.173 0.075 0.018 0.002 0.001 3 Y 0.007 0.042 0.105 0.255 0.406 0.176 0.009 4 T 0.005 0.048 0.135 0.298 0.292 0.194 0.029 5 V 0.001 0.001 0.004 0.024 0.122 0.474 0.374 6 Y 0.001 0.001 0.002 0.007 0.038 0.271 0.682 7 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.246 0.716 8 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.213 0.751 9 D 0.001 0.003 0.010 0.030 0.089 0.311 0.557 10 F 0.001 0.002 0.004 0.018 0.078 0.300 0.597 11 D 0.003 0.014 0.033 0.081 0.157 0.300 0.412 12 Y 0.007 0.019 0.041 0.092 0.138 0.313 0.390 13 T 0.008 0.013 0.023 0.056 0.122 0.344 0.435 14 L 0.003 0.005 0.010 0.035 0.114 0.376 0.456 15 A 0.002 0.006 0.014 0.034 0.112 0.360 0.473 16 D 0.004 0.016 0.044 0.113 0.194 0.358 0.272 17 S 0.004 0.013 0.026 0.075 0.209 0.437 0.237 18 S 0.008 0.053 0.129 0.258 0.308 0.192 0.052 19 R 0.036 0.178 0.274 0.281 0.152 0.064 0.014 20 G 0.002 0.011 0.048 0.154 0.330 0.344 0.110 21 I 0.001 0.002 0.005 0.023 0.130 0.559 0.281 22 V 0.001 0.019 0.094 0.252 0.369 0.235 0.029 23 T 0.003 0.057 0.260 0.393 0.200 0.083 0.006 24 C 0.001 0.001 0.004 0.026 0.183 0.580 0.207 25 F 0.001 0.001 0.001 0.013 0.104 0.602 0.279 26 R 0.002 0.050 0.237 0.408 0.224 0.075 0.004 27 S 0.005 0.071 0.223 0.383 0.263 0.054 0.002 28 V 0.001 0.004 0.013 0.070 0.322 0.545 0.047 29 L 0.004 0.022 0.097 0.333 0.397 0.141 0.006 30 E 0.175 0.509 0.226 0.073 0.014 0.003 0.001 31 R 0.265 0.401 0.206 0.098 0.025 0.004 0.001 32 H 0.062 0.149 0.287 0.311 0.157 0.032 0.002 33 G 0.414 0.336 0.155 0.063 0.025 0.006 0.001 34 Y 0.135 0.163 0.195 0.280 0.175 0.047 0.004 35 T 0.351 0.317 0.179 0.099 0.041 0.011 0.001 36 G 0.180 0.187 0.194 0.210 0.161 0.062 0.007 37 I 0.276 0.232 0.177 0.165 0.102 0.042 0.006 38 T 0.329 0.263 0.178 0.132 0.069 0.026 0.004 39 D 0.363 0.258 0.162 0.123 0.064 0.025 0.004 40 D 0.345 0.272 0.169 0.115 0.065 0.029 0.005 41 M 0.176 0.191 0.194 0.205 0.148 0.074 0.012 42 I 0.128 0.129 0.158 0.218 0.214 0.133 0.020 43 K 0.238 0.221 0.184 0.162 0.113 0.069 0.013 44 R 0.198 0.165 0.155 0.176 0.160 0.120 0.027 45 T 0.125 0.102 0.120 0.184 0.220 0.197 0.053 46 I 0.155 0.132 0.146 0.178 0.183 0.158 0.048 47 G 0.231 0.172 0.147 0.159 0.146 0.112 0.033 48 K 0.229 0.196 0.158 0.156 0.132 0.100 0.030 49 T 0.176 0.174 0.161 0.179 0.160 0.115 0.034 50 L 0.135 0.136 0.143 0.186 0.196 0.160 0.044 51 E 0.239 0.242 0.191 0.153 0.101 0.061 0.014 52 E 0.164 0.206 0.198 0.194 0.142 0.080 0.015 53 S 0.077 0.080 0.100 0.173 0.255 0.265 0.050 54 F 0.107 0.137 0.174 0.225 0.198 0.137 0.022 55 S 0.246 0.244 0.183 0.148 0.103 0.065 0.010 56 I 0.146 0.171 0.192 0.218 0.171 0.090 0.012 57 L 0.128 0.110 0.142 0.211 0.231 0.159 0.021 58 T 0.304 0.249 0.180 0.138 0.084 0.039 0.005 59 G 0.420 0.259 0.151 0.102 0.048 0.018 0.002 60 I 0.444 0.236 0.142 0.103 0.053 0.020 0.002 61 T 0.402 0.215 0.157 0.122 0.073 0.028 0.003 62 D 0.503 0.239 0.127 0.081 0.037 0.012 0.001 63 A 0.548 0.231 0.110 0.069 0.030 0.010 0.001 64 D 0.513 0.238 0.117 0.077 0.040 0.015 0.002 65 Q 0.286 0.268 0.190 0.144 0.082 0.027 0.004 66 L 0.155 0.208 0.221 0.224 0.137 0.049 0.006 67 E 0.374 0.298 0.159 0.102 0.047 0.018 0.003 68 S 0.301 0.310 0.197 0.114 0.054 0.021 0.003 69 F 0.068 0.103 0.145 0.241 0.274 0.151 0.017 70 R 0.072 0.133 0.196 0.256 0.215 0.113 0.016 71 Q 0.334 0.338 0.168 0.091 0.043 0.022 0.003 72 E 0.145 0.264 0.253 0.188 0.102 0.042 0.006 73 Y 0.041 0.062 0.106 0.217 0.313 0.234 0.027 74 S 0.091 0.151 0.210 0.258 0.194 0.087 0.009 75 K 0.339 0.352 0.169 0.086 0.039 0.015 0.001 76 E 0.125 0.204 0.225 0.231 0.149 0.060 0.005 77 A 0.063 0.083 0.138 0.250 0.288 0.164 0.013 78 D 0.214 0.223 0.190 0.182 0.128 0.058 0.006 79 I 0.385 0.290 0.153 0.102 0.049 0.019 0.002 80 Y 0.239 0.230 0.197 0.181 0.106 0.042 0.005 81 M 0.172 0.180 0.195 0.221 0.161 0.064 0.006 82 N 0.297 0.214 0.173 0.167 0.109 0.037 0.004 83 A 0.408 0.284 0.162 0.097 0.038 0.010 0.001 84 N 0.287 0.282 0.191 0.142 0.071 0.024 0.002 85 T 0.073 0.097 0.136 0.259 0.272 0.151 0.011 86 I 0.132 0.251 0.245 0.202 0.120 0.045 0.004 87 L 0.034 0.085 0.136 0.288 0.306 0.141 0.010 88 F 0.013 0.108 0.285 0.345 0.205 0.041 0.001 89 P 0.217 0.425 0.231 0.094 0.026 0.007 0.001 90 D 0.012 0.140 0.303 0.344 0.159 0.036 0.006 91 T 0.001 0.002 0.009 0.058 0.362 0.511 0.057 92 L 0.004 0.112 0.369 0.353 0.131 0.029 0.002 93 P 0.015 0.317 0.406 0.208 0.045 0.009 0.001 94 T 0.001 0.002 0.009 0.059 0.328 0.554 0.047 95 L 0.001 0.001 0.005 0.070 0.385 0.508 0.031 96 T 0.012 0.346 0.415 0.178 0.042 0.007 0.001 97 H 0.007 0.095 0.390 0.387 0.105 0.015 0.001 98 L 0.001 0.005 0.014 0.109 0.517 0.347 0.008 99 K 0.023 0.175 0.415 0.318 0.062 0.006 0.001 100 K 0.534 0.384 0.059 0.018 0.005 0.001 0.001 101 Q 0.031 0.263 0.466 0.216 0.023 0.001 0.001 102 G 0.211 0.554 0.178 0.048 0.008 0.001 0.001 103 I 0.001 0.008 0.057 0.217 0.466 0.245 0.006 104 R 0.001 0.008 0.052 0.313 0.439 0.182 0.007 105 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.094 0.603 0.289 106 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.251 0.735 107 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.187 0.799 108 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.268 0.695 109 S 0.001 0.005 0.020 0.080 0.238 0.470 0.187 110 T 0.007 0.051 0.125 0.236 0.311 0.222 0.048 111 K 0.042 0.153 0.202 0.218 0.210 0.137 0.038 112 Y 0.075 0.218 0.243 0.241 0.154 0.060 0.009 113 R 0.052 0.149 0.269 0.278 0.177 0.068 0.007 114 F 0.284 0.369 0.199 0.089 0.038 0.018 0.002 115 R 0.040 0.174 0.272 0.270 0.178 0.058 0.009 116 I 0.010 0.023 0.058 0.173 0.388 0.318 0.030 117 L 0.043 0.213 0.316 0.277 0.116 0.032 0.003 118 S 0.128 0.391 0.268 0.140 0.054 0.017 0.002 119 F 0.013 0.046 0.118 0.278 0.364 0.173 0.009 120 L 0.013 0.029 0.097 0.286 0.368 0.193 0.013 121 R 0.249 0.471 0.201 0.063 0.013 0.003 0.001 122 N 0.174 0.359 0.265 0.148 0.045 0.008 0.001 123 H 0.062 0.151 0.227 0.297 0.202 0.058 0.004 124 M 0.183 0.391 0.262 0.115 0.040 0.009 0.001 125 P 0.027 0.048 0.115 0.315 0.356 0.130 0.008 126 D 0.081 0.243 0.276 0.245 0.124 0.029 0.002 127 D 0.101 0.270 0.236 0.196 0.137 0.053 0.007 128 W 0.016 0.079 0.182 0.293 0.259 0.149 0.023 129 F 0.009 0.020 0.041 0.123 0.309 0.415 0.084 130 D 0.024 0.091 0.170 0.252 0.249 0.173 0.042 131 I 0.029 0.042 0.067 0.132 0.223 0.379 0.128 132 I 0.013 0.016 0.028 0.074 0.167 0.424 0.278 133 I 0.017 0.026 0.046 0.107 0.208 0.379 0.217 134 G 0.046 0.086 0.122 0.179 0.241 0.243 0.084 135 G 0.064 0.125 0.151 0.213 0.222 0.166 0.060 136 E 0.141 0.195 0.190 0.193 0.143 0.105 0.032 137 D 0.184 0.241 0.227 0.183 0.109 0.048 0.008 138 V 0.114 0.151 0.192 0.243 0.201 0.086 0.012 139 T 0.299 0.269 0.191 0.139 0.072 0.026 0.004 140 H 0.353 0.262 0.194 0.118 0.053 0.017 0.002 141 H 0.267 0.265 0.174 0.166 0.090 0.035 0.004 142 K 0.066 0.119 0.165 0.232 0.239 0.155 0.024 143 P 0.081 0.142 0.172 0.227 0.216 0.137 0.028 144 D 0.084 0.284 0.272 0.195 0.107 0.051 0.008 145 P 0.047 0.159 0.274 0.284 0.177 0.053 0.006 146 E 0.203 0.433 0.249 0.088 0.022 0.006 0.001 147 G 0.013 0.063 0.140 0.277 0.339 0.141 0.027 148 L 0.004 0.013 0.030 0.113 0.331 0.441 0.069 149 L 0.014 0.173 0.355 0.331 0.108 0.019 0.001 150 L 0.035 0.257 0.357 0.246 0.088 0.015 0.001 151 A 0.004 0.012 0.024 0.108 0.373 0.448 0.031 152 I 0.004 0.018 0.110 0.396 0.349 0.116 0.007 153 D 0.203 0.580 0.182 0.031 0.004 0.001 0.001 154 R 0.140 0.378 0.280 0.151 0.044 0.006 0.001 155 L 0.005 0.038 0.175 0.394 0.308 0.077 0.004 156 K 0.214 0.494 0.210 0.064 0.016 0.002 0.001 157 A 0.021 0.074 0.146 0.377 0.314 0.063 0.004 158 C 0.157 0.408 0.282 0.120 0.029 0.004 0.001 159 P 0.047 0.174 0.237 0.292 0.205 0.044 0.002 160 E 0.034 0.215 0.277 0.286 0.144 0.042 0.003 161 E 0.003 0.040 0.132 0.307 0.341 0.164 0.013 162 V 0.001 0.001 0.003 0.023 0.131 0.538 0.303 163 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.047 0.338 0.605 164 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.188 0.785 165 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.031 0.224 0.735 166 G 0.001 0.003 0.009 0.028 0.084 0.298 0.577 167 D 0.001 0.004 0.013 0.041 0.146 0.381 0.413 168 S 0.003 0.020 0.049 0.114 0.259 0.362 0.192 169 T 0.019 0.087 0.171 0.240 0.228 0.193 0.062 170 V 0.053 0.129 0.165 0.223 0.228 0.148 0.054 171 D 0.016 0.048 0.093 0.168 0.247 0.297 0.130 172 A 0.005 0.020 0.055 0.160 0.318 0.339 0.105 173 G 0.039 0.171 0.231 0.243 0.177 0.103 0.034 174 T 0.014 0.045 0.099 0.207 0.265 0.289 0.082 175 A 0.005 0.008 0.016 0.052 0.212 0.512 0.194 176 A 0.027 0.110 0.213 0.322 0.203 0.103 0.021 177 A 0.064 0.181 0.219 0.231 0.192 0.099 0.013 178 A 0.009 0.041 0.078 0.203 0.356 0.275 0.038 179 G 0.010 0.078 0.175 0.256 0.247 0.208 0.026 180 V 0.001 0.002 0.013 0.064 0.216 0.533 0.170 181 S 0.001 0.005 0.024 0.115 0.327 0.417 0.110 182 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.327 0.631 183 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.164 0.825 184 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.213 0.752 185 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.047 0.285 0.657 186 T 0.002 0.008 0.024 0.068 0.196 0.438 0.265 187 S 0.009 0.042 0.102 0.192 0.265 0.287 0.104 188 G 0.025 0.088 0.135 0.215 0.275 0.214 0.047 189 M 0.070 0.134 0.194 0.235 0.211 0.137 0.020 190 T 0.143 0.238 0.224 0.198 0.127 0.061 0.009 191 T 0.263 0.297 0.200 0.136 0.073 0.027 0.004 192 A 0.231 0.265 0.225 0.183 0.076 0.017 0.002 193 Q 0.546 0.331 0.087 0.028 0.007 0.002 0.001 194 E 0.222 0.330 0.241 0.145 0.049 0.012 0.001 195 F 0.061 0.083 0.139 0.268 0.311 0.129 0.008 196 Q 0.195 0.313 0.261 0.166 0.053 0.011 0.001 197 A 0.382 0.362 0.156 0.069 0.024 0.007 0.001 198 Y 0.076 0.170 0.230 0.283 0.188 0.050 0.003 199 P 0.112 0.315 0.296 0.183 0.069 0.022 0.002 200 Y 0.015 0.032 0.073 0.200 0.352 0.293 0.036 201 D 0.036 0.112 0.210 0.285 0.243 0.103 0.011 202 R 0.013 0.039 0.081 0.179 0.289 0.335 0.064 203 I 0.004 0.011 0.026 0.090 0.235 0.488 0.146 204 I 0.004 0.016 0.049 0.162 0.328 0.365 0.077 205 S 0.024 0.139 0.214 0.225 0.209 0.148 0.040 206 T 0.016 0.120 0.229 0.332 0.203 0.090 0.011 207 L 0.004 0.022 0.066 0.207 0.400 0.280 0.022 208 G 0.089 0.382 0.351 0.135 0.035 0.007 0.001 209 Q 0.076 0.292 0.330 0.225 0.066 0.011 0.001 210 L 0.010 0.015 0.027 0.106 0.394 0.425 0.023 211 I 0.025 0.136 0.297 0.344 0.176 0.021 0.001 212 S 0.149 0.606 0.203 0.036 0.005 0.001 0.001 213 V 0.043 0.124 0.338 0.367 0.117 0.011 0.001 214 P 0.086 0.105 0.167 0.367 0.243 0.031 0.001 215 E 0.644 0.306 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 216 D 0.853 0.135 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 217 K 0.586 0.214 0.136 0.055 0.009 0.001 0.001 218 S 0.806 0.144 0.040 0.009 0.001 0.001 0.001 219 G 0.879 0.106 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 220 C 0.565 0.280 0.111 0.037 0.006 0.001 0.001 221 P 0.690 0.221 0.062 0.021 0.005 0.001 0.001 222 L 0.667 0.202 0.080 0.038 0.011 0.002 0.001