# TARGET T0418 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0418.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2117 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.001 0.002 0.001 0.052 0.934 2 K 0.080 0.008 0.001 0.001 0.052 0.858 3 Y 0.263 0.011 0.001 0.001 0.067 0.658 4 T 0.655 0.004 0.001 0.001 0.048 0.293 5 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 6 Y 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 8 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 9 D 0.679 0.004 0.001 0.002 0.097 0.217 10 F 0.210 0.008 0.009 0.007 0.387 0.379 11 D 0.107 0.014 0.037 0.016 0.597 0.229 12 Y 0.138 0.009 0.107 0.072 0.564 0.109 13 T 0.263 0.022 0.140 0.139 0.325 0.111 14 L 0.398 0.019 0.114 0.193 0.211 0.065 15 A 0.277 0.037 0.051 0.341 0.188 0.104 16 D 0.094 0.031 0.015 0.270 0.324 0.266 17 S 0.014 0.011 0.004 0.272 0.204 0.496 18 S 0.004 0.003 0.005 0.735 0.096 0.158 19 R 0.001 0.001 0.002 0.987 0.008 0.002 20 G 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.004 21 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 23 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 24 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 25 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 28 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 31 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.002 0.969 0.003 0.026 33 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.989 34 Y 0.002 0.006 0.001 0.001 0.063 0.928 35 T 0.039 0.017 0.005 0.001 0.194 0.744 36 G 0.063 0.024 0.017 0.002 0.233 0.662 37 I 0.032 0.018 0.005 0.002 0.161 0.782 38 T 0.015 0.005 0.003 0.012 0.074 0.889 39 D 0.001 0.001 0.017 0.954 0.012 0.016 40 D 0.001 0.001 0.017 0.971 0.009 0.003 41 M 0.002 0.001 0.018 0.966 0.012 0.002 42 I 0.006 0.001 0.010 0.961 0.015 0.007 43 K 0.008 0.001 0.013 0.942 0.021 0.014 44 R 0.010 0.001 0.008 0.934 0.023 0.023 45 T 0.012 0.004 0.006 0.886 0.041 0.051 46 I 0.014 0.010 0.008 0.729 0.082 0.157 47 G 0.013 0.007 0.011 0.180 0.242 0.547 48 K 0.010 0.007 0.017 0.162 0.249 0.555 49 T 0.008 0.009 0.009 0.192 0.125 0.657 50 L 0.001 0.001 0.011 0.955 0.014 0.019 51 E 0.001 0.001 0.006 0.985 0.005 0.003 52 E 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.002 53 S 0.002 0.001 0.004 0.985 0.006 0.003 54 F 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.002 55 S 0.002 0.001 0.010 0.977 0.008 0.004 56 I 0.002 0.001 0.009 0.967 0.013 0.009 57 L 0.002 0.002 0.009 0.945 0.025 0.017 58 T 0.003 0.003 0.021 0.759 0.111 0.104 59 G 0.003 0.002 0.029 0.255 0.278 0.433 60 I 0.006 0.009 0.035 0.113 0.333 0.505 61 T 0.007 0.028 0.007 0.075 0.219 0.664 62 D 0.003 0.006 0.003 0.049 0.152 0.787 63 A 0.001 0.001 0.041 0.933 0.017 0.008 64 D 0.001 0.001 0.056 0.923 0.017 0.004 65 Q 0.001 0.001 0.065 0.911 0.018 0.004 66 L 0.002 0.001 0.008 0.972 0.007 0.011 67 E 0.001 0.001 0.006 0.981 0.006 0.006 68 S 0.001 0.001 0.005 0.984 0.005 0.005 69 F 0.001 0.001 0.003 0.982 0.006 0.007 70 R 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 71 Q 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 72 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 73 Y 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.005 74 S 0.001 0.001 0.003 0.981 0.006 0.009 75 K 0.001 0.001 0.003 0.984 0.007 0.005 76 E 0.001 0.001 0.003 0.973 0.010 0.013 77 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.005 0.007 78 D 0.002 0.001 0.007 0.971 0.010 0.009 79 I 0.002 0.001 0.009 0.968 0.012 0.008 80 Y 0.004 0.001 0.012 0.946 0.020 0.017 81 M 0.003 0.001 0.011 0.952 0.016 0.017 82 N 0.005 0.002 0.028 0.861 0.060 0.044 83 A 0.007 0.003 0.048 0.640 0.153 0.149 84 N 0.014 0.006 0.051 0.090 0.363 0.477 85 T 0.087 0.045 0.024 0.012 0.320 0.514 86 I 0.202 0.058 0.024 0.007 0.225 0.485 87 L 0.161 0.122 0.018 0.007 0.214 0.478 88 F 0.025 0.022 0.009 0.006 0.844 0.094 89 P 0.003 0.003 0.057 0.034 0.835 0.068 90 D 0.001 0.002 0.066 0.173 0.691 0.067 91 T 0.004 0.013 0.034 0.668 0.255 0.026 92 L 0.002 0.005 0.007 0.893 0.032 0.060 93 P 0.001 0.003 0.006 0.970 0.010 0.009 94 T 0.001 0.001 0.010 0.976 0.006 0.007 95 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 96 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 97 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 98 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 100 K 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.002 101 Q 0.001 0.001 0.013 0.897 0.018 0.072 102 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.988 103 I 0.018 0.002 0.001 0.001 0.032 0.948 104 R 0.634 0.002 0.001 0.001 0.037 0.327 105 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 106 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 109 S 0.276 0.002 0.001 0.003 0.076 0.642 110 T 0.011 0.001 0.001 0.015 0.112 0.860 111 K 0.004 0.003 0.013 0.728 0.104 0.147 112 Y 0.003 0.002 0.013 0.922 0.040 0.020 113 R 0.003 0.001 0.015 0.934 0.028 0.018 114 F 0.006 0.001 0.016 0.940 0.021 0.015 115 R 0.006 0.001 0.015 0.950 0.014 0.014 116 I 0.004 0.001 0.006 0.973 0.006 0.009 117 L 0.003 0.001 0.003 0.983 0.004 0.006 118 S 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.002 119 F 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 120 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.004 121 R 0.001 0.001 0.005 0.966 0.017 0.011 122 N 0.001 0.001 0.006 0.882 0.038 0.072 123 H 0.003 0.016 0.007 0.287 0.164 0.523 124 M 0.003 0.004 0.005 0.006 0.127 0.855 125 P 0.007 0.005 0.305 0.018 0.239 0.427 126 D 0.012 0.004 0.579 0.007 0.236 0.162 127 D 0.019 0.002 0.712 0.009 0.188 0.071 128 W 0.095 0.015 0.407 0.047 0.287 0.149 129 F 0.326 0.016 0.071 0.027 0.366 0.193 130 D 0.466 0.004 0.024 0.013 0.262 0.230 131 I 0.911 0.005 0.004 0.005 0.032 0.043 132 I 0.951 0.009 0.001 0.006 0.014 0.019 133 I 0.939 0.011 0.001 0.008 0.010 0.031 134 G 0.602 0.009 0.004 0.019 0.109 0.257 135 G 0.088 0.002 0.255 0.071 0.397 0.187 136 E 0.056 0.004 0.343 0.048 0.420 0.129 137 D 0.026 0.012 0.494 0.067 0.338 0.064 138 V 0.035 0.029 0.141 0.093 0.383 0.318 139 T 0.057 0.044 0.123 0.109 0.320 0.347 140 H 0.045 0.038 0.118 0.094 0.339 0.367 141 H 0.047 0.047 0.026 0.031 0.290 0.559 142 K 0.023 0.046 0.007 0.008 0.338 0.578 143 P 0.012 0.043 0.002 0.008 0.224 0.711 144 D 0.003 0.009 0.001 0.012 0.129 0.846 145 P 0.001 0.001 0.003 0.948 0.023 0.025 146 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 147 G 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 148 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 149 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 150 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 151 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 152 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 153 D 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.003 154 R 0.001 0.001 0.008 0.964 0.014 0.014 155 L 0.001 0.001 0.012 0.763 0.044 0.179 156 K 0.001 0.001 0.002 0.005 0.044 0.949 157 A 0.006 0.009 0.002 0.001 0.080 0.901 158 C 0.021 0.010 0.005 0.001 0.137 0.826 159 P 0.009 0.002 0.720 0.017 0.175 0.076 160 E 0.031 0.001 0.667 0.013 0.224 0.065 161 E 0.209 0.002 0.498 0.020 0.221 0.049 162 V 0.799 0.008 0.012 0.026 0.049 0.106 163 L 0.942 0.006 0.002 0.011 0.011 0.028 164 Y 0.973 0.002 0.001 0.007 0.006 0.011 165 I 0.934 0.004 0.001 0.011 0.019 0.031 166 G 0.587 0.014 0.002 0.015 0.146 0.235 167 D 0.129 0.009 0.002 0.016 0.293 0.552 168 S 0.040 0.009 0.005 0.098 0.293 0.556 169 T 0.019 0.009 0.011 0.669 0.154 0.138 170 V 0.002 0.002 0.008 0.954 0.024 0.011 171 D 0.003 0.001 0.007 0.956 0.013 0.020 172 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 173 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 174 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 175 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 176 A 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 177 A 0.001 0.001 0.011 0.981 0.005 0.003 178 A 0.001 0.001 0.016 0.917 0.016 0.049 179 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.971 180 V 0.039 0.003 0.001 0.001 0.059 0.898 181 S 0.520 0.002 0.001 0.001 0.047 0.429 182 F 0.946 0.003 0.001 0.001 0.006 0.044 183 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 184 G 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 185 V 0.904 0.003 0.001 0.001 0.013 0.079 186 T 0.562 0.008 0.002 0.001 0.186 0.241 187 S 0.139 0.009 0.007 0.002 0.468 0.375 188 G 0.034 0.009 0.014 0.003 0.609 0.331 189 M 0.085 0.068 0.016 0.009 0.500 0.322 190 T 0.053 0.044 0.005 0.013 0.249 0.636 191 T 0.026 0.018 0.008 0.081 0.235 0.633 192 A 0.002 0.001 0.044 0.889 0.042 0.022 193 Q 0.003 0.001 0.054 0.890 0.041 0.012 194 E 0.005 0.002 0.093 0.844 0.046 0.011 195 F 0.007 0.004 0.067 0.851 0.048 0.021 196 Q 0.011 0.003 0.062 0.831 0.060 0.032 197 A 0.008 0.004 0.037 0.783 0.090 0.078 198 Y 0.012 0.008 0.020 0.496 0.172 0.292 199 P 0.017 0.015 0.021 0.138 0.229 0.580 200 Y 0.025 0.005 0.106 0.253 0.324 0.287 201 D 0.035 0.003 0.160 0.276 0.323 0.205 202 R 0.256 0.023 0.197 0.226 0.197 0.102 203 I 0.560 0.020 0.057 0.157 0.112 0.094 204 I 0.608 0.013 0.044 0.138 0.087 0.110 205 S 0.303 0.021 0.025 0.198 0.137 0.317 206 T 0.065 0.010 0.049 0.196 0.149 0.531 207 L 0.002 0.001 0.317 0.616 0.043 0.022 208 G 0.002 0.001 0.465 0.474 0.048 0.010 209 Q 0.002 0.001 0.320 0.635 0.037 0.005 210 L 0.003 0.003 0.164 0.739 0.064 0.026 211 I 0.004 0.004 0.099 0.719 0.104 0.070 212 S 0.011 0.008 0.072 0.420 0.228 0.261 213 V 0.010 0.019 0.029 0.125 0.281 0.535 214 P 0.006 0.013 0.128 0.110 0.397 0.346 215 E 0.006 0.007 0.326 0.091 0.413 0.157 216 D 0.008 0.007 0.382 0.105 0.394 0.103 217 K 0.012 0.016 0.232 0.167 0.422 0.151 218 S 0.014 0.011 0.092 0.129 0.469 0.285 219 G 0.015 0.010 0.026 0.033 0.439 0.478 220 C 0.018 0.018 0.011 0.018 0.253 0.682 221 P 0.022 0.031 0.007 0.015 0.135 0.789 222 L 0.012 0.008 0.005 0.011 0.092 0.873