# TARGET T0418 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0418.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2117 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.579 0.306 0.088 0.022 0.004 0.001 0.001 2 K 0.349 0.445 0.159 0.041 0.005 0.001 0.001 3 Y 0.002 0.014 0.079 0.351 0.450 0.102 0.002 4 T 0.020 0.101 0.252 0.342 0.221 0.058 0.005 5 V 0.001 0.001 0.005 0.027 0.161 0.651 0.154 6 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.043 0.401 0.548 7 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.191 0.769 8 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.170 0.794 9 D 0.001 0.001 0.003 0.013 0.051 0.275 0.657 10 F 0.001 0.001 0.004 0.018 0.067 0.286 0.624 11 D 0.001 0.008 0.022 0.062 0.140 0.334 0.433 12 Y 0.001 0.004 0.011 0.041 0.118 0.364 0.460 13 T 0.002 0.006 0.011 0.027 0.080 0.366 0.507 14 L 0.002 0.006 0.009 0.027 0.099 0.400 0.458 15 A 0.004 0.015 0.039 0.106 0.197 0.359 0.280 16 D 0.003 0.015 0.045 0.128 0.256 0.389 0.165 17 S 0.004 0.010 0.019 0.050 0.164 0.475 0.278 18 S 0.012 0.049 0.108 0.244 0.300 0.239 0.047 19 R 0.039 0.179 0.261 0.230 0.166 0.098 0.027 20 G 0.012 0.036 0.099 0.236 0.320 0.252 0.045 21 I 0.006 0.008 0.010 0.027 0.115 0.484 0.349 22 V 0.003 0.019 0.073 0.214 0.329 0.311 0.050 23 T 0.008 0.041 0.165 0.325 0.312 0.129 0.021 24 C 0.001 0.003 0.007 0.021 0.117 0.541 0.310 25 F 0.001 0.001 0.001 0.010 0.084 0.494 0.411 26 R 0.002 0.038 0.163 0.329 0.287 0.150 0.031 27 S 0.003 0.057 0.222 0.415 0.241 0.056 0.006 28 V 0.001 0.004 0.012 0.077 0.290 0.546 0.070 29 L 0.002 0.012 0.060 0.264 0.491 0.165 0.006 30 E 0.174 0.486 0.255 0.071 0.013 0.001 0.001 31 R 0.224 0.378 0.258 0.113 0.023 0.003 0.001 32 H 0.053 0.150 0.296 0.320 0.149 0.031 0.001 33 G 0.309 0.340 0.191 0.103 0.044 0.012 0.001 34 Y 0.127 0.135 0.208 0.274 0.202 0.051 0.003 35 T 0.276 0.327 0.209 0.114 0.050 0.020 0.003 36 G 0.206 0.234 0.194 0.184 0.118 0.057 0.007 37 I 0.076 0.087 0.141 0.257 0.276 0.146 0.017 38 T 0.238 0.294 0.232 0.147 0.064 0.022 0.004 39 D 0.315 0.318 0.199 0.111 0.042 0.013 0.002 40 D 0.425 0.315 0.146 0.071 0.031 0.010 0.002 41 M 0.074 0.153 0.238 0.266 0.180 0.080 0.009 42 I 0.053 0.064 0.107 0.237 0.298 0.217 0.024 43 K 0.125 0.273 0.285 0.198 0.086 0.030 0.004 44 R 0.108 0.202 0.236 0.218 0.143 0.080 0.013 45 T 0.024 0.035 0.064 0.154 0.300 0.344 0.079 46 I 0.038 0.077 0.145 0.221 0.243 0.221 0.055 47 G 0.086 0.163 0.185 0.206 0.185 0.142 0.032 48 K 0.119 0.265 0.248 0.180 0.122 0.054 0.011 49 T 0.047 0.165 0.213 0.240 0.198 0.116 0.022 50 L 0.010 0.024 0.060 0.190 0.351 0.308 0.058 51 E 0.064 0.263 0.328 0.219 0.093 0.030 0.003 52 E 0.034 0.229 0.391 0.249 0.082 0.014 0.002 53 S 0.003 0.007 0.020 0.089 0.310 0.497 0.073 54 F 0.002 0.015 0.061 0.235 0.413 0.251 0.023 55 S 0.034 0.285 0.359 0.218 0.076 0.026 0.002 56 I 0.005 0.039 0.187 0.409 0.289 0.069 0.003 57 L 0.004 0.006 0.017 0.081 0.331 0.505 0.057 58 T 0.033 0.126 0.260 0.350 0.192 0.038 0.001 59 G 0.276 0.385 0.209 0.091 0.031 0.007 0.001 60 I 0.101 0.257 0.311 0.221 0.087 0.021 0.001 61 T 0.180 0.209 0.228 0.233 0.119 0.030 0.001 62 D 0.558 0.284 0.098 0.041 0.015 0.004 0.001 63 A 0.544 0.249 0.125 0.059 0.020 0.003 0.001 64 D 0.645 0.252 0.067 0.025 0.008 0.002 0.001 65 Q 0.230 0.331 0.246 0.142 0.044 0.007 0.001 66 L 0.034 0.126 0.282 0.344 0.179 0.034 0.001 67 E 0.554 0.318 0.097 0.026 0.005 0.001 0.001 68 S 0.274 0.400 0.227 0.081 0.015 0.002 0.001 69 F 0.018 0.026 0.074 0.313 0.426 0.140 0.003 70 R 0.031 0.162 0.340 0.309 0.130 0.026 0.001 71 Q 0.439 0.425 0.111 0.022 0.003 0.001 0.001 72 E 0.100 0.249 0.304 0.234 0.092 0.020 0.001 73 Y 0.018 0.036 0.094 0.247 0.386 0.211 0.008 74 S 0.080 0.228 0.307 0.251 0.108 0.025 0.001 75 K 0.410 0.416 0.135 0.033 0.006 0.001 0.001 76 E 0.059 0.173 0.258 0.297 0.159 0.052 0.003 77 A 0.037 0.045 0.080 0.222 0.354 0.247 0.015 78 D 0.099 0.251 0.315 0.235 0.085 0.014 0.001 79 I 0.269 0.402 0.205 0.091 0.026 0.006 0.001 80 Y 0.046 0.123 0.204 0.289 0.236 0.096 0.008 81 M 0.050 0.094 0.192 0.305 0.262 0.092 0.005 82 N 0.379 0.309 0.177 0.093 0.033 0.007 0.001 83 A 0.479 0.305 0.136 0.056 0.018 0.005 0.001 84 N 0.196 0.319 0.250 0.150 0.062 0.021 0.002 85 T 0.042 0.077 0.155 0.283 0.290 0.139 0.014 86 I 0.087 0.228 0.251 0.204 0.147 0.069 0.014 87 L 0.011 0.049 0.109 0.249 0.348 0.212 0.022 88 F 0.011 0.064 0.148 0.315 0.311 0.137 0.014 89 P 0.078 0.305 0.307 0.182 0.091 0.033 0.004 90 D 0.013 0.168 0.353 0.303 0.124 0.034 0.004 91 T 0.001 0.001 0.005 0.055 0.314 0.533 0.091 92 L 0.003 0.059 0.265 0.400 0.221 0.050 0.002 93 P 0.020 0.274 0.385 0.225 0.077 0.018 0.001 94 T 0.001 0.003 0.014 0.073 0.304 0.557 0.048 95 L 0.001 0.002 0.015 0.119 0.461 0.375 0.027 96 T 0.027 0.395 0.384 0.153 0.034 0.007 0.001 97 H 0.002 0.072 0.332 0.455 0.126 0.013 0.001 98 L 0.001 0.001 0.009 0.088 0.434 0.453 0.015 99 K 0.011 0.170 0.403 0.328 0.082 0.005 0.001 100 K 0.389 0.488 0.105 0.016 0.002 0.001 0.001 101 Q 0.080 0.335 0.397 0.162 0.025 0.001 0.001 102 G 0.086 0.483 0.300 0.112 0.017 0.002 0.001 103 I 0.001 0.006 0.039 0.248 0.542 0.161 0.004 104 R 0.002 0.021 0.098 0.294 0.405 0.165 0.015 105 I 0.001 0.001 0.001 0.010 0.077 0.614 0.297 106 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.236 0.750 107 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.143 0.838 108 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.158 0.820 109 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.055 0.384 0.550 110 T 0.001 0.008 0.031 0.129 0.292 0.386 0.153 111 K 0.019 0.125 0.200 0.228 0.213 0.156 0.059 112 Y 0.041 0.129 0.174 0.237 0.226 0.151 0.042 113 R 0.025 0.115 0.192 0.246 0.222 0.160 0.039 114 F 0.069 0.178 0.229 0.217 0.179 0.103 0.026 115 R 0.020 0.133 0.277 0.290 0.177 0.084 0.019 116 I 0.002 0.004 0.011 0.067 0.278 0.515 0.123 117 L 0.013 0.096 0.250 0.355 0.200 0.077 0.010 118 S 0.067 0.332 0.305 0.186 0.076 0.031 0.004 119 F 0.010 0.037 0.130 0.324 0.356 0.135 0.009 120 L 0.017 0.023 0.062 0.211 0.403 0.261 0.023 121 R 0.180 0.394 0.260 0.124 0.034 0.007 0.001 122 N 0.255 0.390 0.208 0.101 0.033 0.011 0.001 123 H 0.096 0.159 0.225 0.257 0.185 0.071 0.007 124 M 0.205 0.282 0.224 0.162 0.084 0.036 0.006 125 P 0.127 0.123 0.151 0.224 0.236 0.122 0.016 126 D 0.208 0.313 0.253 0.142 0.061 0.019 0.003 127 D 0.179 0.387 0.250 0.123 0.045 0.014 0.002 128 W 0.014 0.046 0.118 0.267 0.343 0.188 0.025 129 F 0.005 0.011 0.030 0.114 0.294 0.440 0.107 130 D 0.030 0.115 0.226 0.305 0.205 0.100 0.019 131 I 0.012 0.021 0.055 0.141 0.266 0.402 0.103 132 I 0.006 0.013 0.015 0.029 0.108 0.464 0.365 133 I 0.007 0.011 0.023 0.069 0.189 0.421 0.280 134 G 0.015 0.034 0.066 0.142 0.244 0.328 0.170 135 G 0.019 0.052 0.101 0.225 0.325 0.231 0.048 136 E 0.154 0.322 0.251 0.162 0.074 0.029 0.007 137 D 0.162 0.279 0.242 0.184 0.097 0.031 0.006 138 V 0.096 0.119 0.181 0.254 0.234 0.103 0.013 139 T 0.378 0.322 0.171 0.082 0.033 0.012 0.003 140 H 0.232 0.225 0.222 0.184 0.099 0.033 0.005 141 H 0.177 0.273 0.210 0.175 0.100 0.055 0.010 142 K 0.027 0.092 0.170 0.253 0.253 0.173 0.032 143 P 0.011 0.039 0.097 0.218 0.298 0.273 0.064 144 D 0.038 0.136 0.188 0.206 0.189 0.167 0.076 145 P 0.010 0.035 0.078 0.182 0.297 0.320 0.078 146 E 0.043 0.159 0.249 0.249 0.185 0.093 0.023 147 G 0.004 0.012 0.034 0.100 0.253 0.459 0.138 148 L 0.001 0.003 0.005 0.020 0.107 0.481 0.382 149 L 0.004 0.036 0.128 0.282 0.307 0.208 0.034 150 L 0.005 0.055 0.199 0.358 0.276 0.095 0.013 151 A 0.001 0.003 0.007 0.040 0.206 0.628 0.116 152 I 0.001 0.006 0.029 0.170 0.450 0.317 0.026 153 D 0.061 0.408 0.330 0.146 0.044 0.011 0.001 154 R 0.030 0.211 0.369 0.290 0.083 0.015 0.001 155 L 0.003 0.016 0.071 0.245 0.410 0.239 0.015 156 K 0.122 0.455 0.278 0.105 0.032 0.008 0.001 157 A 0.022 0.063 0.151 0.319 0.348 0.094 0.003 158 C 0.046 0.244 0.324 0.246 0.115 0.024 0.001 159 P 0.023 0.113 0.227 0.379 0.212 0.043 0.002 160 E 0.052 0.261 0.263 0.226 0.145 0.048 0.005 161 E 0.002 0.024 0.123 0.375 0.359 0.107 0.009 162 V 0.001 0.001 0.003 0.024 0.143 0.601 0.228 163 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.374 0.595 164 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.212 0.759 165 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.090 0.907 166 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.060 0.311 0.619 167 D 0.001 0.001 0.003 0.020 0.118 0.458 0.401 168 S 0.001 0.005 0.025 0.095 0.257 0.422 0.194 169 T 0.010 0.073 0.145 0.222 0.246 0.230 0.073 170 V 0.005 0.033 0.090 0.187 0.272 0.303 0.110 171 D 0.018 0.038 0.071 0.144 0.242 0.321 0.166 172 A 0.017 0.038 0.074 0.149 0.239 0.346 0.137 173 G 0.060 0.118 0.161 0.201 0.210 0.169 0.081 174 T 0.012 0.017 0.031 0.071 0.141 0.368 0.360 175 A 0.010 0.015 0.024 0.076 0.212 0.382 0.282 176 A 0.019 0.115 0.178 0.205 0.183 0.196 0.104 177 A 0.012 0.054 0.105 0.232 0.302 0.218 0.076 178 A 0.004 0.023 0.057 0.128 0.246 0.345 0.198 179 G 0.007 0.105 0.224 0.307 0.189 0.118 0.050 180 V 0.001 0.002 0.009 0.056 0.254 0.494 0.185 181 S 0.001 0.005 0.031 0.151 0.356 0.335 0.120 182 F 0.001 0.001 0.003 0.010 0.056 0.394 0.536 183 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.186 0.789 184 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.197 0.760 185 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.045 0.273 0.673 186 T 0.001 0.006 0.022 0.092 0.237 0.428 0.213 187 S 0.004 0.026 0.072 0.178 0.305 0.339 0.077 188 G 0.026 0.080 0.137 0.228 0.273 0.216 0.041 189 M 0.040 0.085 0.149 0.237 0.280 0.188 0.020 190 T 0.053 0.128 0.196 0.270 0.217 0.119 0.017 191 T 0.200 0.288 0.229 0.152 0.086 0.038 0.006 192 A 0.199 0.294 0.246 0.167 0.073 0.019 0.001 193 Q 0.517 0.326 0.108 0.036 0.010 0.003 0.001 194 E 0.162 0.322 0.279 0.167 0.057 0.013 0.001 195 F 0.033 0.065 0.167 0.346 0.310 0.077 0.002 196 Q 0.427 0.383 0.146 0.037 0.006 0.001 0.001 197 A 0.522 0.291 0.124 0.048 0.012 0.003 0.001 198 Y 0.115 0.153 0.236 0.290 0.170 0.036 0.001 199 P 0.327 0.353 0.194 0.089 0.028 0.008 0.001 200 Y 0.052 0.067 0.140 0.291 0.304 0.136 0.010 201 D 0.103 0.272 0.294 0.192 0.095 0.039 0.004 202 R 0.053 0.130 0.188 0.248 0.238 0.127 0.015 203 I 0.011 0.031 0.077 0.185 0.331 0.320 0.046 204 I 0.018 0.041 0.088 0.204 0.324 0.286 0.039 205 S 0.090 0.244 0.264 0.228 0.118 0.048 0.007 206 T 0.038 0.140 0.239 0.292 0.197 0.085 0.009 207 L 0.011 0.019 0.048 0.164 0.368 0.346 0.044 208 G 0.122 0.287 0.266 0.193 0.095 0.033 0.004 209 Q 0.084 0.248 0.307 0.233 0.096 0.029 0.003 210 L 0.016 0.029 0.069 0.210 0.379 0.277 0.021 211 I 0.050 0.145 0.276 0.306 0.174 0.046 0.004 212 S 0.384 0.378 0.150 0.059 0.020 0.007 0.001 213 V 0.136 0.204 0.281 0.247 0.110 0.022 0.001 214 P 0.396 0.204 0.153 0.140 0.080 0.025 0.002 215 E 0.701 0.204 0.060 0.024 0.008 0.002 0.001 216 D 0.678 0.200 0.080 0.032 0.008 0.001 0.001 217 K 0.606 0.235 0.098 0.048 0.012 0.002 0.001 218 S 0.636 0.230 0.088 0.035 0.010 0.001 0.001 219 G 0.659 0.225 0.081 0.028 0.006 0.001 0.001 220 C 0.435 0.238 0.172 0.114 0.036 0.005 0.001 221 P 0.677 0.195 0.073 0.039 0.013 0.003 0.001 222 L 0.618 0.212 0.103 0.049 0.015 0.003 0.001