# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 275 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.082 0.037 0.003 0.035 0.014 0.022 0.112 0.009 0.001 0.057 0.630 2 N 0.255 0.038 0.004 0.028 0.012 0.016 0.110 0.011 0.002 0.091 0.433 3 A 0.014 0.016 0.002 0.020 0.008 0.014 0.163 0.003 0.001 0.050 0.710 4 M 0.083 0.051 0.003 0.020 0.009 0.018 0.125 0.008 0.001 0.055 0.627 5 R 0.164 0.034 0.004 0.018 0.009 0.014 0.131 0.012 0.002 0.147 0.465 6 K 0.079 0.030 0.006 0.019 0.007 0.013 0.146 0.009 0.004 0.109 0.579 7 D 0.115 0.027 0.007 0.029 0.014 0.023 0.129 0.008 0.003 0.080 0.566 8 E 0.075 0.012 0.004 0.022 0.009 0.016 0.131 0.007 0.002 0.051 0.671 9 T 0.091 0.010 0.003 0.023 0.015 0.025 0.136 0.005 0.001 0.063 0.626 10 S 0.032 0.005 0.001 0.016 0.008 0.012 0.135 0.001 0.001 0.037 0.753 11 N 0.011 0.005 0.001 0.019 0.012 0.019 0.196 0.001 0.001 0.032 0.703 12 T 0.031 0.024 0.001 0.015 0.007 0.015 0.144 0.004 0.001 0.025 0.734 13 S 0.183 0.027 0.003 0.014 0.009 0.012 0.123 0.007 0.001 0.108 0.514 14 P 0.024 0.028 0.002 0.025 0.017 0.029 0.164 0.002 0.001 0.056 0.650 15 D 0.087 0.073 0.004 0.036 0.012 0.034 0.091 0.008 0.001 0.044 0.610 16 I 0.217 0.041 0.004 0.032 0.020 0.032 0.102 0.018 0.003 0.052 0.480 17 S 0.149 0.025 0.004 0.025 0.021 0.036 0.092 0.005 0.002 0.073 0.569 18 V 0.016 0.011 0.001 0.018 0.030 0.067 0.118 0.001 0.001 0.028 0.709 19 A 0.013 0.008 0.002 0.020 0.025 0.039 0.151 0.001 0.001 0.054 0.687 20 Q 0.043 0.017 0.005 0.027 0.064 0.070 0.150 0.005 0.002 0.074 0.544 21 P 0.252 0.046 0.004 0.014 0.018 0.024 0.081 0.009 0.002 0.053 0.498 22 A 0.270 0.023 0.004 0.008 0.014 0.020 0.083 0.008 0.002 0.039 0.529 23 S 0.101 0.021 0.005 0.015 0.020 0.051 0.116 0.003 0.001 0.049 0.619 24 A 0.030 0.008 0.003 0.030 0.021 0.054 0.109 0.002 0.001 0.065 0.679 25 L 0.019 0.004 0.003 0.075 0.151 0.199 0.114 0.001 0.001 0.062 0.373 26 R 0.005 0.002 0.001 0.094 0.123 0.276 0.087 0.001 0.001 0.035 0.376 27 Y 0.004 0.001 0.001 0.190 0.243 0.243 0.044 0.001 0.001 0.026 0.248 28 H 0.002 0.001 0.001 0.272 0.265 0.260 0.033 0.001 0.001 0.021 0.147 29 L 0.001 0.001 0.001 0.182 0.244 0.176 0.055 0.001 0.001 0.020 0.320 30 R 0.059 0.004 0.001 0.105 0.178 0.114 0.082 0.002 0.001 0.042 0.414 31 P 0.082 0.006 0.001 0.058 0.032 0.035 0.137 0.002 0.001 0.065 0.581 32 P 0.013 0.013 0.002 0.032 0.008 0.014 0.149 0.002 0.001 0.037 0.728 33 R 0.342 0.094 0.003 0.022 0.005 0.011 0.078 0.014 0.001 0.041 0.389 34 R 0.240 0.122 0.001 0.010 0.004 0.006 0.081 0.006 0.001 0.050 0.479 35 N 0.009 0.413 0.001 0.007 0.003 0.006 0.050 0.002 0.001 0.043 0.464 36 D 0.017 0.842 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.003 0.001 0.031 0.087 37 G 0.022 0.781 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.002 0.001 0.155 0.024 38 A 0.003 0.891 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.066 0.025 39 A 0.006 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 0.007 40 I 0.007 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 0.008 41 H 0.007 0.303 0.006 0.001 0.004 0.005 0.008 0.001 0.001 0.631 0.034 42 Q 0.024 0.575 0.038 0.005 0.003 0.004 0.021 0.007 0.008 0.240 0.075 43 L 0.151 0.336 0.058 0.003 0.003 0.004 0.039 0.086 0.031 0.206 0.083 44 V 0.629 0.037 0.028 0.003 0.001 0.001 0.025 0.050 0.030 0.065 0.131 45 S 0.031 0.009 0.002 0.002 0.001 0.002 0.067 0.001 0.001 0.019 0.867 46 E 0.002 0.005 0.001 0.005 0.001 0.002 0.076 0.001 0.001 0.014 0.893 47 C 0.062 0.025 0.006 0.011 0.002 0.002 0.237 0.007 0.003 0.068 0.576 48 P 0.335 0.058 0.001 0.010 0.001 0.002 0.094 0.017 0.003 0.024 0.454 49 P 0.123 0.034 0.002 0.011 0.001 0.001 0.066 0.007 0.001 0.029 0.726 50 L 0.038 0.032 0.002 0.028 0.002 0.006 0.145 0.003 0.001 0.057 0.685 51 D 0.085 0.149 0.003 0.071 0.002 0.004 0.088 0.006 0.001 0.074 0.517 52 L 0.058 0.400 0.003 0.019 0.003 0.004 0.075 0.011 0.001 0.031 0.397 53 N 0.037 0.816 0.002 0.002 0.001 0.003 0.016 0.008 0.001 0.016 0.100 54 S 0.024 0.908 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.012 0.040 55 L 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.018 56 Y 0.012 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.006 0.014 57 A 0.025 0.920 0.004 0.001 0.003 0.006 0.004 0.005 0.001 0.009 0.022 58 Y 0.051 0.842 0.005 0.002 0.008 0.016 0.007 0.005 0.001 0.018 0.044 59 L 0.119 0.605 0.011 0.006 0.015 0.027 0.021 0.012 0.005 0.058 0.120 60 L 0.110 0.325 0.031 0.013 0.042 0.055 0.056 0.016 0.013 0.099 0.241 61 L 0.157 0.177 0.019 0.013 0.036 0.049 0.055 0.015 0.008 0.068 0.403 62 C 0.144 0.097 0.009 0.011 0.034 0.031 0.071 0.006 0.003 0.054 0.539 63 E 0.037 0.040 0.010 0.010 0.022 0.031 0.097 0.004 0.003 0.055 0.692 64 H 0.109 0.025 0.013 0.013 0.017 0.027 0.117 0.005 0.003 0.110 0.560 65 H 0.167 0.029 0.005 0.028 0.016 0.023 0.131 0.006 0.001 0.069 0.525 66 A 0.028 0.022 0.002 0.031 0.013 0.031 0.122 0.002 0.001 0.036 0.714 67 H 0.010 0.014 0.002 0.080 0.035 0.102 0.116 0.001 0.001 0.058 0.583 68 T 0.006 0.011 0.001 0.280 0.106 0.209 0.059 0.001 0.001 0.085 0.242 69 C 0.005 0.006 0.001 0.246 0.233 0.264 0.030 0.001 0.001 0.053 0.162 70 V 0.003 0.001 0.001 0.117 0.333 0.406 0.016 0.001 0.001 0.037 0.085 71 V 0.003 0.001 0.001 0.089 0.318 0.432 0.018 0.001 0.001 0.032 0.106 72 A 0.001 0.001 0.001 0.020 0.305 0.558 0.019 0.001 0.001 0.018 0.079 73 E 0.027 0.001 0.001 0.010 0.120 0.231 0.061 0.001 0.001 0.034 0.514 74 S 0.722 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 0.018 0.001 0.001 0.033 0.199 75 P 0.097 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.070 0.001 0.001 0.027 0.792 76 G 0.005 0.001 0.001 0.005 0.007 0.007 0.059 0.001 0.001 0.020 0.897 77 G 0.007 0.001 0.002 0.015 0.137 0.054 0.063 0.001 0.001 0.080 0.640 78 R 0.002 0.001 0.001 0.045 0.286 0.314 0.052 0.001 0.001 0.099 0.199 79 I 0.002 0.004 0.001 0.048 0.203 0.379 0.025 0.001 0.001 0.067 0.270 80 D 0.001 0.003 0.001 0.072 0.364 0.368 0.018 0.001 0.001 0.079 0.094 81 G 0.001 0.005 0.001 0.095 0.339 0.445 0.012 0.001 0.001 0.052 0.050 82 F 0.004 0.011 0.001 0.103 0.354 0.384 0.020 0.001 0.001 0.055 0.065 83 V 0.024 0.019 0.004 0.230 0.214 0.297 0.042 0.007 0.001 0.055 0.106 84 S 0.024 0.010 0.003 0.130 0.151 0.399 0.054 0.004 0.001 0.063 0.161 85 A 0.023 0.004 0.002 0.112 0.121 0.264 0.080 0.002 0.001 0.053 0.338 86 Y 0.007 0.002 0.002 0.076 0.192 0.229 0.114 0.001 0.001 0.050 0.326 87 L 0.021 0.003 0.002 0.049 0.089 0.104 0.102 0.002 0.001 0.034 0.593 88 L 0.246 0.003 0.002 0.022 0.038 0.036 0.099 0.003 0.001 0.069 0.482 89 P 0.006 0.001 0.001 0.009 0.014 0.019 0.145 0.001 0.001 0.021 0.784 90 T 0.044 0.017 0.001 0.008 0.006 0.011 0.079 0.002 0.001 0.016 0.815 91 R 0.407 0.089 0.001 0.005 0.007 0.007 0.055 0.006 0.001 0.034 0.389 92 P 0.019 0.174 0.001 0.009 0.007 0.017 0.113 0.002 0.001 0.046 0.612 93 D 0.023 0.299 0.002 0.023 0.035 0.094 0.047 0.002 0.001 0.086 0.389 94 V 0.025 0.360 0.003 0.057 0.086 0.149 0.046 0.003 0.001 0.099 0.172 95 L 0.011 0.237 0.004 0.047 0.136 0.232 0.028 0.003 0.001 0.149 0.154 96 F 0.036 0.222 0.005 0.045 0.157 0.368 0.019 0.003 0.001 0.068 0.075 97 V 0.020 0.101 0.005 0.085 0.149 0.386 0.030 0.003 0.001 0.090 0.131 98 W 0.022 0.040 0.005 0.108 0.250 0.378 0.031 0.003 0.001 0.045 0.116 99 Q 0.016 0.016 0.001 0.112 0.211 0.493 0.026 0.002 0.001 0.044 0.078 100 V 0.021 0.013 0.001 0.206 0.179 0.173 0.056 0.002 0.001 0.061 0.289 101 A 0.001 0.002 0.001 0.103 0.390 0.349 0.034 0.001 0.001 0.041 0.077 102 V 0.011 0.015 0.003 0.118 0.121 0.156 0.071 0.002 0.001 0.033 0.469 103 H 0.613 0.026 0.003 0.029 0.049 0.026 0.034 0.016 0.001 0.066 0.136 104 S 0.238 0.035 0.010 0.021 0.016 0.021 0.089 0.013 0.003 0.084 0.470 105 R 0.054 0.032 0.004 0.016 0.014 0.023 0.092 0.003 0.001 0.037 0.725 106 A 0.120 0.034 0.005 0.036 0.017 0.027 0.100 0.006 0.001 0.076 0.577 107 R 0.031 0.103 0.001 0.017 0.015 0.024 0.120 0.005 0.001 0.038 0.646 108 G 0.011 0.280 0.002 0.009 0.015 0.020 0.051 0.003 0.001 0.135 0.475 109 H 0.007 0.739 0.001 0.004 0.020 0.012 0.019 0.001 0.001 0.056 0.138 110 R 0.006 0.956 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.017 0.010 111 L 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.010 112 G 0.007 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.005 113 R 0.010 0.714 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.245 0.018 114 A 0.010 0.779 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.179 0.018 115 M 0.007 0.916 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.047 0.013 116 L 0.005 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.006 117 G 0.006 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.049 0.035 118 H 0.017 0.894 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.002 0.030 0.036 119 I 0.037 0.806 0.018 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.007 0.057 0.048 120 L 0.071 0.617 0.020 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 0.006 0.088 0.171 121 E 0.073 0.625 0.006 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.002 0.025 0.241 122 R 0.136 0.285 0.016 0.003 0.001 0.001 0.063 0.019 0.013 0.059 0.406 123 Q 0.113 0.094 0.080 0.007 0.002 0.003 0.083 0.017 0.035 0.096 0.471 124 E 0.207 0.072 0.005 0.004 0.001 0.002 0.050 0.005 0.002 0.022 0.629 125 C 0.103 0.051 0.003 0.006 0.002 0.003 0.066 0.002 0.001 0.033 0.728 126 R 0.018 0.041 0.004 0.021 0.005 0.012 0.127 0.002 0.001 0.051 0.718 127 H 0.041 0.073 0.005 0.074 0.013 0.057 0.108 0.004 0.001 0.073 0.551 128 V 0.028 0.018 0.001 0.072 0.024 0.045 0.129 0.002 0.001 0.047 0.633 129 R 0.007 0.007 0.002 0.241 0.158 0.219 0.054 0.001 0.001 0.102 0.210 130 H 0.004 0.005 0.002 0.278 0.054 0.187 0.055 0.001 0.001 0.204 0.211 131 L 0.006 0.003 0.001 0.539 0.122 0.112 0.047 0.001 0.001 0.055 0.115 132 E 0.004 0.003 0.001 0.322 0.141 0.264 0.043 0.001 0.001 0.036 0.187 133 T 0.005 0.002 0.001 0.357 0.104 0.194 0.057 0.001 0.001 0.046 0.235 134 T 0.002 0.002 0.001 0.438 0.122 0.153 0.064 0.001 0.001 0.040 0.178 135 V 0.007 0.008 0.002 0.367 0.087 0.067 0.073 0.001 0.001 0.073 0.315 136 G 0.248 0.063 0.001 0.144 0.042 0.026 0.068 0.011 0.001 0.083 0.313 137 P 0.092 0.128 0.001 0.025 0.006 0.009 0.104 0.009 0.001 0.088 0.538 138 D 0.005 0.057 0.002 0.009 0.003 0.006 0.068 0.002 0.001 0.540 0.309 139 N 0.020 0.556 0.003 0.011 0.002 0.003 0.032 0.006 0.001 0.277 0.091 140 Q 0.033 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.001 0.060 0.027 141 A 0.007 0.134 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.003 0.812 0.026 142 S 0.005 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.038 0.022 143 R 0.002 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.007 144 R 0.010 0.882 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.004 0.066 0.014 145 T 0.044 0.853 0.010 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.004 0.037 0.032 146 F 0.086 0.535 0.053 0.001 0.001 0.001 0.022 0.062 0.027 0.055 0.157 147 A 0.383 0.264 0.019 0.002 0.002 0.003 0.065 0.006 0.006 0.082 0.168 148 G 0.059 0.224 0.004 0.001 0.001 0.002 0.045 0.004 0.003 0.014 0.642 149 L 0.114 0.193 0.010 0.005 0.002 0.006 0.108 0.013 0.004 0.039 0.505 150 A 0.069 0.035 0.028 0.013 0.011 0.028 0.131 0.011 0.018 0.066 0.591 151 G 0.125 0.014 0.003 0.012 0.016 0.021 0.081 0.003 0.001 0.024 0.699 152 E 0.137 0.017 0.002 0.024 0.019 0.023 0.070 0.003 0.001 0.033 0.670 153 R 0.026 0.014 0.001 0.027 0.014 0.022 0.113 0.003 0.001 0.023 0.756 154 G 0.051 0.010 0.003 0.029 0.018 0.029 0.103 0.002 0.001 0.059 0.697 155 A 0.014 0.006 0.001 0.064 0.083 0.072 0.115 0.001 0.001 0.029 0.614 156 H 0.047 0.015 0.002 0.077 0.050 0.094 0.085 0.005 0.001 0.050 0.574 157 V 0.072 0.004 0.002 0.034 0.051 0.065 0.126 0.002 0.001 0.058 0.586 158 S 0.012 0.006 0.001 0.091 0.062 0.096 0.099 0.001 0.001 0.030 0.601 159 E 0.028 0.018 0.001 0.037 0.029 0.049 0.078 0.002 0.001 0.020 0.739 160 Q 0.126 0.020 0.002 0.048 0.055 0.051 0.125 0.005 0.001 0.077 0.491 161 P 0.026 0.030 0.001 0.037 0.033 0.058 0.127 0.003 0.001 0.035 0.649 162 F 0.020 0.020 0.002 0.063 0.038 0.082 0.115 0.002 0.001 0.071 0.587 163 F 0.053 0.050 0.005 0.055 0.051 0.066 0.115 0.006 0.001 0.049 0.549 164 D 0.331 0.135 0.003 0.029 0.025 0.039 0.057 0.020 0.002 0.043 0.317 165 R 0.287 0.054 0.005 0.019 0.014 0.024 0.067 0.015 0.003 0.044 0.467 166 Q 0.059 0.022 0.006 0.044 0.035 0.065 0.126 0.004 0.001 0.047 0.591 167 A 0.072 0.013 0.004 0.042 0.025 0.045 0.100 0.004 0.001 0.049 0.644 168 F 0.143 0.013 0.003 0.033 0.034 0.031 0.140 0.006 0.001 0.052 0.544 169 G 0.087 0.016 0.002 0.013 0.012 0.015 0.112 0.005 0.001 0.030 0.706 170 G 0.109 0.016 0.002 0.009 0.008 0.012 0.118 0.004 0.001 0.035 0.686 171 A 0.063 0.028 0.002 0.012 0.009 0.012 0.140 0.003 0.001 0.042 0.689 172 D 0.063 0.045 0.002 0.010 0.006 0.010 0.119 0.004 0.001 0.046 0.694 173 H 0.101 0.152 0.003 0.013 0.008 0.012 0.113 0.006 0.001 0.052 0.538 174 D 0.100 0.413 0.002 0.006 0.004 0.010 0.061 0.013 0.001 0.030 0.359 175 D 0.137 0.460 0.003 0.006 0.007 0.020 0.053 0.006 0.001 0.064 0.244 176 E 0.049 0.253 0.007 0.020 0.014 0.037 0.082 0.003 0.001 0.162 0.373 177 M 0.033 0.114 0.014 0.111 0.060 0.157 0.085 0.006 0.002 0.207 0.213 178 L 0.082 0.039 0.009 0.107 0.040 0.143 0.091 0.014 0.005 0.191 0.279 179 L 0.031 0.008 0.002 0.102 0.151 0.151 0.106 0.002 0.001 0.058 0.389 180 R 0.003 0.007 0.002 0.128 0.103 0.235 0.068 0.001 0.001 0.060 0.393 181 I 0.025 0.012 0.003 0.113 0.090 0.078 0.126 0.002 0.001 0.088 0.463 182 G 0.118 0.014 0.005 0.151 0.172 0.111 0.092 0.011 0.003 0.113 0.210 183 P 0.031 0.004 0.001 0.031 0.031 0.044 0.120 0.003 0.001 0.037 0.696 184 F 0.020 0.002 0.001 0.042 0.065 0.113 0.130 0.001 0.001 0.044 0.583 185 T 0.009 0.002 0.001 0.024 0.017 0.039 0.124 0.001 0.001 0.036 0.748 186 H 0.063 0.003 0.001 0.024 0.019 0.026 0.135 0.002 0.001 0.048 0.679 187 P 0.134 0.003 0.001 0.013 0.012 0.014 0.103 0.002 0.001 0.031 0.686 188 P 0.015 0.001 0.001 0.010 0.007 0.012 0.101 0.001 0.001 0.013 0.840 189 H 0.031 0.003 0.001 0.016 0.013 0.020 0.088 0.001 0.001 0.020 0.807