# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 275 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.066 0.053 0.027 0.022 0.040 0.109 0.034 0.649 2 N 0.364 0.075 0.014 0.017 0.019 0.068 0.089 0.354 3 A 0.049 0.027 0.012 0.010 0.014 0.126 0.032 0.731 4 M 0.057 0.037 0.009 0.007 0.011 0.103 0.028 0.748 5 R 0.182 0.037 0.014 0.009 0.013 0.099 0.124 0.522 6 K 0.100 0.025 0.014 0.008 0.010 0.114 0.073 0.655 7 D 0.143 0.018 0.018 0.015 0.019 0.103 0.072 0.613 8 E 0.085 0.007 0.032 0.010 0.017 0.125 0.052 0.672 9 T 0.089 0.006 0.034 0.021 0.035 0.123 0.052 0.641 10 S 0.030 0.003 0.024 0.018 0.029 0.116 0.032 0.748 11 N 0.017 0.004 0.037 0.030 0.038 0.143 0.030 0.701 12 T 0.056 0.016 0.033 0.023 0.033 0.120 0.043 0.677 13 S 0.221 0.027 0.023 0.017 0.021 0.100 0.098 0.493 14 P 0.046 0.021 0.037 0.024 0.040 0.117 0.043 0.673 15 D 0.100 0.033 0.032 0.027 0.042 0.111 0.065 0.590 16 I 0.110 0.018 0.032 0.035 0.048 0.123 0.067 0.567 17 S 0.118 0.024 0.019 0.042 0.065 0.110 0.074 0.548 18 V 0.030 0.012 0.015 0.046 0.075 0.124 0.040 0.658 19 A 0.011 0.010 0.023 0.060 0.075 0.134 0.039 0.648 20 Q 0.047 0.025 0.025 0.056 0.074 0.110 0.091 0.572 21 P 0.365 0.039 0.010 0.020 0.020 0.065 0.120 0.362 22 A 0.162 0.017 0.010 0.012 0.017 0.082 0.053 0.646 23 S 0.104 0.011 0.013 0.019 0.031 0.105 0.049 0.669 24 A 0.055 0.005 0.014 0.011 0.025 0.117 0.041 0.732 25 L 0.020 0.005 0.043 0.096 0.086 0.133 0.054 0.563 26 R 0.011 0.004 0.082 0.062 0.167 0.087 0.047 0.540 27 Y 0.007 0.003 0.131 0.199 0.193 0.065 0.035 0.367 28 H 0.008 0.002 0.244 0.201 0.232 0.054 0.045 0.213 29 L 0.011 0.002 0.141 0.166 0.209 0.066 0.036 0.369 30 R 0.034 0.005 0.178 0.096 0.141 0.078 0.054 0.415 31 P 0.050 0.008 0.077 0.051 0.060 0.147 0.079 0.528 32 P 0.006 0.006 0.057 0.017 0.033 0.121 0.028 0.730 33 R 0.332 0.133 0.018 0.005 0.005 0.056 0.137 0.313 34 R 0.170 0.189 0.013 0.004 0.006 0.096 0.062 0.460 35 N 0.012 0.325 0.008 0.005 0.006 0.081 0.060 0.505 36 D 0.008 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.034 37 G 0.010 0.922 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 0.015 38 A 0.009 0.913 0.001 0.001 0.001 0.005 0.053 0.017 39 A 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 40 I 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 41 H 0.012 0.329 0.008 0.001 0.001 0.005 0.634 0.011 42 Q 0.035 0.443 0.038 0.002 0.002 0.019 0.411 0.050 43 L 0.242 0.241 0.161 0.007 0.005 0.025 0.239 0.081 44 V 0.474 0.036 0.053 0.004 0.004 0.055 0.104 0.270 45 S 0.031 0.006 0.004 0.001 0.002 0.090 0.010 0.856 46 E 0.008 0.006 0.004 0.001 0.002 0.099 0.006 0.875 47 C 0.040 0.011 0.012 0.004 0.004 0.168 0.031 0.731 48 P 0.209 0.029 0.010 0.005 0.006 0.086 0.049 0.605 49 P 0.117 0.014 0.013 0.003 0.006 0.100 0.036 0.711 50 L 0.039 0.015 0.052 0.005 0.008 0.157 0.036 0.687 51 D 0.141 0.156 0.033 0.004 0.007 0.118 0.089 0.452 52 L 0.055 0.257 0.019 0.005 0.006 0.112 0.047 0.500 53 N 0.036 0.681 0.010 0.005 0.007 0.042 0.047 0.172 54 S 0.037 0.826 0.004 0.002 0.004 0.019 0.045 0.062 55 L 0.019 0.875 0.007 0.003 0.005 0.013 0.034 0.045 56 Y 0.016 0.897 0.006 0.004 0.008 0.009 0.022 0.038 57 A 0.021 0.883 0.009 0.003 0.007 0.009 0.025 0.042 58 Y 0.037 0.828 0.013 0.008 0.013 0.012 0.038 0.050 59 L 0.053 0.662 0.023 0.014 0.022 0.026 0.086 0.115 60 L 0.096 0.444 0.041 0.020 0.030 0.054 0.116 0.198 61 L 0.134 0.224 0.042 0.023 0.032 0.071 0.136 0.338 62 C 0.147 0.123 0.023 0.016 0.024 0.083 0.080 0.503 63 E 0.102 0.033 0.018 0.013 0.022 0.112 0.066 0.634 64 H 0.071 0.017 0.018 0.009 0.014 0.124 0.109 0.638 65 H 0.113 0.032 0.017 0.011 0.018 0.146 0.087 0.578 66 A 0.039 0.036 0.022 0.017 0.029 0.164 0.037 0.657 67 H 0.008 0.022 0.075 0.046 0.167 0.130 0.081 0.470 68 T 0.003 0.011 0.098 0.130 0.482 0.042 0.067 0.167 69 C 0.004 0.008 0.063 0.246 0.529 0.024 0.031 0.095 70 V 0.002 0.001 0.037 0.381 0.490 0.008 0.043 0.037 71 V 0.002 0.001 0.026 0.306 0.511 0.014 0.062 0.078 72 A 0.001 0.001 0.012 0.409 0.541 0.007 0.006 0.024 73 E 0.001 0.001 0.018 0.281 0.447 0.020 0.011 0.223 74 S 0.675 0.001 0.002 0.023 0.010 0.015 0.156 0.118 75 P 0.370 0.002 0.002 0.003 0.005 0.064 0.029 0.525 76 G 0.027 0.001 0.003 0.004 0.016 0.076 0.004 0.869 77 G 0.001 0.001 0.014 0.122 0.519 0.030 0.019 0.295 78 R 0.001 0.002 0.029 0.363 0.277 0.042 0.040 0.246 79 I 0.001 0.005 0.028 0.457 0.353 0.021 0.024 0.111 80 D 0.001 0.006 0.031 0.396 0.393 0.012 0.091 0.070 81 G 0.001 0.003 0.027 0.245 0.689 0.003 0.019 0.014 82 F 0.002 0.006 0.035 0.560 0.345 0.006 0.014 0.032 83 V 0.010 0.006 0.082 0.388 0.411 0.017 0.033 0.052 84 S 0.025 0.007 0.042 0.261 0.448 0.030 0.058 0.129 85 A 0.031 0.006 0.034 0.202 0.346 0.063 0.048 0.270 86 Y 0.016 0.003 0.034 0.224 0.237 0.101 0.039 0.346 87 L 0.025 0.004 0.027 0.051 0.105 0.094 0.034 0.661 88 L 0.321 0.009 0.010 0.022 0.022 0.079 0.095 0.441 89 P 0.022 0.003 0.009 0.012 0.022 0.131 0.017 0.785 90 T 0.026 0.012 0.006 0.007 0.011 0.096 0.030 0.811 91 R 0.227 0.102 0.007 0.012 0.015 0.099 0.141 0.397 92 P 0.032 0.090 0.013 0.023 0.028 0.142 0.047 0.625 93 D 0.015 0.160 0.035 0.065 0.164 0.096 0.112 0.353 94 V 0.013 0.102 0.073 0.106 0.259 0.065 0.137 0.245 95 L 0.006 0.076 0.118 0.212 0.370 0.029 0.068 0.122 96 F 0.009 0.037 0.115 0.243 0.381 0.018 0.114 0.083 97 V 0.012 0.040 0.143 0.235 0.279 0.028 0.112 0.152 98 W 0.013 0.029 0.101 0.284 0.406 0.030 0.048 0.090 99 Q 0.017 0.016 0.083 0.201 0.370 0.042 0.083 0.188 100 V 0.015 0.011 0.072 0.300 0.283 0.060 0.052 0.208 101 A 0.005 0.011 0.091 0.203 0.356 0.075 0.027 0.232 102 V 0.013 0.033 0.053 0.097 0.141 0.093 0.035 0.535 103 H 0.386 0.129 0.022 0.019 0.019 0.042 0.246 0.138 104 S 0.202 0.105 0.032 0.012 0.020 0.082 0.114 0.434 105 R 0.220 0.039 0.025 0.014 0.020 0.080 0.061 0.539 106 A 0.145 0.031 0.028 0.013 0.019 0.112 0.073 0.579 107 R 0.035 0.065 0.015 0.008 0.012 0.141 0.037 0.687 108 G 0.062 0.188 0.018 0.013 0.025 0.093 0.127 0.473 109 H 0.042 0.469 0.019 0.016 0.018 0.078 0.058 0.301 110 R 0.023 0.835 0.007 0.005 0.007 0.021 0.023 0.079 111 L 0.007 0.901 0.005 0.002 0.003 0.009 0.035 0.038 112 G 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 113 R 0.019 0.898 0.003 0.001 0.001 0.004 0.060 0.014 114 A 0.012 0.865 0.004 0.001 0.001 0.007 0.088 0.022 115 M 0.007 0.925 0.003 0.001 0.001 0.004 0.045 0.016 116 L 0.010 0.944 0.003 0.001 0.001 0.002 0.031 0.009 117 G 0.013 0.899 0.003 0.001 0.001 0.006 0.052 0.026 118 H 0.011 0.878 0.005 0.001 0.001 0.005 0.070 0.029 119 I 0.024 0.843 0.016 0.001 0.001 0.007 0.084 0.023 120 L 0.065 0.743 0.017 0.001 0.001 0.020 0.076 0.076 121 E 0.042 0.768 0.005 0.001 0.001 0.016 0.017 0.150 122 R 0.051 0.684 0.012 0.002 0.003 0.023 0.045 0.181 123 Q 0.094 0.165 0.049 0.004 0.005 0.095 0.280 0.307 124 E 0.335 0.100 0.013 0.005 0.008 0.066 0.058 0.416 125 C 0.129 0.036 0.004 0.002 0.005 0.056 0.024 0.744 126 R 0.011 0.014 0.022 0.004 0.007 0.169 0.033 0.740 127 H 0.019 0.035 0.052 0.019 0.062 0.131 0.077 0.605 128 V 0.026 0.021 0.053 0.034 0.038 0.148 0.042 0.638 129 R 0.008 0.006 0.348 0.105 0.176 0.045 0.156 0.156 130 H 0.006 0.006 0.209 0.044 0.189 0.050 0.180 0.316 131 L 0.006 0.004 0.396 0.207 0.173 0.043 0.033 0.139 132 E 0.007 0.004 0.432 0.161 0.149 0.033 0.065 0.149 133 T 0.011 0.003 0.356 0.114 0.203 0.054 0.052 0.206 134 T 0.005 0.002 0.309 0.101 0.177 0.098 0.032 0.277 135 V 0.015 0.005 0.214 0.054 0.079 0.116 0.029 0.487 136 G 0.328 0.059 0.063 0.014 0.014 0.069 0.256 0.198 137 P 0.044 0.188 0.026 0.005 0.009 0.137 0.033 0.559 138 D 0.031 0.281 0.019 0.005 0.008 0.118 0.064 0.473 139 N 0.055 0.757 0.004 0.002 0.002 0.021 0.108 0.052 140 Q 0.035 0.876 0.001 0.001 0.001 0.012 0.044 0.030 141 A 0.011 0.199 0.006 0.001 0.001 0.012 0.740 0.030 142 S 0.006 0.960 0.002 0.001 0.001 0.004 0.018 0.009 143 R 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 144 R 0.012 0.893 0.010 0.002 0.002 0.006 0.043 0.032 145 T 0.022 0.883 0.005 0.002 0.003 0.008 0.045 0.032 146 F 0.063 0.622 0.041 0.003 0.003 0.015 0.194 0.059 147 A 0.099 0.515 0.026 0.005 0.006 0.066 0.071 0.213 148 G 0.067 0.414 0.013 0.003 0.006 0.040 0.047 0.409 149 L 0.089 0.346 0.050 0.011 0.016 0.078 0.086 0.324 150 A 0.097 0.078 0.081 0.019 0.029 0.124 0.163 0.410 151 G 0.256 0.038 0.020 0.013 0.019 0.073 0.043 0.539 152 E 0.128 0.012 0.023 0.013 0.019 0.094 0.041 0.670 153 R 0.032 0.010 0.022 0.012 0.026 0.131 0.031 0.735 154 G 0.049 0.010 0.023 0.015 0.038 0.111 0.060 0.693 155 A 0.024 0.009 0.059 0.077 0.074 0.100 0.044 0.614 156 H 0.058 0.010 0.081 0.052 0.081 0.089 0.061 0.568 157 V 0.108 0.006 0.060 0.045 0.051 0.108 0.053 0.568 158 S 0.030 0.009 0.086 0.043 0.097 0.100 0.033 0.601 159 E 0.041 0.014 0.023 0.021 0.040 0.101 0.035 0.727 160 Q 0.123 0.033 0.038 0.050 0.051 0.120 0.088 0.495 161 P 0.033 0.031 0.044 0.044 0.062 0.127 0.040 0.619 162 F 0.023 0.047 0.039 0.055 0.093 0.128 0.046 0.569 163 F 0.039 0.091 0.043 0.049 0.064 0.124 0.048 0.543 164 D 0.400 0.281 0.010 0.010 0.011 0.036 0.110 0.141 165 R 0.261 0.167 0.019 0.011 0.020 0.071 0.081 0.369 166 Q 0.088 0.047 0.037 0.032 0.039 0.109 0.055 0.593 167 A 0.107 0.023 0.026 0.015 0.031 0.105 0.048 0.646 168 F 0.131 0.016 0.017 0.017 0.017 0.117 0.053 0.633 169 G 0.072 0.016 0.007 0.007 0.010 0.104 0.035 0.750 170 G 0.127 0.026 0.007 0.004 0.008 0.097 0.043 0.688 171 A 0.083 0.026 0.015 0.013 0.015 0.133 0.048 0.668 172 D 0.047 0.044 0.017 0.013 0.021 0.137 0.033 0.689 173 H 0.059 0.100 0.013 0.016 0.025 0.144 0.035 0.607 174 D 0.118 0.293 0.012 0.011 0.017 0.112 0.096 0.341 175 D 0.102 0.249 0.013 0.022 0.058 0.099 0.179 0.277 176 E 0.038 0.111 0.045 0.044 0.153 0.104 0.146 0.359 177 M 0.019 0.064 0.094 0.193 0.294 0.059 0.097 0.179 178 L 0.016 0.026 0.130 0.123 0.275 0.052 0.112 0.267 179 L 0.018 0.014 0.123 0.346 0.278 0.036 0.043 0.141 180 R 0.010 0.004 0.151 0.213 0.417 0.033 0.034 0.138 181 I 0.032 0.005 0.102 0.187 0.162 0.082 0.076 0.354 182 G 0.058 0.005 0.114 0.160 0.210 0.082 0.059 0.312 183 P 0.053 0.005 0.038 0.045 0.076 0.089 0.045 0.649 184 F 0.034 0.002 0.039 0.075 0.076 0.140 0.026 0.607 185 T 0.013 0.001 0.039 0.039 0.090 0.090 0.025 0.702 186 H 0.088 0.002 0.011 0.018 0.025 0.110 0.040 0.706 187 P 0.170 0.003 0.015 0.029 0.028 0.101 0.056 0.599 188 P 0.014 0.001 0.006 0.005 0.014 0.089 0.013 0.857 189 H 0.044 0.004 0.020 0.022 0.029 0.119 0.051 0.711