# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 275 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.168 0.096 0.053 0.108 0.099 0.090 0.125 0.100 0.077 0.049 0.033 2 N 0.201 0.108 0.049 0.121 0.109 0.091 0.115 0.076 0.064 0.040 0.026 3 A 0.114 0.058 0.034 0.080 0.084 0.077 0.125 0.118 0.134 0.097 0.078 4 M 0.094 0.092 0.052 0.145 0.135 0.103 0.132 0.096 0.073 0.049 0.028 5 R 0.095 0.124 0.066 0.169 0.136 0.109 0.117 0.077 0.054 0.034 0.019 6 K 0.266 0.198 0.068 0.163 0.102 0.062 0.057 0.037 0.023 0.015 0.008 7 D 0.186 0.108 0.042 0.130 0.102 0.095 0.125 0.084 0.062 0.044 0.022 8 E 0.206 0.139 0.062 0.158 0.111 0.088 0.088 0.058 0.043 0.032 0.015 9 T 0.106 0.104 0.059 0.118 0.102 0.130 0.144 0.088 0.075 0.051 0.024 10 S 0.136 0.157 0.072 0.189 0.136 0.093 0.090 0.056 0.037 0.022 0.013 11 N 0.101 0.048 0.029 0.059 0.067 0.085 0.135 0.128 0.142 0.123 0.083 12 T 0.150 0.210 0.080 0.219 0.134 0.075 0.061 0.035 0.020 0.011 0.006 13 S 0.078 0.074 0.033 0.085 0.091 0.107 0.140 0.119 0.116 0.091 0.066 14 P 0.332 0.149 0.048 0.137 0.114 0.063 0.063 0.045 0.025 0.014 0.009 15 D 0.300 0.198 0.061 0.165 0.094 0.056 0.057 0.034 0.020 0.011 0.005 16 I 0.028 0.023 0.015 0.048 0.062 0.096 0.154 0.141 0.171 0.150 0.113 17 S 0.183 0.218 0.085 0.187 0.126 0.071 0.061 0.035 0.019 0.011 0.005 18 V 0.171 0.124 0.092 0.208 0.140 0.091 0.080 0.047 0.025 0.014 0.007 19 A 0.118 0.081 0.043 0.088 0.084 0.090 0.139 0.110 0.104 0.088 0.055 20 Q 0.080 0.105 0.047 0.149 0.136 0.121 0.143 0.093 0.067 0.041 0.019 21 P 0.271 0.205 0.116 0.162 0.092 0.055 0.046 0.026 0.015 0.009 0.004 22 A 0.221 0.149 0.078 0.150 0.109 0.085 0.092 0.052 0.032 0.021 0.011 23 S 0.243 0.205 0.060 0.147 0.098 0.071 0.078 0.048 0.027 0.016 0.007 24 A 0.226 0.163 0.062 0.163 0.113 0.079 0.074 0.054 0.033 0.023 0.011 25 L 0.095 0.092 0.067 0.136 0.122 0.128 0.146 0.099 0.059 0.039 0.017 26 R 0.090 0.130 0.105 0.238 0.157 0.107 0.085 0.047 0.023 0.013 0.005 27 Y 0.016 0.013 0.021 0.034 0.046 0.104 0.162 0.150 0.186 0.168 0.100 28 H 0.031 0.061 0.054 0.155 0.155 0.141 0.160 0.101 0.076 0.043 0.024 29 L 0.010 0.013 0.020 0.026 0.037 0.055 0.112 0.121 0.206 0.220 0.180 30 R 0.044 0.051 0.061 0.138 0.166 0.152 0.161 0.097 0.068 0.039 0.023 31 P 0.249 0.178 0.095 0.173 0.104 0.061 0.065 0.036 0.021 0.011 0.006 32 P 0.059 0.036 0.022 0.060 0.079 0.076 0.151 0.162 0.143 0.115 0.098 33 R 0.138 0.289 0.067 0.160 0.100 0.073 0.078 0.042 0.027 0.018 0.007 34 R 0.257 0.149 0.106 0.201 0.113 0.067 0.052 0.027 0.015 0.008 0.004 35 N 0.535 0.209 0.061 0.095 0.044 0.023 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 36 D 0.020 0.075 0.024 0.077 0.089 0.106 0.174 0.151 0.132 0.096 0.055 37 G 0.087 0.059 0.032 0.090 0.142 0.165 0.189 0.110 0.066 0.039 0.019 38 A 0.390 0.096 0.200 0.173 0.067 0.030 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 39 A 0.010 0.030 0.040 0.118 0.131 0.211 0.261 0.097 0.060 0.030 0.011 40 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.021 0.053 0.198 0.261 0.454 41 H 0.005 0.008 0.052 0.094 0.197 0.205 0.231 0.115 0.053 0.029 0.011 42 Q 0.006 0.028 0.538 0.223 0.104 0.051 0.031 0.011 0.005 0.003 0.001 43 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.043 0.107 0.108 0.238 0.277 0.209 44 V 0.003 0.004 0.006 0.018 0.031 0.064 0.163 0.148 0.228 0.230 0.104 45 S 0.022 0.059 0.378 0.212 0.124 0.088 0.062 0.027 0.016 0.009 0.004 46 E 0.061 0.096 0.230 0.228 0.154 0.095 0.083 0.033 0.011 0.005 0.003 47 C 0.012 0.012 0.009 0.012 0.017 0.042 0.103 0.128 0.210 0.237 0.219 48 P 0.222 0.195 0.059 0.169 0.140 0.072 0.063 0.042 0.020 0.011 0.007 49 P 0.242 0.134 0.113 0.149 0.098 0.072 0.073 0.049 0.033 0.024 0.014 50 L 0.058 0.041 0.028 0.065 0.083 0.124 0.190 0.129 0.125 0.089 0.068 51 D 0.207 0.199 0.064 0.158 0.105 0.075 0.082 0.050 0.032 0.019 0.009 52 L 0.042 0.036 0.031 0.086 0.098 0.134 0.165 0.129 0.122 0.095 0.063 53 N 0.087 0.090 0.051 0.122 0.115 0.109 0.153 0.103 0.081 0.058 0.030 54 S 0.048 0.060 0.050 0.146 0.134 0.136 0.157 0.105 0.082 0.055 0.027 55 L 0.042 0.037 0.046 0.093 0.100 0.140 0.186 0.126 0.108 0.078 0.044 56 Y 0.017 0.032 0.038 0.111 0.121 0.131 0.195 0.129 0.109 0.075 0.041 57 A 0.002 0.004 0.009 0.015 0.025 0.042 0.084 0.116 0.219 0.248 0.235 58 Y 0.005 0.012 0.023 0.056 0.094 0.132 0.206 0.142 0.151 0.117 0.062 59 L 0.007 0.011 0.041 0.066 0.090 0.116 0.179 0.146 0.147 0.127 0.071 60 L 0.005 0.007 0.020 0.032 0.051 0.114 0.186 0.143 0.183 0.164 0.095 61 L 0.004 0.012 0.021 0.044 0.056 0.078 0.153 0.135 0.202 0.183 0.113 62 C 0.004 0.005 0.012 0.019 0.036 0.084 0.163 0.133 0.214 0.195 0.135 63 E 0.069 0.113 0.191 0.232 0.151 0.093 0.077 0.034 0.022 0.012 0.007 64 H 0.038 0.054 0.065 0.105 0.111 0.149 0.202 0.117 0.074 0.054 0.031 65 H 0.053 0.075 0.038 0.091 0.098 0.121 0.172 0.119 0.099 0.082 0.052 66 A 0.105 0.095 0.064 0.149 0.128 0.119 0.143 0.088 0.055 0.037 0.018 67 H 0.058 0.079 0.097 0.180 0.148 0.123 0.130 0.083 0.053 0.034 0.016 68 T 0.007 0.020 0.020 0.060 0.081 0.117 0.194 0.154 0.154 0.118 0.075 69 C 0.001 0.002 0.003 0.007 0.014 0.032 0.065 0.095 0.214 0.271 0.297 70 V 0.002 0.004 0.011 0.025 0.054 0.084 0.145 0.149 0.185 0.199 0.141 71 V 0.001 0.002 0.007 0.012 0.023 0.042 0.077 0.098 0.216 0.299 0.224 72 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.017 0.043 0.092 0.097 0.251 0.272 0.214 73 E 0.009 0.017 0.024 0.072 0.096 0.144 0.237 0.133 0.140 0.081 0.047 74 S 0.021 0.115 0.068 0.124 0.114 0.142 0.160 0.086 0.074 0.052 0.044 75 P 0.283 0.301 0.043 0.128 0.088 0.051 0.051 0.028 0.013 0.008 0.006 76 G 0.880 0.079 0.006 0.017 0.007 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 77 G 0.348 0.134 0.025 0.100 0.076 0.074 0.081 0.056 0.045 0.035 0.026 78 R 0.045 0.133 0.042 0.192 0.181 0.170 0.110 0.059 0.035 0.021 0.013 79 I 0.005 0.009 0.011 0.020 0.032 0.077 0.131 0.136 0.219 0.189 0.171 80 D 0.013 0.034 0.045 0.142 0.168 0.149 0.180 0.120 0.077 0.044 0.029 81 G 0.004 0.006 0.012 0.023 0.026 0.037 0.086 0.119 0.224 0.259 0.205 82 F 0.002 0.004 0.005 0.023 0.047 0.079 0.130 0.144 0.202 0.196 0.168 83 V 0.001 0.002 0.003 0.006 0.013 0.014 0.040 0.113 0.209 0.278 0.321 84 S 0.002 0.005 0.012 0.034 0.068 0.060 0.109 0.163 0.193 0.188 0.165 85 A 0.002 0.003 0.006 0.012 0.021 0.031 0.074 0.115 0.231 0.258 0.247 86 Y 0.007 0.009 0.015 0.049 0.082 0.118 0.181 0.156 0.170 0.134 0.079 87 L 0.019 0.025 0.033 0.063 0.074 0.112 0.188 0.141 0.156 0.121 0.069 88 L 0.027 0.048 0.036 0.087 0.093 0.124 0.183 0.121 0.126 0.092 0.063 89 P 0.160 0.099 0.044 0.102 0.093 0.093 0.147 0.086 0.081 0.056 0.039 90 T 0.375 0.263 0.067 0.126 0.062 0.037 0.032 0.016 0.011 0.007 0.005 91 R 0.185 0.180 0.043 0.138 0.107 0.097 0.095 0.059 0.043 0.033 0.021 92 P 0.335 0.172 0.031 0.106 0.082 0.070 0.072 0.053 0.035 0.027 0.017 93 D 0.208 0.158 0.056 0.169 0.120 0.094 0.084 0.052 0.030 0.018 0.010 94 V 0.042 0.048 0.039 0.107 0.114 0.146 0.174 0.115 0.098 0.072 0.045 95 L 0.012 0.017 0.022 0.054 0.070 0.107 0.157 0.129 0.169 0.144 0.119 96 F 0.008 0.019 0.032 0.077 0.109 0.148 0.212 0.135 0.126 0.083 0.052 97 V 0.003 0.008 0.020 0.037 0.056 0.063 0.117 0.129 0.204 0.194 0.169 98 W 0.002 0.004 0.008 0.019 0.036 0.054 0.125 0.153 0.228 0.218 0.153 99 Q 0.007 0.019 0.030 0.088 0.107 0.109 0.162 0.151 0.142 0.117 0.070 100 V 0.002 0.003 0.006 0.010 0.019 0.037 0.079 0.129 0.207 0.249 0.259 101 A 0.006 0.007 0.013 0.036 0.075 0.071 0.132 0.178 0.181 0.166 0.136 102 V 0.002 0.003 0.007 0.009 0.018 0.026 0.072 0.109 0.226 0.278 0.251 103 H 0.016 0.050 0.056 0.159 0.187 0.153 0.165 0.085 0.068 0.039 0.022 104 S 0.234 0.183 0.119 0.169 0.091 0.066 0.072 0.032 0.019 0.009 0.005 105 R 0.344 0.117 0.065 0.180 0.118 0.062 0.063 0.028 0.012 0.005 0.005 106 A 0.064 0.067 0.042 0.057 0.058 0.073 0.120 0.107 0.122 0.149 0.142 107 R 0.030 0.105 0.054 0.170 0.192 0.161 0.123 0.071 0.048 0.031 0.016 108 G 0.249 0.180 0.083 0.113 0.079 0.074 0.090 0.055 0.038 0.027 0.012 109 H 0.111 0.071 0.101 0.197 0.146 0.129 0.115 0.060 0.038 0.021 0.012 110 R 0.181 0.168 0.099 0.214 0.126 0.082 0.071 0.034 0.014 0.008 0.004 111 L 0.002 0.004 0.005 0.014 0.028 0.045 0.086 0.131 0.216 0.234 0.234 112 G 0.005 0.011 0.012 0.030 0.067 0.094 0.188 0.176 0.173 0.158 0.086 113 R 0.033 0.040 0.247 0.269 0.175 0.109 0.072 0.029 0.016 0.008 0.003 114 A 0.019 0.023 0.097 0.138 0.157 0.183 0.227 0.089 0.036 0.021 0.011 115 M 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.014 0.041 0.066 0.221 0.301 0.342 116 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.057 0.149 0.138 0.232 0.227 0.166 117 G 0.023 0.032 0.530 0.223 0.107 0.045 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 118 H 0.006 0.012 0.078 0.109 0.164 0.208 0.295 0.087 0.024 0.011 0.005 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.041 0.192 0.315 0.425 120 L 0.001 0.001 0.005 0.015 0.057 0.144 0.308 0.163 0.147 0.110 0.048 121 E 0.004 0.026 0.763 0.141 0.042 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 122 R 0.003 0.006 0.045 0.051 0.092 0.222 0.357 0.130 0.053 0.030 0.010 123 Q 0.004 0.004 0.006 0.007 0.010 0.040 0.108 0.118 0.249 0.293 0.161 124 E 0.039 0.102 0.228 0.259 0.176 0.077 0.069 0.031 0.011 0.005 0.002 125 C 0.031 0.042 0.238 0.110 0.112 0.142 0.148 0.075 0.045 0.039 0.018 126 R 0.096 0.119 0.125 0.145 0.126 0.125 0.140 0.066 0.033 0.017 0.008 127 H 0.261 0.248 0.082 0.157 0.086 0.050 0.058 0.034 0.013 0.007 0.003 128 V 0.014 0.008 0.016 0.026 0.046 0.076 0.123 0.128 0.179 0.197 0.188 129 R 0.067 0.130 0.166 0.223 0.162 0.098 0.089 0.039 0.015 0.007 0.003 130 H 0.010 0.030 0.094 0.167 0.163 0.184 0.161 0.084 0.054 0.035 0.018 131 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.020 0.054 0.075 0.224 0.272 0.341 132 E 0.024 0.056 0.054 0.250 0.245 0.122 0.119 0.064 0.037 0.018 0.010 133 T 0.005 0.003 0.012 0.008 0.013 0.022 0.054 0.090 0.196 0.262 0.336 134 T 0.026 0.067 0.054 0.211 0.254 0.135 0.119 0.068 0.036 0.018 0.013 135 V 0.009 0.007 0.008 0.013 0.019 0.024 0.077 0.139 0.215 0.230 0.259 136 G 0.077 0.162 0.084 0.222 0.186 0.104 0.073 0.040 0.025 0.016 0.012 137 P 0.255 0.140 0.056 0.131 0.100 0.077 0.100 0.064 0.041 0.023 0.012 138 D 0.430 0.260 0.038 0.113 0.057 0.034 0.032 0.017 0.010 0.006 0.003 139 N 0.064 0.052 0.021 0.069 0.082 0.107 0.175 0.127 0.135 0.091 0.077 140 Q 0.452 0.167 0.082 0.149 0.078 0.030 0.021 0.012 0.005 0.003 0.002 141 A 0.031 0.047 0.042 0.115 0.131 0.147 0.187 0.116 0.091 0.058 0.036 142 S 0.005 0.011 0.013 0.029 0.047 0.056 0.111 0.147 0.208 0.203 0.171 143 R 0.017 0.018 0.047 0.120 0.170 0.192 0.219 0.107 0.064 0.034 0.013 144 R 0.027 0.049 0.322 0.246 0.140 0.090 0.068 0.031 0.014 0.008 0.004 145 T 0.002 0.003 0.011 0.018 0.032 0.071 0.153 0.137 0.221 0.210 0.142 146 F 0.001 0.001 0.003 0.007 0.015 0.031 0.085 0.105 0.246 0.291 0.215 147 A 0.014 0.041 0.260 0.217 0.177 0.114 0.089 0.043 0.025 0.014 0.006 148 G 0.028 0.051 0.249 0.210 0.166 0.122 0.102 0.042 0.017 0.009 0.005 149 L 0.005 0.005 0.008 0.012 0.020 0.046 0.116 0.141 0.216 0.220 0.211 150 A 0.053 0.055 0.040 0.102 0.117 0.102 0.161 0.132 0.110 0.080 0.049 151 G 0.096 0.074 0.162 0.174 0.136 0.108 0.115 0.058 0.040 0.025 0.013 152 E 0.108 0.151 0.167 0.193 0.134 0.089 0.079 0.038 0.021 0.013 0.008 153 R 0.063 0.081 0.038 0.091 0.094 0.132 0.193 0.129 0.090 0.059 0.031 154 G 0.261 0.187 0.063 0.147 0.106 0.071 0.071 0.045 0.025 0.015 0.009 155 A 0.225 0.093 0.076 0.117 0.099 0.096 0.119 0.074 0.051 0.032 0.018 156 H 0.238 0.227 0.106 0.195 0.100 0.052 0.043 0.020 0.011 0.006 0.003 157 V 0.038 0.037 0.025 0.048 0.060 0.086 0.154 0.133 0.166 0.141 0.114 158 S 0.157 0.221 0.103 0.204 0.140 0.064 0.048 0.032 0.016 0.010 0.005 159 E 0.158 0.185 0.112 0.189 0.107 0.079 0.076 0.046 0.025 0.015 0.006 160 Q 0.136 0.091 0.064 0.150 0.135 0.126 0.123 0.081 0.048 0.030 0.015 161 P 0.276 0.144 0.077 0.142 0.097 0.080 0.086 0.052 0.026 0.014 0.006 162 F 0.056 0.067 0.065 0.127 0.122 0.139 0.163 0.104 0.080 0.052 0.026 163 F 0.023 0.021 0.021 0.043 0.062 0.081 0.169 0.164 0.171 0.151 0.095 164 D 0.132 0.239 0.160 0.237 0.105 0.047 0.037 0.021 0.012 0.007 0.003 165 R 0.081 0.067 0.071 0.172 0.160 0.141 0.143 0.086 0.044 0.025 0.011 166 Q 0.220 0.118 0.092 0.167 0.114 0.085 0.089 0.059 0.029 0.019 0.008 167 A 0.033 0.044 0.041 0.095 0.096 0.171 0.212 0.118 0.098 0.065 0.028 168 F 0.017 0.019 0.020 0.029 0.039 0.081 0.138 0.120 0.195 0.193 0.148 169 G 0.180 0.249 0.100 0.171 0.114 0.059 0.064 0.031 0.018 0.010 0.004 170 G 0.398 0.207 0.079 0.137 0.071 0.037 0.034 0.018 0.010 0.006 0.003 171 A 0.589 0.123 0.030 0.078 0.053 0.036 0.041 0.025 0.012 0.007 0.004 172 D 0.269 0.318 0.056 0.153 0.078 0.049 0.037 0.021 0.011 0.006 0.003 173 H 0.067 0.090 0.033 0.078 0.094 0.118 0.152 0.125 0.105 0.081 0.056 174 D 0.266 0.180 0.078 0.161 0.113 0.068 0.066 0.036 0.018 0.009 0.004 175 D 0.221 0.156 0.145 0.206 0.102 0.062 0.056 0.027 0.014 0.007 0.003 176 E 0.024 0.026 0.043 0.099 0.111 0.161 0.206 0.133 0.101 0.068 0.028 177 M 0.017 0.042 0.059 0.112 0.107 0.146 0.209 0.129 0.097 0.059 0.023 178 L 0.006 0.013 0.054 0.074 0.088 0.126 0.176 0.147 0.141 0.115 0.059 179 L 0.003 0.005 0.023 0.021 0.030 0.070 0.132 0.139 0.226 0.231 0.120 180 R 0.007 0.024 0.053 0.117 0.140 0.109 0.175 0.157 0.109 0.074 0.035 181 I 0.002 0.002 0.007 0.007 0.012 0.025 0.057 0.108 0.214 0.305 0.259 182 G 0.021 0.024 0.028 0.070 0.111 0.130 0.191 0.165 0.128 0.086 0.046 183 P 0.040 0.038 0.049 0.090 0.094 0.080 0.150 0.158 0.135 0.101 0.063 184 F 0.012 0.011 0.013 0.027 0.043 0.067 0.133 0.137 0.193 0.186 0.179 185 T 0.182 0.187 0.077 0.171 0.120 0.071 0.084 0.046 0.034 0.018 0.010 186 H 0.247 0.178 0.065 0.148 0.101 0.075 0.082 0.046 0.030 0.018 0.012 187 P 0.221 0.150 0.047 0.126 0.103 0.091 0.106 0.062 0.044 0.029 0.020 188 P 0.498 0.259 0.043 0.092 0.043 0.022 0.021 0.011 0.006 0.003 0.002 189 H 0.204 0.100 0.036 0.098 0.093 0.105 0.119 0.081 0.074 0.052 0.038