# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 275 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.043 0.009 0.002 0.031 0.025 0.034 0.114 0.003 0.001 0.008 0.730 2 N 0.134 0.016 0.011 0.031 0.016 0.025 0.063 0.001 0.001 0.010 0.693 3 A 0.024 0.019 0.003 0.020 0.007 0.016 0.299 0.001 0.001 0.003 0.608 4 M 0.092 0.014 0.002 0.020 0.008 0.018 0.457 0.004 0.001 0.012 0.372 5 R 0.400 0.072 0.003 0.018 0.006 0.013 0.069 0.006 0.001 0.009 0.404 6 K 0.118 0.074 0.009 0.021 0.008 0.012 0.073 0.007 0.001 0.004 0.673 7 D 0.095 0.051 0.009 0.025 0.013 0.017 0.188 0.007 0.001 0.008 0.586 8 E 0.151 0.085 0.015 0.030 0.010 0.019 0.143 0.009 0.001 0.009 0.530 9 T 0.184 0.069 0.005 0.025 0.016 0.021 0.316 0.018 0.001 0.009 0.338 10 S 0.274 0.055 0.015 0.030 0.013 0.017 0.098 0.009 0.001 0.014 0.476 11 N 0.127 0.056 0.026 0.053 0.021 0.024 0.163 0.007 0.001 0.008 0.516 12 T 0.085 0.019 0.024 0.037 0.013 0.019 0.319 0.006 0.001 0.015 0.464 13 S 0.114 0.025 0.010 0.043 0.017 0.024 0.178 0.003 0.001 0.012 0.574 14 P 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.979 15 D 0.028 0.011 0.002 0.022 0.016 0.035 0.372 0.002 0.001 0.010 0.504 16 I 0.297 0.049 0.007 0.040 0.024 0.045 0.114 0.002 0.001 0.009 0.414 17 S 0.100 0.112 0.002 0.031 0.064 0.068 0.127 0.003 0.001 0.005 0.487 18 V 0.111 0.051 0.007 0.027 0.023 0.035 0.065 0.004 0.001 0.004 0.674 19 A 0.212 0.098 0.007 0.044 0.039 0.083 0.088 0.009 0.001 0.007 0.414 20 Q 0.164 0.066 0.019 0.046 0.069 0.091 0.115 0.006 0.001 0.007 0.417 21 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 22 A 0.016 0.010 0.002 0.028 0.054 0.173 0.073 0.001 0.001 0.004 0.638 23 S 0.154 0.020 0.001 0.021 0.025 0.043 0.097 0.002 0.001 0.007 0.629 24 A 0.215 0.039 0.004 0.026 0.033 0.056 0.085 0.002 0.001 0.005 0.534 25 L 0.179 0.034 0.007 0.052 0.071 0.086 0.117 0.004 0.001 0.012 0.438 26 R 0.209 0.024 0.010 0.090 0.086 0.107 0.097 0.003 0.001 0.011 0.363 27 Y 0.046 0.024 0.008 0.158 0.192 0.166 0.062 0.001 0.001 0.004 0.339 28 H 0.017 0.008 0.003 0.213 0.253 0.340 0.026 0.001 0.001 0.004 0.135 29 L 0.019 0.012 0.004 0.195 0.147 0.321 0.029 0.002 0.001 0.004 0.268 30 R 0.013 0.004 0.002 0.192 0.175 0.354 0.041 0.001 0.001 0.001 0.217 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 32 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.980 33 R 0.072 0.001 0.001 0.034 0.028 0.092 0.111 0.001 0.001 0.004 0.657 34 R 0.169 0.005 0.001 0.017 0.011 0.025 0.036 0.001 0.001 0.002 0.733 35 N 0.066 0.018 0.001 0.015 0.016 0.025 0.336 0.001 0.001 0.004 0.518 36 D 0.216 0.024 0.002 0.006 0.005 0.011 0.239 0.002 0.001 0.017 0.479 37 G 0.176 0.130 0.008 0.012 0.006 0.011 0.116 0.001 0.001 0.006 0.534 38 A 0.007 0.043 0.002 0.002 0.002 0.003 0.458 0.001 0.001 0.002 0.480 39 A 0.055 0.090 0.003 0.006 0.002 0.004 0.537 0.001 0.001 0.006 0.295 40 I 0.054 0.799 0.001 0.002 0.004 0.007 0.027 0.001 0.001 0.001 0.103 41 H 0.003 0.947 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.037 42 Q 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.035 43 L 0.021 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 44 V 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 45 S 0.015 0.945 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.021 46 E 0.178 0.599 0.020 0.002 0.002 0.004 0.007 0.132 0.001 0.001 0.055 47 C 0.477 0.246 0.053 0.003 0.002 0.003 0.008 0.102 0.001 0.002 0.103 48 P 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 L 0.047 0.006 0.003 0.047 0.012 0.035 0.078 0.001 0.001 0.004 0.767 51 D 0.187 0.011 0.001 0.015 0.007 0.009 0.077 0.001 0.001 0.002 0.690 52 L 0.255 0.051 0.009 0.037 0.011 0.022 0.083 0.001 0.001 0.004 0.528 53 N 0.047 0.028 0.001 0.011 0.007 0.010 0.565 0.001 0.001 0.004 0.326 54 S 0.225 0.035 0.005 0.013 0.005 0.008 0.232 0.001 0.001 0.017 0.459 55 L 0.046 0.208 0.003 0.014 0.007 0.009 0.168 0.001 0.001 0.004 0.540 56 Y 0.035 0.186 0.005 0.011 0.005 0.011 0.377 0.002 0.001 0.005 0.361 57 A 0.064 0.649 0.004 0.010 0.008 0.012 0.107 0.002 0.001 0.003 0.142 58 Y 0.021 0.899 0.002 0.002 0.008 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.048 59 L 0.013 0.926 0.002 0.002 0.004 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.040 60 L 0.013 0.949 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 61 L 0.027 0.930 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.008 0.001 0.001 0.020 62 C 0.048 0.893 0.005 0.002 0.004 0.007 0.004 0.012 0.001 0.001 0.026 63 E 0.064 0.785 0.013 0.004 0.007 0.011 0.009 0.021 0.001 0.001 0.085 64 H 0.131 0.524 0.022 0.006 0.009 0.014 0.025 0.051 0.001 0.004 0.214 65 H 0.209 0.313 0.030 0.011 0.013 0.024 0.045 0.041 0.001 0.005 0.308 66 A 0.105 0.122 0.032 0.024 0.023 0.036 0.065 0.018 0.001 0.005 0.569 67 H 0.095 0.049 0.022 0.041 0.084 0.100 0.078 0.011 0.001 0.011 0.508 68 T 0.135 0.024 0.023 0.091 0.163 0.221 0.060 0.005 0.001 0.010 0.267 69 C 0.030 0.014 0.007 0.104 0.265 0.368 0.034 0.001 0.001 0.003 0.174 70 V 0.003 0.004 0.002 0.092 0.394 0.461 0.006 0.001 0.001 0.001 0.038 71 V 0.002 0.002 0.001 0.061 0.387 0.504 0.004 0.001 0.001 0.001 0.039 72 A 0.003 0.001 0.001 0.024 0.398 0.541 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 73 E 0.002 0.001 0.001 0.022 0.300 0.575 0.005 0.001 0.001 0.001 0.095 74 S 0.001 0.001 0.001 0.008 0.580 0.338 0.018 0.001 0.001 0.002 0.053 75 P 0.004 0.001 0.001 0.012 0.042 0.091 0.035 0.001 0.001 0.005 0.809 76 G 0.003 0.001 0.001 0.006 0.030 0.058 0.629 0.001 0.001 0.013 0.260 77 G 0.529 0.001 0.004 0.002 0.008 0.012 0.060 0.001 0.001 0.234 0.149 78 R 0.195 0.003 0.019 0.011 0.025 0.027 0.365 0.001 0.001 0.021 0.333 79 I 0.004 0.001 0.006 0.041 0.206 0.204 0.094 0.001 0.001 0.008 0.435 80 D 0.003 0.001 0.001 0.033 0.302 0.546 0.028 0.001 0.001 0.003 0.084 81 G 0.004 0.002 0.001 0.062 0.318 0.526 0.018 0.001 0.001 0.001 0.069 82 F 0.003 0.001 0.001 0.047 0.328 0.554 0.014 0.001 0.001 0.001 0.053 83 V 0.002 0.002 0.001 0.089 0.369 0.502 0.006 0.001 0.001 0.001 0.028 84 S 0.003 0.003 0.001 0.072 0.346 0.497 0.007 0.001 0.001 0.001 0.070 85 A 0.005 0.003 0.001 0.084 0.297 0.511 0.012 0.001 0.001 0.001 0.087 86 Y 0.009 0.003 0.001 0.057 0.271 0.494 0.023 0.001 0.001 0.002 0.141 87 L 0.028 0.005 0.003 0.058 0.165 0.382 0.056 0.002 0.001 0.006 0.296 88 L 0.041 0.008 0.002 0.044 0.175 0.299 0.069 0.001 0.001 0.003 0.358 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 90 T 0.014 0.003 0.002 0.016 0.031 0.077 0.155 0.002 0.001 0.011 0.689 91 R 0.357 0.003 0.005 0.011 0.008 0.016 0.098 0.001 0.001 0.008 0.494 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 93 D 0.019 0.002 0.001 0.033 0.077 0.140 0.143 0.001 0.001 0.011 0.574 94 V 0.209 0.006 0.004 0.058 0.035 0.064 0.113 0.001 0.001 0.007 0.503 95 L 0.032 0.012 0.002 0.175 0.276 0.275 0.055 0.001 0.001 0.003 0.170 96 F 0.011 0.009 0.002 0.134 0.246 0.409 0.056 0.001 0.001 0.005 0.129 97 V 0.014 0.013 0.001 0.163 0.283 0.380 0.019 0.001 0.001 0.001 0.128 98 W 0.004 0.008 0.001 0.105 0.382 0.422 0.009 0.001 0.001 0.001 0.069 99 Q 0.005 0.011 0.001 0.107 0.314 0.439 0.018 0.001 0.001 0.002 0.102 100 V 0.018 0.007 0.001 0.075 0.322 0.464 0.009 0.001 0.001 0.001 0.104 101 A 0.007 0.008 0.001 0.078 0.300 0.530 0.009 0.001 0.001 0.002 0.064 102 V 0.013 0.012 0.006 0.050 0.255 0.396 0.025 0.001 0.001 0.003 0.239 103 H 0.013 0.012 0.002 0.061 0.165 0.460 0.053 0.001 0.001 0.002 0.231 104 S 0.004 0.003 0.001 0.008 0.013 0.030 0.012 0.001 0.001 0.001 0.929 105 R 0.017 0.023 0.001 0.014 0.024 0.051 0.175 0.002 0.001 0.005 0.688 106 A 0.278 0.033 0.003 0.017 0.011 0.024 0.284 0.005 0.001 0.011 0.333 107 R 0.248 0.244 0.006 0.024 0.025 0.037 0.078 0.006 0.001 0.010 0.323 108 G 0.143 0.132 0.027 0.016 0.018 0.031 0.070 0.006 0.001 0.010 0.546 109 H 0.138 0.128 0.040 0.020 0.014 0.022 0.121 0.003 0.001 0.007 0.507 110 R 0.020 0.046 0.003 0.008 0.004 0.006 0.083 0.001 0.001 0.003 0.826 111 L 0.026 0.115 0.011 0.011 0.006 0.010 0.164 0.001 0.001 0.003 0.654 112 G 0.021 0.277 0.004 0.011 0.004 0.015 0.191 0.002 0.001 0.002 0.474 113 R 0.013 0.665 0.001 0.003 0.004 0.005 0.048 0.001 0.001 0.001 0.259 114 A 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.029 115 M 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 116 L 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 G 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 118 H 0.007 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 119 I 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 120 L 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 121 E 0.014 0.945 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.023 122 R 0.037 0.928 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.021 123 Q 0.031 0.931 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.024 124 E 0.029 0.807 0.010 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.001 0.001 0.115 125 C 0.119 0.697 0.011 0.002 0.001 0.002 0.019 0.041 0.001 0.001 0.107 126 R 0.291 0.474 0.008 0.003 0.003 0.003 0.011 0.077 0.001 0.002 0.128 127 H 0.328 0.158 0.059 0.012 0.005 0.009 0.035 0.061 0.001 0.004 0.329 128 V 0.113 0.084 0.292 0.049 0.018 0.023 0.026 0.011 0.001 0.003 0.381 129 R 0.038 0.034 0.013 0.171 0.233 0.134 0.091 0.005 0.001 0.006 0.274 130 H 0.040 0.024 0.013 0.164 0.046 0.071 0.084 0.004 0.001 0.006 0.547 131 L 0.027 0.013 0.001 0.423 0.191 0.213 0.020 0.001 0.001 0.001 0.110 132 E 0.005 0.013 0.002 0.416 0.172 0.240 0.034 0.001 0.001 0.008 0.109 133 T 0.011 0.010 0.002 0.394 0.217 0.227 0.021 0.001 0.001 0.001 0.117 134 T 0.007 0.004 0.001 0.366 0.187 0.281 0.036 0.001 0.001 0.002 0.118 135 V 0.014 0.005 0.003 0.196 0.151 0.242 0.059 0.001 0.001 0.010 0.320 136 G 0.016 0.004 0.001 0.172 0.155 0.272 0.087 0.001 0.001 0.002 0.291 137 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 138 D 0.012 0.004 0.001 0.025 0.017 0.054 0.249 0.001 0.001 0.009 0.631 139 N 0.203 0.009 0.003 0.010 0.006 0.012 0.129 0.001 0.001 0.014 0.613 140 Q 0.110 0.046 0.003 0.005 0.003 0.005 0.166 0.001 0.001 0.004 0.659 141 A 0.017 0.098 0.002 0.002 0.002 0.004 0.402 0.001 0.001 0.002 0.470 142 S 0.061 0.370 0.001 0.003 0.004 0.010 0.251 0.002 0.001 0.003 0.295 143 R 0.015 0.891 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.074 144 R 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.039 145 T 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 146 F 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 147 A 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 148 G 0.009 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 149 L 0.061 0.899 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.013 150 A 0.049 0.867 0.018 0.002 0.004 0.004 0.003 0.020 0.001 0.001 0.032 151 G 0.077 0.537 0.071 0.010 0.018 0.019 0.012 0.032 0.001 0.001 0.221 152 E 0.160 0.386 0.053 0.022 0.023 0.029 0.034 0.024 0.001 0.004 0.265 153 R 0.102 0.312 0.022 0.030 0.037 0.044 0.039 0.019 0.001 0.005 0.390 154 G 0.143 0.101 0.022 0.042 0.041 0.062 0.060 0.022 0.001 0.011 0.495 155 A 0.183 0.053 0.089 0.053 0.047 0.055 0.065 0.005 0.001 0.008 0.442 156 H 0.032 0.018 0.004 0.044 0.033 0.053 0.070 0.003 0.001 0.004 0.739 157 V 0.057 0.016 0.008 0.065 0.098 0.152 0.043 0.002 0.001 0.006 0.554 158 S 0.035 0.025 0.004 0.082 0.120 0.182 0.091 0.002 0.001 0.005 0.454 159 E 0.067 0.013 0.006 0.050 0.044 0.089 0.075 0.003 0.001 0.006 0.648 160 Q 0.087 0.019 0.003 0.100 0.094 0.164 0.100 0.001 0.001 0.004 0.427 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 162 F 0.031 0.007 0.002 0.095 0.066 0.212 0.087 0.001 0.001 0.006 0.495 163 F 0.177 0.019 0.010 0.124 0.053 0.112 0.088 0.001 0.001 0.007 0.408 164 D 0.055 0.028 0.002 0.047 0.055 0.081 0.110 0.001 0.001 0.004 0.615 165 R 0.030 0.021 0.003 0.031 0.022 0.039 0.060 0.001 0.001 0.003 0.790 166 Q 0.045 0.044 0.001 0.024 0.021 0.027 0.364 0.002 0.001 0.006 0.467 167 A 0.282 0.051 0.003 0.028 0.013 0.026 0.303 0.007 0.001 0.012 0.275 168 F 0.310 0.273 0.007 0.043 0.030 0.045 0.060 0.007 0.001 0.008 0.217 169 G 0.094 0.115 0.014 0.028 0.021 0.028 0.081 0.010 0.001 0.005 0.605 170 G 0.060 0.051 0.016 0.020 0.011 0.017 0.062 0.005 0.001 0.006 0.752 171 A 0.102 0.038 0.009 0.017 0.013 0.019 0.133 0.004 0.001 0.008 0.656 172 D 0.102 0.033 0.007 0.013 0.012 0.020 0.179 0.004 0.001 0.010 0.620 173 H 0.140 0.063 0.016 0.023 0.021 0.040 0.164 0.003 0.001 0.010 0.518 174 D 0.057 0.055 0.004 0.014 0.015 0.029 0.135 0.003 0.001 0.006 0.683 175 D 0.071 0.055 0.004 0.017 0.024 0.038 0.129 0.003 0.001 0.011 0.648 176 E 0.175 0.084 0.008 0.019 0.034 0.037 0.177 0.004 0.001 0.012 0.451 177 M 0.145 0.125 0.010 0.042 0.094 0.121 0.148 0.006 0.001 0.011 0.298 178 L 0.176 0.097 0.008 0.052 0.121 0.273 0.062 0.007 0.001 0.007 0.197 179 L 0.044 0.086 0.009 0.064 0.387 0.278 0.012 0.002 0.001 0.002 0.115 180 R 0.015 0.019 0.003 0.060 0.277 0.338 0.015 0.005 0.001 0.001 0.267 181 I 0.032 0.013 0.004 0.062 0.205 0.446 0.017 0.002 0.001 0.002 0.216 182 G 0.015 0.005 0.001 0.066 0.298 0.381 0.032 0.001 0.001 0.001 0.201 183 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 184 F 0.010 0.001 0.001 0.045 0.089 0.291 0.042 0.001 0.001 0.002 0.518 185 T 0.143 0.002 0.002 0.034 0.032 0.093 0.077 0.001 0.001 0.007 0.609 186 H 0.080 0.003 0.003 0.014 0.029 0.042 0.060 0.001 0.001 0.003 0.765 187 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 188 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 189 H 0.049 0.001 0.001 0.013 0.016 0.044 0.110 0.001 0.001 0.005 0.762