# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 275 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.144 0.049 0.043 0.013 0.020 0.105 0.020 0.607 2 N 0.125 0.053 0.053 0.013 0.026 0.076 0.012 0.641 3 A 0.062 0.036 0.042 0.010 0.017 0.092 0.007 0.735 4 M 0.070 0.037 0.055 0.013 0.025 0.216 0.011 0.574 5 R 0.194 0.055 0.039 0.014 0.029 0.111 0.013 0.545 6 K 0.096 0.085 0.032 0.010 0.020 0.080 0.008 0.669 7 D 0.077 0.056 0.028 0.009 0.016 0.112 0.012 0.691 8 E 0.292 0.083 0.028 0.012 0.016 0.151 0.030 0.387 9 T 0.301 0.110 0.031 0.020 0.022 0.182 0.027 0.308 10 S 0.208 0.099 0.034 0.015 0.019 0.096 0.020 0.508 11 N 0.170 0.076 0.050 0.019 0.034 0.111 0.023 0.517 12 T 0.167 0.030 0.031 0.015 0.018 0.179 0.040 0.519 13 S 0.205 0.032 0.035 0.023 0.027 0.174 0.019 0.485 14 P 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.980 15 D 0.027 0.010 0.019 0.011 0.017 0.414 0.007 0.495 16 I 0.406 0.030 0.044 0.019 0.029 0.122 0.021 0.328 17 S 0.111 0.159 0.040 0.052 0.060 0.139 0.008 0.431 18 V 0.077 0.103 0.038 0.037 0.069 0.090 0.011 0.576 19 A 0.127 0.140 0.054 0.044 0.096 0.109 0.025 0.405 20 Q 0.164 0.068 0.067 0.100 0.106 0.124 0.018 0.353 21 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 22 A 0.024 0.020 0.040 0.043 0.129 0.088 0.006 0.651 23 S 0.153 0.037 0.028 0.034 0.040 0.101 0.017 0.592 24 A 0.198 0.039 0.037 0.036 0.050 0.074 0.020 0.546 25 L 0.183 0.033 0.052 0.083 0.081 0.105 0.019 0.443 26 R 0.154 0.019 0.055 0.056 0.080 0.110 0.017 0.509 27 Y 0.072 0.014 0.117 0.122 0.169 0.061 0.009 0.436 28 H 0.025 0.003 0.218 0.275 0.254 0.043 0.004 0.178 29 L 0.009 0.004 0.136 0.189 0.245 0.030 0.003 0.384 30 R 0.008 0.002 0.209 0.180 0.399 0.030 0.003 0.168 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 33 R 0.032 0.001 0.032 0.019 0.059 0.178 0.004 0.675 34 R 0.167 0.006 0.016 0.006 0.015 0.040 0.006 0.744 35 N 0.047 0.007 0.006 0.004 0.006 0.207 0.004 0.718 36 D 0.296 0.017 0.014 0.004 0.007 0.184 0.014 0.465 37 G 0.207 0.149 0.014 0.003 0.010 0.107 0.006 0.504 38 A 0.035 0.092 0.008 0.003 0.007 0.323 0.004 0.527 39 A 0.039 0.242 0.010 0.002 0.006 0.262 0.005 0.434 40 I 0.020 0.832 0.003 0.001 0.005 0.031 0.002 0.106 41 H 0.005 0.952 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.032 42 Q 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 43 L 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 44 V 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 45 S 0.039 0.915 0.005 0.002 0.001 0.002 0.022 0.013 46 E 0.175 0.598 0.022 0.003 0.003 0.005 0.146 0.048 47 C 0.346 0.359 0.052 0.006 0.005 0.011 0.107 0.114 48 P 0.006 0.003 0.010 0.001 0.001 0.005 0.002 0.973 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 50 L 0.097 0.002 0.082 0.038 0.069 0.067 0.007 0.638 51 D 0.106 0.008 0.031 0.017 0.018 0.109 0.005 0.706 52 L 0.082 0.017 0.080 0.012 0.036 0.059 0.004 0.710 53 N 0.025 0.015 0.023 0.008 0.015 0.401 0.005 0.508 54 S 0.157 0.021 0.032 0.007 0.016 0.227 0.020 0.519 55 L 0.072 0.213 0.019 0.008 0.016 0.181 0.007 0.485 56 Y 0.039 0.251 0.016 0.010 0.021 0.382 0.006 0.275 57 A 0.031 0.694 0.012 0.008 0.024 0.061 0.004 0.166 58 Y 0.021 0.872 0.004 0.005 0.015 0.012 0.003 0.068 59 L 0.018 0.902 0.004 0.004 0.010 0.010 0.004 0.048 60 L 0.020 0.924 0.004 0.004 0.005 0.006 0.006 0.030 61 L 0.047 0.887 0.005 0.005 0.007 0.005 0.012 0.031 62 C 0.069 0.800 0.017 0.011 0.014 0.008 0.021 0.059 63 E 0.121 0.588 0.025 0.018 0.017 0.021 0.047 0.162 64 H 0.172 0.306 0.032 0.023 0.023 0.042 0.058 0.344 65 H 0.158 0.216 0.069 0.039 0.041 0.072 0.030 0.377 66 A 0.049 0.063 0.041 0.028 0.026 0.073 0.015 0.703 67 H 0.129 0.042 0.059 0.062 0.080 0.100 0.031 0.498 68 T 0.233 0.029 0.073 0.137 0.142 0.048 0.023 0.315 69 C 0.025 0.009 0.103 0.298 0.351 0.032 0.005 0.177 70 V 0.003 0.002 0.081 0.460 0.372 0.014 0.001 0.067 71 V 0.002 0.001 0.056 0.408 0.471 0.005 0.001 0.056 72 A 0.001 0.001 0.026 0.433 0.491 0.004 0.001 0.042 73 E 0.002 0.001 0.038 0.312 0.569 0.007 0.001 0.070 74 S 0.004 0.003 0.018 0.453 0.382 0.030 0.002 0.108 75 P 0.002 0.001 0.003 0.030 0.040 0.012 0.001 0.911 76 G 0.004 0.001 0.003 0.007 0.021 0.255 0.006 0.703 77 G 0.656 0.001 0.009 0.008 0.021 0.054 0.085 0.166 78 R 0.424 0.003 0.045 0.056 0.043 0.243 0.015 0.171 79 I 0.006 0.001 0.036 0.109 0.096 0.178 0.001 0.573 80 D 0.002 0.001 0.061 0.246 0.618 0.016 0.001 0.056 81 G 0.007 0.002 0.123 0.218 0.382 0.060 0.001 0.207 82 F 0.005 0.002 0.199 0.272 0.397 0.033 0.001 0.092 83 V 0.002 0.002 0.185 0.286 0.458 0.008 0.001 0.058 84 S 0.003 0.004 0.152 0.301 0.459 0.010 0.002 0.070 85 A 0.012 0.012 0.106 0.290 0.380 0.037 0.005 0.159 86 Y 0.017 0.013 0.102 0.262 0.430 0.035 0.006 0.136 87 L 0.032 0.019 0.060 0.149 0.336 0.046 0.013 0.345 88 L 0.060 0.017 0.046 0.115 0.257 0.089 0.008 0.408 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 90 T 0.021 0.003 0.012 0.016 0.049 0.179 0.007 0.714 91 R 0.339 0.005 0.010 0.015 0.020 0.053 0.007 0.551 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 93 D 0.037 0.004 0.018 0.059 0.076 0.180 0.004 0.621 94 V 0.279 0.020 0.047 0.070 0.123 0.055 0.007 0.399 95 L 0.028 0.023 0.085 0.337 0.382 0.025 0.003 0.116 96 F 0.011 0.011 0.128 0.335 0.409 0.028 0.003 0.076 97 V 0.006 0.010 0.117 0.357 0.420 0.009 0.002 0.079 98 W 0.002 0.004 0.060 0.398 0.502 0.004 0.001 0.029 99 Q 0.004 0.008 0.064 0.331 0.492 0.014 0.003 0.084 100 V 0.007 0.011 0.040 0.384 0.459 0.008 0.003 0.088 101 A 0.006 0.007 0.031 0.333 0.559 0.009 0.002 0.053 102 V 0.011 0.016 0.037 0.228 0.442 0.027 0.004 0.234 103 H 0.012 0.015 0.039 0.170 0.581 0.033 0.003 0.147 104 S 0.002 0.005 0.003 0.007 0.016 0.011 0.001 0.956 105 R 0.023 0.028 0.022 0.017 0.068 0.172 0.012 0.658 106 A 0.547 0.059 0.016 0.009 0.015 0.104 0.034 0.216 107 R 0.345 0.146 0.019 0.010 0.013 0.093 0.022 0.351 108 G 0.170 0.109 0.030 0.010 0.023 0.075 0.022 0.561 109 H 0.222 0.068 0.027 0.007 0.014 0.082 0.013 0.566 110 R 0.013 0.021 0.007 0.001 0.004 0.040 0.003 0.911 111 L 0.038 0.162 0.041 0.003 0.016 0.053 0.004 0.684 112 G 0.042 0.440 0.016 0.002 0.007 0.089 0.003 0.401 113 R 0.020 0.633 0.011 0.001 0.004 0.121 0.003 0.207 114 A 0.014 0.872 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.105 115 M 0.018 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.028 116 L 0.012 0.955 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.024 117 G 0.019 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.026 118 H 0.028 0.900 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.056 119 I 0.022 0.924 0.003 0.001 0.001 0.009 0.008 0.034 120 L 0.020 0.952 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 121 E 0.029 0.902 0.003 0.001 0.001 0.011 0.011 0.043 122 R 0.056 0.880 0.002 0.001 0.001 0.004 0.018 0.038 123 Q 0.057 0.889 0.003 0.001 0.001 0.005 0.012 0.033 124 E 0.076 0.761 0.013 0.002 0.001 0.023 0.027 0.097 125 C 0.081 0.769 0.023 0.002 0.003 0.014 0.024 0.084 126 R 0.148 0.623 0.019 0.005 0.004 0.022 0.050 0.129 127 H 0.325 0.205 0.055 0.014 0.009 0.052 0.085 0.256 128 V 0.098 0.182 0.246 0.049 0.032 0.047 0.018 0.327 129 R 0.026 0.068 0.225 0.228 0.157 0.080 0.009 0.207 130 H 0.030 0.067 0.147 0.088 0.095 0.095 0.010 0.468 131 L 0.022 0.042 0.397 0.157 0.228 0.024 0.004 0.125 132 E 0.008 0.029 0.266 0.232 0.315 0.024 0.005 0.122 133 T 0.019 0.037 0.260 0.214 0.224 0.034 0.008 0.203 134 T 0.031 0.026 0.225 0.207 0.264 0.033 0.008 0.206 135 V 0.023 0.032 0.162 0.138 0.244 0.051 0.010 0.340 136 G 0.023 0.017 0.148 0.095 0.195 0.093 0.006 0.423 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 138 D 0.010 0.006 0.016 0.005 0.022 0.241 0.004 0.697 139 N 0.269 0.020 0.026 0.002 0.010 0.076 0.011 0.585 140 Q 0.078 0.064 0.013 0.002 0.006 0.111 0.004 0.722 141 A 0.030 0.071 0.008 0.002 0.004 0.294 0.003 0.588 142 S 0.054 0.407 0.006 0.002 0.006 0.203 0.003 0.318 143 R 0.020 0.855 0.003 0.001 0.004 0.017 0.002 0.100 144 R 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 145 T 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.020 146 F 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 147 A 0.017 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 148 G 0.051 0.889 0.004 0.001 0.001 0.002 0.031 0.022 149 L 0.217 0.630 0.016 0.002 0.002 0.005 0.089 0.038 150 A 0.193 0.462 0.056 0.012 0.006 0.018 0.077 0.176 151 G 0.079 0.134 0.338 0.041 0.023 0.074 0.028 0.283 152 E 0.113 0.106 0.151 0.060 0.041 0.117 0.024 0.388 153 R 0.069 0.085 0.070 0.040 0.050 0.057 0.014 0.614 154 G 0.073 0.064 0.088 0.055 0.088 0.077 0.017 0.537 155 A 0.145 0.026 0.090 0.057 0.056 0.087 0.020 0.519 156 H 0.043 0.016 0.039 0.044 0.048 0.079 0.010 0.721 157 V 0.055 0.015 0.074 0.113 0.163 0.090 0.008 0.482 158 S 0.030 0.014 0.062 0.096 0.131 0.136 0.008 0.523 159 E 0.057 0.012 0.063 0.049 0.099 0.076 0.016 0.627 160 Q 0.116 0.020 0.074 0.099 0.130 0.138 0.007 0.415 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 162 F 0.022 0.005 0.053 0.071 0.208 0.104 0.004 0.533 163 F 0.140 0.015 0.098 0.070 0.124 0.082 0.008 0.463 164 D 0.028 0.034 0.052 0.087 0.146 0.103 0.004 0.546 165 R 0.019 0.028 0.039 0.020 0.064 0.047 0.004 0.780 166 Q 0.045 0.035 0.027 0.020 0.031 0.456 0.015 0.371 167 A 0.426 0.036 0.033 0.019 0.027 0.148 0.069 0.242 168 F 0.267 0.183 0.052 0.033 0.044 0.119 0.024 0.279 169 G 0.099 0.069 0.035 0.030 0.039 0.128 0.020 0.580 170 G 0.086 0.029 0.031 0.016 0.037 0.084 0.020 0.697 171 A 0.091 0.016 0.022 0.015 0.020 0.173 0.024 0.640 172 D 0.189 0.014 0.027 0.017 0.022 0.182 0.028 0.521 173 H 0.161 0.025 0.043 0.018 0.024 0.239 0.015 0.475 174 D 0.076 0.022 0.019 0.019 0.028 0.238 0.010 0.588 175 D 0.085 0.031 0.024 0.028 0.058 0.160 0.011 0.602 176 E 0.108 0.068 0.033 0.071 0.095 0.217 0.012 0.397 177 M 0.124 0.092 0.049 0.096 0.117 0.129 0.015 0.377 178 L 0.068 0.162 0.081 0.139 0.249 0.038 0.009 0.254 179 L 0.031 0.096 0.110 0.314 0.302 0.017 0.007 0.122 180 R 0.027 0.052 0.101 0.289 0.326 0.015 0.010 0.180 181 I 0.024 0.040 0.136 0.203 0.352 0.018 0.012 0.215 182 G 0.025 0.015 0.143 0.221 0.294 0.046 0.006 0.250 183 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 184 F 0.011 0.002 0.103 0.103 0.267 0.102 0.004 0.408 185 T 0.101 0.006 0.039 0.038 0.060 0.077 0.012 0.666 186 H 0.136 0.007 0.027 0.022 0.042 0.054 0.010 0.702 187 P 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.981 188 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 189 H 0.045 0.001 0.013 0.022 0.062 0.098 0.004 0.755