# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 275 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.228 0.195 0.168 0.214 0.086 0.033 0.032 0.011 0.022 0.011 0.001 2 N 0.161 0.138 0.355 0.060 0.088 0.034 0.041 0.007 0.091 0.024 0.001 3 A 0.586 0.026 0.294 0.053 0.008 0.013 0.003 0.001 0.006 0.002 0.010 4 M 0.250 0.094 0.331 0.186 0.022 0.072 0.017 0.004 0.021 0.003 0.001 5 R 0.185 0.119 0.548 0.032 0.016 0.028 0.010 0.001 0.056 0.002 0.003 6 K 0.708 0.016 0.199 0.046 0.005 0.012 0.003 0.001 0.004 0.001 0.005 7 D 0.399 0.061 0.174 0.231 0.031 0.045 0.026 0.006 0.022 0.003 0.001 8 E 0.530 0.074 0.188 0.136 0.019 0.018 0.014 0.004 0.012 0.003 0.002 9 T 0.351 0.165 0.196 0.180 0.023 0.033 0.022 0.003 0.023 0.002 0.001 10 S 0.310 0.115 0.313 0.152 0.022 0.037 0.023 0.002 0.022 0.003 0.002 11 N 0.227 0.172 0.281 0.174 0.039 0.049 0.025 0.004 0.021 0.004 0.003 12 T 0.173 0.248 0.345 0.118 0.027 0.045 0.015 0.003 0.022 0.003 0.003 13 S 0.051 0.160 0.559 0.010 0.027 0.024 0.009 0.001 0.153 0.005 0.002 14 P 0.519 0.006 0.408 0.020 0.003 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 15 D 0.278 0.096 0.314 0.181 0.026 0.071 0.014 0.005 0.012 0.001 0.001 16 I 0.244 0.350 0.258 0.068 0.028 0.018 0.005 0.002 0.023 0.001 0.002 17 S 0.235 0.206 0.386 0.062 0.038 0.038 0.010 0.001 0.020 0.001 0.002 18 V 0.275 0.284 0.247 0.089 0.039 0.034 0.007 0.001 0.022 0.001 0.003 19 A 0.214 0.273 0.302 0.093 0.041 0.044 0.009 0.002 0.020 0.002 0.002 20 Q 0.025 0.344 0.406 0.006 0.034 0.016 0.004 0.001 0.163 0.002 0.001 21 P 0.159 0.006 0.759 0.009 0.002 0.025 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 22 A 0.531 0.065 0.235 0.105 0.018 0.021 0.006 0.003 0.011 0.002 0.002 23 S 0.345 0.113 0.202 0.205 0.045 0.031 0.026 0.007 0.018 0.006 0.001 24 A 0.277 0.122 0.236 0.203 0.044 0.035 0.044 0.006 0.026 0.004 0.002 25 L 0.199 0.246 0.281 0.150 0.037 0.029 0.030 0.003 0.020 0.002 0.003 26 R 0.080 0.397 0.266 0.082 0.074 0.036 0.024 0.003 0.032 0.002 0.003 27 Y 0.023 0.602 0.245 0.037 0.049 0.027 0.005 0.001 0.010 0.001 0.002 28 H 0.009 0.777 0.153 0.009 0.026 0.015 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 29 L 0.018 0.680 0.185 0.014 0.045 0.042 0.002 0.001 0.010 0.001 0.003 30 R 0.007 0.590 0.249 0.004 0.044 0.017 0.003 0.001 0.084 0.001 0.001 31 P 0.005 0.019 0.909 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 0.031 0.001 0.009 32 P 0.102 0.006 0.778 0.019 0.006 0.035 0.001 0.001 0.004 0.001 0.048 33 R 0.051 0.362 0.384 0.040 0.044 0.039 0.006 0.003 0.067 0.002 0.001 34 R 0.660 0.027 0.203 0.061 0.017 0.011 0.003 0.001 0.004 0.004 0.009 35 N 0.596 0.030 0.078 0.172 0.046 0.037 0.020 0.006 0.009 0.006 0.001 36 D 0.386 0.039 0.101 0.384 0.015 0.045 0.017 0.002 0.009 0.002 0.001 37 G 0.856 0.011 0.037 0.027 0.009 0.016 0.020 0.014 0.002 0.006 0.001 38 A 0.986 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 S 0.969 0.001 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.420 0.005 0.008 0.555 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 47 C 0.178 0.061 0.398 0.056 0.036 0.017 0.065 0.003 0.179 0.006 0.001 48 P 0.248 0.008 0.675 0.015 0.002 0.018 0.002 0.001 0.022 0.002 0.008 49 P 0.449 0.002 0.413 0.075 0.001 0.045 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 50 L 0.459 0.095 0.135 0.256 0.012 0.022 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 51 D 0.194 0.079 0.231 0.217 0.050 0.100 0.076 0.005 0.041 0.006 0.001 52 L 0.538 0.078 0.150 0.166 0.016 0.027 0.008 0.001 0.011 0.001 0.002 53 N 0.456 0.059 0.126 0.199 0.029 0.072 0.031 0.007 0.014 0.008 0.001 54 S 0.716 0.044 0.087 0.075 0.021 0.026 0.014 0.003 0.010 0.003 0.001 55 L 0.929 0.014 0.021 0.026 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Y 0.917 0.025 0.013 0.029 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 57 A 0.935 0.025 0.013 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 58 Y 0.953 0.018 0.007 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 59 L 0.963 0.013 0.006 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 60 L 0.927 0.020 0.010 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 61 L 0.848 0.031 0.028 0.066 0.011 0.005 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 62 C 0.741 0.056 0.057 0.099 0.013 0.012 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 63 E 0.729 0.034 0.066 0.125 0.011 0.012 0.015 0.001 0.007 0.001 0.001 64 H 0.337 0.054 0.081 0.405 0.026 0.026 0.048 0.006 0.013 0.003 0.001 65 H 0.239 0.120 0.219 0.175 0.041 0.045 0.099 0.010 0.044 0.008 0.001 66 A 0.361 0.110 0.250 0.164 0.025 0.028 0.036 0.004 0.014 0.004 0.003 67 H 0.163 0.170 0.200 0.238 0.071 0.044 0.070 0.017 0.018 0.008 0.001 68 T 0.067 0.443 0.214 0.111 0.092 0.025 0.018 0.003 0.023 0.001 0.001 69 C 0.015 0.758 0.116 0.012 0.065 0.016 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 70 V 0.009 0.748 0.166 0.004 0.030 0.035 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 71 V 0.009 0.800 0.127 0.005 0.021 0.027 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 72 A 0.008 0.732 0.131 0.005 0.077 0.024 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 73 E 0.016 0.622 0.214 0.016 0.057 0.051 0.004 0.001 0.016 0.002 0.001 74 S 0.003 0.331 0.507 0.001 0.021 0.023 0.003 0.001 0.106 0.003 0.001 75 P 0.308 0.004 0.514 0.022 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.008 0.125 76 G 0.013 0.001 0.026 0.031 0.015 0.004 0.161 0.630 0.001 0.119 0.001 77 G 0.029 0.014 0.065 0.045 0.028 0.007 0.048 0.652 0.003 0.110 0.001 78 R 0.035 0.294 0.579 0.027 0.029 0.012 0.004 0.001 0.015 0.003 0.001 79 I 0.074 0.278 0.491 0.036 0.021 0.062 0.006 0.001 0.019 0.002 0.010 80 D 0.072 0.487 0.247 0.063 0.091 0.014 0.008 0.001 0.014 0.001 0.002 81 G 0.039 0.184 0.066 0.019 0.592 0.013 0.014 0.033 0.010 0.029 0.001 82 F 0.037 0.772 0.105 0.009 0.047 0.019 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 83 V 0.040 0.717 0.165 0.008 0.023 0.037 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 84 S 0.133 0.457 0.170 0.031 0.123 0.044 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 85 A 0.121 0.416 0.149 0.087 0.154 0.026 0.017 0.002 0.026 0.002 0.001 86 Y 0.100 0.449 0.201 0.086 0.079 0.034 0.017 0.002 0.029 0.002 0.001 87 L 0.098 0.277 0.445 0.054 0.032 0.059 0.012 0.001 0.014 0.002 0.006 88 L 0.021 0.260 0.453 0.007 0.020 0.031 0.006 0.001 0.199 0.002 0.001 89 P 0.335 0.003 0.537 0.016 0.002 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.082 90 T 0.246 0.079 0.159 0.398 0.023 0.042 0.021 0.019 0.010 0.002 0.001 91 R 0.028 0.200 0.431 0.013 0.033 0.016 0.014 0.001 0.251 0.011 0.001 92 P 0.430 0.003 0.472 0.018 0.002 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.059 93 D 0.328 0.069 0.171 0.281 0.039 0.050 0.026 0.024 0.007 0.003 0.001 94 V 0.199 0.420 0.212 0.068 0.056 0.019 0.006 0.002 0.019 0.001 0.001 95 L 0.080 0.675 0.145 0.017 0.058 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 96 F 0.047 0.750 0.090 0.010 0.059 0.033 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 97 V 0.065 0.742 0.109 0.008 0.032 0.032 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 98 W 0.084 0.669 0.092 0.017 0.092 0.021 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 99 Q 0.066 0.538 0.184 0.023 0.107 0.050 0.010 0.001 0.020 0.001 0.001 100 V 0.057 0.774 0.087 0.016 0.032 0.013 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 101 A 0.053 0.474 0.251 0.021 0.093 0.078 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 102 V 0.054 0.655 0.159 0.032 0.035 0.042 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 103 H 0.032 0.171 0.484 0.010 0.070 0.094 0.015 0.001 0.116 0.007 0.001 104 S 0.903 0.003 0.056 0.019 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 105 R 0.773 0.009 0.023 0.144 0.014 0.008 0.019 0.004 0.002 0.003 0.001 106 A 0.590 0.041 0.047 0.261 0.011 0.011 0.015 0.002 0.020 0.002 0.001 107 R 0.272 0.048 0.240 0.289 0.011 0.009 0.115 0.003 0.008 0.004 0.001 108 G 0.052 0.004 0.029 0.012 0.020 0.007 0.080 0.513 0.001 0.282 0.001 109 H 0.570 0.036 0.243 0.108 0.013 0.011 0.010 0.002 0.003 0.004 0.001 110 R 0.564 0.018 0.118 0.049 0.045 0.040 0.050 0.058 0.006 0.052 0.001 111 L 0.940 0.019 0.020 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 G 0.993 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 E 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 R 0.969 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Q 0.974 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 E 0.938 0.002 0.003 0.051 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 125 C 0.870 0.006 0.008 0.099 0.002 0.004 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 126 R 0.445 0.010 0.046 0.437 0.003 0.005 0.048 0.002 0.003 0.001 0.001 127 H 0.204 0.025 0.054 0.114 0.027 0.020 0.395 0.131 0.012 0.019 0.001 128 V 0.201 0.228 0.459 0.053 0.015 0.023 0.010 0.001 0.008 0.001 0.001 129 R 0.254 0.317 0.220 0.106 0.042 0.032 0.014 0.002 0.012 0.001 0.001 130 H 0.080 0.566 0.099 0.040 0.163 0.020 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 131 L 0.036 0.733 0.151 0.011 0.033 0.023 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 132 E 0.022 0.668 0.212 0.007 0.020 0.053 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 133 T 0.029 0.590 0.230 0.019 0.055 0.046 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 134 T 0.021 0.702 0.134 0.015 0.068 0.024 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 135 V 0.041 0.497 0.268 0.042 0.076 0.044 0.008 0.001 0.019 0.002 0.002 136 G 0.021 0.090 0.308 0.009 0.206 0.046 0.028 0.009 0.148 0.135 0.001 137 P 0.738 0.007 0.160 0.047 0.006 0.010 0.002 0.001 0.003 0.002 0.024 138 D 0.329 0.032 0.092 0.433 0.031 0.040 0.022 0.011 0.006 0.004 0.001 139 N 0.306 0.072 0.213 0.150 0.043 0.098 0.043 0.007 0.054 0.014 0.001 140 Q 0.944 0.002 0.028 0.015 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 S 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 F 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 G 0.944 0.001 0.002 0.044 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 149 L 0.570 0.008 0.020 0.387 0.002 0.003 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 150 A 0.361 0.011 0.076 0.210 0.015 0.009 0.281 0.020 0.006 0.011 0.001 151 G 0.227 0.023 0.082 0.110 0.056 0.026 0.159 0.180 0.005 0.131 0.001 152 E 0.299 0.157 0.300 0.146 0.027 0.041 0.007 0.001 0.020 0.002 0.001 153 R 0.213 0.130 0.342 0.208 0.030 0.022 0.029 0.002 0.019 0.004 0.001 154 G 0.065 0.029 0.062 0.042 0.127 0.014 0.123 0.323 0.008 0.205 0.001 155 A 0.166 0.237 0.352 0.081 0.101 0.026 0.011 0.003 0.018 0.004 0.001 156 H 0.127 0.239 0.394 0.088 0.045 0.063 0.012 0.002 0.024 0.003 0.003 157 V 0.164 0.452 0.216 0.067 0.049 0.020 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 158 S 0.179 0.306 0.270 0.064 0.098 0.039 0.016 0.001 0.022 0.002 0.002 159 E 0.182 0.319 0.222 0.139 0.061 0.037 0.012 0.002 0.021 0.002 0.003 160 Q 0.039 0.395 0.297 0.007 0.068 0.010 0.004 0.001 0.176 0.003 0.001 161 P 0.203 0.012 0.693 0.015 0.004 0.037 0.002 0.001 0.003 0.001 0.030 162 F 0.197 0.310 0.192 0.175 0.048 0.035 0.013 0.007 0.020 0.001 0.001 163 F 0.121 0.346 0.289 0.067 0.083 0.039 0.012 0.003 0.034 0.005 0.001 164 D 0.156 0.138 0.423 0.073 0.044 0.099 0.024 0.001 0.037 0.003 0.003 165 R 0.715 0.064 0.098 0.069 0.020 0.011 0.004 0.001 0.010 0.003 0.002 166 Q 0.679 0.066 0.084 0.099 0.026 0.018 0.011 0.002 0.011 0.003 0.001 167 A 0.416 0.092 0.096 0.308 0.025 0.015 0.018 0.003 0.024 0.003 0.001 168 F 0.236 0.106 0.224 0.214 0.039 0.017 0.099 0.012 0.033 0.018 0.001 169 G 0.052 0.023 0.164 0.080 0.058 0.020 0.216 0.189 0.009 0.188 0.001 170 G 0.129 0.045 0.140 0.143 0.081 0.017 0.049 0.226 0.007 0.162 0.001 171 A 0.200 0.150 0.253 0.210 0.074 0.034 0.023 0.015 0.019 0.021 0.001 172 D 0.166 0.202 0.256 0.202 0.052 0.055 0.031 0.004 0.024 0.007 0.002 173 H 0.150 0.233 0.221 0.133 0.077 0.065 0.044 0.008 0.049 0.017 0.002 174 D 0.407 0.073 0.267 0.128 0.040 0.035 0.017 0.003 0.018 0.007 0.005 175 D 0.569 0.061 0.126 0.166 0.024 0.023 0.012 0.004 0.012 0.003 0.002 176 E 0.591 0.085 0.198 0.054 0.026 0.016 0.011 0.003 0.013 0.002 0.001 177 M 0.632 0.142 0.128 0.046 0.017 0.018 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 178 L 0.443 0.247 0.139 0.097 0.020 0.027 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 179 L 0.195 0.503 0.136 0.072 0.043 0.016 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001 180 R 0.070 0.582 0.157 0.025 0.083 0.025 0.007 0.001 0.049 0.001 0.001 181 I 0.062 0.278 0.480 0.084 0.023 0.041 0.012 0.001 0.015 0.001 0.004 182 G 0.010 0.083 0.209 0.004 0.188 0.009 0.018 0.040 0.133 0.305 0.001 183 P 0.240 0.007 0.657 0.025 0.007 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 184 F 0.122 0.276 0.294 0.175 0.042 0.053 0.016 0.005 0.015 0.001 0.001 185 T 0.099 0.312 0.335 0.111 0.045 0.055 0.013 0.002 0.019 0.002 0.006 186 H 0.019 0.299 0.443 0.013 0.055 0.024 0.007 0.001 0.135 0.003 0.001 187 P 0.044 0.014 0.834 0.005 0.005 0.026 0.001 0.001 0.028 0.003 0.039 188 P 0.352 0.012 0.511 0.067 0.006 0.022 0.002 0.001 0.005 0.002 0.020 189 H 0.153 0.146 0.233 0.208 0.078 0.052 0.040 0.049 0.027 0.014 0.001