# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 275 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.070 0.143 0.080 0.045 0.126 0.032 0.052 0.140 0.101 0.170 0.041 2 N 0.086 0.103 0.065 0.021 0.144 0.016 0.032 0.171 0.179 0.131 0.050 3 A 0.054 0.081 0.042 0.015 0.095 0.022 0.088 0.265 0.196 0.108 0.034 4 M 0.102 0.215 0.099 0.019 0.195 0.019 0.043 0.086 0.039 0.143 0.041 5 R 0.081 0.330 0.162 0.018 0.198 0.010 0.012 0.072 0.045 0.044 0.029 6 K 0.046 0.094 0.044 0.014 0.086 0.019 0.035 0.306 0.258 0.071 0.026 7 D 0.046 0.082 0.043 0.009 0.086 0.010 0.040 0.334 0.236 0.091 0.023 8 E 0.055 0.056 0.025 0.007 0.076 0.014 0.075 0.287 0.176 0.193 0.036 9 T 0.063 0.298 0.109 0.017 0.168 0.016 0.026 0.122 0.073 0.080 0.028 10 S 0.067 0.083 0.050 0.029 0.098 0.031 0.048 0.197 0.171 0.164 0.060 11 N 0.088 0.153 0.098 0.022 0.183 0.019 0.048 0.137 0.078 0.136 0.038 12 T 0.089 0.229 0.117 0.029 0.184 0.025 0.038 0.054 0.044 0.143 0.046 13 S 0.080 0.345 0.212 0.018 0.228 0.007 0.008 0.028 0.027 0.025 0.022 14 P 0.034 0.152 0.057 0.014 0.088 0.022 0.056 0.276 0.246 0.037 0.018 15 D 0.086 0.114 0.054 0.013 0.147 0.015 0.048 0.151 0.091 0.227 0.055 16 I 0.115 0.249 0.068 0.010 0.238 0.012 0.017 0.079 0.070 0.093 0.050 17 S 0.071 0.238 0.097 0.023 0.197 0.025 0.033 0.136 0.104 0.044 0.033 18 V 0.075 0.103 0.040 0.009 0.145 0.015 0.055 0.235 0.198 0.092 0.033 19 A 0.103 0.158 0.064 0.011 0.204 0.016 0.048 0.094 0.060 0.183 0.059 20 Q 0.064 0.425 0.206 0.017 0.180 0.011 0.010 0.018 0.012 0.033 0.024 21 P 0.070 0.343 0.189 0.023 0.156 0.012 0.020 0.067 0.061 0.030 0.028 22 A 0.041 0.100 0.055 0.023 0.070 0.027 0.065 0.253 0.260 0.084 0.021 23 S 0.051 0.108 0.069 0.025 0.104 0.025 0.062 0.178 0.151 0.188 0.039 24 A 0.149 0.093 0.044 0.019 0.193 0.018 0.040 0.117 0.103 0.147 0.076 25 L 0.087 0.225 0.082 0.030 0.188 0.052 0.082 0.093 0.062 0.059 0.039 26 R 0.178 0.160 0.046 0.025 0.292 0.025 0.033 0.043 0.032 0.093 0.074 27 Y 0.204 0.125 0.012 0.002 0.624 0.003 0.004 0.006 0.004 0.007 0.010 28 H 0.216 0.066 0.007 0.001 0.665 0.003 0.004 0.005 0.003 0.006 0.025 29 L 0.336 0.080 0.014 0.004 0.416 0.007 0.009 0.005 0.006 0.029 0.094 30 R 0.075 0.418 0.182 0.024 0.220 0.017 0.012 0.004 0.004 0.015 0.029 31 P 0.076 0.383 0.210 0.011 0.241 0.005 0.011 0.014 0.015 0.014 0.020 32 P 0.089 0.380 0.098 0.010 0.225 0.011 0.020 0.022 0.043 0.068 0.033 33 R 0.019 0.545 0.305 0.008 0.079 0.003 0.004 0.008 0.010 0.010 0.009 34 R 0.017 0.060 0.043 0.013 0.025 0.017 0.049 0.394 0.324 0.038 0.021 35 N 0.011 0.045 0.034 0.045 0.020 0.051 0.122 0.365 0.141 0.155 0.013 36 D 0.031 0.144 0.086 0.036 0.066 0.019 0.019 0.180 0.090 0.287 0.042 37 G 0.010 0.023 0.015 0.012 0.015 0.006 0.007 0.610 0.209 0.066 0.027 38 A 0.005 0.014 0.008 0.003 0.008 0.004 0.011 0.819 0.113 0.013 0.003 39 A 0.004 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.899 0.036 0.036 0.004 40 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.945 0.044 0.003 0.002 41 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.029 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.008 0.006 0.001 43 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.933 0.049 0.011 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.714 0.268 0.004 0.001 45 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.640 0.270 0.009 0.001 46 E 0.015 0.043 0.041 0.003 0.023 0.005 0.268 0.218 0.109 0.259 0.016 47 C 0.073 0.357 0.159 0.007 0.138 0.007 0.014 0.041 0.036 0.121 0.048 48 P 0.051 0.316 0.159 0.032 0.109 0.025 0.043 0.088 0.072 0.067 0.038 49 P 0.081 0.107 0.072 0.017 0.139 0.011 0.051 0.179 0.170 0.137 0.035 50 L 0.041 0.172 0.067 0.015 0.123 0.021 0.054 0.190 0.169 0.123 0.026 51 D 0.088 0.154 0.096 0.017 0.186 0.013 0.029 0.171 0.096 0.102 0.048 52 L 0.037 0.069 0.025 0.009 0.064 0.014 0.036 0.454 0.182 0.088 0.024 53 N 0.051 0.106 0.059 0.017 0.113 0.017 0.027 0.382 0.093 0.108 0.026 54 S 0.026 0.042 0.015 0.003 0.039 0.004 0.007 0.621 0.192 0.035 0.015 55 L 0.004 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.879 0.077 0.013 0.003 56 Y 0.007 0.008 0.002 0.001 0.008 0.001 0.006 0.890 0.055 0.019 0.004 57 A 0.005 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.933 0.033 0.008 0.002 58 Y 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.949 0.032 0.004 0.001 59 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.946 0.038 0.006 0.001 60 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.938 0.039 0.009 0.001 61 L 0.006 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.018 0.846 0.088 0.024 0.003 62 C 0.013 0.025 0.009 0.002 0.018 0.004 0.027 0.687 0.174 0.034 0.007 63 E 0.018 0.027 0.017 0.008 0.023 0.013 0.092 0.554 0.170 0.065 0.013 64 H 0.060 0.092 0.058 0.013 0.076 0.015 0.059 0.284 0.107 0.204 0.032 65 H 0.091 0.121 0.059 0.016 0.128 0.015 0.033 0.219 0.135 0.132 0.051 66 A 0.068 0.088 0.039 0.019 0.111 0.025 0.071 0.297 0.166 0.081 0.035 67 H 0.088 0.088 0.049 0.033 0.121 0.035 0.079 0.182 0.095 0.168 0.062 68 T 0.150 0.259 0.051 0.009 0.343 0.011 0.028 0.051 0.027 0.039 0.032 69 C 0.267 0.110 0.007 0.002 0.565 0.004 0.008 0.014 0.005 0.007 0.012 70 V 0.270 0.063 0.005 0.001 0.632 0.002 0.003 0.006 0.003 0.003 0.012 71 V 0.333 0.051 0.007 0.002 0.523 0.006 0.006 0.007 0.004 0.007 0.055 72 A 0.132 0.215 0.054 0.005 0.505 0.006 0.007 0.013 0.004 0.010 0.049 73 E 0.257 0.157 0.040 0.006 0.312 0.007 0.016 0.010 0.006 0.068 0.121 74 S 0.013 0.208 0.712 0.022 0.028 0.003 0.001 0.004 0.001 0.003 0.005 75 P 0.003 0.029 0.029 0.188 0.004 0.285 0.201 0.166 0.084 0.006 0.003 76 G 0.014 0.128 0.104 0.389 0.019 0.061 0.060 0.022 0.021 0.159 0.023 77 G 0.017 0.043 0.051 0.105 0.022 0.031 0.011 0.016 0.041 0.473 0.189 78 R 0.090 0.430 0.090 0.008 0.261 0.006 0.010 0.015 0.012 0.033 0.045 79 I 0.427 0.074 0.013 0.009 0.339 0.007 0.013 0.018 0.019 0.018 0.061 80 D 0.072 0.094 0.067 0.148 0.113 0.217 0.136 0.054 0.028 0.034 0.038 81 G 0.162 0.232 0.083 0.024 0.378 0.018 0.014 0.027 0.011 0.025 0.025 82 F 0.367 0.052 0.004 0.001 0.523 0.002 0.004 0.014 0.008 0.010 0.015 83 V 0.223 0.136 0.016 0.006 0.494 0.014 0.019 0.027 0.015 0.012 0.039 84 S 0.285 0.106 0.016 0.008 0.413 0.015 0.017 0.030 0.018 0.021 0.071 85 A 0.207 0.106 0.028 0.011 0.334 0.020 0.033 0.065 0.050 0.069 0.076 86 Y 0.161 0.156 0.059 0.011 0.360 0.014 0.032 0.042 0.029 0.067 0.069 87 L 0.167 0.227 0.080 0.017 0.266 0.016 0.023 0.025 0.027 0.090 0.064 88 L 0.041 0.431 0.270 0.026 0.136 0.012 0.013 0.017 0.019 0.017 0.017 89 P 0.058 0.153 0.086 0.029 0.098 0.029 0.094 0.177 0.183 0.061 0.031 90 T 0.048 0.103 0.103 0.053 0.071 0.042 0.070 0.071 0.087 0.309 0.043 91 R 0.066 0.296 0.253 0.031 0.168 0.011 0.011 0.042 0.036 0.057 0.028 92 P 0.033 0.103 0.057 0.027 0.064 0.033 0.074 0.318 0.234 0.037 0.020 93 D 0.042 0.059 0.054 0.035 0.059 0.039 0.046 0.200 0.164 0.252 0.051 94 V 0.195 0.147 0.019 0.004 0.312 0.006 0.015 0.135 0.056 0.063 0.049 95 L 0.225 0.097 0.015 0.006 0.482 0.016 0.023 0.076 0.020 0.017 0.023 96 F 0.215 0.145 0.011 0.003 0.525 0.005 0.006 0.039 0.007 0.016 0.029 97 V 0.453 0.040 0.004 0.002 0.384 0.004 0.013 0.028 0.013 0.008 0.051 98 W 0.198 0.135 0.021 0.010 0.398 0.038 0.054 0.061 0.022 0.013 0.048 99 Q 0.309 0.091 0.007 0.002 0.479 0.006 0.012 0.034 0.014 0.016 0.031 100 V 0.182 0.132 0.013 0.003 0.525 0.010 0.021 0.038 0.020 0.019 0.037 101 A 0.239 0.092 0.018 0.003 0.511 0.006 0.013 0.033 0.008 0.020 0.057 102 V 0.156 0.271 0.065 0.022 0.269 0.031 0.029 0.026 0.009 0.063 0.061 103 H 0.026 0.481 0.357 0.011 0.101 0.002 0.002 0.006 0.003 0.004 0.006 104 S 0.004 0.018 0.005 0.002 0.008 0.004 0.021 0.385 0.540 0.009 0.003 105 R 0.009 0.012 0.010 0.005 0.012 0.006 0.077 0.394 0.358 0.105 0.011 106 A 0.048 0.045 0.022 0.005 0.050 0.011 0.079 0.422 0.111 0.177 0.030 107 R 0.018 0.238 0.116 0.087 0.042 0.102 0.138 0.137 0.040 0.057 0.025 108 G 0.060 0.025 0.048 0.170 0.042 0.051 0.013 0.085 0.042 0.334 0.130 109 H 0.025 0.175 0.087 0.035 0.069 0.028 0.039 0.333 0.104 0.082 0.022 110 R 0.033 0.094 0.059 0.028 0.055 0.014 0.034 0.396 0.093 0.123 0.070 111 L 0.022 0.049 0.010 0.002 0.027 0.004 0.012 0.689 0.111 0.053 0.020 112 G 0.004 0.022 0.006 0.002 0.008 0.003 0.004 0.873 0.066 0.008 0.003 113 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.062 0.001 0.001 114 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.014 0.002 0.001 115 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.022 0.006 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 117 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.058 0.001 0.001 118 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.016 0.008 0.001 119 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.050 0.006 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.063 0.001 0.001 121 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.960 0.033 0.002 0.001 122 R 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.924 0.038 0.022 0.001 123 Q 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.854 0.115 0.012 0.002 124 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.772 0.173 0.017 0.001 125 C 0.015 0.008 0.005 0.003 0.010 0.005 0.090 0.640 0.138 0.079 0.007 126 R 0.013 0.260 0.123 0.039 0.041 0.070 0.149 0.198 0.052 0.044 0.011 127 H 0.073 0.019 0.016 0.016 0.048 0.007 0.010 0.042 0.029 0.454 0.285 128 V 0.319 0.087 0.015 0.003 0.284 0.005 0.029 0.064 0.083 0.025 0.088 129 R 0.076 0.120 0.034 0.031 0.202 0.131 0.232 0.094 0.032 0.021 0.028 130 H 0.368 0.088 0.006 0.002 0.471 0.004 0.007 0.017 0.004 0.014 0.018 131 L 0.292 0.037 0.003 0.001 0.635 0.002 0.007 0.006 0.003 0.001 0.012 132 E 0.321 0.042 0.005 0.002 0.548 0.007 0.007 0.010 0.003 0.006 0.049 133 T 0.278 0.101 0.011 0.003 0.488 0.007 0.007 0.015 0.006 0.016 0.067 134 T 0.266 0.062 0.016 0.004 0.502 0.005 0.011 0.011 0.005 0.034 0.083 135 V 0.168 0.210 0.085 0.040 0.229 0.026 0.024 0.023 0.020 0.089 0.085 136 G 0.032 0.343 0.338 0.079 0.093 0.025 0.023 0.021 0.013 0.017 0.016 137 P 0.042 0.083 0.053 0.028 0.061 0.023 0.073 0.323 0.231 0.064 0.019 138 D 0.022 0.071 0.046 0.039 0.046 0.038 0.063 0.246 0.160 0.245 0.024 139 N 0.057 0.162 0.083 0.012 0.130 0.009 0.013 0.278 0.117 0.105 0.034 140 Q 0.005 0.012 0.005 0.001 0.008 0.002 0.007 0.757 0.182 0.015 0.005 141 A 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.009 0.869 0.085 0.016 0.003 142 S 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.921 0.046 0.017 0.002 143 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.032 0.003 0.001 144 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.042 0.002 0.001 145 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.028 0.006 0.001 146 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.895 0.074 0.016 0.001 147 A 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.022 0.835 0.116 0.010 0.001 148 G 0.008 0.007 0.008 0.004 0.006 0.005 0.072 0.631 0.179 0.070 0.009 149 L 0.031 0.185 0.042 0.003 0.057 0.006 0.069 0.390 0.102 0.098 0.016 150 A 0.040 0.120 0.050 0.040 0.061 0.037 0.077 0.220 0.089 0.189 0.076 151 G 0.086 0.097 0.134 0.040 0.107 0.022 0.050 0.201 0.099 0.107 0.059 152 E 0.088 0.085 0.077 0.029 0.117 0.030 0.061 0.271 0.097 0.104 0.041 153 R 0.025 0.362 0.120 0.062 0.064 0.057 0.151 0.080 0.037 0.027 0.014 154 G 0.039 0.030 0.034 0.115 0.031 0.039 0.017 0.036 0.038 0.415 0.206 155 A 0.081 0.377 0.127 0.018 0.247 0.011 0.014 0.042 0.025 0.035 0.022 156 H 0.207 0.159 0.045 0.015 0.331 0.011 0.024 0.059 0.039 0.054 0.056 157 V 0.176 0.178 0.051 0.018 0.296 0.024 0.030 0.063 0.052 0.054 0.058 158 S 0.139 0.176 0.070 0.023 0.280 0.031 0.044 0.089 0.045 0.053 0.051 159 E 0.144 0.119 0.073 0.028 0.170 0.027 0.049 0.069 0.063 0.175 0.084 160 Q 0.077 0.371 0.176 0.019 0.247 0.010 0.011 0.024 0.019 0.025 0.022 161 P 0.097 0.214 0.054 0.013 0.199 0.020 0.055 0.146 0.117 0.046 0.038 162 F 0.096 0.143 0.071 0.027 0.151 0.021 0.039 0.110 0.064 0.181 0.096 163 F 0.092 0.346 0.098 0.018 0.226 0.019 0.021 0.069 0.023 0.056 0.033 164 D 0.103 0.244 0.133 0.024 0.202 0.014 0.017 0.112 0.056 0.055 0.041 165 R 0.034 0.047 0.021 0.008 0.055 0.012 0.028 0.345 0.372 0.056 0.021 166 Q 0.023 0.055 0.022 0.007 0.048 0.011 0.081 0.403 0.267 0.066 0.018 167 A 0.072 0.065 0.038 0.009 0.077 0.012 0.114 0.237 0.106 0.220 0.051 168 F 0.054 0.308 0.180 0.042 0.108 0.039 0.036 0.078 0.029 0.085 0.040 169 G 0.050 0.130 0.155 0.182 0.064 0.081 0.057 0.100 0.053 0.086 0.042 170 G 0.036 0.078 0.098 0.137 0.052 0.061 0.054 0.121 0.124 0.198 0.041 171 A 0.036 0.194 0.141 0.057 0.091 0.033 0.064 0.099 0.118 0.129 0.038 172 D 0.063 0.094 0.077 0.045 0.082 0.031 0.043 0.080 0.096 0.294 0.095 173 H 0.049 0.388 0.242 0.024 0.148 0.011 0.013 0.039 0.026 0.040 0.021 174 D 0.081 0.158 0.068 0.013 0.154 0.014 0.030 0.242 0.156 0.052 0.032 175 D 0.044 0.095 0.043 0.012 0.082 0.015 0.035 0.365 0.201 0.080 0.029 176 E 0.113 0.125 0.025 0.006 0.202 0.012 0.035 0.277 0.125 0.049 0.032 177 M 0.198 0.100 0.012 0.002 0.245 0.009 0.032 0.221 0.095 0.044 0.040 178 L 0.248 0.092 0.011 0.003 0.324 0.009 0.043 0.138 0.050 0.038 0.044 179 L 0.170 0.185 0.022 0.006 0.478 0.013 0.021 0.050 0.013 0.018 0.024 180 R 0.255 0.110 0.025 0.004 0.481 0.005 0.008 0.018 0.006 0.027 0.063 181 I 0.238 0.110 0.052 0.021 0.247 0.019 0.022 0.033 0.032 0.093 0.134 182 G 0.026 0.223 0.199 0.177 0.068 0.085 0.089 0.043 0.037 0.035 0.019 183 P 0.109 0.173 0.114 0.034 0.218 0.013 0.032 0.070 0.084 0.116 0.038 184 F 0.149 0.116 0.036 0.008 0.286 0.012 0.030 0.054 0.116 0.138 0.054 185 T 0.083 0.253 0.142 0.042 0.211 0.034 0.053 0.031 0.033 0.072 0.046 186 H 0.111 0.224 0.163 0.068 0.191 0.033 0.042 0.022 0.031 0.073 0.043 187 P 0.059 0.266 0.310 0.034 0.166 0.011 0.018 0.033 0.053 0.032 0.016 188 P 0.036 0.093 0.052 0.027 0.071 0.037 0.086 0.157 0.293 0.118 0.029 189 H 0.097 0.238 0.139 0.019 0.235 0.012 0.020 0.042 0.048 0.110 0.039