# TARGET T0417 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0417.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 275 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.449 0.185 0.118 0.106 0.084 0.047 0.011 2 N 0.387 0.220 0.154 0.128 0.069 0.035 0.007 3 A 0.356 0.204 0.159 0.140 0.087 0.047 0.008 4 M 0.320 0.225 0.170 0.155 0.087 0.038 0.005 5 R 0.500 0.243 0.130 0.076 0.037 0.013 0.001 6 K 0.538 0.248 0.114 0.066 0.025 0.009 0.001 7 D 0.433 0.208 0.151 0.116 0.065 0.023 0.003 8 E 0.413 0.237 0.165 0.116 0.048 0.019 0.002 9 T 0.389 0.243 0.160 0.115 0.063 0.027 0.003 10 S 0.305 0.244 0.182 0.146 0.080 0.038 0.005 11 N 0.248 0.174 0.176 0.183 0.141 0.069 0.010 12 T 0.287 0.276 0.185 0.132 0.077 0.038 0.005 13 S 0.226 0.191 0.182 0.186 0.140 0.067 0.009 14 P 0.306 0.249 0.188 0.141 0.080 0.031 0.004 15 D 0.264 0.290 0.205 0.141 0.067 0.029 0.003 16 I 0.127 0.119 0.170 0.252 0.222 0.101 0.010 17 S 0.331 0.315 0.181 0.106 0.050 0.016 0.001 18 V 0.300 0.322 0.197 0.118 0.046 0.015 0.001 19 A 0.150 0.145 0.203 0.254 0.182 0.063 0.003 20 Q 0.219 0.232 0.244 0.190 0.090 0.024 0.001 21 P 0.472 0.303 0.137 0.061 0.021 0.005 0.001 22 A 0.406 0.253 0.180 0.113 0.039 0.008 0.001 23 S 0.542 0.276 0.103 0.051 0.021 0.005 0.001 24 A 0.417 0.303 0.153 0.081 0.035 0.010 0.001 25 L 0.206 0.241 0.238 0.198 0.089 0.026 0.002 26 R 0.133 0.282 0.274 0.188 0.087 0.033 0.003 27 Y 0.034 0.059 0.115 0.219 0.324 0.222 0.027 28 H 0.035 0.116 0.204 0.266 0.226 0.135 0.017 29 L 0.024 0.038 0.056 0.134 0.266 0.395 0.089 30 R 0.033 0.118 0.219 0.285 0.232 0.106 0.008 31 P 0.098 0.214 0.228 0.233 0.159 0.062 0.005 32 P 0.108 0.165 0.226 0.256 0.172 0.067 0.005 33 R 0.168 0.222 0.245 0.206 0.120 0.036 0.002 34 R 0.377 0.284 0.190 0.102 0.037 0.010 0.001 35 N 0.431 0.339 0.132 0.067 0.024 0.006 0.001 36 D 0.146 0.201 0.211 0.223 0.144 0.068 0.007 37 G 0.079 0.110 0.182 0.253 0.239 0.124 0.012 38 A 0.198 0.295 0.242 0.154 0.078 0.029 0.003 39 A 0.041 0.103 0.200 0.251 0.225 0.144 0.036 40 I 0.011 0.018 0.027 0.062 0.206 0.483 0.193 41 H 0.016 0.073 0.188 0.296 0.252 0.154 0.020 42 Q 0.046 0.178 0.253 0.263 0.166 0.080 0.014 43 L 0.005 0.015 0.035 0.109 0.316 0.452 0.069 44 V 0.012 0.052 0.133 0.332 0.327 0.137 0.007 45 S 0.214 0.422 0.208 0.095 0.048 0.013 0.001 46 E 0.174 0.328 0.249 0.184 0.052 0.012 0.001 47 C 0.075 0.092 0.181 0.280 0.276 0.092 0.004 48 P 0.263 0.290 0.247 0.141 0.046 0.012 0.001 49 P 0.544 0.286 0.108 0.043 0.014 0.005 0.001 50 L 0.268 0.166 0.182 0.210 0.126 0.044 0.005 51 D 0.383 0.294 0.164 0.092 0.045 0.019 0.003 52 L 0.206 0.166 0.176 0.193 0.154 0.087 0.018 53 N 0.278 0.244 0.174 0.137 0.101 0.054 0.014 54 S 0.208 0.194 0.165 0.166 0.137 0.101 0.030 55 L 0.132 0.141 0.163 0.185 0.179 0.143 0.055 56 Y 0.079 0.115 0.145 0.184 0.192 0.191 0.094 57 A 0.041 0.048 0.064 0.115 0.187 0.309 0.235 58 Y 0.033 0.064 0.093 0.160 0.236 0.281 0.134 59 L 0.036 0.074 0.113 0.186 0.230 0.254 0.108 60 L 0.027 0.047 0.078 0.161 0.255 0.304 0.128 61 L 0.030 0.060 0.084 0.164 0.246 0.304 0.112 62 C 0.042 0.081 0.143 0.226 0.273 0.192 0.043 63 E 0.146 0.275 0.256 0.193 0.085 0.039 0.006 64 H 0.089 0.137 0.199 0.244 0.214 0.104 0.013 65 H 0.093 0.130 0.170 0.230 0.229 0.127 0.021 66 A 0.111 0.187 0.222 0.206 0.166 0.092 0.015 67 H 0.077 0.167 0.242 0.253 0.152 0.089 0.019 68 T 0.016 0.042 0.089 0.175 0.306 0.303 0.070 69 C 0.004 0.010 0.020 0.057 0.212 0.509 0.188 70 V 0.003 0.009 0.023 0.057 0.188 0.496 0.225 71 V 0.003 0.013 0.037 0.083 0.194 0.436 0.233 72 A 0.003 0.015 0.044 0.095 0.251 0.457 0.134 73 E 0.033 0.138 0.276 0.344 0.164 0.043 0.003 74 S 0.155 0.301 0.231 0.192 0.098 0.023 0.001 75 P 0.389 0.338 0.146 0.082 0.038 0.007 0.001 76 G 0.464 0.342 0.121 0.054 0.016 0.004 0.001 77 G 0.262 0.302 0.243 0.145 0.040 0.008 0.001 78 R 0.123 0.271 0.310 0.212 0.063 0.020 0.002 79 I 0.033 0.043 0.078 0.174 0.320 0.296 0.056 80 D 0.026 0.070 0.135 0.239 0.251 0.220 0.058 81 G 0.011 0.019 0.030 0.058 0.164 0.392 0.326 82 F 0.006 0.010 0.020 0.049 0.096 0.259 0.560 83 V 0.002 0.003 0.006 0.017 0.047 0.225 0.700 84 S 0.004 0.008 0.016 0.041 0.088 0.236 0.606 85 A 0.006 0.013 0.018 0.044 0.122 0.351 0.446 86 Y 0.013 0.035 0.054 0.106 0.200 0.360 0.232 87 L 0.025 0.064 0.105 0.202 0.263 0.264 0.078 88 L 0.046 0.105 0.170 0.230 0.256 0.168 0.024 89 P 0.145 0.178 0.221 0.246 0.145 0.060 0.006 90 T 0.472 0.307 0.125 0.059 0.027 0.009 0.001 91 R 0.389 0.249 0.179 0.124 0.043 0.014 0.002 92 P 0.385 0.282 0.164 0.103 0.048 0.016 0.002 93 D 0.228 0.317 0.202 0.157 0.069 0.025 0.003 94 V 0.046 0.124 0.199 0.274 0.224 0.118 0.014 95 L 0.022 0.040 0.067 0.140 0.280 0.364 0.087 96 F 0.012 0.032 0.071 0.155 0.223 0.341 0.165 97 V 0.006 0.013 0.035 0.093 0.160 0.324 0.369 98 W 0.002 0.006 0.014 0.033 0.115 0.369 0.460 99 Q 0.004 0.014 0.027 0.066 0.177 0.379 0.335 100 V 0.004 0.013 0.029 0.074 0.171 0.395 0.315 101 A 0.006 0.017 0.042 0.130 0.179 0.386 0.241 102 V 0.009 0.023 0.054 0.148 0.292 0.361 0.113 103 H 0.053 0.131 0.202 0.259 0.220 0.120 0.015 104 S 0.256 0.350 0.193 0.116 0.063 0.020 0.001 105 R 0.312 0.350 0.182 0.111 0.034 0.011 0.001 106 A 0.108 0.111 0.200 0.269 0.238 0.069 0.004 107 R 0.197 0.265 0.234 0.178 0.092 0.032 0.003 108 G 0.291 0.283 0.180 0.130 0.081 0.032 0.003 109 H 0.196 0.252 0.242 0.195 0.082 0.030 0.002 110 R 0.172 0.253 0.238 0.186 0.110 0.036 0.004 111 L 0.037 0.048 0.091 0.187 0.288 0.264 0.084 112 G 0.022 0.054 0.085 0.150 0.288 0.327 0.074 113 R 0.040 0.160 0.272 0.270 0.159 0.087 0.011 114 A 0.026 0.094 0.222 0.312 0.231 0.096 0.019 115 M 0.003 0.007 0.016 0.042 0.176 0.527 0.228 116 L 0.004 0.015 0.038 0.122 0.283 0.406 0.131 117 G 0.047 0.221 0.292 0.241 0.128 0.064 0.008 118 H 0.018 0.081 0.231 0.357 0.226 0.079 0.009 119 I 0.003 0.008 0.015 0.040 0.203 0.612 0.120 120 L 0.013 0.049 0.142 0.343 0.317 0.124 0.012 121 E 0.157 0.446 0.227 0.109 0.047 0.014 0.001 122 R 0.041 0.136 0.266 0.344 0.172 0.040 0.001 123 Q 0.072 0.100 0.182 0.268 0.285 0.089 0.003 124 E 0.224 0.385 0.238 0.108 0.036 0.008 0.001 125 C 0.267 0.254 0.247 0.168 0.052 0.011 0.001 126 R 0.306 0.314 0.227 0.116 0.031 0.006 0.001 127 H 0.272 0.352 0.202 0.114 0.045 0.014 0.001 128 V 0.044 0.063 0.130 0.254 0.336 0.158 0.017 129 R 0.076 0.258 0.260 0.222 0.131 0.050 0.003 130 H 0.035 0.122 0.235 0.296 0.192 0.101 0.018 131 L 0.005 0.010 0.016 0.044 0.183 0.523 0.219 132 E 0.014 0.068 0.157 0.313 0.239 0.166 0.042 133 T 0.009 0.020 0.034 0.082 0.210 0.449 0.196 134 T 0.032 0.111 0.197 0.235 0.226 0.159 0.041 135 V 0.013 0.031 0.054 0.135 0.291 0.380 0.095 136 G 0.061 0.161 0.240 0.235 0.190 0.097 0.017 137 P 0.141 0.226 0.235 0.226 0.117 0.049 0.006 138 D 0.267 0.307 0.177 0.118 0.082 0.041 0.007 139 N 0.068 0.089 0.179 0.272 0.252 0.125 0.016 140 Q 0.271 0.326 0.216 0.117 0.049 0.018 0.002 141 A 0.079 0.161 0.229 0.247 0.183 0.084 0.017 142 S 0.031 0.049 0.062 0.135 0.283 0.346 0.094 143 R 0.026 0.100 0.219 0.308 0.220 0.116 0.010 144 R 0.059 0.199 0.282 0.263 0.127 0.061 0.009 145 T 0.012 0.024 0.067 0.174 0.332 0.317 0.074 146 F 0.013 0.027 0.041 0.120 0.276 0.405 0.118 147 A 0.049 0.178 0.277 0.263 0.150 0.074 0.008 148 G 0.095 0.245 0.317 0.247 0.069 0.025 0.003 149 L 0.033 0.067 0.132 0.258 0.299 0.196 0.017 150 A 0.051 0.081 0.131 0.241 0.312 0.171 0.014 151 G 0.121 0.217 0.254 0.220 0.139 0.047 0.003 152 E 0.377 0.368 0.148 0.072 0.028 0.007 0.001 153 R 0.200 0.215 0.227 0.217 0.108 0.032 0.002 154 G 0.357 0.269 0.192 0.118 0.049 0.014 0.001 155 A 0.419 0.265 0.161 0.102 0.042 0.011 0.001 156 H 0.356 0.333 0.176 0.089 0.036 0.009 0.001 157 V 0.134 0.137 0.227 0.285 0.169 0.046 0.002 158 S 0.401 0.327 0.157 0.074 0.033 0.008 0.001 159 E 0.408 0.305 0.147 0.093 0.037 0.010 0.001 160 Q 0.294 0.266 0.204 0.149 0.069 0.018 0.001 161 P 0.196 0.324 0.234 0.161 0.066 0.018 0.001 162 F 0.064 0.135 0.247 0.275 0.210 0.066 0.004 163 F 0.070 0.097 0.165 0.277 0.278 0.106 0.007 164 D 0.231 0.331 0.222 0.131 0.064 0.020 0.001 165 R 0.258 0.275 0.244 0.165 0.046 0.012 0.001 166 Q 0.366 0.317 0.181 0.097 0.031 0.007 0.001 167 A 0.168 0.239 0.246 0.223 0.095 0.028 0.001 168 F 0.143 0.115 0.210 0.273 0.201 0.056 0.002 169 G 0.557 0.314 0.083 0.032 0.011 0.002 0.001 170 G 0.705 0.228 0.048 0.015 0.004 0.001 0.001 171 A 0.640 0.223 0.085 0.040 0.010 0.002 0.001 172 D 0.552 0.288 0.103 0.040 0.012 0.003 0.001 173 H 0.244 0.134 0.190 0.228 0.145 0.052 0.007 174 D 0.448 0.292 0.141 0.067 0.036 0.015 0.002 175 D 0.360 0.255 0.154 0.123 0.066 0.035 0.008 176 E 0.188 0.138 0.152 0.174 0.179 0.128 0.040 177 M 0.128 0.152 0.154 0.172 0.181 0.154 0.058 178 L 0.098 0.079 0.110 0.170 0.199 0.212 0.132 179 L 0.079 0.076 0.086 0.128 0.196 0.270 0.164 180 R 0.064 0.082 0.100 0.149 0.209 0.252 0.144 181 I 0.062 0.058 0.069 0.114 0.171 0.321 0.205 182 G 0.111 0.139 0.139 0.181 0.198 0.182 0.051 183 P 0.141 0.169 0.204 0.205 0.152 0.107 0.021 184 F 0.113 0.102 0.161 0.277 0.227 0.110 0.011 185 T 0.572 0.309 0.076 0.027 0.013 0.004 0.001 186 H 0.555 0.244 0.110 0.069 0.018 0.004 0.001 187 P 0.845 0.132 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 188 P 0.738 0.184 0.052 0.022 0.004 0.001 0.001 189 H 0.740 0.153 0.063 0.029 0.013 0.003 0.001